平成十一年法律第百九十二号
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法
目次
第一章　総則（第一条―第八条）
第二章　役員及び職員（第九条―第十三条）
第三章　業務等（第十四条―第十七条の二）
第四章　雑則（第十八条―第二十二条）
第五章　罰則（第二十三条・第二十四条）
附則
第一章　総則
（目的）
第一条　この法律は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の名称、目的、業務の範囲等に関する事項を定めることを目的とする。
（定義）
第二条　この法律において「生物系特定産業技術」とは、その業務において生物の機能を維持増進し、若しくは利用し、又は生物の機能の発現の成果を獲得し、若しくは利用する事業で次に掲げる業種に属するものに関する技術（基盤技術研究円滑化法（昭和六十年法律第六十五号）第二条に規定する基盤技術に該当するものを除く。）のうち当該事業を所管する省の所掌に係るものであって、その開発に当たり生物の機能又はその発現の成果の特性に密接に関連する試験研究を必要とするものをいう。
一　農林漁業
二　飲食料品製造業及びたばこ製造業
三　前二号に掲げるもののほか、その業種に属する事業に関する技術の性格を勘案し、その技術の高度化を図ることが特に必要でかつ適切と認められる業種として政令で定めるもの
（名称）
第三条　この法律及び独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）の定めるところにより設立される通則法第二条第一項に規定する独立行政法人の名称は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構とする。
（研究機構の目的）
第四条　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）は、農業及び食品産業に関する技術（蚕糸に関する技術を含む。以下「農業等に関する技術」という。）上の試験及び研究等を行うことにより、農業等に関する技術の向上に寄与するとともに、生物系特定産業技術に関する基礎的な試験及び研究を行うことにより、生物系特定産業技術の高度化に資することを目的とする。
２　研究機構は、前項に規定するもののほか、種苗法（平成十年法律第八十三号）に基づき適正な農林水産植物の品種登録の実施を図るための現地調査又は栽培試験を行うとともに、優良な種苗の流通の確保を図るための農作物の種苗の検査並びにばれいしょ及びさとうきびの増殖に必要な種苗の生産及び配布を行うことを目的とする。
（国立研究開発法人）
第四条の二　研究機構は、通則法第二条第三項に規定する国立研究開発法人とする。
（事務所）
第五条　研究機構は、主たる事務所を茨城県に置く。
（資本金）
第六条　研究機構の資本金は、附則第五条第二項の規定により政府から出資があったものとされた金額とする。
２　研究機構は、必要があるときは、主務大臣の認可を受けて、その資本金を増加することができる。
３　政府は、前項の規定により研究機構がその資本金を増加するときは、予算で定める金額の範囲内において、研究機構に追加して出資することができる。この場合において、政府は、第十五条各号に掲げる業務のそれぞれに必要な資金に充てるべき金額を示すものとする。
４　政府以外の者は、研究機構に出資しようとする場合は、第十五条第二号及び第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資しなければならない。この場合において、当該政府以外の者は、同条第二号及び第三号に掲げる業務のそれぞれに必要な資金に充てるべき金額を示すものとする。
（持分の払戻し等の禁止）
第七条　研究機構は、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか、出資者に対し、その持分を払い戻すことができない。
２　研究機構は、出資者の持分を取得し、又は質権の目的としてこれを受けることができない。
（持分の譲渡し等）
第八条　政府以外の出資者は、その持分を譲り渡すことができる。
２　政府以外の出資者の持分の移転は、取得者の氏名又は名称及びその住所を出資者原簿に記載した後でなければ、これをもって研究機構その他の第三者に対抗することができない。
３　出資者の持分については、当該持分が信託財産に属する旨を出資者原簿に記載した後でなければ、当該持分が信託財産に属することを研究機構その他の第三者に対抗することができない。
第二章　役員及び職員
（役員）
第九条　研究機構に、役員として、その長である理事長及び監事三人を置く。
２　研究機構に、役員として、副理事長一人及び理事八人以内を置くことができる。
（副理事長及び理事の職務及び権限等）
第十条　副理事長は、理事長の定めるところにより、研究機構を代表し、理事長を補佐して研究機構の業務を掌理する。
２　理事は、理事長の定めるところにより、理事長（副理事長が置かれているときは、理事長及び副理事長）を補佐して研究機構の業務を掌理する。
３　理事のうちから理事長が指名する者一人は、第十四条第二項に規定する業務及び同条第三項第一号に掲げる業務について、理事長の定めるところにより、研究機構を代表する。
４　通則法第十九条第二項の個別法で定める役員は、副理事長とする。ただし、副理事長が置かれていない場合であって理事が置かれているときは理事、副理事長及び理事が置かれていないときは監事とする。
５　前項ただし書の場合において、通則法第十九条第二項の規定により理事長の職務を代理し又はその職務を行う監事は、その間、監事の職務を行ってはならない。
（副理事長及び理事の任期）
第十一条　副理事長の任期は、理事長の任期（補欠の理事長の任期を含む。以下この項において同じ。）と対応するものとし、任命の日から、当該対応する理事長の任期の末日までとする。
２　理事の任期は、二年とする。
（役員及び職員の秘密保持義務）
第十二条　研究機構の役員及び職員は、職務上知ることのできた秘密を漏らし、又は盗用してはならない。その職を退いた後も、同様とする。
（役員及び職員の地位）
第十三条　研究機構の役員及び職員は、刑法（明治四十年法律第四十五号）その他の罰則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
第三章　業務等
（業務の範囲）
第十四条　研究機構は、第四条第一項の目的を達成するため、次に掲げる業務を行う。
一　農業等に関する技術上の試験及び研究、調査、分析、鑑定、検査（農機具についての検査に限る。）並びに講習を行うこと。
二　家畜及び家きん専用の血清類及び薬品の製造及び配布を行うこと。
三　試験及び研究のため加工した食品並びにその原料又は材料の配布を行うこと。
四　原蚕種並びに桑の接穂及び苗木の生産及び配布を行うこと。
五　生物系特定産業技術に関する基礎的な試験及び研究を他に委託して行い、その成果を普及すること。
六　科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成二十年法律第六十三号）第三十四条の六第一項の規定による出資並びに人的及び技術的援助のうち政令で定めるものを行うこと。
七　前各号に掲げる業務に附帯する業務を行うこと。
２　研究機構は、第四条第二項の目的を達成するため、次に掲げる業務を行う。
一　種苗法第十五条の二第一項（同法第十七条の二第六項、第三十五条の三第三項及び第四十七条第三項において準用する場合を含む。）の規定による現地調査又は栽培試験を行うこと。
二　農作物（飼料作物を除く。）の種苗の検査を行うこと。
三　ばれいしょ及びさとうきびの増殖に必要な種苗の生産及び配布を行うこと。
四　前三号に掲げる業務に附帯する業務を行うこと。
３　研究機構は、前二項に規定する業務のほか、次に掲げる業務を行う。
一　種苗法第六十三条第一項の規定による集取
二　遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（平成十五年法律第九十七号）第三十二条第一項の規定による立入り、質問、検査及び収去
４　研究機構は、前三項に規定する業務のほか、これらの業務の遂行に支障のない範囲内で、農業の生産性の向上のためのスマート農業技術の活用の促進に関する法律（令和六年法律第六十三号）第十七条に規定する業務並びに林木の品種改良のための放射線の利用に関する試験及び研究を行うことができる。
（株式等の取得及び保有）
第十四条の二　研究機構は、科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律第三十四条の五第一項及び第二項の規定による株式又は新株予約権の取得及び保有を行うことができる。
（区分経理）
第十五条　研究機構は、次に掲げる業務ごとに経理を区分し、それぞれ勘定を設けて整理しなければならない。ただし、第四号に掲げる業務に係る勘定については、第十七条の二第一項の規定により基金を設けた場合に限り、設けるものとする。
一　第十四条に規定する業務（次号から第四号までに掲げるものを除く。）
二　第十四条第一項第一号及び第六号に掲げる業務並びに同条第四項（農業の生産性の向上のためのスマート農業技術の活用の促進に関する法律第十七条に規定する業務に係る部分に限る。）に規定する業務（いずれも農機具及び農機具を使用した農作業を効率的に行うのに必要な性状を有する農業資材に係るものに限る。）並びにこれらに附帯する業務
三　第十四条第一項第五号及び第六号（同項第五号に掲げる業務に係る部分に限る。）に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（次号に掲げるものを除く。）
四　第十七条の二第一項に規定する基金に係る業務
（積立金の処分）
第十六条　研究機構は、通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間（以下この項において「中長期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち主務大臣の承認を受けた金額を、当該中長期目標の期間の次の中長期目標の期間に係る通則法第三十五条の五第一項の認可を受けた中長期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中長期目標の期間における第十四条に規定する業務の財源に充てることができる。
２　研究機構は、前項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
３　前二項に定めるもののほか、納付金の納付の手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
（余裕金の運用の特例）
第十七条　研究機構は、第十五条第二号に掲げる業務に係る業務上の余裕金については、通則法第四十七条に規定する方法によるほか、財政融資資金への預託により運用することができる。
（基金の設置等）
第十七条の二　研究機構は、主務大臣が通則法第三十五条の四第一項に規定する中長期目標において第十四条第一項第五号に掲げる業務及びこれに附帯する業務のうち科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律第二十七条の二第一項に規定する特定公募型研究開発業務として行うものに関する事項を定めた場合には、同項に規定する基金（次項において「基金」という。）を設け、次項の規定により交付を受けた補助金をもってこれに充てるものとする。
２　政府は、予算の範囲内において、研究機構に対し、基金に充てる資金を補助することができる。
第四章　雑則
（緊急時の要請）
第十八条　農林水産大臣は、次に掲げるときは、研究機構に対し、第十四条第一項第一号に掲げる業務のうち必要な試験及び研究、調査、分析又は鑑定を実施すべきことを要請することができる。
一　農作物、家畜又は家きんに重大な被害が生じ、又は生ずるおそれがあると認められる場合において、当該被害の拡大又は発生を防止するため緊急の必要があると認めるとき。
二　品質が適正でない食品が流通し、又は流通するおそれがあり、これを放置しては一般消費者の利益を著しく害すると認められる場合において、一般消費者の利益を保護するため緊急の必要があると認めるとき。
２　研究機構は、前項の規定による農林水産大臣の要請があったときは、速やかにその要請された試験及び研究、調査、分析又は鑑定を実施しなければならない。
（出資者原簿）
第十九条　研究機構は、出資者原簿を備えて置かなければならない。
２　出資者原簿には、第十五条第二号及び第三号に掲げる業務に係る出資ごとに、各出資者について次の事項を記載しなければならない。
一　氏名又は名称及び住所
二　出資の引受け及び出資金の払込みの年月日
三　出資額
３　出資者は、出資者原簿の閲覧を求めることができる。
（残余財産の分配）
第二十条　研究機構は、解散した場合において、その債務を弁済してなお残余財産があるときは、当該残余財産の額のうち、第十五条第一号に掲げる業務に係る勘定に属する額に相当する額を政府に対し、同条第二号に掲げる業務に係る勘定に属する額に相当する額を同号に掲げる業務に係る各出資者に対し、同条第三号に掲げる業務に係る勘定に属する額に相当する額を同号に掲げる業務に係る各出資者に対し、それぞれ、その出資額に応じて分配するものとする。
２　前項の規定により第十五条第二号及び第三号に掲げる業務に係る各出資者に分配することができる額は、その出資額を限度とする。
３　第一項の規定による分配の結果なお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
（協議）
第二十一条　主務大臣は、次の場合には、財務大臣に協議しなければならない。
一　第六条第二項の規定による認可をしようとするとき。
二　第十六条第一項の規定による承認をしようとするとき。
２　主務大臣は、通則法第二十八条第一項の規定による認可（第十五条第三号及び第四号に掲げる業務に係る部分に限る。）をしようとするときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
（主務大臣等）
第二十二条　この法律及び研究機構に係る通則法における主務大臣は、次のとおりとする。
一　役員及び職員並びに財務及び会計その他管理業務に関する事項（次号に掲げるものを除く。）については、農林水産大臣
二　第十五条第三号及び第四号に掲げる業務に係る財務及び会計に関する事項については、農林水産大臣、財務大臣及び第二条第三号の政令で定める業種に属する事業を所管する大臣
三　第十五条第一号及び第二号に掲げる業務に関する事項については、農林水産大臣
四　第十五条第三号及び第四号に掲げる業務であって、農林漁業及び飲食料品製造業（酒類製造業を除く。）に係るものに関する事項については、農林水産大臣
五　第十五条第三号及び第四号に掲げる業務であって、酒類製造業及びたばこ製造業に係るものに関する事項については、財務大臣
六　第十五条第三号及び第四号に掲げる業務であって、第二条第三号の政令で定める業種に属する事業に係るものに関する事項については、当該事業を所管する大臣
２　研究機構に係る通則法における主務省令は、主務大臣の発する命令とする。
第五章　罰則
第二十三条　第十二条の規定に違反して秘密を漏らし、又は盗用した者は、一年以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
第二十四条　次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした研究機構の役員は、二十万円以下の過料に処する。
一　この法律の規定により主務大臣の認可又は承認を受けなければならない場合において、その認可又は承認を受けなかったとき。
二　第十四条に規定する業務以外の業務を行ったとき。
附　則　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十三年一月六日から施行する。
（職員の引継ぎ等）
第二条　研究機構の成立の際現に農林水産省の部局又は機関で政令で定めるものの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、研究機構の成立の日において、研究機構の相当の職員となるものとする。
第三条　研究機構の成立の際現に前条に規定する政令で定める部局又は機関の職員である者のうち、研究機構の成立の日において引き続き研究機構の職員となったもの（次条において「引継職員」という。）であって、研究機構の成立の日の前日において農林水産大臣又はその委任を受けた者から児童手当法（昭和四十六年法律第七十三号）第七条第一項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による認定を受けているものが、研究機構の成立の日において児童手当又は同法附則第六条第一項、第七条第一項若しくは第八条第一項の給付（以下この条において「特例給付等」という。）の支給要件に該当するときは、その者に対する児童手当又は特例給付等の支給に関しては、研究機構の成立の日において同法第七条第一項の規定による市町村長（特別区の区長を含む。）の認定があったものとみなす。この場合において、その認定があったものとみなされた児童手当又は特例給付等の支給は、同法第八条第二項（同法附則第六条第二項、第七条第四項又は第八条第四項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、研究機構の成立の日の前日の属する月の翌月から始める。
（研究機構の職員となる者の職員団体についての経過措置）
第四条　研究機構の成立の際現に存する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が引継職員であるものは、研究機構の成立の際国営企業及び特定独立行政法人の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号）の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２　前項の規定により法人である労働組合となったものは、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３　第一項の規定により労働組合となったものについては、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（権利義務の承継等）
第五条　研究機構の成立の際、第十条に規定する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、研究機構の成立の時において研究機構が承継する。
２　前項の規定により研究機構が国の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、承継される権利に係る土地、建物その他の財産で政令で定めるものの価額の合計額に相当する金額は、政府から研究機構に対し出資されたものとする。
３　前項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産の価額は、研究機構の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
４　前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（血清類及び薬品の製造及び配布の業務に関する経過措置）
第六条　研究機構の成立前に附則第二条に規定する政令で定める部局又は機関が薬事法（昭和三十五年法律第百四十五号）第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十四条第一項の規定により受けた承認は、研究機構の成立の時において、研究機構が同項の規定により受けた承認とみなす。
２　研究機構は、その成立の日から起算して六月間は、薬事法第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十二条第一項及び第二十四条第一項の規定による許可を受けないで、農林水産省令で定めるところにより、家畜及び家きん専用の血清類及び薬品であって、前項の規定によりその製造について同法第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十四条第一項の規定により承認を受けたとみなされるものの製造及び配布を行うことができる。
（政令への委任）
第七条　附則第二条から前条までに定めるもののほか、研究機構の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則　（平成一二年五月二六日法律第八四号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十二年六月一日から施行する。
附　則　（平成一四年一二月四日法律第一二九号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十五年十月一日から施行する。
（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構への移行）
第二条　独立行政法人農業技術研究機構は、この法律の施行の時において、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構（以下「研究機構」という。）となるものとする。
（独立行政法人農業技術研究機構に対してされた出資に関する経過措置）
第三条　この法律の施行前に独立行政法人農業技術研究機構に対してされた出資は、この法律による改正後の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法（以下「新法」という。）第十四条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとしてされた出資とみなす。
（生物系特定産業技術研究推進機構の解散等）
第四条　生物系特定産業技術研究推進機構（以下「推進機構」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、その資産及び債務は、次項の規定により国が承継する資産を除き、その時において研究機構が承継する。
２　この法律の施行の際現に推進機構が有する資産のうち、研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３　前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４　推進機構の平成十五年四月一日に始まる事業年度は、推進機構の解散の日の前日に終わるものとする。
５　推進機構の平成十五年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書については、なお従前の例による。
６　第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、政府及び政府以外の者から推進機構に対し附則第八条の規定による廃止前の生物系特定産業技術研究推進機構法（昭和六十一年法律第八十二号。以下「旧推進機構法」という。）第五条第二項第一号に規定する民間研究促進業務（以下この項において「民間研究促進業務」という。）に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されている出資金に相当する金額（第二項の規定により国が承継する資産に旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている民間研究促進業務に係る勘定（以下この条において「民間研究促進業務勘定」という。）に属する資産が含まれる場合にあっては、政府の出資金に相当する金額については、当該金額から第二項の規定により国が承継する資産のうち民間研究促進業務勘定に属する資産の価額及び当該資産の価額を基礎として政令で定めるところにより算定した金額の合計額を控除した額に相当する金額）は、それぞれ、その承継に際し政府及び当該政府以外の者から研究機構に新法第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。
７　第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額（以下「純資産額」という。）のうち旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている旧推進機構法第五条第二項第二号に規定する基礎的研究業務に係る勘定に属する額に相当する金額は、その承継に際し政府から研究機構に新法第十四条第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。
８　第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、純資産額のうち旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている旧推進機構法第五条第二項第三号に規定する農業機械化促進業務（第二号において「農業機械化促進業務」という。）に係る勘定（第一号において「農業機械化促進業務勘定」という。）に属する額に相当する金額は、その承継に際し政府及び政府以外の者から研究機構に新法第十四条第四号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、その承継の際における次の各号に掲げる金額は、それぞれ、その承継に際し当該各号に定める者から研究機構に出資されたものとする。
一　純資産額のうち農業機械化促進業務勘定に属する額に相当する金額から次号に掲げる金額を控除した額に相当する金額　政府
二　政府以外の者から推進機構に対し農業機械化促進業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されている出資金に相当する金額　当該政府以外の者
９　前三項の場合において、研究機構は、新法第七条第二項に規定する認可を受けることなく、前三項の規定により研究機構に出資されたものとされた額により資本金を増加するものとする。
１０　第七項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
１１　前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
１２　第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、その承継の際、民間研究促進業務勘定において繰越欠損金として整理されている金額（第二項の規定により国が承継する資産に民間研究促進業務勘定に属する資産が含まれる場合にあっては、当該金額から第六項の政令で定めるところにより算定した金額を控除した額に相当する金額）は、新法第十四条の規定により設けられている同条第二号に掲げる業務に係る勘定に属する繰越欠損金として整理しなければならない。
１３　推進機構の解散については、旧推進機構法第四十五条第一項の規定による残余財産の分配は、行わない。
１４　第一項の規定により推進機構が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（持分の払戻し）
第五条　前条第六項及び第八項の規定により研究機構に出資したものとされた政府以外の者は、研究機構に対し、施行日から一月以内に限り、当該出資に係る持分の払戻しを請求することができる。
２　研究機構は、前項の規定による請求があったときは、新法第八条第一項の規定にかかわらず、当該政府以外の者が有する純資産額に対する持分に相当する金額により払戻しをしなければならない。この場合において、研究機構は、当該持分に係る出資額により資本金を減少するものとする。
（推進機構の役職員であった組合員に係る国家公務員共済組合法の規定の適用の特例）
第六条　施行日の前日において健康保険組合（推進機構の事業所又は事務所を健康保険法（大正十一年法律第七十号）第十七条第一項に規定する設立事業所とする健康保険組合をいう。以下この項において同じ。）の被保険者であった者で推進機構の役員又は職員であったもののうち、施行日に農林水産省共済組合（国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第三条第一項の規定により農林水産省に属する職員（同法第二条第一項第一号に規定する職員をいう。以下この項において同じ。）及びその所管する独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）の職員をもって組織された国家公務員共済組合をいう。以下同じ。）の組合員となった者（研究機構の役員又は職員となった者に限る。）に係る施行日以後の給付に係る国家公務員共済組合法の短期給付に関する規定及び同法第百二十六条の五第一項の規定の適用については、その者は、施行日前の健康保険組合の被保険者であった間（推進機構の役員又は職員であった間に限る。）農林水産省共済組合の組合員であったものとみなし、その者が施行日前に健康保険法による保険給付を受けていた場合における当該保険給付は、国家公務員共済組合法に基づく当該保険給付に相当する給付とみなす。
２　この法律の施行の際前項に規定する者のうち健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができた者であって、同一の傷病について国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができるものに係る同条第二項の規定の適用については、当該健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日を当該国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日とみなす。
（推進機構の役職員であった被保険者に係る厚生年金保険法の規定の適用の特例）
第七条　施行日の前日において厚生年金基金（推進機構の事業所又は事務所を公的年金制度の健全性及び信頼性の確保のための厚生年金保険法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第六十三号）附則第五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされた同法第一条の規定による改正前の厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第百十七条第三項に規定する設立事業所とする厚生年金基金をいう。以下この条において同じ。）の加入員である厚生年金保険の被保険者であった者（推進機構の役員又は職員であった者に限る。）で施行日に農林水産省共済組合の組合員となった者（研究機構の役員又は職員となった者に限る。）のうち、施行日前の厚生年金保険の被保険者期間（厚生年金基金の加入員である厚生年金保険の被保険者であった期間（推進機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）及び国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間（農林水産省共済組合の組合員である期間（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員又は職員である期間に限る。）に係るものに限り、被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十三号）附則第七条第一項の規定により同項に規定する第二号厚生年金被保険者期間とみなされた同法附則第四条第十一号に規定する旧国家公務員共済組合員期間（農林水産省共済組合の組合員であった期間（研究機構、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構又は国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）を含む。）がいずれも四十四年未満であり、かつ、これらの期間を合算した期間が四十四年以上となるものに係る厚生年金保険法附則第九条の三第一項又は第三項の規定の適用については、その者は、国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間が四十四年以上である者とみなす。
（生物系特定産業技術研究推進機構法の廃止）
第八条　生物系特定産業技術研究推進機構法は、廃止する。
（生物系特定産業技術研究推進機構法の廃止に伴う経過措置）
第九条　旧推進機構法（第十九条を除く。）の規定によりした処分、手続その他の行為は、独立行政法人通則法又は新法中の相当規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
第十条　推進機構の役員若しくは職員又は評議員であった者に係るその職務に関して知り得た秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、施行日以後も、なお従前の例による。
（罰則の適用に関する経過措置）
第十一条　施行日前にした行為並びに附則第四条第五項及び前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十二条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関して必要な経過措置は、政令で定める。
附　則　（平成一六年六月一八日法律第一二六号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、協定の効力発生の日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一及び二　略
三　附則第四十二条の規定　国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第百三十号）の公布の日又は公布日のいずれか遅い日
附　則　（平成一六年六月二三日法律第一三〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十六年十月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一から四まで　略
五　第五条、第八条、第十二条、第十六条、第十九条及び第二十条並びに附則第十六条から第二十一条まで、第三十七条、第七十七条、第七十八条、第八十条、第八十二条及び第八十三条の規定　平成十九年四月一日
附　則　（平成一七年六月一七日法律第六四号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、協定の効力発生の日から施行する。ただし、附則第四十条から第四十四条までの規定は、公布の日から施行する。
附　則　（平成一七年六月一七日法律第六五号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、協定の効力発生の日から施行する。ただし、附則第四十条から第四十四条までの規定は、公布の日から施行する。
附　則　（平成一八年三月三一日法律第二六号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十八年四月一日から施行する。ただし、附則第九条第二項及び第三項、第十七条第二項並びに第二十三条の規定は、公布の日から施行する。
（職員の引継ぎ等）
第二条　この法律の施行の際現に独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員である者は、別に辞令を発せられない限り、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）において、それぞれ、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所（以下「農業者大学校等」という。）の職員にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人さけ・ます資源管理センターの職員にあっては独立行政法人水産総合研究センターの職員となるものとする。
２　この法律の施行の際現に独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所の職員である者は、別に辞令を発せられない限り、施行日において、引き続きそれぞれの独立行政法人（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構にあっては、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構）の職員となるものとする。
第三条　前条の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日後の研究機構等」という。）の職員となった者に対する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第八十二条第二項の規定の適用については、当該施行日後の研究機構等の職員を同項に規定する特別職国家公務員等と、前条の規定により国家公務員としての身分を失ったことを任命権者の要請に応じ同項に規定する特別職国家公務員等となるため退職したこととみなす。
第四条　附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
２　施行日後の研究機構等は、前項の規定の適用を受けた当該施行日後の研究機構等の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３　施行日の前日の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人さけ・ます資源管理センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日前の研究機構等」という。）に職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となり、かつ、引き続き当該施行日後の研究機構等（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）第二条の規定による改正前の国立研究開発法人水産総合研究センター法（平成十一年法律第百九十九号）第二条の国立研究開発法人水産総合研究センター及び国立研究開発法人水産研究・教育機構、平成二十七年整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業生物資源研究所、同項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業環境技術研究所、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター並びに森林法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第四十四号）第五条の規定による改正前の国立研究開発法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）第二条の国立研究開発法人森林総合研究所及び国立研究開発法人森林研究・整備機構を含む。以下この項において同じ。）の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が当該施行日後の研究機構等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
４　施行日後の研究機構等は、施行日の前日に施行日前の研究機構等の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となった者のうち施行日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に当該施行日後の研究機構等を退職したものであって、その退職した日まで当該施行日前の研究機構等の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
（国家公務員退職手当法の適用に関する経過措置）
第五条　施行日前に施行日前の研究機構等を退職した者の退職手当について国家公務員退職手当法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第九十五号）附則第二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第一条の規定による改正前の国家公務員退職手当法第十二条の二及び第十二条の三の規定の適用については、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所を退職した者にあっては国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人さけ・ます資源管理センター及び独立行政法人水産大学校を退職した者にあっては国立研究開発法人水産研究・教育機構の、独立行政法人家畜改良センターを退職した者にあっては独立行政法人家畜改良センターの、独立行政法人国際農林水産業研究センターを退職した者にあっては国立研究開発法人国際農林水産業研究センターの、独立行政法人森林総合研究所及び独立行政法人林木育種センターを退職した者にあっては国立研究開発法人森林研究・整備機構の理事長は、同法第十二条の二第一項に規定する各省各庁の長等とみなす。
（労働組合についての経過措置）
第六条　この法律の施行の際現に存する特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号。次条において「特労法」という。）第四条第二項に規定する労働組合であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者であるものは、この法律の施行の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該労働組合が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２　前項の規定により法人である労働組合となったものは、施行日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３　第一項の規定により労働組合法の適用を受ける労働組合となったものについては、施行日から起算して六十日を経過する日までは、同法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（不当労働行為の申立て等についての経過措置）
第七条　施行日前に特労法第十八条の規定に基づき施行日前の研究機構等がした解雇に係る中央労働委員会に対する申立て及び中央労働委員会による命令の期間については、なお従前の例による。
２　この法律の施行の際現に中央労働委員会に係属している施行日前の研究機構等とその職員に係る特労法の適用を受ける労働組合とを当事者とするあっせん、調停又は仲裁に係る事件に関する特労法第三章（第十二条から第十六条までの規定を除く。）及び第六章に規定する事項については、なお従前の例による。
（農業者大学校等の解散等）
第八条　農業者大学校等は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する。
２　この法律の施行の際現に農業者大学校等が有する権利のうち、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３　前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４　農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。以下同じ。）における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対してなされるものとする。
５　農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。
６　農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。
７　農業者大学校等の平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。
８　前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行うものとする。この場合において、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業者大学校法（平成十一年法律第百八十八号。以下「旧農業者大学校法」という。）第十一条、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業工学研究所法（平成十一年法律第百九十五号。以下「旧農業工学研究所法」という。）第十一条及び附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人食品総合研究所法（平成十一年法律第百九十六号。以下「旧食品総合研究所法」という。）第十一条の規定（これらの規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項及び旧食品総合研究所法第十一条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」とする。
９　第一項の規定により農業者大学校等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構への出資）
第九条　前条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が農業者大学校等の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧農業者大学校法第十一条第一項、旧農業工学研究所法第十一条第一項又は旧食品総合研究所法第十一条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構に対し第一条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（以下「新研究機構法」という。）第十五条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構は、新研究機構法第六条第二項の認可を受けることなく、その額により資本金を増加するものとする。
２　前項に規定する資産の価額は、施行日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
３　前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における非課税）
第十条　附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。
２　附則第八条第一項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対してされた出資に関する経過措置）
第十一条　施行日前に政府及び政府以外の者から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法（以下「旧研究機構法」という。）第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額（政府の出資金に相当する金額については、当該金額から附則第十三条第五項に規定する農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額を控除した額に相当する金額）は、それぞれ、政府及び当該政府以外の者から新研究機構法第十五条第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。
（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の役員に関する特例）
第十二条　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構に、役員として、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第九条第二項に定めるもののほか、当分の間、理事二人を置くことができる。この場合において、その理事の任期は、同法第十一条の規定にかかわらず、一年とすることができる。
（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務の特例等）
第十三条　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定によりされた出資に係る株式の処分の業務を行う。
２　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条及び前項に規定する業務のほか、旧研究機構法第十三条第一項第四号の規定により貸し付けられた資金に係る債権の回収が終了するまでの間、当該債権の管理及び回収の業務を行う。
３　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前二項に規定する業務に附帯する業務を行うことができる。
４　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前三項に規定する業務（以下「特例業務」という。）に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定（以下「特例業務勘定」という。）を設けて整理しなければならない。
５　施行日前に政府から独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に対し旧研究機構法第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資された出資金に相当する金額のうち、特例業務に必要な資金に充てるべきものとして農林水産大臣が財務大臣と協議して定める金額は、政府から特例業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとみなす。
６　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十六条第一項から第三項までの規定は、特例業務勘定について準用する。この場合において、同条第一項中「通則法第四十四条第一項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下この項において「整備法」という。）附則第十三条第六項において準用する第三項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項」と、「第十四条」とあるのは「整備法附則第十三条第一項から第三項まで」と読み替えるものとする。
７　第一項から第三項までの規定により国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構が特例業務を行う場合には、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十六条第五項中「前各項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「整備法」という。）附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第一項から第三項まで」と、同法第二十一条第一項第二号中「同条第四項」とあるのは「同条第四項及び整備法附則第十三条第六項」と、同法第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」と、同法第二十五条第一号中「この法律」とあるのは「この法律及び整備法附則第十三条第六項の規定により読み替えて準用する第十六条第一項」と、同条第二号中「第十四条」とあるのは「第十四条及び整備法附則第十三条第一項から第三項まで」とする。
第十四条　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、特例業務を終えたときは、特例業務勘定を廃止するものとし、その廃止の際特例業務勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
２　国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構は、前項の規定により特例業務勘定を廃止したときは、その廃止の際特例業務勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。
（独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金に関する経過措置）
第十五条　施行日前に旧研究機構法第十六条第一項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金については、旧研究機構法第十七条、第二十二条第一項（第一号に係る部分に限る。）及び第二十五条（第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
（独立行政法人農業者大学校法等の廃止）
第二十一条　次に掲げる法律は、廃止する。
一　独立行政法人農業者大学校法
二　独立行政法人農業工学研究所法
三　独立行政法人食品総合研究所法
四　独立行政法人さけ・ます資源管理センター法
（罰則に関する経過措置）
第二十二条　施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第二十三条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則　（平成一八年一二月一五日法律第一〇九号）　抄
この法律は、新信託法の施行の日から施行する。
附　則　（平成一九年三月三〇日法律第八号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十九年四月一日から施行する。
附　則　（平成二〇年一二月二六日法律第九五号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則　（平成二二年五月二八日法律第三七号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日（以下「施行日」という。）から施行する。
（罰則の適用に関する経過措置）
第三十四条　この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（その他の経過措置の政令への委任）
第三十五条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則　（平成二四年八月二二日法律第六三号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成二十七年十月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一　次条並びに附則第三条、第二十八条、第百五十九条及び第百六十条の規定　公布の日
（その他の経過措置の政令への委任）
第百六十条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
附　則　（平成二五年六月二六日法律第六三号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第四条中国民年金法等の一部を改正する法律附則第二十条及び第六十四条の改正規定、第五条中国民年金法等の一部を改正する法律附則第十九条第二項の改正規定並びに次条並びに附則第百三十九条、第百四十三条、第百四十六条及び第百五十三条の規定　公布の日
附　則　（平成二六年六月一三日法律第六七号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号。以下「通則法改正法」という。）の施行の日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　附則第十四条第二項、第十八条及び第三十条の規定　公布の日
（課税の特例）
第二十七条　新通則法第一条第一項に規定する個別法及び新通則法第四条第二項の規定によりその名称中に国立研究開発法人という文字を使用するものとされた新通則法第二条第一項に規定する独立行政法人が当該名称の変更に伴い受ける名義人の名称の変更の登記又は登録については、登録免許税を課さない。
（処分等の効力）
第二十八条　この法律の施行前にこの法律による改正前のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）の規定によってした又はすべき処分、手続その他の行為であってこの法律による改正後のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。以下この条において「新法令」という。）に相当の規定があるものは、法律（これに基づく政令を含む。）に別段の定めのあるものを除き、新法令の相当の規定によってした又はすべき処分、手続その他の行為とみなす。
（罰則に関する経過措置）
第二十九条　この法律の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（その他の経過措置の政令等への委任）
第三十条　附則第三条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令（人事院の所掌する事項については、人事院規則）で定める。
附　則　（平成二七年九月一八日法律第七〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成二十八年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　附則第三条第二項及び第三項、第十条第二項並びに第十七条の規定　公布の日
（種苗管理センター等の解散等）
第二条　独立行政法人種苗管理センター（以下「種苗管理センター」という。）、国立研究開発法人農業生物資源研究所及び国立研究開発法人農業環境技術研究所（以下「種苗管理センター等」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）が承継する。
２　この法律の施行の際現に種苗管理センター等が有する権利のうち、研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３　前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４　種苗管理センターの平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度及び中期目標の期間（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。附則第九条第四項において同じ。）における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価は、研究機構が受けるものとする。この場合において、同条第二項の規定による報告書の提出及び公表は研究機構が行うものとし、同条第四項前段の規定による通知及び同条第六項の規定による命令は研究機構に対してなされるものとする。
５　国立研究開発法人農業生物資源研究所及び国立研究開発法人農業環境技術研究所の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度及び中長期目標の期間（通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間をいう。）における業務の実績についての通則法第三十五条の六第一項の規定による評価は、研究機構が受けるものとする。この場合において、同条第三項の規定による報告書の提出及び公表は研究機構が行うものとし、同条第七項前段の規定による通知及び同条第九項の規定による命令は研究機構に対してなされるものとする。
６　種苗管理センター等の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条第一項の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、研究機構が行うものとする。
７　種苗管理センター等の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、研究機構が行うものとする。
８　前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、研究機構が従前の例により行うものとする。この場合において、附則第十四条の規定による廃止前の独立行政法人種苗管理センター法（平成十一年法律第百八十四号。次条第一項において「旧種苗管理センター法」という。）第十二条第一項中「当該中期目標の期間の次の中期目標」とあるのは「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成二十八年四月一日に始まる中長期目標」と、「第三十条第一項」とあるのは「第三十五条の五第一項」と、「中期計画」とあるのは「中長期計画」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」と、附則第十四条の規定による廃止前の国立研究開発法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号。次条第一項において「旧農業生物資源研究所法」という。）第十二条第一項及び附則第十四条の規定による廃止前の国立研究開発法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号。次条第一項において「旧農業環境技術研究所法」という。）第十二条第一項中「当該中長期目標の期間の次の」とあるのは「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成二十八年四月一日に始まる」と、「次の中長期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」とする。
９　第一項の規定により種苗管理センター等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（研究機構への出資）
第三条　前条第一項の規定により研究機構が種苗管理センター等の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、研究機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定により読み替えられた旧種苗管理センター法第十二条第一項、旧農業生物資源研究所法第十二条第一項又は旧農業環境技術研究所法第十二条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から研究機構に対し第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（以下「新研究機構法」という。）第十五条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、研究機構は、新研究機構法第六条第二項の認可を受けることなく、その額により資本金を増加するものとする。
２　前項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
３　前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（研究機構が権利を承継する場合における非課税）
第四条　附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。
２　附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（研究機構の役員に関する特例）
第五条　研究機構に、役員として、新研究機構法第九条第二項に定めるもののほか、当分の間、理事二人以内を置くことができる。この場合において、その理事の任期は、新研究機構法第十一条第二項の規定にかかわらず、一年とすることができる。
（研究機構の業務の特例等）
第六条　研究機構は、新研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間において、研究機構がこの法律の施行の際現に行っている第一条の規定による改正前の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条第一項第六号に掲げる業務（当該業務に係る同項第七号から第九号までに掲げる業務を含む。）及びこれに附帯する業務（以下この条において「特例業務」という。）を行う。
２　研究機構は、特例業務に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定を設けて整理しなければならない。
３　前項に規定する勘定における通則法第四十四条第一項ただし書の規定の適用については、同項ただし書中「第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とあるのは、「政令で定めるところにより計算した額を国庫に納付する場合又は第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とする。
４　第一項の規定により研究機構が特例業務を行う場合には、新研究機構法第十六条第一項中「第四十四条第一項」とあるのは「第四十四条第一項（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）附則第六条第二項に規定する勘定にあっては、同条第三項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項。以下この項において同じ。）」と、「同条第一項」とあるのは「通則法第四十四条第一項」と、「業務」とあるのは「業務及び平成二十七年整備法附則第六条第一項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）」と、新研究機構法第十七条中「掲げる業務」とあるのは「掲げる業務及び特例業務」と、新研究機構法第十九条第二項中「業務」とあるのは「業務並びに特例業務」と、新研究機構法第二十一条第二項並びに第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「業務」とあるのは「業務及び特例業務」と、新研究機構法第二十四条第二号中「規定する業務」とあるのは「規定する業務及び特例業務」とする。
５　研究機構は、特例業務を終えたときは、第二項に規定する勘定を廃止するものとし、その廃止の際当該勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、当該残余財産の額に相当する額を特例業務に係る各出資者に対しその出資額に応じて分配するものとする。
６　前項の規定により特例業務に係る各出資者に分配することができる額は、その出資額を限度とする。
７　第五項の規定による分配の結果なお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
８　研究機構は、第五項の規定により第二項に規定する勘定を廃止したときは、その廃止の際当該勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。
（種苗管理センター等の職員から引き続き研究機構の職員となった者の退職手当の取扱い）
第七条　研究機構は、施行日の前日に種苗管理センター等の職員として在職する者（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「平成十八年整備法」という。）附則第四条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて研究機構の職員となったものの退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を研究機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。ただし、その者が平成十八年整備法の施行の日以後に種苗管理センター等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
２　施行日の前日に種苗管理センター等の職員として在職する者（平成十八年整備法附則第四条第一項の規定の適用を受けた者であって、平成十八年整備法の施行の日以後引き続き旧種苗管理センター等（種苗管理センター、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号。以下この項において「通則法整備法」という。）第百四十九条の規定による改正前の独立行政法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号）第二条の独立行政法人農業生物資源研究所（国立研究開発法人農業生物資源研究所を含む。）及び通則法整備法第百五十条の規定による改正前の独立行政法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号）第二条の独立行政法人農業環境技術研究所（国立研究開発法人農業環境技術研究所を含む。）をいう。以下この項において同じ。）の職員として在職する者に限る。）が、引き続いて研究機構の職員となり、かつ、引き続き研究機構の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の平成十八年整備法の施行の日以後の旧種苗管理センター等の職員としての在職期間及び研究機構の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が同日以後に旧種苗管理センター等又は研究機構を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
（研究機構の役員又は職員についての通則法の適用）
第八条　研究機構の役員又は職員についての通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第一項、第二項第一号及び第四号並びに第六項並びに第五十条の六の規定の適用については、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第一項	を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的	（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。第六項において「平成二十七年整備法」という。）附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人種苗管理センター（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）、旧国立研究開発法人農業生物資源研究所又は旧国立研究開発法人農業環境技術研究所（以下「旧種苗管理センター等」という。）の役員又は職員（非常勤の者を除く。以下「旧種苗管理センター等役職員」という。）であった者を含む。以下この項において同じ。）を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的	
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第二項第一号	であった者	であった者（旧種苗管理センター等役職員であった者を含む。）	
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第二項第四号	の組織	（旧種苗管理センター等を含む。）の組織	
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第六項	したこと	したこと（旧種苗管理センター法等（平成二十七年整備法附則第十四条の規定による廃止前の独立行政法人種苗管理センター法（平成十一年法律第百八十四号）、国立研究開発法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号）又は国立研究開発法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号）をいう。以下この項において同じ。）又は旧種苗管理センター等が定めていた業務方法書、第四十九条に規定する規程その他の規則（以下この項において「旧種苗管理センター等規則」という。）に違反する職務上の行為をしたことを含む。次条において同じ。）	
	させたこと	させたこと（旧種苗管理センター等の役員又は職員にこの法律、旧種苗管理センター法等若しくは他の法令又は旧種苗管理センター等規則に違反する職務上の行為をさせたことを含む。次条において同じ。）	
	であった者	であった者（旧種苗管理センター等の役員又は職員であった者を含む。）	
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号	であった者	であった者（旧種苗管理センター等役職員であった者を含む。）	
	定めるもの	定めるもの（離職前五年間に在職していた旧種苗管理センター等の内部組織として主務省令で定めるものが行っていた業務を行う国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の内部組織として主務省令で定めるものを含む。）	
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号	の役員又は管理	（旧種苗管理センター等を含む。）の役員又は管理	
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第三号	と営利企業等	（旧種苗管理センター等を含む。以下この号において同じ。）と営利企業等	
（独立行政法人種苗管理センター法等の廃止）
第十四条　次に掲げる法律は、廃止する。
一　独立行政法人種苗管理センター法
二　国立研究開発法人農業生物資源研究所法
三　国立研究開発法人農業環境技術研究所法
四　独立行政法人水産大学校法
（独立行政法人種苗管理センター法等の廃止に伴う経過措置）
第十五条　種苗管理センター等又は水産大学校の役員又は職員であった者に係るその職務上知ることのできた秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、施行日以後も、なお従前の例による。
（罰則に関する経過措置）
第十六条　施行日前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十七条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則　（平成二八年五月二〇日法律第四四号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成二十九年四月一日から施行する。
附　則　（平成二九年四月二一日法律第一九号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成三十年四月一日から施行する。ただし、附則第四条の規定は、公布の日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第三条　この法律の施行前にした行為及び前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第四条　前二条に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
附　則　（平成三〇年一二月一四日法律第九四号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
（経過措置）
第三十五条　この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
附　則　（令和二年一二月九日法律第七四号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、令和三年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　略
二　第三条の改正規定、第四条の改正規定、第五条の改正規定、第六条第一項の改正規定、第十五条の改正規定及び同条の次に三条を加える改正規定、第十七条の改正規定、同条の次に一条を加える改正規定、第十八条の改正規定、第二十一条の改正規定、第三十五条の次に二条を加える改正規定、第四十五条第一項の改正規定、第四十七条の改正規定並びに第七十四条の改正規定並びに附則第五条、第十条及び第十一条の規定　令和四年四月一日
附　則　（令和四年六月一七日法律第六八号）　抄
（施行期日）
１　この法律は、刑法等一部改正法施行日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第五百九条の規定　公布の日
附　則　（令和六年六月二一日法律第六三号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。