平成五年総理府令第九号
絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則
絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（平成四年法律第七十五号）及び絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令（平成五年政令第十七号）の規定に基づき、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則を次のように定める。
目次
第一章　個体等の取扱いに関する規制等（第一条―第十九条）
第二章　生息地等の保護に関する規制（第二十条―第三十二条）
第三章　保護増殖事業（第三十三条―第三十五条）
第四章　認定希少種保全動植物園等（第三十六条―第四十七条）
第五章　雑則（第四十八条―第五十六条）
附則
第一章　個体等の取扱いに関する規制等
（定義）
第一条　この省令において使用する用語は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（以下「法」という。）において使用する用語の例による。
（希少野生動植物種の加工品）
第一条の二　絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令（以下「令」という。）別表第五の加工品の欄の環境省令で定める加工品は、次の表の科名の欄に掲げる科の区分に応じ、それぞれ同表の加工品の欄に定めるものとする。
科名	加工品	
カンガルー科	履物、かばん、袋物	
ねずみカンガルー科	履物、かばん、袋物	
ねこ科	履物、かばん、袋物、楽器	
ぞう科	履物、かばん、袋物、楽器、室内娯楽用具、食卓用具、喫煙具、文房具、日用雑貨、仏具、茶道具	
うま科	履物、かばん、袋物	
ペッカリー科	履物、かばん、袋物	
うみがめ科	履物、かばん、袋物、日用雑貨、楽器	
アリゲーター科	履物、かばん、袋物、楽器	
クロコダイル科	履物、かばん、袋物、楽器	
おおとかげ科	履物、かばん、袋物、楽器	
にしきへび科	履物、かばん、袋物、楽器	
ボア科	履物、かばん、袋物、楽器	
つめなしボア科	履物、かばん、袋物、楽器	
（法第二条第三項の環境省令で定める施設）
第一条の三　法第二条第三項の環境省令で定める施設は、昆虫館又は動物園、植物園、水族館若しくは昆虫館に類する施設（野生動植物の生きている個体の販売若しくは貸出し又は飲食物の提供を主たる目的とするものを除く。）とする。
（提案の募集）
第一条の四　法第六条第五項の規定による提案の募集は、少なくとも毎年度一回、当該提案の募集のための相当な期間を定めて行うものとする。
２　環境大臣は、前項の期間をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（捕獲等の禁止の適用除外）
第一条の五　法第九条第四号の環境省令で定めるやむを得ない事由は、次の各号に掲げるものとする。
一　人の生命又は身体の保護のために必要であること。
二　大学（学校教育法（昭和二十二年法律第二十六号）第一条に規定する大学及び国立大学法人法（平成十五年法律第百十二号）第二条第四項に定める大学共同利用機関をいう。以下同じ。）における教育又は学術研究のために捕獲等をするものであること（あらかじめ、環境大臣に届け出たもの（公立の大学（地方独立行政法人法（平成十五年法律第百十八号）第六十八条第一項に規定する公立大学法人が設置する大学を除く。以下同じ。）にあっては環境大臣に通知したもの）に限る。）。
三　次に掲げる行為に伴って捕獲等をするものであること。
イ　森林法（昭和二十六年法律第二百四十九号）第十条の三若しくは第三十八条又は地すべり等防止法（昭和三十三年法律第三十号）第二十一条第一項若しくは第二項の規定に基づく処分による義務の履行として行う行為であって急を要するもの
ロ　非常災害に対する必要な応急措置としての行為
四　個体の保護のための移動又は移植を目的として当該個体の捕獲等をすることであって次に掲げる行為に伴うものであること（あらかじめ、環境大臣に届け出たものに限る。）。
イ　森林の保護管理のための標識又は野生鳥獣の保護増殖のための標識、巣箱、給餌台若しくは給水台を設置し、又は管理すること。
ロ　測量法（昭和二十四年法律第百八十八号）第十条第一項に規定する測量標又は水路業務法（昭和二十五年法律第百二号）第五条第一項に規定する水路測量標を設置し、又は管理すること。
ハ　漁港及び漁場の整備等に関する法律（昭和二十五年法律第百三十七号）第三条第一号に掲げる施設、同条第二号イ、ロ、ハ、ル若しくはヲに掲げる施設（同号イに掲げる施設については駐車場及びヘリポートを除き、同号ハに掲げる施設については公共施設用地に限る。）又は同法第六十六条の規定により漁港施設とみなされている施設を設置し、又は管理すること。
ニ　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三十四条に規定する漁港管理規程に基づき標識を設置し、又は管理すること。
ホ　沿岸漁業（沿岸漁業改善資金助成法（昭和五十四年法律第二十五号）第二条第一項に規定する沿岸漁業（総トン数十トン以上二十トン未満の動力漁船（とう載漁船を除く。）を使用して行うものを除く。）をいう。以下同じ。）の生産基盤の整備及び開発を行うために必要な沿岸漁業の構造の改善に関する事業に係る施設を設置し、又は管理すること。
ヘ　海洋水産資源開発促進法（昭和四十六年法律第六十号）第七条に規定する沿岸水産資源開発計画に基づく事業に係る増殖又は養殖のための施設を設置し、又は管理すること。
ト　道路を設置し、又は管理すること。
チ　信号機、防護柵、土留擁壁その他道路、鉄道、軌道又は索道の交通の安全を確保するための施設を設置し、又は管理すること。
リ　鉄道、軌道若しくは索道の駅舎又は自動車若しくは船舶による旅客運送事業の営業所若しくは待合所において、駅名板、停留所標識又は料金表、運送約款その他これらに類するものを表示した施設を設置し、又は管理すること。
ヌ　鉄道、軌道又は索道のプラットホーム（上家を含む。）を設置し、又は管理すること。
ル　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三条第十四号に規定する廃油処理施設を設置し、又は管理すること。
ヲ　航路標識法（昭和二十四年法律第九十九号）第一条第二項に規定する航路標識（以下単に「航路標識」という。）その他船舶の交通の安全を確保するための施設を設置し、又は管理すること。
ワ　船舶又は積荷の急迫した危難を避けるための応急措置として仮設の建築物その他の工作物（以下単に「工作物」という。）を新築すること。
カ　航空法（昭和二十七年法律第二百三十一号）第二条第五項に規定する航空保安施設を設置し、又は管理すること。
ヨ　郵便差出箱、集合郵便受箱、信書便差出箱、公衆電話施設又は電気通信事業法（昭和五十九年法律第八十六号）第百四十一条第三項に規定する陸標を設置し、又は管理すること。
タ　電気供給のための電線路、有線電気通信のための線路又は空中線系（その支持物を含む。）を設置し、又は管理すること。
レ　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための施設を設置し、又は管理すること。
ソ　送水管、ガス管、電気供給のための電線路、有線電気通信のための線路その他これらに類する工作物を道路に埋設し、又は管理すること。
ツ　消防又は水防の用に供する望楼又は警鐘台を設置すること。
ネ　法令の規定により、又は保安の目的で標識を設置し、又は管理すること。
ナ　この号に掲げる行為を行うための仮設の工作物（宿舎を除く。）を当該行為に係る工事敷地内において設置すること。
ラ　放送法（昭和二十五年法律第百三十二号）第二条第一号に規定する放送の業務又は電気通信事業法第二条第四号に規定する電気通信事業の用に供する施設の管理のために必要な行為
ム　水力、火力又は原子力による発電のため必要なダム、水路、貯水池、建物、機械、器具その他の工作物の設置若しくは改良又はこれらのため必要な工作物の設置若しくは改良及び送電変電施設の整備、ガス事業法（昭和二十九年法律第五十一号）第二条第十一項に規定するガス事業又は工業用水道事業法（昭和三十三年法律第八十四号）第二条第四項に規定する工業用水道事業を行う者が行う保安の確保のために必要な行為
ウ　文化財保護法（昭和二十五年法律第二百十四号）第二十七条第一項の規定により指定された重要文化財、同法第七十八条第一項の規定により指定された重要有形民俗文化財、同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財、同法第百九条第一項の規定により指定され、若しくは同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物、同法第百三十四条第一項の規定により選定された重要文化的景観又は旧重要美術品等ノ保存ニ関スル法律（昭和八年法律第四十三号）第二条第一項の規定により認定された物件の保存のための行為
ヰ　鉱業法（昭和二十五年法律第二百八十九号）第四条に規定する鉱業、採石法（昭和二十五年法律第二百九十一号）第十条第一項第三号に規定する採石業又は砂利採取法（昭和四十三年法律第七十四号）第二条に規定する砂利採取業を行うこと。
ノ　農業、林業又は漁業を営むために行う行為
オ　森林法第二十五条第一項若しくは第二項若しくは第二十五条の二第一項若しくは第二項の規定により指定された保安林の区域又は同法第四十一条の規定により指定された保安施設地区（以下「保安林の区域等」という。）において同法第三十四条第二項の許可を受けた者が行う当該許可に係る行為又は同項各号に該当する場合の同項に規定する行為（同法第四十四条において準用する場合を含む。）
（捕獲等の目的）
第二条　法第十条第一項の環境省令で定める目的は、教育の目的、国内希少野生動植物種等の個体の生息状況又は生育状況の調査の目的その他国内希少野生動植物種等の保存に資すると認められる目的とする。
（捕獲等の許可の申請等）
第三条　法第十条第二項の規定による許可の申請（第三項に規定する許可の申請を除く。）は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所、氏名及び職業（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
二　捕獲等をしようとする個体に係る次に掲げる事項
イ　種名
ロ　卵を採取しようとする場合にあっては、その旨
ハ　数量
三　捕獲等をする目的
四　捕獲等をする区域及び当該区域の状況
五　捕獲等の方法
六　捕獲等をした個体の輸送方法（生きている個体の場合に限る。）
七　捕獲等をしようとする期間
八　捕獲等をした個体を飼養栽培しようとする場合にあっては、その場所の所在地、飼養栽培施設の規模及び構造並びに飼養栽培の取扱者の住所、氏名、職業及び飼養栽培に関する経歴
２　前項の申請書には、次の各号に掲げる書類を添付しなければならない。
一　捕獲等をする区域の状況を明らかにした図面
二　捕獲等をした個体を飼養栽培しようとする場合にあっては、飼養栽培施設の規模及び構造を明らかにした図面及び写真
三　捕獲等をしようとする個体が動物である場合にあっては、捕獲等の方法を明らかにした図面
３　法第三十条第一項の事業に係る譲渡し又は引渡しのためにする繁殖の目的で行う特定第一種国内希少野生動植物種の生きている個体の捕獲等についての法第十条第二項の規定による許可の申請は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二　特定国内種事業の届出年月日及び届出先
三　捕獲等をしようとする個体に係る次に掲げる事項
イ　種名
ロ　卵を採取しようとする場合にあっては、その旨
ハ　数量
四　捕獲等をする区域及び当該区域の状況
五　捕獲等の方法
六　捕獲等をした個体の輸送方法
七　捕獲等をしようとする期間
八　捕獲等をした個体を繁殖させる場所の所在地、繁殖施設の概要並びに繁殖に従事する者の氏名及び繁殖に関する経歴
九　繁殖方法及び繁殖計画
４　前項の申請書には、次の各号に掲げる書類を添付しなければならない。
一　捕獲等をする区域の状況を明らかにした図面
二　繁殖施設の規模及び構造を明らかにした図面及び写真
三　捕獲等をしようとする個体が動物である場合にあっては、捕獲等の方法を明らかにした図面
５　法第十条第五項の許可証（以下この条において単に「許可証」という。）の様式は、様式第一のとおりとする。
６　法第十条第六項の規定による従事者証の交付の申請は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業
二　捕獲等に係る許可証の番号及び交付年月日
三　捕獲等に従事する者の住所、氏名及び職業
７　法第十条第六項の従事者証（以下この条において単に「従事者証」という。）の様式は、様式第二のとおりとする。
８　法第十条第七項の規定による許可証又は従事者証の再交付の申請は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所、氏名及び職業（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
二　許可証又は従事者証の番号及び交付年月日
三　許可証若しくは従事者証を亡失し、又は許可証若しくは従事者証が滅失した事情
９　許可証及び従事者証は、その効力を失った日から三十日以内に、これを環境大臣に返納しなければならない。
１０　許可証の交付を受けた者は、前項の規定により許可証を返納する場合にあっては、捕獲等に係る個体の都道府県別の数量及び処置の概要（第三項に規定する許可に係る場合にあっては、利用状況）を環境大臣に報告しなければならない。
１１　法第十条第七項の規定により許可証又は従事者証の再交付を受けた者は、その再交付を受けた後において亡失した許可証又は従事者証を回復したときは、速やかに、当該回復した許可証又は従事者証を環境大臣に返納しなければならない。
（個体の取扱方法）
第四条　法第十条第九項（法第十三条第四項において準用する場合を含む。）の環境省令で定める方法は、次の各号に掲げるものとする。
一　当該個体を飼養栽培する場合にあっては、適当な飼養栽培施設に収容すること。
二　当該個体の生息若しくは生育に適した条件を維持し、又は当該個体を殺傷若しくは損傷しないよう適切に管理すること。
三　前条第三項に規定する許可に係る場合にあっては、捕獲等に係る個体を繁殖させた個体と明確に区別して管理すること。
（譲渡し等の禁止の適用除外）
第五条　法第十二条第一項第八号の環境省令で定める場合は、次の各号に掲げるものとする。
一　国又は地方公共団体の試験研究機関が試験研究のために譲渡し等をする場合
二　警察法（昭和二十九年法律第百六十二号）第二条第一項に規定する警察の責務として譲渡し等をする場合
三　検察庁法（昭和二十二年法律第六十一号）第四条に規定する検察官の職務として譲渡し等をする場合
四　第五十条第一項第一号ロの規定により捕獲等をした生きている個体の譲渡し等をする場合
五　動物の愛護及び管理に関する法律（昭和四十八年法律第百五号）第三十六条の規定に基づき、収容された生きている個体の譲渡し等をする場合
六　次に掲げる行為に伴って譲渡し等をする場合
イ　砂防法（明治三十年法律第二十九号）第二条の規定により指定された土地の管理を行い、又は当該土地において同法第一条に規定する砂防工事を行うこと。
ロ　海岸法（昭和三十一年法律第百一号）第三条第一項に規定する海岸保全区域の管理を行い、又は同法第二条第一項に規定する海岸保全施設に関する工事を行うこと。
ハ　地すべり等防止法第三条第一項に規定する地すべり防止区域の管理を行い、又は同法第二条第四項に規定する地すべり防止工事を行うこと。
ニ　河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第六条第一項に規定する河川区域の管理を行い、又は当該区域内において同法第八条に規定する河川工事を行うこと。
ホ　急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律（昭和四十四年法律第五十七号）第三条第一項に規定する急傾斜地崩壊危険区域の管理を行い、又は同法第二条第三項に規定する急傾斜地崩壊防止工事を行うこと。
ヘ　森林法第四十一条第三項に規定する保安施設事業又は地すべり等防止法に基づくぼた山崩壊防止工事を行うこと。
ト　文化財保護法第二十七条第一項の規定による重要文化財の指定、同法第七十八条第一項の規定による重要有形民俗文化財の指定、同法第百九条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の指定若しくは同法第百十条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の仮指定のための行為又は同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財を調査すること。
チ　第一条の五第四号ウに掲げる行為
七　個体の保護のための移動又は移植を目的として当該個体の譲渡し等をする場合であって次に掲げる行為に伴うもの
イ　砂防法第二条の規定により指定された土地以外の土地において同法第一条に規定する砂防設備に関する工事を行うこと。
ロ　河川法第六条第一項に規定する河川区域以外の区域において同法第三条第二項に規定する河川管理施設の工事を行うこと。
ハ　雪崩の防止のための工事を行うこと又は火山地、火山麓若しくは火山現象により著しい被害を受けるおそれのある地域において土砂の崩壊等による災害を防止するために土石流発生監視装置、測定機器その他これらに付随する工作物を設置すること。
ニ　都市公園法（昭和三十一年法律第七十九号）第二条第一項に規定する都市公園又は都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第四条第六項に規定する都市計画施設である公園、緑地若しくは墓園（以下「都市公園等」という。）を設置し、又は管理すること。
ホ　下水道法（昭和三十三年法律第七十九号）第二条第三号に規定する公共下水道、同条第四号に規定する流域下水道又は同条第五号に規定する都市下水路（以下「下水道」という。）を設置し、又は管理すること。
ヘ　道路を設置し、又は管理すること。
２　法第十二条第一項第九号の環境省令で定める場合は、次の各号に掲げるものとする。
一　大学における教育又は学術研究のために譲渡し等をする場合
二　獣医師法（昭和二十四年法律第百八十六号）第四章の規定による業務に伴って譲渡し等をする場合
三　文化財保護法第二十七条第一項の規定により指定された重要文化財、同法第七十八条第一項の規定により指定された重要有形民俗文化財、同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財、同法第百九条第一項の規定により指定され、若しくは同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物又は旧重要美術品等ノ保存ニ関スル法律第二条第一項の規定により認定された物件の保存のための行為に伴って譲渡し等をする場合
四　博物館法（昭和二十六年法律第二百八十五号）第二条第一項に規定する博物館又は同法第三十一条第一項の規定により博物館に相当する施設として指定された施設（第三項において「指定施設」という。）が、当該施設における展示のために譲渡し等（生きている個体に係るものを除く。）をする場合
五　土地の譲渡し若しくは譲受け又は引渡し若しくは引取りに伴い当該土地に生育している個体の譲渡し等をする場合
六　非常災害のため必要な応急措置として譲渡し等をする場合
七　次に掲げる国際希少野生動植物種の個体であって、鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律（平成十四年法律第八十八号）に基づき適法に捕獲（殺傷を含む。）された個体又は当該個体から繁殖させたものの譲渡し等をする場合
イ　Ursus arctos（ヒグマ）
ロ　Ursus thibetanus（アジアクロクマ）
八　次に掲げる国際希少野生動植物種の個体であって、漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第五十七条第一項、第百十九条第一項若しくは第二項の規定により定められた省令若しくは規則に基づき適法に採捕された個体若しくは漁業法第百二十条第一項の規定による指示に従って採捕された個体又はこれらの個体から繁殖させたものの譲渡し等をする場合
イ　Balaena mysticetus（ホッキョククジラ）
ロ　Eubalaena属（セミクジラ属）全種
ハ　Balaenoptera musculus（シロナガスクジラ）
ニ　Megaptera novaeangliae（ザトウクジラ）
ホ　Eschrichtius robustus（コククジラ）
ヘ　Caperea marginata（コセミクジラ）
ト　Neophocaena asiaeorientalis（スナメリ）
チ　Berardius arnuxii（ミナミツチクジラ）
リ　Hyperoodon属（トックリクジラ属）全種
ヌ　令別表第二の表二の第一の三のホの（２）又は（３）に掲げる種
九　次に掲げる国際希少野生動植物種の個体であって繁殖させたものの譲渡し等をする場合
イ　Erythrura gouldiae（コキンチョウ）
ロ　Neochmia ruficauda ruficauda（ネオクミア・ルフィカウダ・ルフィカウダ）
ハ　Polytelis alexandrae（テンニョインコ）
ニ　Polytelis anthopeplus monarchoides（ポリュテリス・アントペプルス・モナルコイデス）
ホ　Polytelis swainsonii（ミカヅキインコ）
ヘ　Chinchilla属（チンチラ属）全種
ト　Lophophorus impejanus（ニジキジ）
チ　Lophura swinhoii（サンケイ）
リ　Syrmaticus ellioti（カラヤマドリ）
ヌ　Syrmaticus mikado（ミカドキジ）
ル　Struthio camelus（ダチョウ）
ヲ　令別表第二の表二の第二の（１）、（２）、（４）、（７）から（９）まで、（１１）から（１３）まで又は（１８）に掲げる種
十　第七号から第九号までに掲げるもの（以下この号及び第九条において「適法捕獲等個体」という。）の器官又は適法捕獲等個体若しくはその器官の加工品の譲渡し等をする場合
３　第一項第四号又は前項第一号、第三号、第四号若しくは第六号に規定する譲受け又は引取りをした者は、当該譲受け又は引取りをした後三十日以内に、環境大臣に届け出る（国の機関、地方公共団体、公立の大学、公立博物館又は公立の指定施設が譲受け又は引取りをする場合にあっては、環境大臣に通知する）ものとする。
（譲渡し等の目的）
第六条　法第十三条第一項の環境省令で定める目的は、教育の目的、希少野生動植物種の個体の生息状況又は生育状況の調査の目的その他希少野生動植物種の保存に資すると認められる目的とする。
（譲渡し等の許可の申請）
第七条　法第十三条第二項の規定による許可の申請は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所、氏名及び職業（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
二　譲渡し等をしようとする個体等に係る次に掲げる事項
イ　種名
ロ　生きている個体、卵、剝製その他の標本、個体の器官、個体の器官の加工品又はその他の個体等の区分（個体の器官又はその加工品にあってはその区分及び名称）
ハ　数量
ニ　所在地
三　譲渡し等をする目的
四　譲渡し等をする相手方の住所、氏名及び職業（相手方が法人の場合にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
五　譲渡し等をする際の輸送方法（生きている個体の場合に限る。）
六　譲渡し等をする予定時期
七　譲渡し又は引渡しをしようとする者にあっては、当該譲渡し又は引渡しをする個体等を取得した経緯
八　譲受け又は引取りをしようとする者であって当該譲受け又は引取りをした個体を飼養栽培しようとするものにあっては、当該個体を飼養栽培しようとする場所の所在地、飼養栽培施設の規模及び構造並びに飼養栽培の取扱者の住所、氏名、職業及び飼養栽培に関する経歴
２　希少野生動植物種の個体等の譲渡し等をしようとする者であって次の各号に掲げるものは、それぞれ当該各号に定める書類を、前項の申請書に添付しなければならない。
一　希少野生動植物種の個体等の譲渡し又は引渡しをしようとする者　当該個体等の写真
二　希少野生動植物種の個体の譲受け又は引取りをしようとする者であって当該個体を飼養栽培しようとするもの　飼養栽培施設の規模及び構造を明らかにした図面及び写真
（認定書の交付の申請）
第八条　令第七条第一項第二号の認定書の交付を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一　申請者の住所、氏名及び職業（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
二　輸出しようとする個体等に係る次に掲げる事項
イ　種名
ロ　生きている個体、卵、剝製その他の標本、個体の器官、個体の器官の加工品又はその他の個体等の区分（個体の器官又はその加工品にあってはその区分及び名称）
ハ　数量
ニ　所在地
三　輸出の目的
四　仕向地
五　輸出の相手方の住所、氏名及び職業（相手方が法人の場合にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
六　輸送の方法（生きている個体の場合に限る。）
七　輸出の予定時期
八　輸出しようとする個体等を取得した経緯
九　輸出した個体を飼養栽培しようとする場合にあっては、その場所の所在地、飼養栽培施設の規模及び構造
十　輸出の目的を達成した後の個体等の取扱い
２　前項の申請書には、次の各号のいずれかに該当する書類を添付しなければならない。
一　法第十条第五項若しくは第七項の規定により交付を受けた許可証の写し又は法第十三条第一項の許可を受けたことを証する書類
二　前号に掲げる書類を添付し難い場合にあっては、当該個体等を適法に取得したことを証する書類
（陳列又は広告の禁止の適用除外）
第九条　法第十七条第一号の環境省令で定める場合は、適法捕獲等個体若しくはその器官又はこれらの加工品の陳列又は広告をする場合とする。
第十条　削除
（登録の対象となる牙）
第十条の二　令別表第七の個体等の欄の環境省令で定める牙は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の国際取引に関する条約（次条第一項第四号において「条約」という。）附属書Ⅱに掲げるＬｏｘｏｄｏｎｔａ　ａｆｒｉｃａｎａ（アフリカゾウ）に付された注釈に従って本邦に輸入されたと認められるものとする。
（個体等の登録の申請等）
第十一条　法第二十条第二項の申請書には、登録をしようとする個体等の写真（第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、当該個体の写真及びその個体識別措置に係る番号を確認することができる写真（当該個体に個体識別措置が講じられていることが確認できるものに限る。））及び証明書（第三項各号に掲げる種の生きている個体の場合に限り、個体識別措置が、マイクロチップ（国際標準化機構が定めた規格第一一七八四号及び第一一七八五号に適合するものに限る。以下同じ。）である場合にあっては獣医師が発行した当該マイクロチップの識別番号に係る証明書と、脚環である場合にあっては当該脚環の識別番号に係る証明書とする。）のほか、次の各号に掲げる個体等の区分に応じ、当該各号に定める書類を添付しなければならない。ただし、当該書類を添付し難い場合にあっては、これに代えて、当該個体等が当該区分に該当することを証する書類を添付することができる。
一　令第八条第一号の要件に該当する個体又はその個体から生じた器官等　当該個体を繁殖させた場所及び経緯を記載した書類並びに次のイからハまでに掲げる個体の区分に応じ、それぞれイからハまでに定める書類
イ　その親が法第二十条第一項の規定により登録を受けた個体又はその個体から生じた器官等　当該親に係る法第二十条第三項（法第二十条の二第二項において準用する場合を含む。第五号において同じ。）、第八項、第九項又は第十項の規定により交付、書換交付又は再交付を受けた登録票の写し
ロ　その親が令第八条第三号の要件に該当する個体又はその個体から生じた器官等　当該親に係る第三号又は第四号に定める書類
ハ　イ及びロに掲げる個体以外の個体又はその個体から生じた器官等　その親を取得した経緯を記載した書類
二　令第八条第二号の要件に該当する個体、器官又は加工品　令別表第二の表二の種名の欄に掲げる種の区分に応じ、それぞれ同表の適用日の欄に定める日前に、当該個体、器官又は加工品を本邦内において取得し、又は本邦に輸入した者が記載した当該取得又は輸入に係る経緯を明らかにした書類
三　令第八条第三号イ又はロの要件に該当する個体、器官又は加工品　輸入貿易管理令（昭和二十四年政令第四百十四号）第四条第一項の規定による輸入の承認を受けたことを証する書類であって通関を証するものの写し
四　令第八条第三号ハの要件に該当する個体、器官又は加工品　関税法（昭和二十九年法律第六十一号）第六十七条の規定により交付された輸入許可書の写し、同法第百二条第一項の規定により交付された輸入に係る通関の証明書の写し又は条約に基づき輸出国の政府機関が発給した輸出許可書若しくは再輸出証明書であって、通関を証するものの写し
五　第一号から第四号までに掲げる個体であって、既に登録を受けたもののうち、当該登録の有効期間が満了したもの（当該登録を受けた時からその有効期間が満了する時までの間にされた当該個体に係る全ての譲受け又は引取りに係る法第二十一条第五項の規定による届出がされたものに限る。）　当該個体に係る法第二十条第三項、第八項、第九項又は第十項の規定により交付、書換交付又は再交付を受けた登録票の写し
２　環境大臣（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、個体等登録機関）は、法第二十条第二項の規定により登録の申請をした者に対し、同項の申請書及び前項の書類のほか、同条第一項に規定する登録要件に該当することを確認するために必要と認める書類の提出を求めることができる。
３　法第二十条第二項第四号の環境省令で定める国際希少野生動植物種は、次の各号に掲げる種とし、同項第四号に規定する環境省令で定める措置は、当該各号に掲げる種の生きている個体ごとに、マイクロチップ又は脚環の装着その他の環境大臣が定める措置とする。
一　令別表第二の表二の第一の一の種名の欄に掲げる種（次に掲げるものを除く。）
イ　Balaena mysticetus（ホッキョククジラ）
ロ　Eubalaena属（セミクジラ属）全種
ハ　Balaenoptera musculus（シロナガスクジラ）
ニ　Megaptera novaeangliae（ザトウクジラ）
ホ　Sotalia属（コビトイルカ属）全種
ヘ　Sousa属（ウスイロイルカ属）全種
ト　Eschrichtius robustus（コククジラ）
チ　Lipotes vexillifer（ヨウスコウカワイルカ）
リ　Caperea marginata（コセミクジラ）
ヌ　Neophocaena asiaeorientalis（スナメリ）
ル　Neophocaena phocaenoides（ネオフォカエナ・フォカエノイデス）
ヲ　Phocoena sinus（コガシラネズミイルカ）
ワ　Platanista属（カワイルカ属）全種
カ　Berardius arnuxii（ミナミツチクジラ）
ヨ　Hyperoodon属（トックリクジラ属）全種
タ　Dugong dugon（ジュゴン）
レ　Trichechus inunguis（アマゾンマナティー）
ソ　Trichechus manatus（アメリカマナティー）
ツ　Trichechus senegalensis（アフリカマナティー）
二　令別表第二の表二の第一の二の種名の欄に掲げる種
三　令別表第二の表二の第一の三の種名の欄に掲げる種（次に掲げるものを除く。）
イ　Ceratophora erdeleni（ケラトフォラ・エルデレニ）
ロ　Ceratophora karu（ケラトフォラ・カル）
ハ　Ceratophora tennentii（ケラトフォラ・テンネンティイ）
ニ　Cophotis ceylanica（セイロンオマキキノボリアガマ）
ホ　Cophotis dumbara（コフォティス・ドゥムバラ）
ヘ　Abronia anzuetoi（アンズエトキノボリアリゲータートカゲ）
ト　Abronia campbelli（キャンベルキノボリアリゲータートカゲ）
チ　Abronia fimbriata（フサキノボリアリゲータートカゲ）
リ　Abronia frosti（フロストキノボリアリゲータートカゲ）
ヌ　Abronia meledona（メレドナキノボリアリゲータートカゲ）
ル　Brookesia perarmata（ロゼッタヒメカメレオン）
ヲ　Cnemaspis psychedelica（ゲンカクマルメスベユビヤモリ）
ワ　Gonatodes daudini（ダウディンイロワケヤモリ）
カ　Lygodactylus williamsi（アオマルメヤモリ）
ヨ　Gallotia simonyi（イエロオオカナヘビ）
タ　Tiliqua adelaidensis（アデレードアオジタトカゲ）
レ　Kinosternon vogti（キノステルノン・ヴォグティ）
四　Andrias属（オオサンショウウオ属）全種
４　法第二十条第二項第五号の環境省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　登録をしようとする個体等に係る次に掲げる事項
イ　個体にあっては、生きている個体、卵又はその他の個体の別
ロ　個体の器官又は個体の器官の加工品にあっては、その名称
ハ　個体の加工品にあっては、剝製又はその他の個体の加工品の別
ニ　主な特徴
ホ　所在地
ヘ　前項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、当該個体に講じた個体識別措置に係る番号
二　登録の対象となる要件
三　個体等の管理者が所有者と異なる場合にあっては、当該個体等の管理者の氏名及び住所
５　法第二十条第四項の環境省令で定める様式は、様式第四のとおりとする。
６　法第二十条第四項第六号の環境省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　登録記号番号
二　個体にあっては、生きている個体、卵又はその他の個体の別
三　個体の加工品にあっては、剝製又はその他の個体の加工品の別
四　個体の器官又は個体の器官の加工品にあっては、その名称
７　法第二十条第六項の規定による変更登録の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該変更登録を受けようとする個体等に係る登録票及び当該個体等の写真を添えて、これを環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）提出して行うものとする。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　登録を受けた個体等に係る次に掲げる事項
イ　登録記号番号
ロ　変更後の個体の器官、個体の加工品又は個体の器官の加工品の区分
ハ　変更後に個体の加工品である場合にあっては、変更後の剝製又はその他の個体の加工品の別
ニ　変更後に個体の器官又は個体の器官の加工品である場合にあっては、変更後のその名称
ホ　主な特徴
ヘ　変更前の個体等が第三項各号に掲げる種の生きている個体である場合にあっては、当該個体に講じられていた個体識別措置及び個体識別番号
８　法第二十条第七項の規定による変更登録の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該変更登録を受けようとする個体に係る登録票並びに当該個体の写真及びその変更後の個体識別措置に係る番号を確認することができる写真（当該個体に変更後の個体識別措置が講じられていることが確認できるものに限る。）並びに証明書（個体識別措置が、マイクロチップである場合にあっては獣医師が発行した当該マイクロチップの識別番号の変更に係る証明書と、脚環である場合にあっては当該脚環の識別番号の変更に係る証明書とする。）を添えて、当該個体の個体識別措置を変更した日から起算して三十日を経過する日までの間に、これを環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）提出して行うものとする。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　登録を受けた個体に係る次に掲げる事項
イ　登録記号番号
ロ　変更後の個体識別措置及び個体識別措置に係る番号
ハ　変更の理由
ニ　主な特徴
９　法第二十条第九項の規定による書換交付の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該書換交付を受けようとする個体等に係る登録票、当該個体等の写真（第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、当該個体の写真及びその個体識別番号を確認することができる写真（当該個体に個体識別措置が講じられていることが確認できるものに限る。））及び証明書（第三項各号に掲げる種の生きている個体の場合に限り、個体識別措置が、マイクロチップである場合にあっては獣医師が発行した当該マイクロチップの識別番号に係る証明書と、脚環である場合にあっては当該脚環の識別番号に係る証明書とする。）を添えて、これを環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）提出して行うものとする。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　登録を受けた個体等に係る次に掲げる事項
イ　登録記号番号
ロ　登録票の書換の内容
ハ　登録票の書換を必要とする理由
ニ　第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、個体識別措置及び個体識別番号
１０　法第二十条第十項（法第二十二条第二項において準用する場合を含む。）の規定による再交付の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該再交付を受けようとする個体等の写真（第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、当該個体の写真及びその個体識別番号を確認することができる写真（当該個体に個体識別措置が講じられていることが確認できるものに限る。））及び証明書（第三項各号に掲げる種の生きている個体の場合に限り、個体識別措置が、マイクロチップである場合にあっては獣医師が発行した当該マイクロチップの識別番号に係る証明書と、脚環である場合にあっては当該脚環の識別番号に係る証明書とする。）を添えて、これを環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該再交付に係る登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該再交付に係る登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）提出して行うものとする。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　登録を受けた個体等に係る次に掲げる事項
イ　登録記号番号
ロ　種名
ハ　個体にあっては、生きている個体、卵又はその他の個体の別
ニ　個体の加工品にあっては、剝製又はその他の個体の加工品の別
ホ　個体の器官又は個体の器官の加工品にあっては、その名称
ヘ　第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、個体識別措置及び個体識別番号
三　亡失し、又は滅失した登録票の交付年月日
四　登録票を亡失し、又は登録票が滅失した事情
１１　法第二十条第二項及び前四項の規定による申請書の提出については、環境大臣（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、個体等登録機関）が支障がないと認めた場合に限り、当該申請書に記載すべきこととされている事項を記録した電磁的記録媒体（電磁的記録に係る記録媒体をいう。第十四条の二第二項第二号において同じ。）を提出することにより行うことができる。
（氏名等の変更の届出）
第十一条の二　法第二十条第十一項の規定による届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該届出に係る国際希少野生動植物種の個体等に係る登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該届出に係る国際希少野生動植物種の個体等に係る登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）提出して行うものとする。
一　変更が生じた事項に係る次に掲げる事項
イ　変更後の氏名又は住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名又は主たる事務所の所在地）
ロ　変更が生じた年月日
二　登録を受けた個体等に係る次に掲げる事項
イ　登録記号番号
ロ　種名
ハ　個体にあっては、生きている個体、卵又はその他の個体の別
ニ　個体の加工品にあっては、剝製又はその他の個体の加工品の別
ホ　個体の器官又は個体の器官の加工品にあっては、その名称
ヘ　前条第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、個体識別措置及び個体識別番号
２　前項の規定による届出書の提出については、環境大臣（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、個体等登録機関）が支障がないと認めた場合に限り、電子情報処理組織を使用して行うことができる。
（登録の更新に係る個体等）
第十一条の三　法第二十条の二第一項の環境省令で定める個体等は、生きている個体とする。
（個体等の登録の有効期間）
第十一条の四　法第二十条の二第一項の環境省令で定める期間は、五年とする。
（個体等の登録の更新）
第十一条の五　法第二十条の二第一項の規定による個体等の登録の更新の申請は、当該更新を受けようとする個体に係る登録の有効期間の満了の日以前六月以内に、法第二十条の二第二項において準用する法第二十条第二項の申請書に、当該個体に係る登録票、当該個体の写真（第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、当該個体の写真及びその個体識別番号を確認することができる写真（当該個体に個体識別措置が講じられていることが確認できるものに限る。））及び証明書（第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体の場合に限り、個体識別措置が、マイクロチップである場合にあっては獣医師が発行した当該マイクロチップの識別番号に係る証明書と、脚環である場合にあっては当該脚環の識別番号に係る証明書とする。）を添えて、これを環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）提出して行うものとする。
２　第十一条第二項から第六項までの規定は、前項の登録の更新について準用する。この場合において、同条第四項第一号ニ中「主な特徴」とあるのは「主な特徴及び登録記号番号」と読み替えるものとする。
（広告の表示事項）
第十一条の六　法第二十一条第二項の環境省令で定める事項は、登録記号番号、登録年月日及び登録の有効期間の満了の日（第十一条の三に規定する個体の広告をする場合に限る。）とする。
（登録個体等の譲受け等の届出）
第十二条　法第二十一条第五項の規定による届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該届出に係る国際希少野生動植物種の個体等に係る登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該届出に係る国際希少野生動植物種の個体等に係る登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）提出して行うものとする。
一　届出者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二　登録を受けた個体等に係る次に掲げる事項
イ　登録記号番号
ロ　種名
ハ　個体にあっては、生きている個体、卵又はその他の個体の別
ニ　個体の加工品にあっては、剝製又はその他の個体の加工品の別
ホ　個体の器官又は個体の器官の加工品にあっては、その名称
ヘ　第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体にあっては、個体識別措置及び個体識別番号
三　譲受け又は引取りをした年月日
四　届出者に譲渡し又は引渡しをした者の氏名（法人にあっては、名称及び代表者の氏名）
２　第十一条第十一項の規定は、前項の規定による届出書の提出について準用する。
（個体識別番号の識別方法）
第十二条の二　法第二十一条第六項の規定により、個体識別措置が講じられた個体を取り扱う者は、当該個体に係る個体識別番号の識別に関し、次に掲げる方法により取り扱わなければならない。
一　当該個体から個体識別措置を取り外さないこと（当該個体が当該個体識別措置を講じられた部位の疾患にかかっている場合又は当該個体識別措置を講じられた部位に外傷がある場合を除く。）。
二　個体識別措置が破損若しくは脱落し、又は前号括弧書に規定する事由がやみ当該個体に個体識別措置を講ずることができることとなったときは、直ちに個体識別措置を講ずること。
２　次の各号に掲げる場合は、当該各号に掲げる事由が生じた日から起算して三十日を経過する日までの間に、その旨（第二号又は第三号に掲げる場合にあっては、その旨及び当該個体識別措置が、マイクロチップである場合にあっては獣医師が発行した当該マイクロチップの識別番号に係る証明書、脚環である場合にあっては当該脚環の識別番号に係る証明書）を環境大臣に（個体等登録機関が個体等登録関係事務を行う場合にあっては、当該登録票を交付した個体等登録機関があるときは当該個体等登録機関に、当該登録票を交付した個体等登録機関がないときは現にある個体等登録機関に）届け出なければならない。
一　個体に講じた個体識別措置が破損又は脱落した場合
二　個体から個体識別措置を取り外した場合（前項第一号括弧書に規定する事由がある場合に限る。）
三　前二号に掲げる事由が生じた後、当該個体に個体識別措置を講じた場合（法第二十条第七項の規定により変更登録を受けた場合を除く。）
（登録票の消印）
第十二条の三　法第二十二条第三項の規定により返納に係る登録票に消印をする場合には、当該登録票の見えやすい位置に穴を開けるものとする。
（機関登録の申請等）
第十三条　法第二十三条第二項の規定による登録の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　個体等登録関係事務を行おうとする事務所の名称及び所在地
三　個体等登録関係事務を開始しようとする年月日
２　前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。
一　定款若しくは寄附行為及び登記事項証明書又はこれらに準ずるもの
二　申請の日の属する事業年度の直前の事業年度の貸借対照表及び当該事業年度末の財産目録又はこれらに準ずるもの（申請の日の属する事業年度に設立された法人にあっては、その設立時における財産目録）
三　申請者が法第二十三条第四項第一号及び第二号の規定に適合することを説明した書類
四　申請者が現に行っている業務の概要を記載した書類
五　前各号に掲げるもののほか、その他参考となる事項を記載した書類
３　法第二十三条第一項の環境省令で定める個体等は、令別表第二の表二に掲げる種の個体及びその加工品並びに令別表第五に掲げる器官及び加工品とする。
（個体等登録関係事務の実施の方法等）
第十四条　法第二十四条第二項の環境省令で定める方法は、次に掲げるものとする。
一　登録（更新を含む。次号及び第四号並びに第十五条第二号及び第十号において同じ。）の申請に係る個体等の種を確認すること。
二　登録の申請に係る個体等が令第八条に規定する要件に該当することを確認すること。
三　登録の申請に係る個体等が既に登録を受けたものでないことを確認すること。
四　登録の申請に係る個体等が第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体である場合にあっては、個体識別措置が適切に講じられていること及び当該個体識別措置に係る番号（登録の更新にあっては、当該個体に係る個体識別番号）を確認すること。
２　法第二十四条第三項の環境省令で定める軽微な事項に係る変更は、法第二十三条第一項の登録を受けた者の住所（法人にあっては、その代表者の氏名又は主たる事務所の所在地）の変更とする。
３　法第二十四条第五項の個体等登録関係事務の実施に関する規程は、次の事項について定めるものとする。
一　個体等登録関係事務を行う時間及び休日に関する事項
二　個体等登録関係事務を行う事務所に関する事項
三　個体等登録関係事務の実施体制に関する事項
四　第一項第二号から第四号までの確認の方法に関する事項
五　手数料の収納に関する事項
六　個体等登録関係事務に関する秘密の保持に関する事項
七　個体等登録関係事務に関する帳簿、書類等の管理に関する事項
八　前各号に掲げるもののほか、その他個体等登録関係事務の実施に関し必要な事項
４　個体等登録機関は、法第二十四条第五項前段の認可を受けようとするときは、その旨を記載した申請書に個体等登録関係事務の実施に関する規程を添えて、これを環境大臣に提出しなければならない。
５　個体等登録機関は、法第二十四条第五項後段の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一　変更しようとする事項
二　変更しようとする年月日
三　変更の理由
（電磁的方法）
第十四条の二　法第二十四条第七項第三号の環境省令で定める方法は、当該電磁的記録に記録された事項を紙面又は出力装置の映像面に表示する方法とする。
２　法第二十四条第七項第四号の環境省令で定める電磁的方法は、次に掲げるものとする。
一　送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であって、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるもの
二　電磁的記録媒体をもって調製するファイルに情報を記録したものを交付する方法
３　前項各号に掲げる方法は、受信者がファイルへの記録を出力することによる書面を作成できるものでなければならない。
（帳簿）
第十五条　法第二十四条第八項の環境省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二　登録の申請を受けた年月日
三　申請に係る個体等の種名
四　申請に係る個体等について、生きている個体、卵、剝製その他の標本、個体の器官、個体の器官の加工品又はその他の個体等の区分（個体の器官又はその加工品にあってはその区分及び名称）
五　申請に係る個体等の主な特徴
六　申請に係る個体等について、令第八条に規定する要件のうち該当するもの
七　令第八条に規定する要件に該当することを確認した書類の種類
八　申請に係る個体等が第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体である場合にあっては、個体識別措置及び個体識別番号
九　登録又は登録の更新の別
十　登録を行った年月日
十一　登録記号番号
（個体等登録関係事務の休廃止の許可の申請）
第十六条　個体等登録機関は、法第二十四条第九項の許可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一　休止し、又は廃止しようとする個体等登録関係事務の範囲
二　休止し、又は廃止しようとする年月日
三　休止しようとする場合にあっては、その期間
四　休止又は廃止の理由
（個体等登録関係事務の引継ぎ等）
第十七条　個体等登録機関は、環境大臣が法第二十四条第十項の規定により個体等登録関係事務の全部若しくは一部を自ら行う場合、同条第九項の許可を受けて個体等登録関係事務の全部若しくは一部を廃止する場合又は環境大臣が法第二十六条第四項若しくは第五項の規定により機関登録を取り消した場合には、次に掲げる事項を行わなければならない。
一　個体等登録関係事務を環境大臣に引き継ぐこと。
二　個体等登録関係事務に関する帳簿及び書類を環境大臣に引き継ぐこと。
三　その他環境大臣が必要と認める事項
第十八条　削除
（登録等に関する手数料の納付）
第十九条　法第二十九条に規定する手数料については、国に納付する場合にあっては法第二十条第二項（法第二十条の二第二項において準用する場合を含む。）又は第十一条第七項から第十項までの申請書に、それぞれ当該手数料の額に相当する額の収入印紙を貼ることにより、個体等登録機関に納付する場合にあっては法第二十四条第五項の個体等登録関係事務の実施に関する規程で定めるところにより納付しなければならない。
２　前項の規定により納付された手数料は、これを返還しない。
第二章　生息地等の保護に関する規制
（生息地等保護区の指定又はその変更の公告）
第二十条　法第三十六条第五項の規定による公告は、次の各号に掲げる事項について、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
一　生息地等保護区の指定又はその変更の区域
二　指定又はその変更に係る生息地等保護区の名称
三　生息地等保護区の指定又はその変更の区域の保護に関する指針の案
四　生息地等保護区の指定又はその変更の区域及び名称並びにその区域の保護に関する指針の案の縦覧場所
（公聴会）
第二十一条　環境大臣は、法第三十六条第七項（法第三十七条第三項において準用する場合を含む。）の規定により公聴会を開催しようとするときは、日時、場所及び公聴会において意見を聴こうとする案件を公示するとともに、当該案件に関し意見を聴く必要があると認めた者（以下この条において「公述人」という。）にその旨を通知するものとする。
２　前項の公示は、公聴会の日の三週間前までに官報により行うものとする。
３　公聴会は、環境大臣又はその指名する者が議長として主宰する。
４　公聴会においては、議長は、まず公述人のうち異議がある旨の意見書を提出した者その他意見を聴こうとする案件に対し異議を有する者に異議の内容及び理由を陳述させなければならない。
５　公述人は、発言しようとするときは、議長の許可を受けなければならない。
６　議長は、特に必要があると認めるときは、公聴会を傍聴している者に発言を許すことができる。
７　公述人及び発言を許された者の発言は、意見を聴こうとする案件の範囲を超えてはならない。
８　公述人及び発言を許された者が前項の範囲を超えて発言し、又は不穏当な言動があったときは、議長は、その発言を禁止し、又は退場を命ずることができる。
９　議長は、公聴会の秩序を維持するため必要があると認めるときは、その秩序を妨げ、又は不穏な言動をした者を退去させることができる。
１０　議長は、公聴会の終了後遅滞なく公聴会の経過に関する重要な事項を記載した調書を作成しなければならない。
（管理地区の指定又はその変更の公告）
第二十二条　第二十条の規定は、法第三十七条第三項において準用する法第三十六条第五項の規定による公告について準用する。この場合において、「生息地等保護区」とあるのは「管理地区」と読み替えるものとする。
（管理地区内における行為の許可の申請）
第二十三条　法第三十七条第五項の規定による許可の申請は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二　行為の種類
三　行為の目的
四　行為の場所
五　行為地及びその付近の状況
六　行為の施行方法（指定に係る国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地への当該行為による影響を軽減するための方法を含む。次項において同じ。）
七　行為の着手及び完了の予定日
２　前項の申請書には、次の各号に掲げる図面を添付しなければならない。
一　行為地の位置を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図
二　行為地及びその付近の状況を明らかにした縮尺五千分の一以上の概況図及び天然色写真
三　行為の施行方法を明らかにした縮尺千分の一以上の平面図、立面図、断面図及び構造図
（既着手行為の届出）
第二十四条　法第三十七条第八項の環境省令で定める事項は、次の各号に掲げるものとする。
一　行為者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二　行為の種類
三　行為の目的
四　行為の場所
五　行為地及びその付近の状況
六　行為の施行方法
七　行為の完了の日又は予定日
２　法第三十七条第八項の規定による届出は、前項各号に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
３　前項の届出書には、次の各号に掲げる図面を添付しなければならない。
一　行為地の位置を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図
二　行為地及びその付近の状況を明らかにした縮尺五千分の一以上の概況図及び天然色写真
三　行為の施行方法を明らかにした縮尺千分の一以上の平面図、立面図、断面図及び構造図
（管理地区内における許可を要しない行為）
第二十五条　法第三十七条第九項第二号の環境省令で定める行為は、次の各号に掲げるものとする。
一　工作物を新築し、改築し、又は増築することであって次に掲げるもの
イ　森林の保護管理のための標識又は野生鳥獣の保護増殖のための標識、巣箱、給餌台若しくは給水台を設置すること。
ロ　砂防法第一条に規定する砂防設備、海岸法第二条第一項に規定する海岸保全施設、地すべり等防止法第二条第三項に規定する地すべり防止施設、急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第二条第二項に規定する急傾斜地崩壊防止施設又は雪崩の防止のための施設を改築し、又は増築すること。
ハ　河川法第三条第二項に規定する河川管理施設を改築し、若しくは増築すること又は河川を局部的に改良することであって河川の現状に著しい変更を及ぼさないもの
ニ　砂防法第二条の規定により指定された土地、海岸法第三条に規定する海岸保全区域、地すべり等防止法第三条に規定する地すべり防止区域、河川法第六条第一項に規定する河川区域又は急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第三条に規定する急傾斜地崩壊危険区域の管理のために標識、くい、警報機、雨量観測施設、水位観測施設その他これらに類する工作物を設置すること。
ホ　法令の規定により、又は保安の目的で標識、くい、警報機、雨量観測施設、水位観測施設その他これらに類する工作物を設置すること。
ヘ　測量法第十条第一項に規定する測量標又は水路業務法第五条第一項に規定する水路測量標を設置すること。
ト　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三条第一号に掲げる施設、同条第二号イ、ロ、ハ、ル若しくはヲに掲げる施設（同号イに掲げる施設については駐車場及びヘリポートを除き、同号ハに掲げる施設については公共施設用地に限る。）、管理地区が指定された際現に同法第六十六条の規定により漁港施設とみなされている施設又は同条の規定により漁港施設とみなされた施設であって法第三十七条第四項の規定による許可を受けて設置されたもの（法第五十四条第二項の規定による協議に係るものを含む。）を改築し、又は増築すること。
チ　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三十四条に規定する漁港管理規程に基づき標識を設置すること。
リ　沿岸漁業の生産基盤の整備及び開発を行うために必要な沿岸漁業の構造の改善に関する事業に係る施設を改築し、又は増築すること。
ヌ　海洋水産資源開発促進法第七条に規定する沿岸水産資源開発計画に基づく事業に係る増殖又は養殖のための施設を改築し、又は増築すること。
ル　漁港及び漁場の整備等に関する法律第六条の三第一項に規定する漁港漁場整備長期計画に基づく沿岸漁業に係る魚礁の設置若しくは水産動植物の増殖場及び養殖場の造成若しくは沿岸漁場の保全に関する事業又は沿岸漁場整備開発法（昭和四十九年法律第四十九号）第六条第一項に規定する基本方針若しくは同法第七条の二第一項に規定する基本計画に基づく水産動物の種苗の生産及び放流並びに水産動物の育成に関する事業に係る施設を改築し、又は増築すること。
ヲ　道路を改築し、又は増築すること（小規模の拡幅、舗装、こう配の緩和、線形の改良その他道路の現状に著しい変更を及ぼさないものに限る。）。
ワ　信号機、防護柵、土留擁壁その他道路、鉄道、軌道又は索道の交通の安全を確保するための施設を改築し、又は増築すること（信号機にあっては、新築することを含む。）。
カ　鉄道施設、軌道に関する工作物又は索道施設を維持し、又は管理することに伴い、当該工作物を改築し、又は増築すること。
ヨ　鉄道、軌道若しくは索道の駅舎又は自動車若しくは船舶による旅客運送事業の営業所若しくは待合所において、駅名板、停留所標識又は料金表、運送約款その他これらに類するものを表示した施設を設置すること。
タ　鉄道、軌道又は索道のプラットホーム（上家を含む。）を改築し、又は増築すること。
レ　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第三条第十四号に規定する廃油処理施設を改築し、又は増築すること。
ソ　港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第五項の港湾施設又は同条第六項の規定により港湾施設とみなされた施設を改築し、又は増築すること。
ツ　航路標識その他船舶の交通の安全を確保するための施設を改築し、又は増築すること。
ネ　船舶又は積荷の急迫した危難を避けるための応急措置として仮設の工作物を新築すること。
ナ　航空法第二条第五項に規定する航空保安施設を改築し、又は増築すること。
ラ　郵便差出箱、集合郵便受箱、信書便差出箱、公衆電話施設又は電気通信事業法第百四十一条第三項に規定する陸標を改築し、又は増築すること。
ム　有線電気通信のための線路又は空中線系（その支持物を含む。）を改築し、又は増築すること。
ウ　電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第一項第十八号に規定する電気工作物を改築し、又は増築すること（その現状に著しい変更を及ぼさないものに限る。）。
ヰ　電柱を設置すること。
ノ　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための施設を設置すること。
オ　環境又は地質の調査のための測定機器を設置すること。
ク　水道法（昭和三十二年法律第百七十七号）第三条第八項に規定する水道施設、廃棄物の処理及び清掃に関する法律（昭和四十五年法律第百三十七号）第八条第一項に規定する一般廃棄物処理施設又は同法第十五条第一項に規定する産業廃棄物処理施設を改築し、又は増築すること。
ヤ　送水管、ガス管、電気供給のための電線路、有線電気通信のための線路その他これらに類する工作物を道路に埋設すること。
マ　送水管を農地に埋設すること。
ケ　社寺境内地又は墓地において鳥居、灯ろう、墓碑その他これらに類するものを設置すること。
フ　消防又は水防の用に供する望楼、警鐘台その他これらに類するものを改築し、又は増築すること。
コ　宅地の擁壁又は排水施設その他宅地の災害の防止のために必要な施設を改築し、又は増築すること。
エ　農業用用排水施設を改築し、又は増築すること（河川又は農業用用排水路の現状に著しい変更を及ぼさないものに限る。）。
テ　建築物の存する敷地内において次に掲げる工作物を新築し、改築し、又は増築すること（（２）又は（７）に掲げる工作物の改築又は増築にあっては、改築後又は増築後において（２）又は（７）に掲げるものとなる場合における改築又は増築に限る。）。
（１）　空中線系（その支持物を含む。）その他これに類するもの
（２）　当該建築物の高さを超えない高さの物干場
（３）　旗ざおその他これに類するもの
（４）　門、塀、給水設備又は消火設備
（５）　建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第二条第三号に規定する建築設備
（６）　地下に設ける工作物（建築物を除く。）
（７）　高さが五メートル以下のその他の工作物（建築物を除く。）
ア　法第三十七条第四項の規定による許可を受けた行為（法第五十四条第二項の規定による協議に係る行為を含む。）又はこの条の各号に掲げる行為を行うための仮設の工作物（宿舎を除く。）を、当該行為に係る工事敷地内において設置すること。
二　建築物の存する敷地内において土地の形質を変更すること。
三　鉱物を採掘し、又は土石を採取することであって次に掲げるもの
イ　建築物の存する敷地内において、鉱物を採掘し、又は土石を採取すること。
ロ　鉱業法第五条に規定する鉱業権の設定されている土地の区域内において鉱物の採掘のための試すいを行うこと。
ハ　露天掘でない方法により、鉱物を採掘し、又は土石を採取すること。
ニ　地質の調査のためにボーリングを行うこと。
ホ　環境の調査のために、岩片若しくは石片を採取し、又は採泥を行うこと。
ヘ　水又は温泉を湧出させるために試掘を行うこと（試掘坑の坑底直径が三十センチメートル以下のものであって周辺の自然環境への影響を緩和するための措置を講ずるものに限る。）。
ト　大学における教育又は学術研究のために、鉱物を採掘し、又は土石を採取すること（あらかじめ、環境大臣に届け出たもの（公立の大学にあっては環境大臣に通知したもの）に限る。）。
四　建築物の存する敷地内の池沼等を埋め立てること。
五　河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせることであって次に掲げるもの
イ　建築物の存する敷地内の池沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
ロ　田畑内の池沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
ハ　管理地区が指定された際既にその設置に着手していた工作物を操作することにより、河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
六　木竹を伐採することであって次に掲げるもの
イ　建築物の存する敷地内において高さ十メートル以下の木竹を伐採すること。
ロ　自家の生活の用に充てるために木竹を択伐（単木択伐に限る。）すること。
ハ　森林の保育のために下刈りし、つる切りし、又は間伐すること。
ニ　枯損した木竹又は危険な木竹を伐採すること。
ホ　測量、実地調査又は施設の保守の支障となる木竹を伐採すること。
ヘ　気象、地象、地球磁気、地球電気又は水象の観測の支障となる木竹を伐採すること。
ト　航路標識の障害となる木竹を伐採すること。
七　環境大臣が指定する湖沼又は湿原及びこれらの周辺一キロメートルの区域内において当該湖沼若しくは湿原又はこれらに流水が流入する水域若しくは水路に汚水又は廃水を排水設備を設けて排出することであって次に掲げるもの
イ　砂防法第一条に規定する砂防設備、森林法第四十一条第三項に規定する保安施設事業に係る施設、海岸法第二条第一項に規定する海岸保全施設、地すべり等防止法第二条第三項に規定する地すべり防止施設、河川法第三条第二項に規定する河川管理施設、急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第二条第二項に規定する急傾斜地崩壊防止施設又は雪崩の防止のための施設から汚水又は廃水を排出すること。
ロ　漁港及び漁場の整備等に関する法律第二十五条に規定する漁港管理者が維持管理する同法第三条に規定する漁港施設から汚水又は廃水を排出すること。
ハ　船舶から冷却水を排出すること。
ニ　下水道に汚水若しくは廃水を排出すること又は下水道から汚水若しくは廃水を排出すること。
ホ　住宅から汚水又は廃水を排出すること（し尿を排出することを除く。）。
ヘ　建築基準法第三十一条第二項に規定するし尿浄化槽（建築基準法施行令（昭和二十五年政令第三百三十八号）第三十二条に規定する処理対象人員に応じた性能を有するものに限る。）から汚水又は廃水を排出すること。
ト　水道法第三条第八項に規定する水道施設、廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条第一項に規定する一般廃棄物処理施設又は同法第十五条第一項に規定する産業廃棄物処理施設に設けられる排水処理設備から汚水又は廃水を排出すること。
チ　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第三条第一号に規定する船舶又は同条第十号に規定する海洋施設から汚水又は廃水を排出すること。
八　道路、広場、田、畑、牧場及び宅地以外の地域のうち環境大臣が指定する区域内において、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させることであって次に掲げるもの
イ　砂防法第一条に規定する砂防設備の管理若しくは維持又は同法第二条の規定により指定された土地の監視のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ロ　海岸法第三条に規定する海岸保全区域の管理のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ハ　地すべり等防止法第三条第一項に規定する地すべり防止区域の管理又は同項の規定による地すべり防止区域の指定を目的とする調査のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ニ　河川法第三条第一項に規定する河川その他の公共の用に供する水路の管理又はその指定を目的とする調査（同法第六条第一項に規定する河川区域の指定、同法第五十四条第一項の規定による河川保全区域の指定又は同法第五十六条第一項の規定による河川予定地の指定を目的とするものを含む。）のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ホ　急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第三条第一項に規定する急傾斜地崩壊危険区域の管理又は同項の規定による急傾斜地崩壊危険区域の指定を目的とする調査のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ヘ　雪崩の防止のための工事を目的とする調査のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ト　遊漁船業の適正化に関する法律（昭和六十三年法律第九十九号）第二条第一項に規定する遊漁船業を営むために車馬又は動力船を使用すること。
チ　土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）第二条第二項第一号に規定する土地改良施設の管理のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
リ　海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第三条の規定により一般旅客定期航路事業の免許を受けた者、同法第二十条の規定により不定期航路事業の届出をした者又は同法第二十一条の規定により旅客不定期航路事業の許可を受けた者が当該事業を営むために動力船を使用すること。
ヌ　港湾法第四条の規定により設立された港務局が海面の清掃又は浮遊油の回収のために動力船を使用すること。
九　野生動植物の種の個体その他の物の捕獲等をすることであって次に掲げるもの
イ　測量、実地調査又は施設の保守の支障となる植物を除去すること。
ロ　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測の支障となる植物を除去すること。
ハ　航路標識の障害となる植物を除去すること。
ニ　内水面における漁業権に係る水産動植物を採捕すること。
十　前各号に掲げるもののほか、次に掲げる行為
イ　保安林の区域等における森林法第三十四条第二項（同法第四十四条において準用する場合を含む。）の許可を受けた者が行う当該許可に係る行為（法第三十七条第四項第六号、第九号及び第十二号から第十四号までに掲げるものを除く。）
ロ　保安林の区域等における森林法第三十四条第二項各号に該当する場合の同項（同法第四十四条において準用する場合を含む。）に規定する行為（法第三十七条第四項第九号及び第十二号から第十四号までに掲げるものを除く。）又は森林法施行規則（昭和二十六年農林省令第五十四号）第六十三条第一号に規定する事業若しくは工事を実施する行為（法第三十七条第四項第十三号及び第十四号に掲げるものを除く。）
ハ　水産資源保護法第二十一条第一項に規定する保護水面の管理計画に基づいて行う行為（法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げるものを除く。）
ニ　農業、林業又は漁業を営むために行う行為。ただし、次に掲げるものを除く。
（１）　法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げるもの
（２）　住宅又は高さが五メートルを超え、若しくは床面積の合計が百平方メートルを超える建築物（仮設のものを除く。）を新築し、改築し、又は増築すること（改築後又は増築後において、高さが五メートルを超え、又は床面積の合計が百平方メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（３）　用排水施設（幅員二メートル以下の水路を除く。）又は幅員が二メートルを超える農道若しくは林道を新築し、改築し、又は増築すること（改築後又は増築後において幅員が二メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（４）　農用地の災害を防止するためのダムを新築すること。
（５）　宅地を造成し、又は土地を開墾すること。
（６）　水面を埋め立て、又は干拓すること。
（７）　森林である土地の区域内において木竹を伐採すること。
ホ　国又は地方公共団体の試験研究機関の用地内において試験研究として行う行為（法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げるものを除く。）
ヘ　大学の用地内において教育又は学術研究として行う行為（法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げるものを除く。）
ト　鉄道施設、軌道に関する工作物又は索道施設を維持し、又は管理すること（法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げる行為を除く。）。
チ　文化財保護法第二十七条第一項の規定により指定された重要文化財、同法第七十八条第一項の規定により指定された重要有形民俗文化財、同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財、同法第百九条第一項の規定により指定され、若しくは同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物、同法第百三十四条第一項の規定により選定された重要文化的景観又は旧重要美術品等ノ保存ニ関スル法律第二条第一項の規定により認定された物件の保存のための行為（建築物の新築並びに法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げるものを除く。）
リ　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律（平成十六年法律第七十八号）第九条の二第一項の許可に係る特定外来生物の放出等をすること。
ヌ　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除に係る特定外来生物の捕獲、採取若しくは殺処分又はその防除を目的とする生殖を不能にされた特定外来生物の放出等をすること。
ル　犯罪の予防又は捜査、遭難者の救助その他これらに類する行為
ヲ　法令に基づく検査、調査その他これらに類する行為
ワ　法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
カ　工作物の修繕のための行為
十一　法第三十七条第四項第六号に掲げる行為であって同条第九項第三号の規定により環境大臣が指定する方法及び限度内においてするものに付帯する行為又は前各号に掲げる行為に付帯する行為
（非常災害に対する必要な応急措置としての行為の届出）
第二十六条　法第三十七条第十項の規定による届出は、次の各号に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
一　行為者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二　行為の種類
三　行為の目的
四　行為の場所
五　行為地及びその付近の状況
六　行為の施行方法
七　行為の完了の日又は予定日
２　前項の届出書には、行為地の位置を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図を添付しなければならない。
（立入制限地区内への立入りの制限の対象とならない行為）
第二十七条　法第三十八条第四項第二号の環境省令で定める行為は、次の各号に掲げるものとする。
一　第一条の五第四号ラ、第二十五条第一号ニ、ヘ若しくはノ又は同条第十号ルからカまでに掲げる行為
二　森林の保護管理若しくは野生鳥獣の保護増殖を行うこと又はそのための標識を設置すること。
三　地下において、鉱物を採掘し、又は土石を採取すること。
四　測量法第三条の規定による測量又は水路業務法第二条第一項の規定による水路測量を行うこと。
五　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測を行うこと。
六　電気事業法第二条第一項第十八号に規定する電気工作物、ガス事業法第二条第十三項に規定するガス工作物、熱供給事業法（昭和四十七年法律第八十八号）第二条第四項に規定する熱供給施設又は工業用水道事業法第二条第六項に規定する工業用水道施設の保安のための行為
七　文化財保護法第百九条第一項の規定により指定され、又は同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物の保存のための行為（建築物を新築すること及び土地の形質を変更することを除く。）
八　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除のうち、緊急に防除を行う必要があると環境大臣が認める場合における、当該防除に係る特定外来生物の捕獲、採取又は殺処分を行うこと。
九　前各号に掲げる行為に付帯する行為
（立入制限地区内への立入りの許可の申請）
第二十八条　法第三十八条第五項において準用する法第三十七条第五項の規定による許可の申請は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二　立入りの目的となる行為
三　立入制限地区の位置及び名称
四　立ち入る者の数及び立入りの方法
五　立入りの開始の予定日及び立入りの予定期間
２　前項の申請書には、位置図及び立ち入る巡路又は範囲その他立入りの方法を明らかにした図面を添付しなければならない。
（監視地区内における行為の届出）
第二十九条　法第三十九条第一項の環境省令で定める事項は、第二十三条第一項各号に掲げるものとする。
２　法第三十九条第一項の規定による届出は、前項の事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
３　前項の届出書には、第二十三条第二項各号に掲げる図面を添付しなければならない。
（監視地区内における届出を要しない行為）
第三十条　法第三十九条第六項第二号の環境省令で定める行為は、次の各号に掲げるものとする。
一　工作物を新築し、改築し、又は増築することであって次に掲げるもの
イ　第二十五条第一号イからエまで（ト、ヤ及びマを除く。）に掲げる行為
ロ　次に掲げる工作物を新築し、改築し、又は増築すること（改築又は増築にあっては、改築後又は増築後において（１）から（３）までに掲げるものとなる場合における改築又は増築に限る。）。
（１）　床面積の合計二百平方メートル以下の建築物又は水平投影面積二百平方メートル（海域にあっては百平方メートル）以下の工作物（建築物を除く。）
（２）　鉄塔、煙突その他これらに類するものであって高さ三十メートル以下のもの
（３）　高さ二十メートル以下のダム
ハ　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三条第一号に掲げる施設、同条第二号イ、ロ、ハ、ル若しくはヲに掲げる施設（同号イに掲げる施設については駐車場及びヘリポートを除き、同号ハに掲げる施設については公共施設用地に限る。）、生息地等保護区が指定された際現に同法第六十六条の規定により漁港施設とみなされている施設又は同条の規定により漁港施設とみなされた施設であって法第三十九条第一項の規定による届出をして設置されたもの（法第五十四条第三項の規定による通知に係るものを含む。）を改築し、又は増築すること。
ニ　主として徒歩又は自転車による交通の用に供する道路を設置すること。
ホ　送水管、ガス管、電気供給のための電線路、有線電気通信のための線路その他これらに類する工作物を埋設すること。
ヘ　幅員が四メートル以下の河川その他の公共の用に供する水路を新築し、改築し、又は増築すること（改築後又は増築後において幅員が四メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を除く。）。
ト　日本郵便株式会社の営業所（簡易郵便局法（昭和二十四年法律第二百十三号）第七条第一項に規定する委託業務を行う施設を含む。）又は民間事業者による信書の送達に関する法律（平成十四年法律第九十九号）第二条第六項に規定する一般信書便事業者若しくは同条第九項に規定する特定信書便事業者の事業所を改築し、又は増築すること。
チ　工業用水道事業法第二条第六項に規定する工業用水道施設を改築し、又は増築すること。
リ　法第三十九条第一項の規定による届出（法第五十四条第三項の規定による通知を含む。）を了した行為（法第三十九条第二項の規定による命令に違反せず、かつ、同条第五項の期間を経過したものに限る。）又はこの条の各号に掲げる行為を行うための仮設の工作物（宿舎を除く。）を、当該行為に係る工事敷地内において設置すること。
二　宅地を造成し、土地を開墾し、その他土地（水底を含む。）の形質を変更することであって次に掲げるもの
イ　工作物でない道又は河川その他の公共の用に供する水路の設置又は管理のために土地の形質を変更すること。
ロ　教育、試験研究又は学術研究のために土地の形質を変更すること。
ハ　養浜のために土地の形質を変更すること。
ニ　第一号ロに掲げる行為を行うために、当該新築、改築又は増築を行う土地の区域内において土地の形質を変更すること。
ホ　面積が二百平方メートル（海底にあっては百平方メートル）を超えない土地の形質の変更であって、高さが二メートルを超えるを生ずる切土又は盛土を伴わないもの
三　鉱物を採掘し、又は土石を採取することであって次に掲げるもの
イ　第二十五条第三号ロからホまでに掲げる行為
ロ　水又は温泉を湧出させるために土石を採取すること。
ハ　教育、試験研究又は学術研究のために、鉱物を採掘し、又は土石を採取すること。
ニ　工作物を設置するための地質の調査のために、鉱物を採掘し、又は土石を採取すること。
ホ　当該行為の行われる土地の面積が二百平方メートル（海底にあっては百平方メートル）を超えず、かつ、高さが二メートルを超えるを生ずる切土又は盛土を伴わないもの
四　水面を埋め立て、又は干拓することであって面積が二百平方メートル（海面にあっては百平方メートル）を超えないもの
五　河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせることであって次に掲げるもの
イ　田畑内の池沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
ロ　生息地等保護区が指定された際既にその設置に着手していた工作物を操作することにより当該生息地等保護区の区域のうち監視地区の区域内の河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
六　前各号に掲げるもののほか、次に掲げる行為
イ　第一条の五第四号ウ又は第二十五条第十号ルからカまでに掲げる行為
ロ　測量法第四条に規定する基本測量又は同法第五条に規定する公共測量を行うこと。
ハ　法第三十七条第四項第一号から第三号までに掲げる行為であって森林法第三十四条第二項本文の規定に該当するものを保安林の区域等において行うこと。
ニ　水産資源保護法第二十一条第一項に規定する保護水面の管理計画に基づいて行う行為
ホ　農業、林業又は漁業を営むために行う行為。ただし、次に掲げるものを除く。
（１）　住宅又は高さが十メートルを超え、若しくは床面積の合計が五百平方メートルを超える建築物（仮設のものを除く。）を新築し、改築し、又は増築すること（改築後又は増築後において、高さが十メートルを超え、又は床面積の合計が五百平方メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（２）　用排水施設（幅員四メートル以下の水路を除く。）又は幅員が四メートルを超える農道若しくは林道を新築し、改築し、又は増築すること（改築後又は増築後において幅員が四メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（３）　農用地の災害を防止するためのダムを新築すること。
（４）　宅地を造成すること。
（５）　土地を開墾すること（農業を営む者が、その経営に係る農地又は採草放牧地に近接してこれと一体として経営することを目的として行うものを除く。）。
（６）　水面を埋め立て、又は干拓すること（農業を営む者が、農地又は採草放牧地の造成又は改良を行うために当該造成又は改良に係る土地に介在する池沼等を埋め立てることを除く。）。
ヘ　魚礁の設置その他漁業生産基盤の整備又は開発のために行う行為
ト　国又は地方公共団体の試験研究機関の用地内において試験研究として行う行為
チ　大学の用地内において教育又は学術研究として行う行為
リ　鉄道施設、軌道に関する工作物又は索道施設を維持し、又は管理すること。
ヌ　建築物の存する敷地内で行う行為（建築物を設置することを除く。）
七　前各号に掲げる行為に付帯する行為
第三十一条　削除
（補償請求書）
第三十二条　法第四十四条第二項（法第四十八条の三第二項において準用する場合を含む。）の規定による補償の請求は、次の各号に掲げる事項を記載した請求書を提出して行うものとする。
一　請求者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二　補償請求の理由
三　補償請求額の総額及びその内訳
第三章　保護増殖事業
（保護増殖事業の認定の申請）
第三十三条　国及び地方公共団体以外の者は、法第四十六条第三項の認定を受けようとするときは、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一　申請者の住所、氏名及び職業（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
二　保護増殖事業を開始しようとする年月日
２　前項の申請書には、保護増殖事業の事業計画書及び次の各号に掲げる書類を添付しなければならない。
一　申請者の略歴を記載した書類（法人にあっては、現に行っている業務の概要を記載した書類）
二　法人にあっては、定款又は寄附行為、登記事項証明書並びにその役員の氏名及び略歴を記載した書類
（認定保護増殖事業の公示の方法）
第三十四条　法第四十六条第四項の規定による公示は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める事項について、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
一　法第四十六条第四項前段の規定による公示を行う場合　認定を受けた保護増殖事業を行う者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）並びに認定を受けた保護増殖事業の事業計画
二　法第四十六条第四項後段の規定による公示を行う場合　認定を取り消された保護増殖事業を行っていた者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
第三十五条　削除
第四章　認定希少種保全動植物園等
（飼養等及び譲渡し等の実施体制及び飼養栽培施設の基準）
第三十六条　法第四十八条の四第一項第二号の環境省令で定める基準は、飼養等及び譲渡し等の実施体制及び飼養栽培施設が、認定の申請に係る動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の個体を飼養等及び譲渡し等の目的に応じて種の保存のため適切に取り扱うことができると認められるものであることとする。
（飼養等及び譲渡し等に関する計画の基準）
第三十七条　法第四十八条の四第一項第三号の環境省令で定める基準は、飼養等及び譲渡し等に関する計画が、認定の申請に係る動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の個体を飼養等及び譲渡し等の目的に応じて種の保存のため適切に取り扱うことができると認められるものであることとする。
（展示の方針等の基準）
第三十八条　法第四十八条の四第一項第五号の環境省令で定める基準は、次のとおりとする。
一　認定の申請に係る動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の展示の方針が、当該種が置かれている状況、その保存の重要性並びにその保存のための施策及び事業についての適切な啓発に資すると認められるものであること。
二　認定の申請に係る動植物園等が、その取り扱う希少野生動植物種（令別表第三に掲げる種及び第五条第二項第七号から第九号までに掲げる種を除く。）のうち一種以上の個体について繁殖させ、又は繁殖させることに寄与すると認められるものであること。
三　認定の申請に係る動植物園等が、その取り扱う国内希少野生動植物種のうち一種以上の個体について、その生息地又は生育地における、当該種の個体の繁殖の促進、当該生息地又は生育地の整備その他の当該種の保存を図るための事業に寄与すると認められるものであること。
四　認定の申請に係る動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の個体が、適法に取得されたと認められるものであること。
五　その他認定の申請に係る動植物園等が、その取り扱う希少野生動植物種の個体を種の保存のため適切に取り扱うことができないと認められるものでないこと。
（認定の申請等）
第三十九条　法第四十八条の四第二項の規定により同条第一項の認定の申請をしようとする者は、同条第二項の申請書に次の書類を添えて、環境大臣に提出しなければならない。
一　国又は地方公共団体以外の者である場合にあっては、定款若しくは寄附行為、役員名簿及び登記事項証明書又はこれらに準ずるもの
二　認定の申請に係る動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の飼養栽培施設の規模及び構造を明らかにした図面及び写真
三　認定の申請者が法第四十八条の四第四項各号のいずれにも該当しないことを誓約する書面
２　環境大臣は、法第四十八条の四第一項の申請をしようとする者に対し同条第二項の申請書及び前項各号の書類のほか必要と認める書類の提出を求めることができる。
３　法第四十八条の四第二項第七号の環境省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一　認定の申請者が寄与する前条第三号の事業に係る国内希少野生動植物種の種名
二　認定の申請に係る動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の個体を取得した経緯
（認定希少種保全動植物園等の公示の方法）
第四十条　法第四十八条の四第五項の規定による公示は、次の各号に掲げる事項について、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
一　認定を受けた（変更の認定を受けた場合、変更若しくは廃止の届出をした場合、認定の更新を受けた場合又は認定を取り消された場合を含む。次号及び第六号において同じ。）者の名称及び住所並びにその代表者の氏名
二　認定を受けた動植物園等の名称及び所在地
三　認定を受けた場合、変更の認定を受けた場合、変更の届出をした場合又は認定の更新を受けた場合にあっては、当該動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の種名
四　変更の認定を受けた場合にあっては、法第四十八条の四第二項第三号から第六号までに掲げる事項のうち変更に係るものに係る種名
五　変更の届出をした場合にあっては、当該変更の内容
六　認定を受けた年月日及び認定の有効期間の満了の日
（変更の認定の申請）
第四十一条　法第四十八条の五第一項の規定による変更の認定を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一　変更の認定を受けようとする者の名称及び住所並びにその代表者の氏名
二　変更の認定を受けようとする動植物園等の名称及び所在地
三　認定を受けた年月日
四　変更しようとする事項及びその内容
五　変更しようとする年月日
六　変更の理由
２　前項の申請書には、第三十九条第一項各号に掲げる書類のうち法第四十八条の五第一項の規定による変更の認定に伴いその内容が変更されるものを添付しなければならない。
３　第三十九条第二項の規定は、法第四十八条の五第一項の規定による変更の認定について準用する。
（変更の認定を要しない軽微な変更）
第四十二条　法第四十八条の五第一項ただし書の環境省令で定める軽微な変更は、法第四十八条の四第二項第三号若しくは第四号に掲げる事項の変更（変更に係る認定希少種保全動植物園等において取り扱われる希少野生動植物種の種名又は当該種ごとの飼養等及び譲渡し等の目的を新たに追加する場合を除く。）又は同項第五号若しくは第六号に掲げる事項の変更（当該変更後も当該動植物園等が同条第一項第二号又は第三号の基準に適合することが明らかであると認められる場合に限る。）とする。
（変更の届出）
第四十三条　法第四十八条の五第三項の規定による届出は、次の各号に掲げる事項を記載した届出書を環境大臣に提出して行うものとする。
一　届出者の名称及び住所並びにその代表者の氏名
二　届出に係る動植物園等の名称及び所在地
三　認定を受けた年月日
四　変更した事項及びその内容
五　変更の年月日
六　変更の理由
２　前項の届出書には、第三十九条第一項各号に掲げる書類のうち当該変更に伴いその内容が変更されたものを添付しなければならない。
（廃止の届出）
第四十四条　法第四十八条の五第四項の規定による廃止の届出は、次の各号に掲げる事項を記載した届出書を環境大臣に提出して行うものとする。
一　届出者の名称及び住所並びにその代表者の氏名
二　届出に係る動植物園等の名称及び所在地
三　認定を受けた年月日
四　廃止の年月日
五　廃止したときに現に当該認定希少種保全動植物園等において取り扱う希少野生動植物種の種名及び当該種ごとの個体数並びにその処置の方法
（認定の更新）
第四十五条　法第四十八条の六第二項において準用する法第四十八条の四第二項から第四項までの規定により、法第四十八条の六第一項の認定の更新を受けようとする場合は、第三十六条から第三十九条までの規定を準用する。
（記録及び報告）
第四十六条　法第四十八条の七の環境省令で定める事項は、希少野生動植物種ごとに実施された飼養等及び譲渡し等の内容、法第四十八条の四第二項第三号から第六号までに掲げる事項を変更した場合（法第四十八条の五第一項の規定による変更の認定又は同条第三項の規定による変更の届出を要する場合を除く。）にあってはその内容その他必要な事項とする。
２　法第四十八条の七の規定による報告は、少なくとも毎年度一回行わなければならない。
第四十七条　削除
第五章　雑則
第四十八条　削除
（希少野生動植物種保存推進員が行う個体に関する調査）
第四十九条　法第五十一条第四項の環境省令で定める調査は、希少野生動植物種の個体の生息状況又は生育状況の調査その他希少野生動植物種の保存に資すると認められる調査であって、あらかじめ、環境大臣に届け出たものとする。
２　前項の規定による届出は、届出者の住所、氏名及び職業並びに第三条第一項第二号から第八号までに掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
３　第三条第二項の規定は、前項の届出書について準用する。
（国等に関する協議の適用除外等）
第五十条　法第五十四条第二項の環境省令で定める場合は、次の各号に掲げるものとする。
一　国内希少野生動植物種等の生きている個体の捕獲等をする場合であって次に掲げるもの
イ　国又は地方公共団体の試験研究機関が試験研究のために捕獲等をする場合（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
ロ　傷病その他の理由により緊急に保護を要する個体の捕獲等をする場合
ハ　種の保存に支障を及ぼすおそれのある伝染性疾病のまん延を防止するため、当該伝染性疾病にかかっていることが確認された個体の捕獲等をする場合（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
ニ　傷病により緊急に保護を要するため捕獲をした個体（動物に限る。）であって、傷病その他の理由によりその生息地に適切に放つことができず、かつ、法第十条第一項の目的で飼養をすることができないと認められるものをやむを得ず殺傷する場合（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
ホ　次に掲げる行為に伴って捕獲等をする場合
（１）　第五条第一項第六号イからチまでに掲げる行為（チに掲げる行為にあっては、あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
（２）　法令に基づき国又は地方公共団体の任務とされている遭難者を救助するための業務（当該業務及び非常災害に対処するための業務に係る訓練を含む。）、犯罪の予防又は捜査その他の公共の秩序を維持するための業務、交通の安全を確保するための業務、水路業務その他これらに類する業務を行うために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ヘ　個体の保護のための移動又は移植を目的として当該個体の捕獲等をする場合であって次に掲げる行為に伴うもの
（１）　第一条の五第四号イからオまで（ウを除く。）に掲げる行為
（２）　第五条第一項第七号イからホまでに掲げる行為
ト　警察法第二条第一項に規定する警察の責務として行う行為
二　法第三十七条第四項の許可を受けるべき行為に該当する行為をする場合であって次に掲げるもの
イ　工作物を新築し、改築し、又は増築する場合であって次に掲げるもの
（１）　下水道を改築し、又は増築する場合
（２）　ダム又は湖沼水位調節施設を改築する場合
（３）　標識、くい、警報機、雨量観測施設、水位観測施設その他これらに類する工作物を設置する場合
ロ　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために、鉱物を採掘し、又は土石を採取する場合（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
ハ　道路、広場、田、畑、牧場及び宅地以外の地域のうち環境大臣が指定する区域内において、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させる場合であって次に掲げるもの
（１）　漁港及び漁場の整備等に関する法律第六条の規定により指定された漁港の区域の管理又は調査のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させる場合
（２）　漁業取締りのために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させる場合
（３）　海面の清掃又は浮遊油の回収のために動力船を使用する場合
（４）　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させる場合（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
（５）　法令に基づき国又は地方公共団体の任務とされている遭難者を救助するための業務（当該業務及び非常災害に対処するための業務に係る訓練を含む。）、犯罪の予防又は捜査その他の公共の秩序を維持するための業務、交通の安全を確保するための業務、水路業務その他これらに類する業務を行うために、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させる場合
（６）　自衛隊が、車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させる場合
ニ　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために野生動植物の種の個体その他の物の捕獲等をする場合
ホ　前各号に掲げるもののほか、次に掲げる場合
（１）　ダム又は湖沼水位調節施設を管理する場合（法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げる行為をする場合を除く。）
（２）　都市公園等を設置し、又は管理する場合（法第三十七条第四項第七号及び第十号から第十四号までに掲げる行為をする場合並びに都市計画法第十八条第三項（同法第二十一条第二項において準用する場合を含む。）の規定により国土交通大臣に協議し、その同意を得た都市計画に基づく都市計画事業の施行として行う場合以外の場合であって、水平投影面積が千平方メートルを超える工作物を新築し、改築し、又は増築するもの（改築後又は増築後において水平投影面積が千平方メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）を除く。）
（３）　文化財保護法第二十七条第一項の規定による重要文化財の指定、同法第七十八条第一項の規定による重要有形民俗文化財の指定、同法第百九条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の指定若しくは同法第百十条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の仮指定、同法第百三十四条第一項の規定による重要文化的景観の選定のための行為又は同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財の調査をする場合
（４）　警察法第二条第一項に規定する警察の責務としての行為をする場合
ヘ　イからホまでに掲げるものに付帯する行為をする場合
三　法第三十八条第四項第三号の許可を受けるべき行為に該当する行為をする場合であって次に掲げる行為をするためのもの
イ　雪崩の防止のための施設又は火山地、火山麓若しくは火山現象により著しい被害を受けるおそれのある地域において土砂の崩壊等による災害を防止するために土石流発生監視装置、測定機器その他これらに付随する工作物を設置すること。
ロ　森林病害虫等防除法（昭和二十五年法律第五十三号）第六条第一項の規定による立入検査に伴い木竹を伐採し、又は損傷すること。
ハ　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために農林水産物に損害を与える病害虫等（それらの卵を含む。）の捕獲等をすること（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）。
ニ　第五条第一項第六号ト又はチに掲げる行為
ホ　海上保安庁が、航路標識を設置し、若しくは管理すること又は水路業務を行うこと。
ヘ　ダム又は湖沼水位調節施設を改築し、又は管理すること。
ト　自衛隊法（昭和二十九年法律第百六十五号）第三条第一項に規定する自衛隊の任務として行う行為
チ　警察法第二条第一項に規定する警察の責務として行う行為
リ　イからチまでに掲げる行為に付帯する行為
２　法第五十四条第三項の環境省令で定める場合は、次の各号に掲げるものとする。
一　工作物を新築し、改築し、又は増築する場合であって前項第二号イ（１）から（３）までに掲げるもの
二　前号に掲げるもののほか、次に掲げる場合
イ　砂防法第二条の規定により指定された土地、海岸法第三条第一項に規定する海岸保全区域、地すべり等防止法第三条第一項に規定する地すべり防止区域、河川法第三条第一項に規定する河川又は急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第三条第一項に規定する急傾斜地崩壊危険区域を管理する場合
ロ　ダム又は湖沼水位調節施設を管理する場合
ハ　都市公園等を設置し、又は管理する場合（都市計画法第十八条第三項（同法第二十一条第二項において準用する場合を含む。）の規定により国土交通大臣に協議し、その同意を得た都市計画に基づく都市計画事業の施行として行う場合以外の場合であって、水平投影面積が千平方メートルを超える工作物を新築し、改築し、又は増築するもの（改築後又は増築後において水平投影面積が千平方メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）を除く。）
ニ　文化財保護法第二十七条第一項の規定による重要文化財の指定、同法第七十八条第一項の規定による重要有形民俗文化財の指定、同法第百九条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の指定若しくは同法第百十条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の仮指定、同法第百三十四条第一項の規定による重要文化的景観の選定のための行為又は同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財を調査する場合
ホ　警察法第二条第一項に規定する警察の責務としての行為をする場合
ヘ　前項第二号ハ（（４）を除く。）に掲げる場合
三　前各号に掲げるものに付帯する行為をする場合
３　第一項第一号ロに規定する捕獲等をした者は、当該捕獲等をした後三十日以内に、環境大臣に通知するものとする。
（教育又は学術研究のための捕獲等の届出等）
第五十一条　第三条第一項及び第二項の規定は、第一条の五第二号及び第四号の規定による届出について準用する。この場合において、第三条第一項第四号中「捕獲等をする区域」とあるのは第一条の五第四号の規定による届出については「捕獲等をする区域（移動又は移植をする区域を含む。次項において同じ。）」と読み替えるものとする。
（傷病個体等の譲受け等の届出）
第五十二条　第五条第三項の規定による届出（同条第一項第四号に規定する譲受け又は引取りに係るものに限る。）は、次の各号に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
一　届出者の住所、氏名及び職業（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称、代表者の氏名及び主たる事業）
二　譲受け又は引取りをした個体に係る次に掲げる事項
イ　種名
ロ　生きている個体又は卵の区分
ハ　数量
ニ　所在地
三　譲受け又は引取りをする目的
四　譲受け又は引取りをした年月日
五　届出者に譲渡し又は引渡しをした者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
六　譲受け又は引取りをした個体を飼養栽培しようとする場合にあっては、その場所の所在地、飼養栽培施設の規模及び構造並びに飼養栽培の取扱者の住所、氏名、職業及び飼養栽培に関する経歴
２　前項の届出書には、譲受け又は引取りをした個体を飼養栽培しようとする場合にあっては、飼養栽培施設の規模及び構造を明らかにした図面及び写真を添付しなければならない。
（教育又は学術研究のための譲受け等の届出等）
第五十三条　前条の規定は、第五条第三項の規定による届出（同条第二項第一号、第三号、第四号又は第六号に規定する譲受け又は引取りに係るものに限る。）について準用する。この場合において、前条第一項第二号ロ中「生きている個体又は卵」とあるのは「個体にあっては、生きている個体、卵又はその他の個体の別、個体の加工品にあっては、剝製又はその他の個体の加工品の別、個体の器官又は個体の器官の加工品にあっては、その名称」と読み替えるものとする。
（教育又は学術研究のための鉱物の採掘等の届出）
第五十四条　第二十三条の規定は、第二十五条第三号トの規定による届出について準用する。
（添付図面の省略）
第五十五条　法第十条第一項、法第三十七条第四項若しくは法第三十八条第四項第三号の許可を受けた行為の変更に係る許可の申請又は法第三十七条第八項若しくは第十項、法第三十九条第一項、第一条の五第二号若しくは第四号、第二十五条第三号ト若しくは第四十九条第一項の規定による届出を了した行為の変更に係る届出にあっては、第三条第二項（第五十一条において準用する場合を含む。）、第二十三条第二項（第五十四条において準用する場合を含む。）、第二十四条第三項、第二十六条第二項、第二十八条第二項、第二十九条第三項若しくは第四十九条第三項の規定により申請書又は届出書に添付しなければならない図面又は写真（第三項において「添付図面」という。）のうち、その変更に関する事項を明らかにしたものを添付すれば足りる。
２　前項の変更に係る許可の申請又は届出にあっては、変更の趣旨及び理由を記載した書面を申請書又は届出書に添付しなければならない。
３　第一項に該当するもののほか、法第十条第二項若しくは法第三十七条第五項（法第三十八条第五項において準用する場合を含む。）の規定による許可の申請又は法第三十七条第八項若しくは第十項、法第三十九条第一項、第一条の五第二号若しくは第四号、第二十五条第三号ト若しくは第四十九条第一項の規定による届出に係る行為が、軽易なものであることその他の理由により添付図面の全部を添付する必要がないと認められるときは、当該添付図面の一部を省略することができる。
（権限の委任）
第五十六条　法及びこの省令に規定する環境大臣の権限のうち、次に掲げるものは、地方環境事務所長（福島地方環境事務所長を除く。）に委任する。ただし、第三号（法第十一条第四項に係る部分を除く。）から第五号まで、第七号から第十一号まで、第十六号、第十七号、第十九号、第二十号及び第二十一号に掲げる権限については、環境大臣が自ら行うことを妨げない。
一　法第八条に規定する権限
二　法第十条第一項、第二項、第四項から第七項まで及び第十項に規定する権限
三　法第十一条に規定する権限
四　法第十八条に規定する権限
五　法第十九条第一項に規定する権限
六　法第三十条第一項、第二項及び第四項（同条第六項において読み替えて準用する場合を含む。）に規定する権限
七　法第三十二条第一項及び第二項（これらの規定を同条第三項において読み替えて準用する場合を含む。）に規定する権限
八　法第三十三条第一項（同条第二項及び法第三十三条の五において読み替えて準用する場合を含む。）に規定する権限
九　法第三十三条の四第一項に規定する権限
十　法第三十三条の十二に規定する権限
十一　法第三十三条の十四第一項及び第二項に規定する権限
十二　法第三十五条に規定する権限
十三　法第三十七条第四項（同項に規定する許可に係る部分に限る。）、第五項（法第三十八条第五項において準用する場合を含む。）、第七項（法第三十八条第五項において準用する場合を含む。）、第八項及び第十項に規定する権限
十四　法第三十八条第四項第三号に規定する権限
十五　法第三十九条第一項から第五項までに規定する権限
十六　法第四十条第一項及び第二項に規定する権限
十七　法第四十一条第一項及び第二項に規定する権限
十八　法第四十二条第一項及び第二項に規定する権限
十九　法第四十七条第四項に規定する権限
二十　法第四十八条の二第一項及び第二項に規定する権限
二十一　法第四十八条の十一第一項に規定する権限
二十二　法第四十九条に規定する権限
二十三　法第五十四条第二項及び第三項に規定する権限（希少野生動植物種の個体の譲渡し等に係るものを除く。）
二十四　第一条の五第二号及び第四号に規定する権限
二十五　第三条第九項から第十一項までに規定する権限
二十六　第二十五条第三号トに規定する権限
二十七　第四十九条第一項に規定する権限
二十八　第五十条第一項第一号イ、ハ、ニ及びホ（１）、第二号ロ及びハ（４）並びに第三号ハ並びに第三項に規定する権限
附　則　抄
（施行期日）
第一条　この府令は、法の施行の日（平成五年四月一日）から施行する。
附　則　（平成七年二月八日総理府令第一号）
この府令は、平成七年二月十六日から施行する。
附　則　（平成七年六月一四日総理府令第三〇号）
この府令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律（平成六年法律第五十二号）の施行の日（平成七年六月二十八日）から施行する。
附　則　（平成七年一一月三〇日総理府令第五五号）
この府令は、平成七年十二月一日から施行する。
附　則　（平成一一年三月一五日総理府令第一二号）
この府令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百六十九号）の施行の日（平成十一年三月十八日）から施行する。
附　則　（平成一二年二月八日総理府令第七号）　抄
（施行期日）
第一条　この府令は、平成十二年四月一日から施行する。
（絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則の一部改正に伴う経過措置）
第五条　この府令の施行の日前に第十条の規定による改正前の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則第二十五条第三号ト並びに第三十七条第一項第二号ロ及びハ（４）並びに第三号ハの規定により都道府県知事に対してされた届出又は通知で、当該届出又は通知に係る行為がこの府令の施行の日以後に行われるものは、第十条の規定による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則第二十五条第三号ト並びに第三十七条第一項第二号ロ及びハ（４）並びに第三号ハの規定により環境大臣に対してされた届出又は通知とみなす。
附　則　（平成一二年七月一二日総理府令第七七号）
この府令は、平成十二年七月十九日から施行する。
附　則　（平成一二年八月一四日総理府令第九四号）　抄
１　この府令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
附　則　（平成一三年四月二七日環境省令第一七号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成一三年六月二九日環境省令第二五号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成一四年三月二九日環境省令第一一号）
この省令は、平成十四年四月一日から施行する。
附　則　（平成一四年六月二七日環境省令第一七号）
この省令は、平成十四年七月一日から施行する。
附　則　（平成一四年一二月二六日環境省令第二八号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、法の施行の日（平成十五年四月十六日）から施行する。
附　則　（平成一五年三月三一日環境省令第一一号）
この省令は、平成十五年四月一日から施行する。
附　則　（平成一五年七月一七日環境省令第二〇号）
（施行期日）
第一条　この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成十五年七月二十日）から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行の際現に交付されている第一条の規定による改正前の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則（以下「旧規則」という。）様式第三及び様式第五から様式第七までによる身分証明書は、それぞれ同条の規定による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則（以下「新規則」という。）の様式によるものとみなす。
第三条　旧規則様式第四及び様式第四の二による登録票は、当分の間、それぞれ新規則の様式によるものとみなす。
附　則　（平成一六年三月二六日環境省令第四号）
この省令は、電気事業法及びガス事業法の一部を改正する等の法律の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第二条中絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則（以下「種の保存法施行規則」という。）第一条の二第四号ムの改正規定（次号に掲げる改正規定を除く。）　公布の日
二　第二条中種の保存法施行規則第一条の二第四号ムの改正規定（「第二条第八項」を「第二条第十項」に改める部分に限る。）及び第二十七条第六号の改正規定（「第二条第十二項」を「第二条第十三項」に改める部分に限る。）　平成十六年四月一日
附　則　（平成一六年三月二六日環境省令第五号）
この省令は、平成十六年四月一日から施行する。
附　則　（平成一七年三月四日環境省令第三号）
この省令は、不動産登記法の施行の日（平成十七年三月七日）から施行する。
附　則　（平成一七年三月二九日環境省令第八号）
この省令は、文化財保護法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。
附　則　（平成一七年四月一九日環境省令第一一号）
この省令は、海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日から施行する。
附　則　（平成一七年五月二五日農林水産省・環境省令第二号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、法の施行の日（平成十七年六月一日）から施行する。
附　則　（平成一七年九月二〇日環境省令第二〇号）
（施行期日）
第一条　この省令は、平成十七年十月一日から施行する。
（処分、申請等に関する経過措置）
第二条　この省令の施行前に環境大臣が法令の規定によりした登録その他の処分又は通知その他の行為（この省令による改正後のそれぞれの省令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。以下「処分等」という。）は、相当の地方環境事務所長がした処分等とみなし、この省令の施行前に法令の規定により環境大臣に対してした申請、届出その他の行為（この省令による改正後のそれぞれの省令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。以下「申請等」という。）は、相当の地方環境事務所長に対してした申請等とみなす。
２　この省令の施行前に法令の規定により環境大臣に対し報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項（この省令による改正後のそれぞれの省令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。）で、この省令の施行前にその手続がされていないものについては、これを、当該法令の規定により地方環境事務所長に対して報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなして、当該法令の規定を適用する。
（罰則に関する経過措置）
第三条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成一九年四月二〇日環境省令第一一号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
２　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附　則　（平成一九年九月二八日環境省令第二五号）
この省令は、郵政民営化法の施行の日（平成十九年十月一日）から施行する。
附　則　（平成二〇年三月二六日環境省令第三号）
（施行期日）
１　この省令は、平成二十年四月一日から施行する。
（経過措置）
２　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成二〇年六月一八日環境省令第八号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成二三年六月二九日環境省令第一一号）
（施行期日）
第一条　この省令は、平成二十三年六月三十日から施行する。
（経過措置）
第二条　放送法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六十五号）附則第七条の規定により有線放送電話に関する法律の規定の適用についてなお従前の例によることとされる放送法等の一部を改正する法律附則第二条の規定による廃止前の有線放送電話に関する法律第三条の許可を受けている者が行う同法第二条第二項に規定する有線放送電話業務の用に供する施設の管理のために必要な行為に係る第一条の規定による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則第一条の二第四号ラの規定の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成二三年一〇月三一日環境省令第二九号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成二四年九月二八日環境省令第二九号）
この省令は、郵政民営化法等の一部を改正する等の法律の施行の日（平成二十四年十月一日）から施行する。
附　則　（平成二五年三月二九日環境省令第一一号）
この省令は、国有林野の有する公益的機能の維持増進を図るための国有林野の管理経営に関する法律等の一部を改正する等の法律の施行に伴う農林水産省関係省令の整備に関する省令（平成二十五年農林水産省令第五号）の施行の日（平成二十五年四月一日）から施行する。
附　則　（平成二六年五月二九日環境省令第一七号）
この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成二十六年六月一日）から施行する。
附　則　（平成二六年六月一一日環境省令第二一号）
この省令は、特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成二十六年六月十一日）から施行する。
附　則　（平成二六年七月一四日環境省令第二二号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成二七年二月二〇日環境省令第三号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、鳥獣の保護及び狩猟の適正化に関する法律の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四十六号。以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年五月二十九日）から施行する。
附　則　（平成二七年一一月二六日環境省令第三六号）
この省令は、平成二十七年十二月一日から施行する。
附　則　（平成二八年三月二五日環境省令第一号）
この省令は、電気事業法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
附　則　（平成二八年一二月二八日環境省令第二七号）
この省令は、平成二十九年一月二日から施行する。
附　則　（平成二九年三月二九日環境省令第四号）
この省令は、電気事業法等の一部を改正する等の法律附則第一条第五号に掲げる規定の施行の日（平成二十九年四月一日）から施行する。
附　則　（平成三〇年四月三日環境省令第八号）
（施行期日）
１　この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十年六月一日）から施行する。
（経過措置）
２　絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律附則第四条第一項の規定により同法の施行の日に登録を受けたものとみなされた個体等（この省令による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則（以下この項において「改正省令」という。）第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体であって、個体識別措置が講じられていないものに限る。）については、その登録の更新を受けるまでの間は、改正省令第十一条第七項第二号ヘ、同条第九項第二号ニ及び同条第十項第二号ヘ、第十一条の二第一項第二号ヘ並びに第十二条第一項第二号ヘの規定は、適用しない。
３　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
附　則　（令和元年一一月一九日環境省令第一六号）
この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令の一部を改正する政令の施行の日（令和元年十一月二十六日）から施行する。
附　則　（令和二年二月一九日環境省令第四号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（令和二年三月三〇日環境省令第九号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（令和二年一二月一日環境省令第二七号）
この省令は、漁業法等の一部を改正する等の法律の施行の日（令和二年十二月一日）から施行する。
附　則　（令和二年一二月二八日環境省令第三一号）　抄
（施行期日）
１　この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（令和五年二月一六日環境省令第一号）
この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令の一部を改正する政令の施行の日（令和五年二月二十三日）から施行する。
附　則　（令和五年三月三一日環境省令第七号）
この省令は、博物館法の一部を改正する法律の施行の日（令和五年四月一日）から施行する。
附　則　（令和六年三月二二日環境省令第九号）
この省令は、漁港漁場整備法及び水産業協同組合法の一部を改正する法律の施行の日（令和六年四月一日）から施行する。
附　則　（令和六年四月一日環境省令第一七号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第三条　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前又は廃止前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
２　この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
様式第１（第３条関係）
[略]
様式第２（第３条関係）
[略]
様式第３　削除
様式第４（第１１条関係）
[略]