令和二年農林水産省令第四十七号
漁業法施行規則
漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）及び漁業法施行令（昭和二十五年政令第三十号）の規定に基づき、並びに同法及び同令を実施するため、漁業法施行規則（昭和二十五年農林省令第十六号）の全部を改正する省令を次のように定める。
目次
第一章　水産資源の保存及び管理（第一条―第二十条）
第二章　漁業権及び沿岸漁場管理（第二十一条―第三十三条）
第三章　漁業調整に関するその他の措置（第三十四条―第四十二条）
第四章　漁業調整委員会等（第四十三条―第四十八条）
第五章　土地及び土地の定着物の使用（第四十九条―第五十六条）
第六章　内水面漁業（第五十七条―第五十九条）
第七章　雑則（第六十条―第六十三条）
附則
第一章　水産資源の保存及び管理
（漁獲努力量の指標）
第一条　漁業法（以下「法」という。）第七条第三項の農林水産省令で定める指標は、操業日数、操業時間、船舶の隻数、漁具の数、漁具の大きさ又は漁具の使用回数とする。
（農林水産大臣の承認を要しない軽微な変更）
第二条　法第十六条第五項において読み替えて準用する同条第三項の農林水産省令で定める軽微な変更は、他の都道府県知事が定める知事管理漁獲可能量の増減を伴う変更以外の変更とする。
（漁獲割当割合の設定の申請）
第三条　法第十七条第一項の規定による申請は、当該特定水産資源の採捕に使用しようとする船舶等ごとに次に掲げる事項を記載した申請書を提出してしなければならない。
一　氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　特定水産資源及びその漁獲割当管理区分
三　希望する漁獲割当割合
四　使用する船舶等の概要
２　前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一　個人にあっては、次に掲げる書類
イ　住民票の写し又はこれに類するものであって氏名及び生年月日を証する書類
ロ　最近の財産状態を明らかにする書類
二　法人にあっては、次に掲げる書類
イ　定款
ロ　登記事項証明書
ハ　最近の貸借対照表、損益計算書及び財産目録
三　漁船法（昭和二十五年法律第百七十八号）による漁船の登録の謄本
四　申請者が法第十八条第一項第二号から第四号までのいずれにも該当しないことを誓約する書面
五　申請者が法第三十六条第一項、第五十七条第一項又は第百十九条第一項の許可を受けている場合にあっては、これらの許可に係る許可証の写し
六　法第三十八条（法第五十八条において準用する場合を含む。）の認可を受けている場合にあっては、当該認可を受けたことを証する書面
七　法第六十九条第一項の免許を受けている場合にあっては、当該免許を受けたことを証する書面
３　農林水産大臣又は都道府県知事は、前項に掲げる書類のほか、漁獲割当割合の設定に関し必要と認める書類の提出を求めることができる。
４　農林水産大臣又は都道府県知事は、第一項の申請書の提出期間その他申請手続について必要な事項を公示するものとする。
（漁獲割当割合の有効期間）
第四条　法第十七条第二項の農林水産省令で定める期間は、五年とする。ただし、農林水産大臣又は都道府県知事は、特定水産資源の特性及びその採捕の実態を勘案し、これによることが適当でないと認める漁獲割当割合については、その有効期間を短縮することができる。
（漁獲割当割合の設定の基準を定める際の勘案事項）
第五条　法第十七条第三項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　船舶の総数又は総トン数
二　採捕する者の数、その採捕の実態又は将来の見通し
三　漁業に関する法令に違反する行為の違反の程度及び違反の回数
（年次漁獲割当量の設定）
第六条　農林水産大臣又は都道府県知事は、資源管理基本方針又は都道府県資源管理方針に定める日までに、年次漁獲割当量を設定する。
２　農林水産大臣又は都道府県知事は、法第十九条第四項の年次漁獲割当量設定者の同意を得ようとするときは、当該年次漁獲割当量設定者に対し、書面を提示することその他の適切な方法により同項に規定する電磁的方法の種類及び内容について示すものとする。
３　漁業法施行令（以下「令」という。）第三条第一項に規定する電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって農林水産省令で定めるものは、次に掲げる方法とする。
一　電子情報処理組織を使用する方法のうちイ又はロに掲げるもの
イ　送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを接続する電気通信回線を通じて送信し、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに記録する方法
ロ　送信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに記録された情報の内容を電気通信回線を通じて情報の提供を受ける者の閲覧に供し、当該情報の提供を受ける者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報を記録する方法
二　電磁的記録媒体（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものに係る記録媒体をいう。）をもって調製するファイルに同意に関する事項を記録したものを得る方法
４　前項各号に掲げる方法は、受信者がファイルへの記録を出力することにより書面を作成することができるものでなければならない。
５　第三項第一号の「電子情報処理組織」とは、送信者の使用に係る電子計算機と、受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織をいう。
（漁獲割当管理原簿の記録事項）
第七条　令第四条第一項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一　管理区分
二　管理年度
三　漁獲割当割合設定者又は年次漁獲割当量設定者の氏名（法人にあっては、その名称）
四　法第三十六条第一項、第五十七条第一項又は第百十九条第一項の許可を受けている場合にあっては、これらの許可に係る許可番号、漁船登録番号及び船舶の名称
五　法第十七条第一項の規定により設定した漁獲割当割合及びその有効期間
六　法第十九条第一項の規定により設定した年次漁獲割当量
七　法第二十一条第一項又は第二十二条第一項の規定による漁獲割当割合又は年次漁獲割当量の移転の状況
八　法第二十一条第三項又は第二十二条第三項の規定による漁獲割当割合又は年次漁獲割当量の承継の状況
九　法第二十三条第一項又は第二項の規定による漁獲割当割合及び年次漁獲割当量の取消しの状況
十　法第二十八条又は第二十九条第一項の規定による年次漁獲割当量の控除又は漁獲割当割合の削減の状況
２　令第四条第二項の規定による公表は、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
（電磁的記録）
第八条　法第二十条第四項の農林水産省令で定める記録は、磁気ディスクその他これに準ずる方法により一定の情報を確実に記録しておくことができる物をもって調製するファイルに情報を記録したものとする。
（漁獲割当割合の移転ができる場合）
第九条　法第二十一条第一項の農林水産省令で定める場合は、次のとおりとする。
一　複数の船舶等について漁獲割当割合の設定を受けている場合であって、当該船舶等の間で漁獲割当割合の移転をする場合
二　漁獲割当割合の設定を受けた船舶等を使用することを廃止し、当該漁獲割当割合設定者の使用する他の船舶等に当該漁獲割当割合の移転をする場合
三　漁獲割当割合の設定を受けた船舶等が滅失し、又は沈没したため、当該漁獲割当割合設定者の使用する他の船舶等に当該漁獲割当割合の移転をする場合
四　漁獲割当割合の設定を受けた船舶等を借り受け、又はその返還を受けることにより当該船舶等を使用する権利を取得する者に当該漁獲割当割合を譲り渡す場合
（漁獲割当割合の移転の認可の申請）
第十条　法第二十一条第一項の規定による漁獲割当割合の移転を受けようとする者は、漁獲割当割合の設定を受ける船舶等ごとに、農林水産大臣又は都道府県知事に申請しなければならない。
２　前項の申請は、漁獲割当割合の移転をしようとする者と共同して行うものとする。
３　第三条の規定は、第一項の認可の申請について準用する。この場合において、同条第一項第二号中「特定水産資源」とあるのは、「移転に係る特定水産資源」と読み替えるものとする。
（漁獲割当割合の移転の認可をしてはならない場合）
第十一条　法第二十一条第二項の農林水産省令で定める場合は、法第十七条第四項の規定により漁獲割当割合の設定を有資格者に限る場合において、有資格者でない者に移転をする場合とする。
（漁獲割当割合設定者の地位の承継の届出）
第十二条　法第二十一条第三項の規定により漁獲割当割合設定者の地位を承継した者は、同条第四項の規定によりその旨を届け出るときは、その事実を証する書面を添付しなければならない。
（年次漁獲割当量の移転の認可の申請）
第十三条　第十条の規定は、法第二十二条第一項の規定による年次漁獲割当量の移転の認可の申請について準用する。
（年次漁獲割当量の移転の認可をしてはならない場合）
第十四条　法第二十二条第二項第三号の農林水産省令で定める場合は、当該管理年度において法第二十五条第二項に違反して特定水産資源の採捕をした者に対して移転をしようとする場合とする。
（年次漁獲割当量設定者の地位の承継の届出）
第十五条　第十二条の規定は、法第二十二条第四項の規定による年次漁獲割当量設定者の地位の承継の届出について準用する。
（漁獲割当管理区分に係る漁獲量等の報告）
第十六条　法第二十六条第一項の農林水産省令で定める期間は、採捕した特定水産資源ごとに陸揚げした日から三日以内とする。ただし、特定水産資源の特性及びその採捕の実態を勘案し、これによることが適当でないと認めるものについては、資源管理基本方針又は都道府県資源管理方針に定める期間とする。
２　法第二十六条第一項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　年次漁獲割当量設定者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　採捕した特定水産資源
三　漁獲割当管理区分
四　設定を受けた年次漁獲割当量
五　特定水産資源ごとの漁獲量
六　採捕に係る特定水産資源を陸揚げした日
七　その他参考となるべき事項
３　法第二十六条第一項の規定による報告は、送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であって、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるものにより行うものとする。ただし、電子情報処理組織の異常若しくは保守点検又は報告すべき事項が著しく急激に増加したことその他やむを得ない事由がある場合においては、書面により行うことができる。
４　法第二十六条第二項の規定による報告は、第二項に掲げる事項のうち農林水産大臣が別に定めるものについて前項に定める方法により行うものとする。
（年次漁獲割当量の控除の方法）
第十七条　法第二十八条の規定により年次漁獲割当量から控除することができる数量は、当該年次漁獲割当量設定者が設定を受けた年次漁獲割当量を超えて採捕した部分の数量に、管理区分ごとに資源管理基本方針又は都道府県資源管理方針に定める係数を乗じて算出するものとする。
２　農林水産大臣又は都道府県知事は、法第二十八条の規定による年次漁獲割当量の控除をしたときは、遅滞なく、その内容を当該漁獲割当割合設定者に通知するものとする。
（漁獲割当割合の削減）
第十八条　法第二十九条第一項の規定による漁獲割当割合を減ずる処分は、特定水産資源の特性及びその採捕の実態を勘案して資源管理基本方針又は都道府県資源管理方針に定める基準に基づき行うものとする。
２　農林水産大臣又は都道府県知事は、法第二十九条第一項の規定により漁獲割当割合を減ずる処分をしたときは、遅滞なく、その内容を当該漁獲割当割合設定者に通知するものとする。
（非漁獲割当管理区分に係る漁獲量等の報告）
第十九条　法第三十条第一項の農林水産省令で定める期間は、採捕した特定水産資源ごとに陸揚げした日からその属する月の翌月の十日までの間とする。ただし、特定水産資源の特性及びその採捕の実態を勘案し、これによることが適当でないと認められるものについては、資源管理基本方針又は都道府県資源管理方針に定める期間とする。
２　法第三十条第一項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　報告者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　管理区分
三　採捕に係る特定水産資源を陸揚げした日
四　その他参考となるべき事項
３　第十六条第三項の規定は法第三十条第一項の規定による報告について、第十六条第四項の規定は法第三十条第二項の規定による報告について、それぞれ準用する。
（漁獲量等の公表）
第二十条　法第三十一条の農林水産省令で定める事項は、大臣管理区分又は知事管理区分に係る大臣管理漁獲可能量又は知事管理漁獲可能量に対する当該管理区分における特定水産資源の漁獲量の総量の割合とする。
２　法第三十一条の規定による公表は、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
第二章　漁業権及び沿岸漁場管理
（保全活動の内容）
第二十一条　法第六十条第八項の農林水産省令で定める活動は、次の各号のいずれかに掲げる活動であって、漁業生産力の発展に資するものとする。
一　赤潮の発生状況の監視、水底の底質の調査その他の漁場の状況に関する調査
二　漂流物の除去、有害動植物の駆除その他の漁業の対象となる水産動植物の生育に資する活動
三　種苗の放流その他の漁業の対象となる水産動植物の増殖
四　漁業関係法令に違反する行為を抑止するために必要な活動
（都道府県知事による意見の聴取）
第二十二条　都道府県知事は、法第六十四条第一項（法第六十七条第二項において準用する場合を含む。次項において同じ。）の規定により意見を聴こうとするときは、あらかじめ、意見の提出方法、提出期限、提出先その他意見の提出に関し必要な事項を、インターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
２　法第六十四条第一項の利害関係人として意見を述べようとする者は、当該事案について利害関係のあることを疎明しなければならない。
（海区漁業調整委員会による意見の聴取）
第二十三条　法第六十四条第五項（法第六十七条第二項において準用する場合を含む。）の公聴会に出席して意見を述べようとする者は、当該事案に関して利害関係を有する理由及び述べようとする意見の概要を海区漁業調整委員会に申し出なければならない。
２　海区漁業調整委員会の会長は、前項の規定による申出をした者が多数あることにより、公聴会の期日において、これらの者の全てに意見を述べさせることができないと認めるときは、意見を述べることができる者の数を制限することができる。この場合において、海区漁業調整委員会の会長は、多様な趣旨の意見を聴取することを旨として、公聴会において意見を述べることができる者を定めるものとする。
３　海区漁業調整委員会の会長は、前項の規定による制限によって公聴会において意見を述べることができないこととなる者に対して、その旨を通知しなければならない。
（海区漁場計画等を作成したときの公表事項）
第二十四条　法第六十四条第六項（法第六十七条第二項において準用する場合を含む。）の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　法第六十四条第四項の規定により聴いた海区漁業調整委員会の意見の概要及び当該意見の処理の結果
二　漁場図
三　その他参考となるべき事項
（漁業の免許の申請）
第二十五条　法第六十九条第一項の漁業の免許を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を都道府県知事に提出しなければならない。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　申請に係る漁業権の内容
三　その他参考となるべき事項
２　前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一　申請者が個人である場合には、住民票の写し又はこれに類するものであって氏名及び生年月日を証する書類
二　申請者が法人である場合には、定款及び登記事項証明書
三　事業計画書
四　法第七十二条第一項第二号から第四号までのいずれにも該当しないことを誓約する書面
五　法第七十二条第二項各号のいずれかに該当する者であることを証する書面
六　申請者が漁業協同組合又は漁業協同組合連合会である場合には、漁業権の得喪又は変更を議決した総会（総会の部会及び総代会を含む。）の議事録の抄本
七　その他都道府県知事が必要と認める書類
（漁業生産力を発展させるための計画）
第二十六条　団体漁業権を有する漁業協同組合又は漁業協同組合連合会（第三項において「漁業協同組合等」という。）は、法第七十四条第二項の計画（以下単に「計画」という。）を作成し、都道府県知事に提出するものとする。
２　計画は、次に掲げる事項について定めるものとする。
一　計画の名称
二　計画の目標
三　漁業生産力を発展させるための方法
四　計画の実施予定期間
五　前各号に掲げるもののほか、漁業生産力を発展させるために必要な事項
３　漁業協同組合等は、一年に一回以上、計画に記載された事項について点検を行い、その結果を記載した報告書を都道府県知事に提出するものとする。
（存続期間を十年とする区画漁業権）
第二十七条　法第七十五条第一項の農林水産省令で定める区画漁業権は、次に掲げる養殖業（第二号及び第三号に掲げるものにあっては、法第六十条第五項第二号に規定する海面におけるものに限る。）を内容とするものとする。
一　真珠養殖業
二　築堤式養殖業
三　網仕切り式養殖業
（資源管理の状況等の報告）
第二十八条　法第九十条第一項の規定による報告は、当該都道府県知事が定める方法により、一年に一回以上、当該都道府県知事の定める日までに行うものとする。
２　法第九十条第一項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　漁業権の種類及び免許番号
二　報告の対象となる期間
三　資源管理に関する取組の実施状況
四　操業日数、漁獲量その他の漁場の活用の状況
五　団体漁業権にあっては、組合員行使権者の数及び組合員行使権の行使の状況
六　その他必要な事項
３　法第九十条第二項の規定による海区漁業調整委員会への報告は、前項の報告に係る事項に関する意見を付して、一年に一回以上行うものとする。
（裁定の申請の公示）
第二十九条　法第百条第二項の規定による公示は、次に掲げる事項についてしなければならない。
一　裁定の申請人及び相手方の氏名又は名称及び住所
二　漁業権の種類及び免許番号
三　入漁権の変更又は消滅に係る場合にあっては、入漁登録番号
四　申請の内容
五　その他参考となるべき事項
（裁定の公示）
第三十条　法第百条第七項の規定による公示は、同条第六項各号に掲げる事項及び前条第一号から第三号までに掲げる事項についてしなければならない。
（沿岸漁場管理規程の規定事項）
第三十一条　法第百十一条第二項第九号の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　保全活動に要する費用の収納及び管理に関する事項
二　その他参考となるべき事項
（沿岸漁場管理規程の認可に係る公示事項）
第三十二条　法第百十一条第六項の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。
一　沿岸漁場管理団体の名称、住所及び連絡先
二　法第百十一条第一項又は第三項の規定による認可をした沿岸漁場管理規程
三　その他参考となるべき事項
（保全活動の実施状況の報告等）
第三十三条　法第百十二条第二項及び第三項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　報告の対象となる期間
二　保全活動の内容
三　活動を行った日数及び人数その他の保全活動の実施状況
四　保全活動の収支状況
五　その他必要な事項
２　法第百十二条第二項の規定による都道府県知事への報告は、当該都道府県知事が定める方法により、一年に一回以上、当該都道府県知事の定める日までに行うものとする。
第三章　漁業調整に関するその他の措置
（試験研究等の場合の適用除外）
第三十四条　法に基づく農林水産省令の規定であって法第百十九条第二項各号に掲げる事項に関するものは、試験研究、教育実習その他特別の事由により農林水産大臣の許可を受けた者が行う当該試験研究等については、適用しない。
（協定の認定申請手続等）
第三十五条　法第百二十四条第一項の認定を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣又は都道府県知事に提出しなければならない。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　協定の概要
三　その他参考となるべき事項
２　前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一　協定
二　協定に参加している者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）を記載した書類
三　その他農林水産大臣又は都道府県知事が必要と認める書類
３　前二項の規定は、令第十条第一項の認定について準用する。この場合において、第一項第二号中「協定の概要」とあるのは、「変更の内容」と読み替えるものとする。
４　令第十条第一項の規定による認定協定の変更の認定の申請又は同条第五項の規定による認定協定の廃止の届出をしようとするときは、当該申請又は届出に係る認定協定の変更又は廃止が当該認定協定に定められた次条第二号に掲げる手続に従って行われたことを証する書面を添付しなければならない。
５　令第十条第一項の農林水産省令で定める軽微な変更は、次に掲げるものとする。
一　協定に参加している者の変更
二　協定の実施に支障を及ぼさない体制の変更
６　令第十条第二項の軽微な変更の届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を提出してするものとする。
一　届出者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　変更の内容及び理由
三　変更の年月日
（協定において定める事項）
第三十六条　法第百二十四条第二項第五号の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　協定成立後に協定に参加し、又は協定から脱退する者に関する事項
二　協定を変更し、又は廃止する場合の手続
三　法第百二十六条第一項の規定によりあっせんをすべきことを求める場合の手続
（協定の認定の基準）
第三十七条　法第百二十五条第一項第六号の農林水産省令で定める基準は、法第百二十四条第二項第四号及び第五号に掲げる事項の内容が、協定に参加している者に過重な負担を課するものでないこととする。
（協定への参加のあっせんの求め）
第三十八条　法第百二十六条第一項の規定によるあっせんの求めは、認定協定に参加している者が、次に掲げる書面を提出してしなければならない。
一　認定協定への参加を求める相手方の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）並びに採捕の状況を記載した書面
二　当該相手方との交渉の経緯及びあっせんを求める理由を記載した書面
三　当該求めが認定協定に定められた第三十六条第三号に掲げる手続に従って行われたことを証する書面
（必要な措置の求め）
第三十九条　法第百二十六条第三項の農林水産省令で定める割合は、三分の二とする。
２　法第百二十六条第三項の農林水産省令で定める基準は、次のとおりとする。
一　認定協定に参加している者の数が、当該認定協定に係る漁業を営む者の全ての数の三分の二を超えていること。
二　認定協定に参加している者による当該認定協定に係る水産資源の漁獲量又は漁獲努力量が、当該認定協定に係る漁業を営む者の全ての当該認定協定に係る漁獲量又は漁獲努力量の三分の二を超えていること。
三　認定協定が相当期間継続していること。
四　認定協定に参加している者が認定協定の目的を達成するために自主的な努力を十分行っていること。
３　法第百二十六条第三項の規定による必要な措置の求めは、認定協定に参加している者が、次に掲げる書面を提出してしなければならない。
一　講ずべきことを求める措置の内容及び当該措置を求める理由を記載した書面
二　法第百二十六条第三項の基準に該当していることを証する書面
三　当該求めについて認定協定に参加している者の全ての合意のあったことを証する書面
（漁業監督公務員の証票の様式）
第四十条　法第百二十八条第四項に規定する証票の様式は、別記第一のとおりとする。
（特定水産動植物）
第四十一条　法第百三十二条第一項の農林水産省令で定める水産動植物は、次に掲げるものとする。
一　うなぎの稚魚（全長十三センチメートル以下のうなぎをいう。）
二　あわび
三　なまこ
（特定水産動植物の採捕の禁止に関する適用除外）
第四十二条　法第百三十二条第二項第四号の農林水産省令で定める場合は、試験研究又は教育実習のため特定水産動植物を採捕することについて農林水産大臣又は都道府県知事の許可を受けた者が、当該特定水産動植物を採捕する場合とする。
２　前項の許可は、都道府県知事が管轄する水面において採捕する場合にあっては都道府県知事、それ以外の場合にあっては農林水産大臣がするものとする。
３　第一項の許可を受けようとする者は、農林水産大臣又は都道府県知事に許可の申請をしなければならない。
４　農林水産大臣又は都道府県知事は、第一項の許可をする場合において、その許可の有効期間を定めるものとする。
５　農林水産大臣又は都道府県知事は、第一項の許可をする場合において、特定水産動植物の生育及び漁業活動への影響を軽減するため必要があると認めるときは、その許可に条件を付けることができる。
６　農林水産大臣又は都道府県知事は、第一項の許可をしたときは、許可証を交付しなければならない。
７　第一項の許可を受けた者は、前項の許可証（以下単に「許可証」という。）を亡失し、又は許可証が滅失したときは、農林水産大臣又は都道府県知事に申請をして、許可証の再交付を受けることができる。
８　第一項の許可を受けた者は、特定水産動植物の採捕をするときは、許可証を携帯し、国又は地方公共団体の職員、警察官その他関係者から提示を求められたときは、これを提示しなければならない。
９　第一項の許可を受けた者は、次の各号のいずれかに該当することとなった場合は、許可証（第二号の場合にあっては、発見し、又は回復した許可証）を、農林水産大臣又は都道府県知事に返納しなければならない。
一　第四項の規定により定められた有効期間が満了したとき。
二　第七項の規定により許可証の再交付を受けた後において亡失した許可証を発見し、又は回復したとき。
三　第十一項の規定により許可が取り消されたとき。
１０　第一項の許可を受けた者は、第四項の規定により定められた許可の有効期間が満了したときは、その日から起算して三十日を経過する日までに、その許可に係る採捕の結果を農林水産大臣又は都道府県知事に報告しなければならない。
１１　農林水産大臣又は都道府県知事は、第一項の許可を受けた者が漁業関係法令又は漁業関係法令に基づく処分に違反した場合において、当該特定水産動植物の生育又は漁業活動への影響を軽減するため必要があると認めるときは、その許可を取り消すことができる。
１２　前各項に定めるもののほか、第一項の許可の手続その他この条の規定の実施に関し必要な事項は、農林水産大臣が定める。
第四章　漁業調整委員会等
（委員の任命）
第四十三条　法第百三十八条第五項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　漁業の種類
二　操業区域
三　住所又は事業場を有する地区
（委員の推薦の求め及び募集の方法等）
第四十四条　法第百三十九条第一項の規定による推薦をし、又は同項の規定による募集に応募しようとする者は、次に掲げる事項（同項の規定による募集に応募しようとする場合にあっては、第一号及び第二号に掲げる事項を除く。）を記載した書類を都道府県知事に提出しなければならない。
一　推薦をする者が個人である場合にあっては、その者の氏名、住所、職業、年齢及び性別
二　推薦をする者が法人又は団体である場合にあっては、その名称、目的、代表者又は管理人の氏名、構成員の数、構成員たる資格その他の当該推薦をする者の性格を明らかにする事項
三　推薦を受ける者又は応募する者の氏名、住所、職業、年齢、性別、経歴及び漁業経営の状況
四　推薦を受ける者又は応募する者が、法第百三十八条第五項の漁業者又は漁業従事者であるか否かの別
五　推薦又は応募の理由
六　その他都道府県知事が必要と認める事項
第四十五条　法第百三十九条第二項の規定による公表は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定めるところによりしなければならない。
一　法第百三十九条第一項の規定による推薦の求め及び募集の期間中　前条各号に掲げる事項（同条第一号及び第三号に規定する住所を除く。）及び次に掲げる事項について、インターネットの利用その他の適切な方法により、当該推薦の求め及び募集の期間の中間において公表すること。
イ　推薦を受けた者の数並びにそのうちの漁業者及び漁業従事者の数
ロ　応募した者の数並びにそのうちの漁業者及び漁業従事者の数
二　法第百三十九条第一項の規定による推薦の求め及び募集の期間の終了後　前号に規定する事項について、インターネットの利用その他の適切な方法により、当該期間の終了後遅滞なく公表すること。
第四十六条　前二条に定めるもののほか、推薦の求め及び募集の期間、第四十四条の書類の提出方法その他法第百三十九条第一項の規定による推薦の求め及び募集に関し必要な事項は、都道府県知事が定めるものとする。
２　前項の推薦の求め及び募集の期間は、おおむね一月としなければならない。
３　都道府県知事は、第一項に規定する事項を定めたときは、遅滞なく、これをインターネットの利用その他の適切な方法により公表しなければならない。
（議事録）
第四十七条　法第百四十五条第四項（法第百七十三条において準用する場合を含む。次項において同じ。）の規定による議事録の公表は、会議の終了後、遅滞なく行わなければならない。
２　法第百四十五条第四項の規定による議事録の公表の期間は、当該公表の日から三年間とする。
（交付金の交付決定の基礎となる海区の数等）
第四十八条　法第百五十九条第二項の海区の数は、当該交付金を交付する年度の前年度の三月一日現在における法第百三十六条第一項の海区の数によるものとする。
２　法第百五十九条第二項の海面において漁業を営む者の数は、直近に公表された漁業センサス規則（昭和三十八年農林省令第三十九号）第一条の調査による漁業経営体中の経営体階層別経営体数の沿岸漁業層の計及び湖沼漁業の部の湖沼漁業の基本構成中の経営体数（法第六十条第五項第二号の規定により海面に準ずる湖沼として農林水産大臣が定めた水面に係るものに限る。）を合計したものによるものとする。
３　法第百五十九条第二項の海岸線の長さは、国土交通省において作成する海岸統計における全国海岸概況調中の海岸線延長の合計であって直近に公表されたものによるものとする。
第五章　土地及び土地の定着物の使用
（土地の使用等の許可手続）
第四十九条　法第百六十一条の規定による許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該土地の図面を添付して、都道府県知事に申請しなければならない。
一　当該申請に係る土地、立木竹又は土石につき所有権その他の権利を有する者の氏名又は名称及び住所並びに使用の目的及び期間
二　土地を使用する場合にあってはその所在、地番、地目及び面積、立木竹又は土石の除去を制限する場合にあってはその種類及び所在地
三　その他参考となるべき事項
第五十条　法第百六十二条の規定による許可を受けようとする者は、土地の所在、地番、地目、面積及び現況、当該土地につき所有権その他の権利を有する者の氏名又は名称及び住所並びに使用の目的及び期間を記載した申請書に、当該土地の図面を添付して、都道府県知事に申請しなければならない。
第五十一条　法第百六十三条の規定による許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該土地の図面を添付して、都道府県知事に申請しなければならない。
一　当該申請に係る土地、木竹又はその他の障害物につき所有権その他の権利を有する者の氏名又は名称及び住所並びに立入り、伐採又は除去の目的及び期間
二　土地の立入りにあってはその所在、地番、地目及び面積、木竹の伐採又はその他の障害物の除去にあってはその種類及び所在地
三　その他参考となるべき事項
（使用権の設定等に関する手続）
第五十二条　法第百六十五条第一項の規定による認可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該土地の図面を添付して、都道府県知事に申請しなければならない。
一　当該申請に係る土地又は土地の定着物につき所有権その他の権利を有する者の氏名又は名称及び住所
二　当該土地の所在、地番、地目及び面積又は土地の定着物の所在、種類及び数量並びに土地又は土地の定着物の利用状況
三　使用権の対価並びにその支払の方法及び時期
四　当該土地又は土地の定着物の引渡しの時期
五　使用開始の時期
六　使用権の存続期間
七　その他参考となるべき事項
第五十三条　法第百六十五条第四項の規定による許可を受けようとする者は、当該土地の形質を変更し、又は当該定着物を損壊し、若しくは収去することによらなければ、当該土地又は土地の定着物の使用の目的たる漁業に支障を及ぼすおそれがある事由を明らかにして、都道府県知事に申請しなければならない。
第五十四条　前五条の規定により提出する書類は、当該申請に係る土地若しくは土地の定着物又は木竹、土石その他の障害物の所在地を管轄する都道府県知事に提出しなければならない。
第五十五条　法第百六十六条第一項の規定による裁定を申請しようとする者は、法第百六十五条第一項の協議が調わず、又は協議をすることができない事由を記載した申請書に、第五十二条各号に掲げる事項を記載した書面及び当該土地に関する図面を添付し、当該土地又は土地の定着物の所在する市町村に沿う海区に設置された海区漁業調整委員会に提出しなければならない。
第五十六条　法第百六十七条第一項の規定による裁定を申請しようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を当該土地又は土地の定着物の所在する市町村に沿う海区に設置された海区漁業調整委員会に提出しなければならない。
一　当該土地又は土地の定着物につき所有権その他の権利を有する者の氏名又は名称及び住所
二　当該土地の所在、地番、地目及び面積又は土地の定着物の所在、種類及び数量
三　変更又は解除の事由
四　変更の内容及び時期又は解除の時期及び条件
五　その他参考となるべき事項
第六章　内水面漁業
（遊漁規則に規定すべき事項）
第五十七条　法第百七十条第二項第五号の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。
一　漁場監視員に関する事項
二　違反者に対する措置に関する事項
（遊漁規則の認可に係る公示事項）
第五十八条　法第百七十条第七項の農林水産省令で定める事項は、次のとおりとする。
一　漁業権者の名称及び住所
二　漁業権の免許番号
三　法第百七十条第一項の認可に係る公示の場合にあっては同条第二項各号に掲げる事項、同条第三項の認可に係る公示の場合にあっては当該認可に係る変更の内容
四　遊漁規則（法第百七十条第三項の認可に係る公示の場合にあっては、変更後の遊漁規則）の施行の日
（交付金の交付決定の基礎となる内水面組合の組合員の数等）
第五十九条　法第百七十三条において読み替えて準用する法第百五十九条第二項の内水面組合の組合員の数は、第四十八条第二項に規定する調査による内水面漁業地域の部の組合員中の正・准別組合員数の計によるものとする。
２　法第百七十三条において読み替えて準用する法第百五十九条第二項の河川の延長は、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）が適用され、又は準用される河川の延長を合計したものによるものとする。
第七章　雑則
（漁業取締りに係る体制の整備）
第六十条　農林水産大臣は、漁業監督官が法第百二十八条第一項の事務を円滑に実施することができるよう、漁業取締本部その他必要な体制の整備を行い、水産庁長官に当該事務等に従事する職員を指揮させることにより、漁業取締りの効果を最大限に発揮させるとともに、漁業取締りに関する国民の理解の増進を図るものとする。
（身分証票の様式）
第六十一条　法第百七十六条第三項に規定する証票の様式は、別記第二のとおりとする。
（提出書類の経由機関）
第六十二条　法第百八十六条の規定により都道府県知事を経由して農林水産大臣に提出しなければならない申請書その他の書類は、別に農林水産省令で定める場合を除くほか、当該書類の提出者の住所地（共同してする申請又は届出に係る書類については、代表者の住所地）を管轄する都道府県知事を経由して提出しなければならない。この場合において、漁業根拠地（漁業を営む者がその営む漁業に使用する船舶により行う当該漁業の操業を管理する事務所の所在地をいい、二以上ある場合にあっては、主たる漁業根拠地をいう。）を管轄する都道府県知事を経由して当該書類を提出することが当該提出者の利便に資するときは、当該都道府県知事を経由して当該書類を提出することができる。
２　法第百八十六条ただし書の農林水産省令で定める書類は、別に農林水産省令で定めるものを除くほか、次に掲げるものとする。
一　法第二十二条第一項の規定による年次漁獲割当量の移転の認可の申請に係る書類
二　法第二十二条第四項の規定による年次漁獲割当量設定者の地位の承継の届出に係る書類
三　法第二十六条第一項又は第三十条第一項の規定による漁獲量等の報告に係る書類
四　法第百二十四条第一項の規定による協定の認定又は令第十条第一項の規定による認定協定の変更の認定の申請に係る書類
五　令第十条第二項の規定による認定協定の軽微な変更の届出に係る書類
六　令第十条第五項の規定による認定協定の廃止の届出に係る書類
七　法第百二十六条第一項の規定によるあっせんの求めに係る書類
八　法第百二十六条第三項の求めに係る書類
（添付書類の省略）
第六十三条　法又はこれに基づく命令の規定により同時に二以上の申請書その他の書類を提出する場合において、各申請書その他の書類に添付すべき書類の内容が同一であるときは、一の申請書その他の書類にこれを添付し、他の申請書その他の書類にはその旨を記載して、一の申請書その他の書類に添付した書類の添付を省略することができる。
２　前項に規定する場合のほか、農林水産大臣又は都道府県知事は、特に必要がないと認めるときは、法又はこれに基づく命令の規定により申請書その他の書類に添付することとされている書類の添付を省略させることができる。
附　則
（施行期日）
第一条　この省令は、漁業法等の一部を改正する等の法律（平成三十年法律第九十五号）の施行の日（令和二年十二月一日）から施行する。
（特定水産動植物に関する経過措置）
第二条　第四十一条（第一号に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日から起算して三年を経過する日までの間は、適用しない。
（漁業監督官等の証票に関する経過措置）
第三条　この省令の施行前にこの省令による改正前の漁業法施行規則別記第一及び別記第二により交付された証票は、この省令による改正後の漁業法施行規則別記第一及び別記第二により交付された証票とみなす。
附　則　（令和二年一二月二一日農林水産省令第八三号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
２　この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附　則　（令和五年一二月二八日農林水産省令第六三号）　抄
この省令は、公布の日から施行する。
別記第一（第四十条関係）
[略]
別記第二（第六十一条関係）
[略]