平成四年政令第八十九号
法人特別税法施行令
内閣は、法人特別税法（平成四年法律第十五号）第七条第二項第五号、第九条第四項第三号、第十一条第一項及び第十八条第四項の規定に基づき、この政令を制定する。
（定義）
第一条　この政令において「内国法人」、「外国法人」、「指定期間」、「事業年度」、「修正申告書」、「更正」、「決定」、「基準法人税額」又は「課税事業年度」とは、それぞれ法人特別税法（以下「法」という。）第二条第一号、第二号、第四号、第五号、第七号若しくは第八号、第六条又は第七条に規定する内国法人、外国法人、指定期間、事業年度、修正申告書、更正、決定、基準法人税額又は課税事業年度をいう。
２　この政令において「公益法人等」、「合併法人」、「被合併法人」、「収益事業」又は「株主等」とは、それぞれ法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第六号又は第十一号から第十四号までに規定する公益法人等、合併法人、被合併法人、収益事業又は株主等をいう。
（合併法人の課税事業年度）
第二条　法第七条第二項第五号に規定する政令で定める事業年度は、合併（指定期間内の合併に限る。以下この条及び次条において同じ。）に係る基準法人が次の各号に掲げる法人のいずれに該当するかに応じ、当該各号に定める期間内の日を含む事業年度（指定期間の初日前に終了した事業年度を除く。）とする。
一　指定期間の初日を含む事業年度を有する法人（次号から第四号までに掲げる法人を除く。）　その法人の同日以後最初に終了する事業年度開始の日から同日以後二年を経過する日までの期間
二　指定期間内に新たに設立された法人（次号及び第四号に掲げる法人を除く。）　指定期間
三　指定期間内に収益事業を開始した公益法人等（次号に掲げる法人を除く。）　その開始した日から指定期間の末日までの期間（当該公益法人等が被合併法人である場合には、指定期間）
四　指定期間内に法人税法第百四十一条第一号から第三号までに掲げる外国法人又は同条第四号に掲げる外国法人（同号イ又はロに掲げる国内源泉所得を有するものに限る。）のいずれかに新たに該当することとなった外国法人　その該当することとなった日から指定期間の末日までの期間（当該外国法人が被合併法人である場合には、指定期間）
２　前項に規定する基準法人とは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める法人をいう。
一　合併をする法人のうち一の法人が合併後存続する場合　次に掲げる金額のうち最も多い金額に係る法人
イ　合併後存続する法人の合併直前の資本の金額又は出資金額
ロ　合併により被合併法人の株主等に交付された合併後存続する法人の株式又は出資に係る資本の金額又は出資金額（被合併法人が二以上ある場合には、各被合併法人に係るこれらの金額のうち最も多い金額）
二　合併により法人を設立する場合　各被合併法人のうちその株主等に交付された合併により設立された法人の株式又は出資に係る資本の金額又は出資金額が最も多い金額に係る法人
３　前項各号の場合（当該合併が内国法人の合併である場合に限る。）において、当該合併に係る合併後存続する法人若しくは被合併法人のうちに資本若しくは出資を有しない法人があるとき、又は同項各号の最も多い金額に係る法人が二以上あるときは、それぞれ、当該合併に係る合併後存続する法人及び被合併法人（同項第二号の場合にあっては、各被合併法人）又は当該二以上の法人のうち、当該合併の日を含む事業年度（合併後存続する法人にあっては、当該合併直前に終了した事業年度）終了の時における貸借対照表（確定した決算に基づくものに限る。）に計上されている総資産（公益法人等にあっては、収益事業に係る資産）の帳簿価額が最も多い法人を同項各号の最も多い金額に係る法人とする。
４　第二項各号の場合において、当該合併が外国法人の合併であるときは、当該合併に係る外国法人のうち、その法人税法の施行地にある資産につき前項の規定に準じて計算した帳簿価額が最も多い外国法人を第二項各号の最も多い金額に係る法人とする。
５　合併をする公益法人等のすべてが第三項の収益事業に係る資産を有しないとき、又は合併をする外国法人のすべてが前項の法人税法の施行地にある資産を有しないときは、第一項に規定する基準法人は、これらの合併に係る合併法人とする。
（合併の場合の最後の課税事業年度に係る課税対象期間）
第三条　法第九条第四項第三号に規定する政令で定める期間は、合併に係る合併法人が次の各号のいずれに該当するかに応じ、当該合併法人の同項に規定する最後の課税事業年度（以下この条において「最後の課税事業年度」という。）開始の日から当該各号に定める日までの期間（当該期間のうちに合併後存続する法人の指定期間内に最初に終了する事業年度開始の日以後二年を経過する日の翌日から当該合併の日までの期間が含まれているときは、その含まれている期間を控除した期間）とする。
一　前条第一項の合併に係る基準法人が同項第一号に掲げる法人に該当する合併に係る合併法人（第三号に掲げる法人を除く。）　当該基準法人の指定期間内に最初に終了する事業年度開始の日から二年を経過する日
二　前条第一項の合併に係る基準法人が同項第二号から第四号までに掲げる法人に該当する合併に係る合併法人　指定期間の末日
三　その最後の課税事業年度終了の日後に行われた合併に係る当該合併後存続する法人　当該最後の課税事業年度終了の日
２　前項の規定を適用する場合において、合併が当該合併に係る被合併法人の指定期間内に最初に終了する事業年度開始の日から二年を経過する日前に行われたときは、当該被合併法人に係る法第九条第四項第一号及び第二号に定める期間は、当該被合併法人の最後の課税事業年度開始の日から当該合併の日までの期間とする。
（外国税額の控除限度額の計算）
第四条　法第十一条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の当該課税事業年度の法第九条に規定する課税標準法人税額につき法第十条の規定を適用して計算した法人特別税の額（当該課税事業年度の基準法人税額のうちに租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第四十二条の六第六項又は第四十二条の七第六項の規定により加算された金額がある場合には、当該基準法人税額から当該加算された金額を控除した残額を当該課税事業年度の基準法人税額とみなして法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額）に、当該課税事業年度に係る法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第百四十二条第二項から第八項まで及び第百四十二条の二の規定を適用して計算した同令第百四十二条第一項に規定する割合を乗じて計算した金額とする。
２　法第十一条第一項に規定する内国法人の指定期間内に最初に終了する課税事業年度に係る法人臨時特別税の額がある場合における同項の規定の適用については、同項中「控除限度額」とあるのは、「控除限度額（当該課税事業年度に係る法人臨時特別税の額がある場合には、当該控除限度額に当該法人臨時特別税に係る湾岸地域における平和回復活動を支援するため平成二年度において緊急に講ずべき財政上の措置に必要な財源の確保に係る臨時措置に関する法律（平成三年法律第二号）第十三条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額を加算した金額）」とする。
（更正の請求の特例）
第五条　法人税法第八十二条の規定は、法人が湾岸地域における平和回復活動を支援するため平成二年度において緊急に講ずべき財政上の措置に必要な財源の確保に係る臨時措置に関する法律（平成三年法律第二号）第四条第六号に規定する法人臨時特別税申告書に記載すべき同法第十四条第一項第一号又は第二号に掲げる金額につき修正申告書を提出し、又は更正若しくは決定を受けた場合において、その修正申告書の提出又は更正若しくは決定に伴い、その修正申告書若しくは更正若しくは決定に係る事業年度後の課税事業年度の法第二条第六号に規定する法人特別税申告書に記載した、又は決定を受けた当該課税事業年度に係る法第十二条第一項第一号又は第二号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過大となるときについて準用する。
（法人特別税申告書の提出期限の延長）
第六条　法第十二条第三項において準用する法人税法第七十五条第一項又は第七十五条の二第一項（これらの規定を同法第百四十五条において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の申請は、同法第七十五条第一項又は第七十五条の二第一項の申請と併せて行わなければならない。
２　前項の規定による申請を行う場合には、法人税法第七十五条第二項又は第七十五条の二第二項（これらの規定を同法第百四十五条において準用する場合を含む。）の申請書にその旨を記載しなければならない。
３　租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）第三十九条の十一の規定は、法第十二条第四項において準用する租税特別措置法第六十六条の三の規定を適用する場合について準用する。
（法人特別税に係る法人税法施行令等の適用の特例）
第七条　法人特別税に係る次の表の第一欄に掲げる法令の適用については、同表の第二欄に掲げる規定中同表の第三欄に掲げる字句は、それぞれ同表の第四欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第一欄	第二欄	第三欄	第四欄	
法人税法施行令	第百四十三条	に規定する	に規定する法人特別税控除限度額として政令で定める金額は、法人特別税法施行令（平成四年政令第八十九号）第四条第一項（外国税額の控除限度額の計算）の規定により計算した金額（次条第五項において「法人特別税の控除限度額」という。）とし、法第六十九条第二項に規定する	
	第百四十四条第五項第一号	国税の控除限度額	国税の控除限度額（法人特別税の控除限度額を含む。以下この条において同じ。）	
租税特別措置法施行令	第三十七条第二項	から次に掲げる金額の合計額	から次に掲げる金額の合計額（当該事業年度が法人特別税法（平成四年法律第十五号）第七条に規定する課税事業年度である場合には、第一号イ及びロに掲げる金額の合計額を当該事業年度の所得の金額とみなして法人税法第六十六条第三項及び法第六十八条の三第一項の規定により計算した法人税額（法第四十二条の六第六項又は第四十二条の七第六項の規定により加算された金額がある場合には、当該金額を加算した金額。第五項において同じ。）を法人特別税法第六条に規定する基準法人税額とみなして同法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額を加算した金額）	
	第三十七条第二項第四号	法人税額	法人税額及び法人特別税の額	
	第三十七条第五項	掲げる金額の合計額	掲げる金額の合計額（当該事業年度が法人特別税法第七条に規定する課税事業年度である場合には、当該事業年度の所得の金額について法人税法第六十六条第三項及び法第六十八条の三第一項の規定により計算した法人税額を法人特別税法第六条に規定する基準法人税額とみなして同法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額を加算した金額）	
地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）	第七百三十四条第三項の表の下欄	控除限度額	控除限度額及び法人特別税法第十一条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額の合計額	
地方税法施行令（昭和二十五年政令第二百四十五号）	第九条の七第二項	に規定する控除限度額	に規定する控除限度額に法人特別税法（平成四年法律第十五号）第十一条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額を加算した金額	
		法人税法第六十九条、	法人税法第六十九条、法人特別税法第十一条、	
	第九条の七第四項	国税の	法人税法第六十九条第一項に規定する	
	第四十八条の十三第二項	法人税法第六十九条	法人税法第六十九条、法人特別税法第十一条	
	第四十八条の十三第五項	国税の	法人税法第六十九条第一項に規定する	
税理士法（昭和二十六年法律第二百三十七号）	第三十三条第五項	第百五十一条	第百五十一条（法人特別税法（平成四年法律第十五号）第十六条において準用する場合を含む。）	
財務省組織令（平成十二年政令第二百五十号）	第三十六条第二号	所得税及び法人税	所得税、法人税及び法人特別税	
石炭鉱業構造調整臨時措置法施行令（昭和三十五年政令第二百四十七号）	第三条第一項	掲げる法人税の額	掲げる法人税の額に相当する金額及び法人特別税法（平成四年法律第十五号）第十二条第一項の規定により提出した申告書に記載した同項第二号に掲げる法人特別税の額	
		法人税の額又は	法人税若しくは法人特別税の額又は	
	第三条第二項及び第三項	法人税の額	法人税及び法人特別税の額	
外航船舶建造融資利子補給臨時措置法施行令（昭和四十四年政令第百九十五号）	第四条第一項第一号	法人税の額	法人税の額に相当する金額及び法人特別税法（平成四年法律第十五号）第十二条第一項の規定により提出した申告書に記載した同項第二号に掲げる法人特別税の額	
	第四条第二項第一号	法人税の額	法人税若しくは法人特別税の額	
	第四条第三項	法人税の額及び	法人税及び法人特別税の額並びに	
附　則
１　この政令は、平成四年四月一日から施行する。
２　法人が、この政令の施行の際現に、法人税法第七十五条の二第一項（同法第百四十五条において準用する場合を含む。以下同じ。）の適用を受けており、又は同項の申請をしている場合には、それぞれ、この政令の施行の日において、法第十二条第三項において準用する法人税法第七十五条の二第一項の提出期限の延長がされ、又は同項の申請がされたものとみなす。
附　則　（平成一二年六月七日政令第三〇七号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十三年一月六日から施行する。