（施行期日）
第一条 この政令は、平成十年十二月一日から施行する。
（手持品課税に係る申告等）
第二条 法附則第三条第二項に規定する申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。
二 貯蔵場所（法第十九条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。以下この条において同じ。）の所在地及び名称
２ たばこ税法施行令第十一条第二項から第四項までの規定は、前項の申告書を提出する義務がある者が当該申告書の提出期限前に当該申告書を提出しないで死亡した場合について準用する。この場合において、同条第二項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ特別税額」と読み替えるものとする。
３ 法附則第三条第五項の承認を受けようとする者は、製造たばこを保税地域に入れたときは、当該保税地域の所在地を所轄する税関長にその旨を届け出るとともに、当該製造たばこの区分（同条第二項第一号に規定する製造たばこの区分をいう。以下同じ。）及び区分ごとの数量、その置かれている保税地域の所在地及び名称並びに廃棄の日時、方法及び理由を記載した申請書を当該税関長に提出し、同条第五項の承認を受けて廃棄しなければならない。
４ 前項の申請書の提出を受けた税関長は、法附則第三条第五項の承認をしたときは、立会いその他の方法により当該廃棄の事実を確認するものとする。
５ 法附則第三条第五項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ特別税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で同条第二項の税務署長から交付を受けたもの（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同条第一項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたもの）を添付し、これを同条第五項の税関長に提出しなければならない。
三 当該製造たばこにつき法附則第三条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者の住所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称）
四 当該製造たばこの輸出又は廃棄に係る販売場の所在地及び名称
６ 前項の申請書の提出を受けた税関長は、法附則第三条第五項の確認をしたときは、当該確認の内容を記載した書類により、その旨を当該申請書を提出した者に通知しなければならない。
７ 法附則第三条第六項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ特別税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で当該製造たばこにつき同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたものを添付し、これを同条第六項の税務署長に提出しなければならない。
三 当該製造たばこを当該製造場に戻し又は移送した者の住所及び氏名又は名称
五 当該製造たばこにつき法附則第三条第一項の規定の適用を受けた者の住所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称
９ 法附則第三条第六項第一号に規定する政令で定めるものは、同項に規定する製造たばこ製造者がその製造場から移出した製造たばこのうち同条第一項の規定によりたばこ特別税を課された、又は課されるべきものでたばこ税法施行令第九条第一項各号に掲げる製造たばこに該当するものとする。
（災害があった場合のたばこ税の控除等に関する経過措置）
第三条 この政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に製造たばこの製造場から移出された製造たばこ（法附則第三条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）につき、災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律（昭和二十二年法律第百七十五号。以下「災害被害者租税減免法」という。）第七条第一項の規定の適用がある場合において、同項の規定による控除を受けようとする月分が平成十年十二月分以後の月分であるときは、当該控除を受けようとする月分については、たばこ税法第十七条第一項の規定による申告書の提出を要しない月とみなして、災害被害者租税減免法第七条第四項及び災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の施行に関する政令（以下「災害被害者租税減免法施行令」という。）第十三条第二項の規定を適用する。この場合において、たばこ税法第十七条第一項の規定の適用については、同項第五号中「たばこ税額（」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第一項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除くものとし、」とする。
２ 施行日前に保税地域から引き取られた製造たばこ（法附則第三条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）につき、災害被害者租税減免法第七条第一項の規定の適用がある場合において、同項の規定による控除を受けようとするときは、災害被害者租税減免法施行令第十三条第一項第二号の申告書の提出がないものとみなして、災害被害者租税減免法第七条第四項及び災害被害者租税減免法施行令第十三条第三項の規定を適用する。この場合において、たばこ税法第十八条第一項の規定の適用については、同項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第二項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除く。）」とする。