※この法令は廃止されています。
平成六年農林水産省令第五十四号
特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令
漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第六十五条第一項及び水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）第四条第一項の規定に基づき、並びに漁業法及び水産資源保護法を実施するため、承認漁業等の取締りに関する省令を次のように定める。
目次
第一章　総則（第一条・第二条）
第二章　特定大臣許可漁業（第三条―第十三条）
第三章　特定大臣許可漁業の制限及び取締り（第十四条―第十八条の三）
第四章　届出漁業（第十九条―第二十一条）
第五章　雑則（第二十二条―第二十六条）
第六章　罰則（第二十七条―第三十条）
附則
第一章　総則
（定義）
第一条　この省令において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一　ずわいがに漁業　総トン数十トン以上の動力漁船によりずわいがにをとることを目的とする漁業であって、漁業法第五十二条第一項の指定漁業を定める政令（昭和三十八年政令第六号。以下「指定漁業を定める政令」という。）第一項第一号に掲げる沖合底びき網漁業又は漁業法第六十六条第二項に規定する小型機船底びき網漁業に該当するもの以外のものをいう。
二　東シナ海等かじき等流し網漁業　東経百二十七度五十九分五十二秒の線以西の日本海及び東シナ海の海域において総トン数十トン以上の動力漁船により流し網を使用してかじき、かつお又はまぐろをとることを目的とする漁業をいう。
三　かじき等流し網漁業　総トン数十トン以上の動力漁船により流し網を使用してかじき、かつお、まぐろ又はさめをとることを目的とする漁業であって、前号に掲げる東シナ海等かじき等流し網漁業に該当するもの以外のものをいう。
四　沿岸まぐろはえ縄漁業　我が国の排他的経済水域、領海及び内水並びに我が国の排他的経済水域によって囲まれた海域から成る海域（東京都小笠原村南鳥島に係る排他的経済水域及び領海並びに北海道稚内市宗谷岬突端を通る経線以西、長崎県長崎市野母崎突端を通る緯線以北の日本海の海域を除く。）において総トン数十トン以上二十トン未満の動力漁船により浮きはえ縄を使用してまぐろ、かじき又はさめをとることを目的とする漁業をいう。
五　東シナ海はえ縄漁業　東シナ海の海域において総トン数十トン以上の動力漁船によりはえ縄を使用して行う漁業であって、前号に掲げる沿岸まぐろはえ縄漁業、指定漁業を定める政令第一項第八号に掲げる遠洋かつお・まぐろ漁業又は同項第九号に掲げる近海かつお・まぐろ漁業に該当するもの以外のものをいう。
六　大西洋等はえ縄等漁業　大西洋又はインド洋の海域において動力漁船によりはえ縄、刺し網又はかごを使用して行う漁業であって、第三号に掲げるかじき等流し網漁業、第四号に掲げる沿岸まぐろはえ縄漁業、指定漁業を定める政令第一項第八号に掲げる遠洋かつお・まぐろ漁業又は同項第九号に掲げる近海かつお・まぐろ漁業に該当するもの以外のものをいう。
七　小型するめいか釣り漁業　総トン数五トン以上三十トン未満の動力漁船により釣りによってするめいかをとることを目的とする漁業をいう。
八　太平洋底刺し網等漁業　太平洋の公海（排他的経済水域及び大陸棚に関する法律第一条第一項に規定する排他的経済水域及び外国の排他的経済水域を除く。以下同じ。）において動力漁船によりはえ縄又は底刺し網を使用して行う漁業であって、第一号に掲げるずわいがに漁業、第四号に掲げる沿岸まぐろはえ縄漁業、指定漁業を定める政令第一項第八号に掲げる遠洋かつお・まぐろ漁業又は同項第九号に掲げる近海かつお・まぐろ漁業に該当するもの以外のものをいう。
九　暫定措置水域沿岸漁業等　次に掲げる海域において動力漁船により行う漁業であって、特定大臣許可漁業（当該特定大臣許可漁業に係る規制海域において行うものに限る。）、届出漁業（別表第三の上欄に掲げる届出漁業（暫定措置水域沿岸漁業等を除く。）の種類ごとに同表の下欄に掲げる海域において行うものに限る。）又は漁業法（以下「法」という。）第五十二条第一項の指定漁業に該当するもの以外のものをいう。
イ　漁業に関する日本国と大韓民国との間の協定第九条１に定める海域
ロ　漁業に関する日本国と大韓民国との間の協定第九条２に定める海域
ハ　漁業に関する日本国と中華人民共和国との間の協定第七条１に定める海域
ニ　北緯三十度四十分十三秒の線以北、東経百二十四度四十四分五十四秒の線以東、東経百二十七度二十九分五十三秒の線以西の東シナ海の海域（ロに掲げる海域を除く。）
２　この省令において「特定大臣許可漁業」とは、次に掲げる漁業をいう。
一　ずわいがに漁業
二　東シナ海等かじき等流し網漁業
三　かじき等流し網漁業
四　東シナ海はえ縄漁業
五　大西洋等はえ縄等漁業
六　太平洋底刺し網等漁業
３　この省令において「届出漁業」とは、次に掲げる漁業をいう。
一　沿岸まぐろはえ縄漁業
二　小型するめいか釣り漁業
三　暫定措置水域沿岸漁業等
４　この省令において「規制海域」とは、別表第一の一の上欄に掲げる特定大臣許可漁業の種類ごとに同表の中欄に掲げる海域をいう。
５　この省令の適用については、ベーリング海、オホーツク海、日本海、黄海、東支那海、フィリピン海、南支那海、タイ湾、東インド諸島諸海、ビスマルク海、ソロモン海、コラル海、タスマン海、バス海峡、カリフォルニア湾、アメリカ合衆国アラスカ州南東部及びカナダブリティッシュ・コロンビア州の沿岸海域並びにアラスカ湾の海域は、太平洋の海域に含まれるものとする。
６　この省令の適用については、マラッカ海峡、アンダマン海、ベンガル湾、ラッカディブ海、アラビア海、オマーン湾、ペルシャ湾、スエズ湾、アカバ湾、紅海、アデン湾、モザンビーク海峡及びグレート・オーストラリア湾の海域は、インド洋の海域に含まれるものとする。
７　この省令の適用については、アゾフ海、黒海、マルマラ海、地中海、ビスケー湾、イギリス海峡、ブリストル湾、アイリッシュ海及びセント・ジョージ海峡、スコットランド西部諸海、北海、スカゲラク海峡、カテガット海峡、バルト海、ノルウェー海、グリーンランド海、ラブラドル海、デービス海峡、バフィン湾、ハドソン海峡、ハドソン湾、セント・ローレンス湾、ファンディ湾、メキシコ湾、カリブ海、ラ・プラタ川河口部並びにギニア湾の海域は、大西洋の海域に含まれるものとする。
（提出書類の経由機関）
第二条　この省令の規定により農林水産大臣に提出する書類は、当該書類の提出者の住所地（共同してする申請又は届出に係る書類については、代表者の住所地）を管轄する都道府県知事を経由して提出しなければならない。
第二章　特定大臣許可漁業
（許可）
第三条　法第六十五条第一項及び水産資源保護法第四条第一項の規定に基づき、別表第一の一の上欄に掲げる特定の種類の水産動植物の採捕を目的として営む漁業又は特定の漁業の方法により営む漁業を同表の中欄に掲げる規制海域において同表の下欄に掲げる期間に営もうとする者は、農林水産大臣の許可を受けなければならないものとする。ただし、法第六十五条第一項又は水産資源保護法第四条第一項の規定に基づく都道府県規則の規定による都道府県知事の許可（以下この項において「都道府県知事許可」という。）を受けて別表第一の二の上欄に掲げる特定の種類の水産動植物の採捕を目的として営む漁業又は特定の漁業の方法により営む漁業を同表の中欄に掲げる海域において同表の下欄に掲げる期間に営む場合には、当該都道府県知事許可を受けた漁業については、農林水産大臣の許可を受けることを要しない。
２　前項本文の許可は、毎年、船舶ごとに、別表第一の一の下欄に掲げる期間の開始前に操業区域及び操業期間を定めて行う。ただし、次の各号のいずれかに該当する場合は、この限りでない。
一　前項本文の許可を受けた者が、当該許可に係る期間中に、当該許可に係る船舶を当該許可に係る規制海域において当該特定大臣許可漁業に使用することを廃止し、当該許可に係る期間の残存期間につき、他の船舶について同項本文の許可を申請した場合
二　前項本文の許可を受けた者が、当該許可に係る期間中に、当該許可に係る船舶が滅失し、又は沈没したため、当該許可に係る期間の残存期間につき、他の船舶について同項本文の許可を申請した場合
三　前項本文の許可を受けた者から、当該許可に係る期間中に、当該許可に係る船舶を譲り受け、借り受け、その返還を受け、その他相続又は法人の合併若しくは分割以外の事由により当該船舶を使用する権利を取得して当該許可に係る規制海域において当該特定大臣許可漁業を営もうとする者が、当該許可に係る期間の残存期間につき、当該船舶について同項本文の許可を申請した場合
（許可の基準）
第四条　農林水産大臣は、次の各号のいずれかに該当する者に対しては、前条第一項本文の許可をしないことができる。
一　第十条第一項の規定により許可を取り消され、その取消しの日から二年を経過しない者
二　法第三十九条第二項の規定若しくは法第六十三条第一項において準用する法第三十九条第二項の規定により漁業の免許、法第五十二条第一項の許可若しくは法第五十四条の起業の認可の取消しを受け、又は法第六十五条第一項若しくは第二項若しくは水産資源保護法第四条第一項若しくは第二項に基づく農林水産省令若しくは規則の規定による農林水産大臣若しくは都道府県知事の許可を取り消され、その取消しの日から二年を経過しない者
三　法若しくは水産資源保護法又はこれらの法律に基づく命令の規定に違反し、罰金以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなった日から二年を経過しない者
四　当該漁業に関し、労働基準法（昭和二十二年法律第四十九号）、船員法（昭和二十二年法律第百号。第二章、第三章、第六章、第七章及び第八十六条の規定を除く。）、同法第七十三条の規定に基づく国土交通省令、労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）又は最低賃金法（昭和三十四年法律第百三十七号）の規定に違反し、罰金以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなった日から二年を経過しない者
五　法人又は団体であって、その役員のうちに前各号のいずれかに該当する者があるもの
六　当該漁業を的確に遂行するに足りる能力を有しない者
七　前各号に掲げるもののほか、漁業取締りその他漁業調整上許可をすることが適当でないと認められる者
２　農林水産大臣は、特定大臣許可漁業について、水産資源保護法第九条第一項の規定に基づき、当該特定大臣許可漁業に従事することができる漁船の隻数の最高限度（以下「定数」という。）を定めた場合には、前項の規定にかかわらず、前条第一項本文の許可をしないことができる。
３　農林水産大臣は、前項の定数が定められた特定大臣許可漁業の許可をする場合には、前条第二項ただし書の規定による場合を除き、当該特定大臣許可漁業につき、あらかじめ、許可を申請すべき期間を定め、これを公示しなければならない。
４　前項の規定により公示した期間内に許可の申請をした者の申請に対しては、第一項各号のいずれかに該当する場合を除き、許可をしなければならない。
５　前項の規定により許可をしなければならない申請に係る船舶の隻数が水産資源保護法第九条第一項の規定により定めた定数を超える場合には、前項の規定にかかわらず、農林水産大臣は、少なくとも次に掲げる事項を勘案して許可の基準を定め、これに従って許可をしなければならない。
一　当該漁業に係る水産資源の状況
二　当該漁業についての経験の程度その他の当該申請者の経営能力
三　当該漁業の操業状況
６　農林水産大臣は、第四項の規定により許可をしなければならない申請に係る船舶の隻数が水産資源保護法第九条第一項の規定により定めた定数を超える場合において、その申請のうちに現に当該特定大臣許可漁業の許可を受けている者（当該特定大臣許可漁業の許可につき定められた操業期間の末日が第三項の規定により公示した許可を申請すべき期間の末日以前である場合にあっては、当該操業期間の末日において当該特定大臣許可漁業の許可を受けていた者）が当該特定大臣許可漁業の許可につき定められた操業期間の末日の到来のため当該許可に係る船舶と同一の船舶についてした申請があるときは、前項の規定にかかわらず、その申請に対して、他の申請に優先して許可をしなければならない。
７　農林水産大臣は、前項の規定により許可をしなければならない申請に係る船舶の隻数が水産資源保護法第九条第一項の規定により定めた定数を超える場合には、前項の規定にかかわらず、少なくとも次に掲げる事項を勘案して許可の基準を定め、これに従って許可をしなければならない。
一　当該漁業に係る水産資源の状況
二　各申請者が当該漁業につき許可を受けている漁船の隻数
三　当該漁業の操業状況
四　各申請者の経済が当該漁業に依存する程度
（許可の申請）
第五条　第三条第一項本文の許可を受けようとする者は、特定大臣許可漁業の種類ごとに毎年次の表に掲げる期日までに（同条第二項各号のいずれかに該当する場合にあっては、遅滞なく）、農林水産大臣が定める様式による申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
特定大臣許可漁業の種類	期日	
ずわいがに漁業	別表第一の一のずわいがに漁業の項規制海域の欄第一号に掲げる海域（以下「Ａ海域」という。）に係る許可にあっては八月三十一日まで、同欄第二号に掲げる海域（以下「Ｂ海域」という。）に係る許可にあっては七月三十一日まで、同欄第三号に掲げる海域（以下「Ｃ海域」という。）に係る許可にあっては八月三十一日まで、同欄第四号に掲げる海域（以下「Ｄ海域」という。）に係る許可にあっては七月三十一日まで、同欄第五号に掲げる海域（以下「Ｅ海域」という。）に係る許可にあっては九月三十日まで	
東シナ海等かじき等流し網漁業	六月三十日まで	
かじき等流し網漁業	十一月三十日まで	
東シナ海はえ縄漁業	六月三十日まで	
大西洋等はえ縄等漁業	六月三十日まで	
太平洋底刺し網等漁業	二月二十八日まで	
２　前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一　漁船法（昭和二十五年法律第百七十八号）による漁船の登録の謄本
二　船舶安全法（昭和八年法律第十一号）に基づく船舶検査証書の写し
三　申請に係る船舶を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面
四　申請が第三条第二項各号のいずれかに該当する場合には、その旨を証する書面
３　農林水産大臣は、前項各号に掲げる書類のほか、許可をするかどうかの判断に関し必要と認める書類の提出を求めることができる。
４　第一項の申請書の様式は、告示で定める。
（許可証の交付及び備付け義務）
第六条　農林水産大臣は、第三条第一項本文の許可をしたときは、当該許可に係る操業期間の開始前に、申請者に別記様式第一号による許可証を交付する。
２　前項の規定により許可証の交付を受けた者は、当該許可に係る規制海域において当該特定大臣許可漁業を営む期間中当該許可証を当該許可に係る船舶内に備え付けておかなければならない。
（許可の制限又は条件）
第七条　農林水産大臣は、水産動植物の繁殖保護又は漁業取締りその他漁業調整のため必要があると認めるときは、第三条第一項本文の許可に制限若しくは条件を付け、又はこれを変更することができる。
２　農林水産大臣は、第三条第一項本文の許可をした後において、前項の規定による制限若しくは条件を付け、又は当該制限若しくは条件を変更しようとするときは、行政手続法（平成五年法律第八十八号）第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。
３　第三条第一項本文の許可をした後における第一項の規定による制限若しくは条件の付加又は当該制限若しくは条件の変更に係る聴聞の期日における審理は、公開により行わなければならない。
（相続又は法人の合併若しくは分割）
第八条　第三条第一項本文の許可を受けた者が死亡し、解散し、又は分割（当該許可を受けた船舶を承継させるものに限る。）をしたときは、その相続人（相続人が二人以上ある場合においてその協議により当該許可に係る漁業を営むべき者を定めたときは、その者）、合併後存続する法人若しくは合併により設立した法人又は分割によって当該船舶を承継した法人は、当該許可を受けた者の地位を承継する。
２　前項の規定により第三条第一項本文の許可を受けた者の地位を承継した者は、その事実を証する書面を添えて、速やかに、農林水産大臣に許可証の書換交付を申請しなければならない。
（許可の失効）
第九条　次の各号のいずれかに該当する場合は、第三条第一項本文の許可は、その効力を失う。
一　当該許可に係る船舶を当該許可に係る規制海域における当該特定大臣許可漁業に使用することを廃止したとき。
二　当該許可に係る船舶が滅失し、又は沈没したとき。
三　当該許可に係る船舶を譲渡し、貸し付け、返還し、その他その船舶を使用する権利を失ったとき。
（許可の取消し又は出漁の禁止）
第十条　農林水産大臣は、第三条第一項本文の許可を受けた者が次の各号のいずれかに該当するときは、当該許可を取り消し、又はその者について期間を定め、若しくは定めないで、当該許可に係る規制海域において当該許可に係る船舶を使用して当該特定大臣許可漁業を営むことの禁止を命ずることができる。
一　第四条第一項各号のいずれかに該当するに至ったとき。
二　第六条第二項、第十四条、第十五条第一項若しくは第三項、第十六条第一項、第十七条、第十八条第一項又は第二十五条第三項の規定に違反したとき。
三　第七条第一項の規定に基づく制限又は条件に違反したとき。
四　第二十三条第一項前段の規定による命令に違反したとき。
２　農林水産大臣は、前項の規定による出漁の禁止の命令をしようとするときは、行政手続法第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。
３　第七条第三項の規定は、第一項の規定による許可の取消し又は出漁の禁止の命令に係る聴聞について準用する。
（許可証の書換交付の申請）
第十一条　第三条第一項本文の許可を受けた者は、許可証の記載事項に変更が生じたときは、速やかに、農林水産大臣に許可証の書換交付を申請しなければならない。
２　前項の申請が船名又は船舶の総トン数の変更に係るものである場合には、漁船法による漁船の登録の謄本又は船舶安全法に基づく船舶検査証書の写しを添えなければならない。
（許可証の再交付の申請）
第十二条　第三条第一項本文の許可を受けた者は、許可証を亡失し、又は毀損したときは、速やかに、理由を付して農林水産大臣に許可証の再交付を申請しなければならない。
（許可証の書換交付及び再交付）
第十二条の二　農林水産大臣は、次に掲げる場合には、遅滞なく、許可証を書き換えて交付し、又は再交付する。
一　第八条第二項若しくは第十一条第一項の規定による書換交付又は前条の規定による再交付の申請があったとき。
二　第七条第一項の規定により許可に制限若しくは条件を付け、又は同項の規定により許可に付した制限若しくは条件を変更し、若しくは取り消したとき。
（許可証の返納）
第十三条　第三条第一項本文の許可を受けた者は、当該許可がその効力を失い、又は取り消された場合には、速やかに、その許可証を農林水産大臣に返納しなければならない。前条の規定により許可証の書換交付又は再交付を受けた場合における従前の許可証についても、同様とする。
２　前項の場合において、許可証を返納することができないときは、理由を付してその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
第三章　特定大臣許可漁業の制限及び取締り
（船舶の塗装）
第十四条　東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業について第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者を含む。）は、当該許可に係る船舶の船橋の周囲を三十センチメートルの幅で帯状に黒色で塗装しなければ、規制海域においては、当該船舶を東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業に使用してはならない。
（許可番号等の表示）
第十五条　第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、当該許可に係る船舶の船橋の両側の見やすい場所に別記様式第二号により当該許可に係る許可番号を表示しなければ、当該船舶を当該許可に係る規制海域における特定大臣許可漁業に使用してはならない。
２　第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、当該許可に係る期間が経過したとき、又は当該許可がその効力を失い、若しくは取り消されたときは、速やかに、前項の規定による許可番号の表示を消さなければならない。
３　第一条第一項第九号ハに掲げる海域において第三条第一項本文の許可を受けて東シナ海等かじき等流し網漁業又は東シナ海はえ縄漁業を営む者は、当該許可に係る船舶に表示された漁船法による登録番号の下に二センチメートルの幅で黒色の横線を表示しなければならない。
第十六条　東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業に係る規制海域において第三条第一項本文の許可を受けて東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者を含む。）は、敷設した流し網の次の各号に掲げる浮標に、それぞれ当該各号に掲げる標識等を水面上一・五メートル（別記様式第三号による標識については、浮標の表面から二メートル）以上の高さに掲げなければならない。
一　両端部の浮標　昼間にあっては別記様式第三号による標識及びレーダー反射板（金属製のものに限る。以下同じ。）、夜間にあっては白色の灯火及びレーダー反射板
二　中間部のおおむね三キロメートルごとの浮標　昼間にあっては別記様式第三号による標識、夜間にあっては白色の灯火
２　前項の灯火は、夜間において視界が良好な場合に少なくとも二海里離れた所から視認されるものでなければならない。
（漁具又は漁ろう装置の格納等）
第十六条の二　大西洋等はえ縄等漁業又は太平洋底刺し網等漁業の第三条第一項本文の許可に係る船舶（以下この条において「許可船舶」という。）の船長は、外国の領海又は排他的経済水域（ロシア連邦にあっては指定漁業の許可及び取締り等に関する省令（昭和三十八年農林省令第五号。以下「指定漁業省令」という。）別表第五の九の項の上欄に掲げる区域、大韓民国にあっては同表の十一の項の上欄に掲げる区域、中華人民共和国にあっては同表の十二の項の上欄に掲げる区域。以下この条において同じ。）を当該船舶により航行する場合には、当該漁業の用に供されるものと認められる漁具又は漁ろう装置を漁獲に容易に使用できないよう格納し、又は収納しなければならない。ただし、いずれかの外国から漁獲のための許可を受けている許可船舶により、当該許可に係る当該外国の領海又は排他的経済水域を航行する場合は、この限りでない。
（操業区域等の制限）
第十七条　特定大臣許可漁業を営む者は、別にこの省令で定める場合のほか、別表第二の上欄に掲げる特定大臣許可漁業につき、それぞれ同表の下欄に掲げる操業の区域若しくは期間又は特定の区域若しくは期間における特定の漁具若しくは船舶を使用し若しくは特定の漁法によってする操業若しくは特定の種類の水産動物の採捕に関する制限又は禁止の措置に違反して当該特定大臣許可漁業を営んではならない。
（漁獲物等の陸揚港の制限）
第十八条　第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、当該特定大臣許可漁業の漁業取締りその他漁業調整のため農林水産大臣が告示して当該特定大臣許可漁業の漁獲物又はその製品（以下「漁獲物等」という。）について陸揚港を指定し、又は当該告示において定める漁獲物等の陸揚港のうちの一若しくは二以上を選定すべきことを定めた場合には、当該指定又は選定に係る陸揚港以外の地に、当該特定大臣許可漁業の漁獲物等の陸揚げをしてはならない。ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。
一　暴風雨その他やむを得ない事由があるとき
二　農林水産大臣の許可を受けたとき
２　第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、前項の規定により陸揚港の選定をしたときは、速やかに、農林水産大臣に届け出なければならない。
３　第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、第一項の規定により選定をした陸揚港を変更しようとするときは、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
（衛星船位測定送信機による位置の報告義務等）
第十八条の二　第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、特定大臣許可漁業ごとに農林水産大臣が別に定めて告示する海域に立ち入るときは、衛星船位測定送信機（人工衛星を利用して船舶の位置の測定及び送信を行う機器であって、次の各号に掲げる基準に適合するものをいう。以下この条において同じ。）を当該許可に係る船舶内に備え付けておかなければならない。
一　当該船舶の位置を自動的に測定及び記録できるものであること。
二　次に掲げる情報を自動的に送信できるものであること。
イ　当該船舶を特定することができる情報
ロ　当該船舶の位置を示す情報並びに当該位置における日付及び時刻
三　前号に掲げる情報の改変を防止するための措置が講じられているものであること。
２　前項の特定大臣許可漁業を営む者の使用に係る船舶であって同項の規定により衛星船位測定送信機を備え付けたものの船長（次項において「船長」という。）は、同項の海域において操業し又は航行するときは、衛星船位測定送信機を常時作動させ、同項第二号に掲げる情報について、海域ごとに農林水産大臣が別に定めて告示する方法により農林水産大臣に報告しなければならない。
３　船長は、衛星船位測定送信機の故障により前項の報告ができなくなったときは、速やかに、その旨を農林水産大臣に報告し、その指示を受けなければならない。
（さめの魚体の所持等の制限）
第十八条の三　かじき等流し網漁業に係る規制海域において第三条第一項本文の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者を含む。）は、採捕したさめを所持したときは、次に掲げる行為をしなければならない。ただし、当該かじき等流し網漁業を営む者が日本国外で当該さめの一部を陸揚げした場合は、この限りでない。
一　当該さめの全ての部分（頭部、内臓及び皮を除く。）を陸揚げまでの間、船上において所持すること。
二　当該さめを陸揚げするときに、前号の規定により所持したものを陸揚げすること。
第四章　届出漁業
（届出）
第十九条　別表第三の上欄に掲げる漁業を同表の下欄に掲げる海域において営もうとする者は、当該届出漁業の操業期間ごと及び船舶ごとに、当該操業期間の最初の日の一月前までに、農林水産大臣が定める様式による届出書に次に掲げる書類を添え、農林水産大臣に届け出なければならない。
一　船舶安全法に基づく船舶検査証書の写し
二　届出に係る船舶を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面
２　前項の規定による届出をした者は、届出書の記載事項に変更が生じたときは、速やかに、農林水産大臣に変更の届出をしなければならない。この場合において、当該変更の届出が相続又は法人の合併若しくは分割に係るものであるときは、その事実を証する書面を添えなければならない。
３　農林水産大臣は、前二項の規定による届出をした者に対し、必要な事項に関し、書面又は口頭による報告を求めることができる。
４　第一項の届出書の様式は、告示で定める。
（沿岸まぐろはえ縄漁業等の船舶の塗装）
第二十条　第一条第一項第九号ハに掲げる海域において沿岸まぐろはえ縄漁業、小型するめいか釣り漁業又は暫定措置水域沿岸漁業等を営む者は、当該漁業に係る船舶に表示された漁船法による登録番号の下に二センチメートルの幅で黒色の横線を表示しなければならない。
（沿岸まぐろはえ縄漁業に係る漁具の制限）
第二十条の二　別表第三沿岸まぐろはえ縄漁業の項に掲げる海域において沿岸まぐろはえ縄漁業を営む者は、当該海域において、我が国が締結した漁業に関する条約その他の国際約束を実施するために必要な漁具に関する制限として農林水産大臣が別に定めて告示するものに違反して操業してはならない。
（さめの魚体の所持等の制限）
第二十条の三　別表第三沿岸まぐろはえ縄漁業の項に掲げる海域において沿岸まぐろはえ縄漁業を営む者は、採捕したさめを所持したときは、次に掲げる行為をしなければならない。ただし、当該沿岸まぐろはえ縄漁業を営む者が日本国外で当該さめの一部を陸揚げした場合は、この限りでない。
一　当該さめの全ての部分（頭部、内臓及び皮を除く。）を陸揚げまでの間、船上において所持すること。
二　当該さめを陸揚げするときに、前号の規定により所持したものを陸揚げすること。
（準用規定）
第二十一条　第十七条の規定は、届出漁業について準用する。この場合において、同条中「別表第二」とあるのは、「別表第四」と読み替えるものとする。
第五章　雑則
（漁獲成績報告書等）
第二十二条　第三条第一項本文の許可を受けた者又は第十九条第一項の届出をした者は、当該許可又は届出に係る漁業の漁獲成績報告書を、農林水産大臣に提出しなければならない。
２　前項の漁獲成績報告書を提出すべき期限は、次の各号に掲げる漁業の区分に応じ、当該各号に定めるところによる。
一　ずわいがに漁業　毎月分を翌月の十日まで
二　東シナ海等かじき等流し網漁業、かじき等流し網漁業及び東シナ海はえ縄漁業　当該許可に係る操業期間の経過後一月以内
三　大西洋等はえ縄等漁業　当該許可に係る操業期間の経過後二月以内
四　小型するめいか釣り漁業及び暫定措置水域沿岸漁業等　当該届出に係る操業期間の経過後一月以内
五　第一号から前号までに掲げる漁業以外の漁業　当該許可又は届出に係る漁業の航海ごとに、当該航海の終了後一月以内
３　第一項の漁獲成績報告書の様式は、告示で定める。
（停泊命令及び検査）
第二十三条　農林水産大臣は、第三条第一項の規定に違反して特定大臣許可漁業を営んだ者又は第六条第二項、第十四条、第十五条第一項若しくは第三項、第十六条第一項、第十六条の二、第十七条（第二十一条において準用する場合を含む。）、第十八条第一項、第十八条の二第一項若しくは第二項、第十九条第一項若しくは第二項、第二十条、第二十五条若しくは第二十六条の規定、第七条第一項の規定に基づく制限若しくは条件若しくは第十条第一項の規定に基づく命令に違反した者に対し、停泊港及び停泊期間を指定してその者の使用に係る船舶の停泊を命ずることができる。法第百三十四条第一項の規定による検査を行わせるときも、同様とする。
２　農林水産大臣は、前項前段の規定による停泊の命令をしようとするときは、行政手続法第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。
３　第七条第三項の規定は、第一項前段の規定による停泊の命令に係る聴聞について準用する。
４　第一項後段の規定による停泊期間は、十日間を超えないものとする。
（停船命令）
第二十四条　漁業監督官は、法第七十四条第三項の規定による検査又は質問をするため必要があるときは、漁業に従事する船舶の船長、船長の職務を行う者又は操業を指揮する者に対し、停船を命ずることができる。
２　前項の停船命令は、同項の検査又は質問をする旨を告げ又は表示し、かつ、国際海事機関が採択した国際信号書に規定する次に掲げる信号を用いて行うものとする。
一　別記様式第四号による信号旗Ｌを掲げる。
二　サイレン、汽笛その他の音響信号によりＬの信号（短音一回、長音一回、短音二回）を約七秒の間隔を置いて連続して行う。
三　投光器によりＬの信号（短光一回、長光一回、短光二回）を約七秒の間隔を置いて連続して行う。
３　前項において、「長音」又は「長光」とは、約三秒間継続する吹鳴又は投光をいい、「短音」又は「短光」とは、約一秒間継続する吹鳴又は投光をいう。
（採捕の制限等）
第二十五条　ずわいがに漁業に係る規制海域においては、ずわいがにの未成熟がに（腹節の内側に卵を有しない雌がに及び甲幅九センチメートル（Ｅ海域にあっては甲幅八センチメートル）未満の雄がにをいう。次項において同じ。）は、採捕してはならない。
２　次の表の上欄に掲げる区域においては、同表の中欄に掲げる区分ごとに、それぞれ同表の下欄に掲げる期間内は、ずわいがにの成熟がに（未成熟がに以外のかにをいう。）は、採捕してはならない。
区域	成熟がにの雌雄の区分	期間	
Ａ海域	雌がに	一月二十一日から十一月五日まで	
	雄がに	三月二十一日から十一月五日まで	
Ｂ海域	雌がに及び雄がに	六月一日から九月三十日まで	
Ｃ海域	雌がに	周年	
	雄がに	五月一日から十月三十一日まで	
Ｄ海域	雌がに	周年	
	雄がに	六月十六日から十月十五日まで	
Ｅ海域	雌がに及び雄がに	四月一日から十二月九日まで	
３　漁業を営む者又は水産動植物の販売若しくは加工を業とする者は、第一項の規定に違反して採捕されたずわいがに又はその製品を所持し、販売し、又は加工してはならない。
（漁具の制限）
第二十六条　東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者は、網目十五センチメートル以下の流し網を使用してはならない。
２　東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者は、当該漁業に使用するために当該漁業に係る船舶に流し網を積み込む場合には、その長さ（仕立上がりの状態における浮子綱の長さをいう。）の合計が当該船舶ごとに三十キロメートルを超えないようにしなければならない。
３　東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者は、二枚以上の網地を重ね合わせた流し網を使用してはならない。
第六章　罰則
（罰則）
第二十七条　次の各号のいずれかに該当する者は、二年以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
一　第十七条（第二十一条において準用する場合を含む。）、第十八条第一項又は第二十五条の規定に違反した者
二　第七条第一項の規定に基づく制限又は条件に違反した者
三　第十条第一項又は第二十三条第一項前段の規定による命令に違反した者
２　前項の場合においては、犯人が所有し、又は所持する漁獲物、その製品、漁船又は漁具その他水産動植物の採捕の用に供される物は、没収することができる。ただし、犯人が所有していたこれらの物件の全部又は一部を没収することができないときは、その価額を追徴することができる。
第二十八条　次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の懲役又は三十万円以下の罰金に処する。
一　第十八条の二第一項の規定に違反した者
二　第十八条の三の規定に違反した者
三　第二十条の二の規定に違反した者
四　第二十条の三の規定に違反した者
五　第二十六条の規定に違反した者
第二十九条　次の各号のいずれかに該当する者は、十万円以下の罰金に処する。
一　第六条第二項、第十四条、第十五条第一項若しくは第三項、第十六条第一項又は第二十条の規定に違反した者
二　第十九条第一項又は第二項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
第三十条　法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して、第二十七条第一項、第二十八条又は前条の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対し、各本条の罰金刑を科する。
附　則　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成七年三月三十一日から施行する。
（さんま漁業取締規則等の廃止）
第二条　次に掲げる省令は、廃止する。
一　さんま漁業取締規則（昭和二十四年農林省令第七十号）
二　北太平洋の海域におけるずわいがに等漁業の取締りに関する省令（昭和四十三年農林省令第六号）
三　いかつり漁業の取締りに関する省令（昭和四十四年農林省令第四十一号）
四　ずわいがに漁業等の取締りに関する省令（昭和四十五年農林省令第五十五号）
五　北太平洋の海域におけるつぶ漁業の取締りに関する省令（昭和四十七年農林省令第四十一号）
六　大西洋の海域におけるはえなわ等漁業の取締りに関する省令（昭和四十八年農林省令第四十六号）
七　かじき等流し網漁業の取締りに関する省令（昭和四十八年農林省令第四十九号）
八　いか流し網漁業の取締りに関する省令（昭和五十六年農林水産省令第二十八号）
九　黄海及び東支那海の海域におけるふぐはえなわ漁業の取締りに関する省令（昭和五十八年農林水産省令第五十号）
十　べにずわいがに漁業の取締りに関する省令（平成元年農林水産省令第四十四号）
十一　小型まぐろはえ縄漁業の取締りに関する省令（平成三年農林水産省令第三十四号）
（承認に関する経過措置）
第三条　この省令の施行の際現に前条の規定による廃止前の同条各号に掲げる省令（以下「旧省令」と総称する。）の規定により農林水産大臣の承認を受けることを必要とした漁業についての当該承認（以下「旧省令承認」という。）を受けている者は、旧省令承認に相当する第三条第一項の農林水産大臣の承認を受けたものとみなす。
２　前項の場合においては、第十一条第一項第一号の規定は適用しない。
（承認の申請に関する経過措置）
第四条　この省令の施行前に農林水産大臣に提出された旧省令の規定に基づく旧省令承認に係る申請書は、第五条第一項の規定に基づく申請書とみなす。この場合において、当該申請書を提出している者については、第四条の規定は、適用しない。
（承認証に関する経過措置）
第五条　この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき交付されている旧省令承認に係る承認証は、第六条第一項の規定に基づき交付された承認証とみなす。
２　前項の規定により第六条第一項の規定に基づき交付されたものとみなされる承認証の当該承認に係る船舶内における備付けについては、第六条第三項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（承認に付されている制限又は条件に関する経過措置）
第六条　この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき旧省令承認に付されている制限又は条件は、第七条第一項に基づき付された制限又は条件とみなす。
（承認番号に関する経過措置）
第七条　この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき旧省令承認に係る船舶の船橋に表示されている承認番号は、第十六条第一項の規定に基づき表示された承認番号とみなす。
（操業区域等に関する経過措置）
第八条　この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者及びこの省令の施行前に旧省令の規定により農林水産大臣に届け出ることを必要とした漁業についての当該届出（以下「旧省令届出」という。）をした者に対する当該承認又は届出に係る制限又は禁止の措置については、第十七条第一項（第二十五条において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（漁獲物等の陸揚港の制限に関する経過措置）
第九条　この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者に対する当該漁業の漁獲物等の陸揚港に関する制限については、第十八条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（届出に関する経過措置）
第十条　この省令の施行前に農林水産大臣に対してなされた旧省令届出は、当該漁業に相当する届出漁業について第二十三条第一項又は第二項の規定に基づきなされた届出とみなす。
（漁獲成績報告書に関する経過措置）
第十一条　この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者及び旧省令届出をした者が提出する漁獲成績報告書についての規定の適用については、第二十六条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（いか釣り漁業に係るこの省令の適用等）
第十三条　昭和五十七年七月十八日前に建造され、又は建造に着手された動力漁船（昭和六十年七月三十日以前に特定修繕（船舶のトン数の測度に関する法律（昭和五十五年法律第四十号）附則第三条第一項の特定修繕をいう。以下同じ。）に伴う船舶法（明治三十二年法律第四十六号）及びこれに基づく命令の規定による改測又は測度（以下「改測等」という。）を受けたものを除く。）により釣りによっていかをとることを目的とする漁業については、第一条第一項第三号の規定にかかわらず、総トン数百トン未満の船舶によるものを同号の中型いか釣り漁業とみなす。ただし、この省令の施行後に当該動力漁船について特定修繕に伴う改測等を受ける日以後は、この限りでない。
（ずわいがに漁業に係るこの省令の適用等）
第十四条　ずわいがに漁業に係る規制海域のうちＣ海域及びＤ海域において法第六十五条第一項の規定に基づく都道府県規則の規定による都道府県知事の許可を受けて営むずわいがに漁業については、当分の間、第三条第一項の規定は適用しない。
（この省令の施行前に行われた農林水産大臣の処分の効力）
第十五条　この省令の施行前に旧省令の規定に基づきなされた漁業取締り上行う農林水産大臣の処分は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。
（この省令の施行前にした行為等に対する処分及び罰則の適用）
第十六条　この省令の施行前にした行為及びこの省令の附則によりなお従前の例によることとされる事項に係るこの省令の施行後にした行為並びに前条の規定によりなお処分が効力を有することとされる場合におけるこの省令の施行後にした当該処分に違反する行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第三条第一項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第十七条　前条に規定する行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成八年七月一六日農林水産省令第三四号）
１　この省令は、公布の日から施行する。
２　ずわいがに漁業に係る規制海域のうちＥ海域においては、この省令の施行の日から平成八年九月三十日までの間は、第二十九条第三項及び第四項の規定は適用しない。
３　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成八年七月一七日農林水産省令第三九号）
（施行期日）
第一条　この省令は、排他的経済水域及び大陸棚に関する法律（平成八年法律第七十四号）の施行の日（平成八年七月二十日）から施行する。
（旧省令の規定に基づく処分又は行為の効力）
第二条　この省令による改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧省令」という。）の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分は改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新省令」という。）の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分とみなし、旧省令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為は新省令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為とみなす。
（承認証に関する経過措置）
第三条　この省令の施行の際現に旧省令第六条第一項の規定により交付されている承認証は、新省令第六条第一項の規定により交付された承認証とみなす。
（この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用）
第四条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成九年七月二三日農林水産省令第五四号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条　小型するめいか釣り漁業に係る第二十三条第一項の規定は、平成十年一月一日以後に営もうとされる小型するめいか釣り漁業について適用する。
第三条　前条の小型するめいか釣り漁業のうち、当該漁業の操業期間の最初の日が平成十年一月一日前であるものについては、同日を当該操業期間の最初の日とみなして第二十三条第一項の規定を適用する。
附　則　（平成一〇年二月二〇日農林水産省令第六号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（承認及びその申請手続の特例）
第二条　平成十一年三月三十一日までの間に改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第一条第一項第三号ロに掲げる海域において営む第一種いか釣り漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」とする。
２　平成十年十月三十一日までの間に新令第一条第一項第三号ニに掲げる海域において営む第一種いか釣り漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一第一種いか釣り漁業の項中「十一月一日から翌年十月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十年十月三十一日まで」とする。
（旧省令の規定に基づく処分又は行為の効力）
第三条　改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分は新令の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分とみなし、旧令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為は新令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為とみなす。
附　則　（平成一二年五月三〇日農林水産省令第六五号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から起算して二十日を経過した日から施行する。
（承認及びその申請手続の特例）
第二条　平成十二年八月三十一日までの間に改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第一条第一項第十二号に掲げる大西洋はえ縄等漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一大西洋はえ縄等漁業の項中「九月一日から翌年八月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十二年八月三十一日まで」とする。
２　平成十三年三月三十一日までの間に新令第一条第一項第十四号に掲げる太平洋底刺し網漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一太平洋底刺し網漁業の項中「四月一日から翌年三月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十三年三月三十一日まで」とする。
（届出に関する経過措置）
第三条　この省令の施行前に改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）第一条第一項第十二号に掲げる大西洋はえ縄等漁業に該当する漁業につき旧令第二十三条第一項又は第二項の規定による届出をした者は、平成十二年八月三十一日までの間は、当該漁業について新令第三条第一項の承認を受けたものとみなす。
（この省令の施行前に行われた農林水産大臣の処分の効力）
第四条　この省令の施行前に旧令の規定に基づきなされた漁業取締り上行う農林水産大臣の処分は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。
（この省令の施行前にした行為に対する処分及び罰則の適用）
第五条　この省令の施行前にした行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第三条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第六条　前条に規定する行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成一二年一一月二七日農林水産省令第九五号）
（施行期日）
第一条　この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成一三年五月一一日農林水産省令第九九号）
（施行期日）
第一条　この省令は、平成十三年六月一日から施行する。ただし、第二条の規定は、平成十三年七月一日から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行前に改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）第一条第一項第八号に掲げる黄海・東シナ海ふぐはえ縄漁業に該当する漁業につき旧令第二十三条第一項又は第二項の規定による届出をした者は、平成十三年七月三十一日までの間は、東シナ海はえ縄漁業について改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第三条第一項の承認を受けたものとみなす。
第三条　暫定措置水域沿岸漁業等に係る新令第二十三条第一項の規定は、平成十三年八月一日以後に営もうとされる暫定措置水域沿岸漁業等について適用する。
第四条　前条の暫定措置水域沿岸漁業等のうち、当該漁業の操業期間の最初の日が平成十三年八月一日前であるものについては、同日を当該操業期間の最初の日とみなして新令第二十三条第一項の規定を適用する。
（この省令の施行前に行われた農林水産大臣の処分の効力）
第五条　この省令（第二条の規定については、当該規定。以下この条及び附則第七条において同じ。）の施行前に旧令の規定に基づきなされた漁業取締り上行う農林水産大臣の処分は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。
（この省令の施行前にした行為に対する処分及び罰則の適用）
第六条　この省令の施行前にした行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第二条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第七条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成一四年三月二七日農林水産省令第一八号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成十四年四月一日から施行する。
（処分、申請等に関する経過措置）
第三条　この省令の施行前に第二条の規定による改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧承認漁業等省令」という。）の規定によりされた許可その他の処分又はこの省令の施行の際現に旧承認漁業等省令の規定によりされている申請その他の行為であって、この省令の施行の日において新指定漁業省令の規定により許可その他の処分又は申請その他の行為を要することとなるものは、新指定漁業省令の適用については、新指定漁業省令の相当規定によりされた許可その他の処分又は申請その他の行為とみなす。
（罰則に関する経過措置）
第四条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成一四年七月二五日農林水産省令第六六号）
（施行期日）
第一条　この省令は、平成十四年八月一日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第二条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成一六年七月六日農林水産省令第五七号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から起算して二十日を経過した日から施行する。
（承認及びその申請手続の特例）
第二条　平成十六年八月三十一日までの間に改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第一条第一項第六号に掲げる大西洋等はえ縄等漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一大西洋等はえ縄等漁業の項中「九月一日から翌年八月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十六年八月三十一日まで」とする。
２　平成十六年九月一日から平成十七年八月三十一日までの間に新令第一条第一項第六号に掲げる大西洋等はえ縄等漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは、「この省令の施行の日から平成十六年八月二十日までに」とする。
（承認に関する経過措置）
第三条　この省令の施行前に改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）第一条第一項第六号に掲げる大西洋はえ縄等漁業に該当する漁業につき旧令第三条第一項の規定による承認を受けた者は、平成十六年八月三十一日までの間は、当該漁業について新令第三条第一項の承認を受けたものとみなす。
（申請に関する経過措置）
第四条　この省令の施行前に旧令の規定により農林水産大臣にした申請は、新令の規定により農林水産大臣に対してした申請とみなす。
（この省令の施行前に行われた農林水産大臣の処分の効力）
第五条　この省令の施行前に旧令の規定に基づきなされた漁業取締り上行う農林水産大臣の処分は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。
（この省令の施行前にした行為に対する処分及び罰則の適用）
第六条　この省令の施行前にした行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第三条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第七条　前条に規定する行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成一六年一二月一日農林水産省令第九一号）
この省令は、公布の日から施行する。ただし、第一条第一項第四号及び別表第三沿岸まぐろはえ縄漁業の項の改正規定は、平成十七年一月四日から施行する。
附　則　（平成一七年三月一日農林水産省令第一七号）
この省令は、平成十七年四月一日から施行する。
附　則　（平成一七年九月一日農林水産省令第一〇〇号）
この省令は、平成十七年十月一日から施行する。ただし、別表第四かじき等流し網漁業の項第一号ニ（１８）並びに同項第二号イ及びロの改正規定は、平成十七年十二月五日から施行する。
附　則　（平成一八年三月二〇日農林水産省令第一三号）
この省令は、平成十八年三月二十日から施行する。ただし、別表第四かじき等流し網漁業の項第一号ニ（９）の改正規定は、平成十八年三月三十一日から施行する。
附　則　（平成一八年一二月一四日農林水産省令第九一号）
１　この省令は、公布の日から施行する。
２　この省令の施行前にした行為に対する漁業取締り上行う行政庁の処分についての規定の適用及び罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成二〇年三月一九日農林水産省令第一四号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成二十年四月一日から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行前にした行為及び附則第十二条に規定する行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第三条　この省令の施行の際現に第四条の規定による改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧省令」という。）第三条第一項の規定により農林水産大臣の承認を受けることを必要とした漁業についての当該承認（以下「旧省令承認」という。）を受けている者は、第四条の規定による改正後の特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令（以下「新省令」という。）第三条第一項の規定により農林水産大臣の許可を受けたものとみなす。
第四条　この省令の施行前に農林水産大臣に提出された旧省令の規定に基づく旧省令承認に係る申請書は、新省令第五条第一項の規定に基づく申請書とみなす。この場合において、当該申請書を提出している者については、その申請に係る許可の基準の適用については、なお従前の例による。
第五条　この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき交付されている旧省令承認に係る承認証は、新省令第六条第一項の規定に基づき交付された許可証とみなす。
２　前項の規定により新省令第六条第一項の規定に基づき交付されたものとみなされる承認証の当該承認に係る船舶内における備付けについては、同条第二項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第六条　この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき旧省令承認に付されている制限又は条件は、新省令第七条第一項に基づき付された制限又は条件とみなす。
第七条　この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき旧省令承認に係る船舶の船橋に表示されている承認番号は、新省令第十五条第一項の規定に基づき表示された許可番号とみなす。
第八条　この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者に対する当該承認に係る制限又は禁止の措置については、新省令第十七条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第九条　この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者に対する当該漁業の漁獲物等の陸揚港に関する制限については、新省令第十八条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第十条　この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者が提出する漁獲成績報告書についての規定の適用については、新省令第二十二条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第十一条　この省令の施行前に旧省令の規定に基づきなされた漁業取締り上行う農林水産大臣の処分は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。
第十二条　この省令の施行前にした行為及びこの省令の附則によりなお従前の例によることとされた事項に係るこの省令の施行後にした行為並びに前条の規定によりなお処分が効力を有することとされる場合におけるこの省令の施行後にした当該処分に違反する行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第三条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第十三条　この省令の施行の際現に日本船舶以外の動力漁船により旧省令第一条第二項各号のいずれかの漁業を営んでいる者が引き続き行う当該漁業については、平成二十一年三月三十一日までは新省令第三条第一項の規定は適用しない。
第十四条　この省令の施行の際現に日本船舶以外の動力漁船により旧省令第一条第三項各号のいずれかの漁業を営んでいる者が引き続き行う当該漁業については、平成二十一年三月三十一日までは新省令第十九条第一項の規定は適用しない。
附　則　（平成二〇年七月二五日農林水産省令第五〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成二十年八月一日から施行する。
（行政庁の処分及び罰則の適用に関する経過措置）
第二条　この省令の施行前にした行為に対する漁業取締り上行う行政庁の処分についての規定の適用及び罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成二二年七月二八日農林水産省令第四四号）
（施行期日）
第一条　この省令は、平成二十二年八月一日から施行する。
（行政庁の処分及び罰則の適用に関する経過措置）
第二条　この省令の施行前にした行為に対する漁業取締り上行う行政庁の処分についての規定の適用及び罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成二四年六月五日農林水産省令第三五号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成二十四年六月七日から施行する。ただし、第一条中指定漁業の許可及び取締り等に関する省令別表第二遠洋かつお・まぐろ漁業の項第一号の次に一号を加える改正規定及び同表近海かつお・まぐろ漁業の項の改正規定並びに第二条の規定は、平成二十五年一月一日から施行する。
附　則　（平成二六年一二月一八日農林水産省令第七一号）　抄
（施行期日）
１　この省令は、平成二十七年三月三日から施行する。ただし、第一条中指定漁業の許可及び取締り等に関する省令第十三条及び第十四条の改正規定並びに第二条中特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令第十二条の二及び第十三条の改正規定は、公布の日から施行する。
（罰則の適用に関する経過措置）
３　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成二八年五月一九日農林水産省令第三九号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成二九年九月四日農林水産省令第五二号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成三十年一月一日から施行する。
（準備行為）
第二条　この省令による改正後の特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令（以下「新省令」という。）第三条第一項本文の規定による許可を受けようとする者は、この省令の施行前においても、新省令第五条の規定の例により、許可の申請をすることができる。
２　農林水産大臣は、前項の申請があった場合には、この省令の施行前においても、新省令第三条、第四条、第六条、第七条、第十条及び十二条の二の規定の例により、許可をすることができる。
（経過措置）
第三条　この省令の施行前にかじき等流し網漁業について漁業法第六十七条第一項の規定に基づく海区漁業調整委員会の指示に定めるところにより海区漁業調整委員会の承認を受けた者は、平成三十年三月三十一日までの間は、かじき等流し網漁業について同法第六十五条第一項又は水産資源保護法第四条第一項の規定に基づく都道府県規則の規定による都道府県知事の許可を受けた者とみなして、新省令第三条第一項の規定を適用する。
（罰則の適用に関する経過措置）
第四条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
別表第一の一（第三条第一項本文及び第二項関係）
特定大臣許可漁業の種類	規制海域	期間	
ずわいがに漁業	一　新潟県と富山県との最大高潮時海岸線における境界点正北の線（以下この表において「甲線」という。）以西の日本海の海域	十一月六日から翌年三月二十日まで	
	二　甲線以東の日本海の海域のうち、北緯四十一度二十分九秒の線以南の海域	十月一日から翌年五月三十一日まで	
	三　甲線以東の日本海の海域のうち、北緯四十一度二十分九秒の線以北の海域	十一月一日から翌年四月三十日まで	
	四　北海道稚内市宗谷岬突端から樺太西能登呂岬突端に至る線以東のオホーツク海の海域（東経百四十八度五十九分四十一秒の線以西の北緯五十三度三十分五秒の線、北緯五十三度三十分五秒東経百四十八度五十九分四十一秒の点から北緯四十六度九秒東経百四十八度五十九分四十三秒の点に至る直線及び東経百四十八度五十九分四十三秒の線以東の北緯四十六度九秒の線から成る線以南の海域に限る。）	十月十六日から翌年六月十五日まで	
	五　青森県下北郡東通村尻屋埼突端から正東の線と千葉県南房総市野島埼突端から正東の線との両線間における太平洋の海域	十二月十日から翌年三月三十一日まで	
東シナ海等かじき等流し網漁業	東経百二十七度五十九分五十二秒の線以西の日本海及び東シナ海の海域のうち、排他的経済水域及び大陸棚に関する法律第一条第二項に規定する中間線（以下「中間線」という。）、中間線と北緯三十三度十二秒の線との交点から北緯三十三度十二秒東経百二十七度五十九分五十二秒の点に至る直線、北緯三十三度十二秒東経百二十七度五十九分五十二秒の点から北緯三十度十三秒東経百二十七度五十九分五十二秒の点に至る直線、北緯三十度十三秒東経百二十七度五十九分五十二秒の点から北緯二十七度十四秒東経百二十五度二十九分五十四秒の点に至る直線及び北緯二十七度十四秒東経百二十五度二十九分五十四秒の点から東経百二十五度二十九分五十四秒の線と中間線との交点に至る直線に囲まれた海域	八月一日から翌年七月三十一日まで	
かじき等流し網漁業	領海及び排他的経済水域から成る海域のうち、次の各号に掲げる海域を除いたもの
一　オホーツク海
二　東経百二十七度五十九分五十二秒の線以東の日本海
三　農林水産大臣が告示で定める線以西の太平洋の海域	一月一日から十二月三十一日まで	
東シナ海はえ縄漁業	第一条第一項第九号ロからニまでに掲げる海域	八月一日から翌年七月三十一日まで	
大西洋等はえ縄等漁業	大西洋又はインド洋の海域	九月一日から翌年八月三十一日まで	
太平洋底刺し網等漁業	太平洋の公海	四月一日から翌年三月三十一日まで	
別表第一の二（第三条第一項ただし書関係）
特定大臣許可漁業の種類	海域	期間	
かじき等流し網漁業	東経百四十四度五十九分四十六秒の線、北緯四十一度十秒の線、東経百四十二度五十九分四十七秒の線、北緯三十八度十一秒の線、東経百四十一度五十九分四十七秒の線、次のイの点からハの点までを順次に直線で結ぶ線、次のニの点からヘの点までを順次に直線で結ぶ線及び陸岸により囲まれた海域
イ　青森県西津軽郡深浦町艫作埼突端
ロ　北海道松前郡松前町松前小島灯台
ハ　北海道松前郡松前町白神岬突端
ニ　最大高潮時海岸線と千葉県南房総市野島埼灯台正南の線との交点
ホ　千葉県南房総市野島埼灯台正南三十海里の点
ヘ　北緯三十度十五秒東経百四十六度五十九分四十七秒の点	一月一日から十二月三十一日まで	
別表第二（第十七条関係）
特定大臣許可漁業の名称	制限又は禁止の措置	
ずわいがに漁業	次に掲げる海域におけるずわいがに漁業の操業は、禁止する。
イ　指定漁業省令別表第二沖合底びき網漁業の項第一号イに規定する水域
ロ　北緯三十八度五十分十秒の線、東経百三十二度五十九分五十秒の線、北緯四十度十分九秒の線及び東経百三十五度五十九分四十九秒の線の各線により囲まれた海域	
東シナ海等かじき等流し網漁業	一　東経百二十七度五十九分五十二秒の線以西の日本海及び東シナ海の海域のうち、東シナ海等かじき等流し網漁業に係る規制海域以外の海域における東シナ海等かじき等流し網漁業の操業は、禁止する。
二　東シナ海等かじき等流し網漁業によるさけ、ます、歯鯨（まっこう鯨、とっくり鯨及びみなみとっくり鯨を除く。）又はうみがめ類の採捕は、禁止する。	
かじき等流し網漁業	一　次に掲げる海域におけるかじき等流し網漁業の操業は、禁止する。
イ　領海及び排他的経済水域以外の海域（東経百二十七度五十九分五十二秒の線以西の日本海及び東シナ海の海域を除く。）
ロ　オホーツク海及び東経百二十七度五十九分五十二秒の線以東の日本海の海域（イに掲げる海域と重複する部分を除く。）
ハ　東京都と千葉県との最大高潮時海岸線における境界点から最大高潮時海岸線と同県南房総市野島埼灯台正南の線との交点に至る最大高潮時海岸線及び次に掲げる各点を順次に直線で結ぶ線から成る線以西の太平洋の海域（イ及びロに掲げる海域と重複する部分を除く。）
（１）　最大高潮時海岸線と千葉県南房総市野島埼灯台正南の線との交点
（２）　千葉県南房総市野島埼灯台正南三十海里の点
（３）　北緯三十度十五秒東経百四十六度五十九分四十七秒の点
（４）　赤道と東経百四十六度五十九分四十九秒の線との交点
ニ　次の（１）の点から（３）の点までを順次に直線で結ぶ線、次の（４）の点から（２０）の点までを順次に直線で結ぶ線及び陸岸により囲まれた海域（ロに掲げる海域と重複する部分を除く。）
（１）　青森県西津軽郡深浦町艫作埼突端
（２）　北海道松前郡松前町松前小島灯台
（３）　北海道松前郡松前町白神岬突端
（４）　北海道函館市恵山岬突端
（５）　北海道函館市恵山岬突端正東十海里の点
（６）　青森県八戸市鮫角突端正東三十五海里の点
（７）　岩手県宮古市魹ヶ崎突端正東十海里の点
（８）　岩手県大船渡市首埼突端正東十海里の点
（９）　宮城県気仙沼市御埼突端正東十海里の点
（１０）　宮城県本吉郡南三陸町歌津埼突端正東十海里の点
（１１）　宮城県石巻市金華山頂上正東十海里の点
（１２）　宮城県と福島県との最大高潮時海岸線における境界点正東二十五海里の点
（１３）　福島県双葉郡浪江町請戸ノ鼻突端正東二十五海里の点
（１４）　福島県いわき市塩屋埼灯台正東二十五海里の点
（１５）　茨城県ひたちなか市磯埼突端正東二十五海里の点
（１６）　千葉県銚子市銚子一ノ島灯台正東二十五海里の点
（１７）　千葉県銚子市銚子一ノ島灯台南東二十五海里の点
（１８）　千葉県いすみ市太東埼突端南南東三十海里の点
（１９）　千葉県南房総市野島埼灯台正南十五海里の点
（２０）　千葉県南房総市野島埼灯台
ホ　領海及び排他的経済水域のうち、それぞれ東京都小笠原村南鳥島を囲む部分
ヘ　指定漁業省令別表第二沖合底びき網漁業の項第一号イに規定する水域
二　次に掲げる各点を順次に直線で結ぶ線及び陸岸により囲まれた海域（前号イ及びニに掲げる海域と重複する部分及び次号に規定する海域を除く。）におけるかじき等流し網漁業の操業は、毎年五月一日から六月三十日までの期間内においては、禁止する。
イ　千葉県いすみ市太東埼突端
ロ　千葉県いすみ市太東埼突端東南東の線と東経百四十一度五十九分四十八秒の線との交点
ハ　北緯三十八度十一秒東経百四十一度五十九分四十七秒の点
ニ　北緯三十八度十一秒東経百四十六度五十九分四十六秒の点
ホ　北緯三十度十五秒東経百四十六度五十九分四十七秒の点
ヘ　千葉県南房総市野島埼灯台正南三十海里の点
ト　千葉県南房総市野島埼灯台
三　北緯三十八度十一秒の線、東経百四十六度五十九分四十六秒の線、北緯三十三度十三秒の線及び東経百四十二度五十九分四十七秒の線により囲まれた海域（第一号イに掲げる海域と重複する部分を除く。）におけるかじき等流し網漁業の操業は、毎年五月一日から九月三十日までの期間内においては、禁止する。
四　かじき等流し網漁業によるさけ、ます、歯鯨（まっこう鯨、とっくり鯨及びみなみとっくり鯨を除く。）、うみがめ類、くろとがりざめ又はよごれの採捕は、禁止する。	
別表第三（第十九条関係）
届出漁業の種類	海域	
沿岸まぐろはえ縄漁業	我が国の排他的経済水域、領海及び内水並びに我が国の排他的経済水域によって囲まれた海域から成る海域（東京都小笠原村南鳥島に係る排他的経済水域及び領海並びに北海道稚内市宗谷岬突端を通る経線以西、長崎県長崎市野母崎突端を通る緯線以北の日本海の海域を除く。）	
小型するめいか釣り漁業	内水（内水面を除く。）、領海及び排他的経済水域から成る海域	
暫定措置水域沿岸漁業等	第一条第一項第九号イからニまでに掲げる海域	
別表第四（第二十一条関係）
届出漁業の名称	制限又は禁止の措置	
沿岸まぐろはえ縄漁業	一　指定漁業省令別表第二沖合底びき網漁業の項第一号イに規定する水域における沿岸まぐろはえ縄漁業の操業は、禁止する。
二　沿岸まぐろはえ縄漁業によるくろとがりざめ又はよごれの採捕は、禁止する。
三　沿岸まぐろはえ縄漁業によるめばちの採捕は、農林水産大臣が定めた期間内においては、禁止する。
四　沿岸まぐろはえ縄漁業によるきはだの採捕は、農林水産大臣が定めた期間内においては、禁止する。	
小型するめいか釣り漁業	指定漁業省令別表第二沖合底びき網漁業の項第一号イに規定する水域における小型するめいか釣り漁業の操業は、禁止する。	
別記
様式第１号（第６条関係）
[略]
様式第２号（第１５条関係）
[略]
様式第３号（第１６条関係）
[略]
様式第４号（第２４条関係）
[略]