昭和六十二年政令第五十三号
日本国有鉄道改革法等施行法の施行に伴う経過措置等に関する政令
内閣は、日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号）第二十七条第十項、第十二項から第十四項まで及び第十六項、第二十九条第十一項、第三十八条第一項並びに附則第十六条第一項、第二十一条、第二十三条第七項、第二十六条第一項、第二十九条、第三十九条、第四十条及び第四十二条並びに同法附則第十三条第二項の規定によりなお効力を有することとされ、同項の規定により読み替えられた同法第八十八条の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十条の規定に基づき、この政令を制定する。
（定義）
第一条　この政令において、次の各号に掲げる用語の意義は、それぞれ当該各号に定めるところによる。
一　改革法　日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）をいう。
二　会社法　旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（昭和六十一年法律第八十八号）をいう。
三　清算事業団法　日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律（平成十年法律第百三十六号。第七号及び第七条第二項において「債務等処理法」という。）附則第九条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号）をいう。
四　施行法　日本国有鉄道改革法等施行法をいう。
五　旅客会社　会社法第一条第一項に規定する旅客会社をいう。
六　承継法人　改革法第十一条第二項に規定する承継法人をいう。
七　清算事業団　債務等処理法附則第二条の規定による解散前の日本国有鉄道清算事業団をいう。
（権利の承継に伴う道路運送車両法の適用に関する経過措置）
第二条　改革法第二十二条の規定により承継法人が日本国有鉄道の権利を承継する場合における当該承継に係る自動車（道路運送車両法（昭和二十六年法律第百八十五号）第四条に規定する自動車をいう。第十条において同じ。）の取得に伴う移転登録については、道路運送車両法第百二条の規定は適用しない。
（鉄道建設債券に係る債務の承継に伴う鉄道建設債券令の適用の特例）
第三条　改革法第二十六条第三項の規定により承継法人、清算事業団及び日本鉄道建設公団が連帯して弁済の責めに任ずるものとされた債務に係る鉄道建設債券については、鉄道建設債券令（昭和四十年政令第百七十五号）第十条第二項中「公団」とあるのは、「公団、承継法人（日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人をいう。）であつて鉄道建設債券に係る債務を承継したもの及び日本国有鉄道清算事業団」とする。
（日本鉄道建設公団の資産の承継に伴う出資の取扱いに関する措置）
第四条　施行法第二十六条第二項の規定により日本国有鉄道に対し政府から出資されたものとされる当該出資及び同条第三項の規定により日本鉄道建設公団に対する政府からの出資がなかつたものとされる当該出資は、一般会計からの出資とする。
（日本鉄道建設公団の権利及び義務の承継に伴う経過措置）
第五条　日本鉄道建設公団に係る次の表の上欄に掲げる行為又は占用であつて改革法第二十四条第三項の規定により日本国有鉄道が承継した権利及び義務に係るものは、改革法第二十二条の規定により当該行為又は占用に係る権利及び義務を承継した承継法人（当該行為又は占用に係る権利及び義務を承継法人が承継しない場合にあつては、清算事業団）に係る同表の下欄に掲げる行為又は占用とみなす。
日本鉄道建設公団法施行令（昭和三十九年政令第二十三号。以下この条において「公団法施行令」という。）第十条第一項において準用する港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第三十七条第三項において読み替えられた同条第一項の規定により港湾管理者の長とした協議に基づく行為	港湾法第三十七条第一項の規定により港湾管理者の長がした許可に基づく行為	
公団法施行令第十条第一項において準用する道路法（昭和二十七年法律第百八十号）第三十五条の規定により道路管理者とした協議に基づく占用	道路法第三十二条第一項又は第三項の規定により道路管理者がした許可に基づく占用	
公団法施行令第十条第一項において準用する都市公園法（昭和三十一年法律第七十九号）第九条の規定により公園管理者とした協議に基づく占用	都市公園法第六条第一項又は第三項の規定により公園管理者がした許可に基づく占用	
河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第二十四条（同法第百条において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定により河川管理者がした許可に基づく占用	河川法第二十四条の規定により河川管理者がした許可に基づく占用	
（権利及び義務の承継に伴う登録免許税の適用に関する経過措置）
第六条　施行法第二十七条第十項に規定する法人が、同項の規定の適用を受けようとする場合には、同項に規定する登記又は登録の申請書に、当該登記又は登録が同項の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該登記又は登録に係る権利を改革法第二十二条の規定により承継したものであること及び当該権利を承継する法人が改革法第十一条第一項の規定により運輸大臣が指定する法人であるときはその旨の記載があるものを添付しなければならない。
２　施行法第二十七条第十二項の規定の適用を受けようとする同項に規定する株式会社の発起人は、同項に規定する設立の登記の申請書に、当該設立の登記が同項の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該設立の登記に係る株式会社の設立が施行法第二十一条第二項に規定する承認を受けた計画に従つて行われるものであること及び当該株式会社の資本の金額のうち旅客会社の出資に係る部分の金額の記載があるものを添付しなければならない。
３　施行法第二十七条第十二項の規定の適用を受けようとする同項に規定する株式会社は、同項に規定する登記又は登録の申請書に、当該登記又は登録が同項の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該登記又は登録に係る権利の取得が施行法第二十一条第二項に規定する承認を受けた計画に従つて行われる出資に係る財産の給付に伴うものであることの記載があるものを添付しなければならない。
（権利及び義務の承継に伴う承継法人等に対する法人税法等の適用に関する経過措置等）
第七条　承継法人が、清算事業団法附則第九条第一項若しくは第二項第一号又は第十一条第一項に規定する鉄道施設と当該承継法人の鉄道施設とを接続するための工事で運輸大臣が定めるものの支出に充てるため、日本鉄道建設公団又は本州四国連絡橋公団から交付を受けた負担金については、当該負担金を法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第四十二条第一項に規定する国庫補助金等とみなして同法第四十二条から第四十四条までの規定を適用する。
２　承継法人（施行法第二十一条第二項の承認を受けた計画に従い当該経営の分離に係る一般自動車運送事業に相当する一般旅客自動車運送事業（以下「一般旅客自動車運送事業」という。）を経営する株式会社を含む。）が次の表の上欄に掲げる法律の規定により同表の中欄に掲げる者から無償で貸付けを受けている土地に存する当該承継法人の事業の用に供していた固定資産と同欄に掲げる者の有する固定資産との交換が同表の下欄に掲げる法律の規定により行われた場合には、当該承継法人がその交換により取得した固定資産は、法人税法第四十二条第二項に規定する固定資産とみなして同条の規定を適用する。この場合において、同項中「その固定資産の価額」とあるのは、「その固定資産の価額から交換により譲渡した固定資産の当該交換の時における帳簿価額を控除した残額」とする。
債務等処理法附則第十三条の規定による改正前の施行法第三十一条	清算事業団	清算事業団法第二十六条第一項第三号	
独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号。以下この項において「機構法」という。）附則第十六条の規定による改正前の債務等処理法（以下この項において「旧債務等処理法」という。）第二十五条	機構法附則第二条第一項の規定による解散前の日本鉄道建設公団	旧債務等処理法第十三条第一項第三号	
債務等処理法第二十五条	独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構	債務等処理法第十三条第一項第三号	
３　承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した固定資産については、法人税法第五十条第一項中「各事業年度において、一年以上有していた固定資産」とあるのは、「各事業年度において、一年以上有していた固定資産（日本国有鉄道が有していた期間（日本国有鉄道が日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第二十四条第一項又は第三項の規定により日本鉄道建設公団から承継したものにあつては、日本鉄道建設公団が有していた期間を含む。）と同法第十一条第二項に規定する承継法人が有していた期間とを合計した期間が一年以上であるものを含む。以下この項において同じ。）」として同条の規定を適用する。
４　承継法人が改革法第二十一条に規定する承継計画において定めるところに従い承継の日（改革法第二十二条の規定により当該承継法人が日本国有鉄道の権利及び義務を承継した日をいう。以下この条において同じ。）において有する退職給与引当金勘定の金額については、当該金額のうち、承継の日の前日の属する日本国有鉄道の事業年度を当該承継法人の事業年度とみなし、当該事業年度終了の時において在職する日本国有鉄道の使用人のうち改革法第二十三条第三項の規定により当該承継法人が採用する者につきその全員が自己の都合により当該事業年度終了の時において退職するものと仮定して施行法第五十一条の規定による改正前の国家公務員等退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）の規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額に達するまでの金額は、法人税法第五十五条第一項の規定の適用を受けた金額とみなして同条の規定を適用する。
５　承継法人に対する法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第二十二条第三項の規定の適用については、同項中「内国法人（昭和五十五年四月一日に存するもの（同日後に合併をした内国法人については、当該合併に係る合併法人及び被合併法人のすべてが同日に存していたもの）に限る。）」とあるのは「日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人（当該承継法人が昭和六十二年四月一日以後に合併をした場合には、当該合併に係る被合併法人のすべてが同日に存していた場合に限る。）」と、「当該事業年度」とあるのは「当該事業年度（平成元年四月一日以後に開始する事業年度に限る。）」と、「同日から昭和五十七年三月三十一日まで」とあるのは「昭和六十二年四月一日から平成元年三月三十一日まで」と、「当該合併をした内国法人については、当該各事業年度において当該合併に係る合併法人及び被合併法人が」とあるのは「当該承継法人が当該合併をした場合には、当該各事業年度において当該承継法人及び当該合併に係る被合併法人が」とする。
６　承継法人に対する改革法第二十一条の規定により引き継いだ事業の用に供する減価償却資産に係る法人税法施行令第四十九条第四項の規定の適用については、同項中「前日」とあるのは、「前日（日本国有鉄道改革法第二十二条の規定により日本国有鉄道の権利及び義務を承継した日の属する事業年度については、昭和六十二年九月三十日）」とする。
７　承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した減価償却資産の取得価額は、法人税法施行令第五十四条第一項の規定にかかわらず、当該減価償却資産の取得に要した費用の額（改革法第二十条第一項に規定する評価審査会が同項の規定により決定した価格を基礎として運輸大臣が定めるところにより計算した金額をいう。）として当該承継法人が承継の日において経理した金額とする。
８　承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した有価証券に係る法人税法施行令第百四十条の二第一項第一号に規定する利子配当等については、同条第二項中「その内国法人が元本」とあるのは「日本国有鉄道改革法第十一条第二項に規定する承継法人（以下この条において「承継法人」という。）及び日本国有鉄道が元本」と、「その内国法人がその」とあるのは「当該承継法人及び日本国有鉄道がその」と、同条第三項第一号中「その内国法人」とあるのは「当該承継法人」と、同項第二号中「その内国法人」とあるのは「当該承継法人又は日本国有鉄道」として同条の規定を適用する。
９　承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した租税特別措置法第六十三条第一項第一号に規定する土地等については、同条第二項（同法第六十三条の二第二項の規定により読み替えられた場合を含む。）中「当該法人がその取得をした日から引き続き所有していた土地等」とあるのは「日本国有鉄道がその取得をし、その取得をした日から日本国有鉄道及び日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人（以下この項及び第六十五条の七第一項において「承継法人」という。）が引き続き所有していた土地等（日本国有鉄道が同法第二十四条第一項又は第三項の規定により日本鉄道建設公団から承継した土地等で日本鉄道建設公団がその取得をし、その取得をした日から日本鉄道建設公団、日本国有鉄道及び承継法人が引き続き所有していたものを含む。）」と、「（その取得」とあるのは「（日本国有鉄道（当該承継した土地等については、日本鉄道建設公団）がその取得」として同法第六十三条及び第六十三条の二の規定を適用する。
１０　承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十五号の上欄に規定する土地等、建物又は構築物については、同欄中「当該法人により取得（建設を含む。以下この号において同じ。）をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産」とあるのは「日本国有鉄道により取得（建設を含む。以下この号において同じ。）をされた日から日本国有鉄道及び承継法人により引き続き所有されていたこれらの資産（日本国有鉄道が日本国有鉄道改革法第二十四条第一項又は第三項の規定により日本鉄道建設公団から承継したこれらの資産で日本鉄道建設公団により取得をされた日から日本鉄道建設公団、日本国有鉄道及び承継法人により引き続き所有されていたものを含む。）」と、「その取得」とあるのは「日本国有鉄道（当該承継したこれらの資産については、日本鉄道建設公団）によるその取得」として同条の規定を適用する。
１１　施行法第二十一条第二項の承認を受けた計画に従い一般旅客自動車運送事業を経営する株式会社が旅客会社が行う出資（当該株式会社を設立するための出資に限る。）により受け入れた租税特別措置法第六十三条第一項第一号に規定する土地等及び同法第六十五条の七第一項の表の第十五号の上欄に規定する土地等、建物又は構築物（当該旅客会社が改革法第二十二条の規定により承継し、かつ、当該出資を行うまで引き続き所有していたものに限る。）については、租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）第三十八条の四第二十五項第三号（同令第三十八条の五第十一項において準用する場合を含む。）及び第三十九条の七第十四項第三号中「当該特定出資をした法人が当該」とあるのは、「日本国有鉄道が当該」としてこれらの規定を適用する。
１２　承継法人に対する法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百五号）附則第九条第四項の規定の適用については、同項中「昭和五十五年四月一日に存する法人（当該法人が平成十三年四月一日以後に行われる適格合併（平成十三年改正法第一条の規定による改正後の法人税法（以下「平成十三年新法」という。）第二条第十二号の八（定義）に規定する適格合併をいう。以下同じ。）に係る合併法人である場合には、当該法人及び当該適格合併に係る被合併法人のすべてが昭和五十五年四月一日に存していたもの（当該適格合併が法人を設立する合併である場合にあつては、当該適格合併に係る被合併法人のすべてが同日に存していたもの）に限る。）」とあるのは「日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人（当該承継法人が平成十三年四月一日以後に適格合併（平成十三年改正法第一条の規定による改正後の法人税法第二条第十二号の八（定義）に規定する適格合併をいう。以下同じ。）をした場合には、当該適格合併に係る被合併法人のすべてが昭和六十二年四月一日に存していた場合に限る。）」と、同項第二号中「当該事業年度終了の時」とあるのは「当該事業年度（平成元年四月一日以後に開始する事業年度に限る。）終了の時」と、「昭和五十五年四月一日から昭和五十七年三月三十一日まで」とあるのは「昭和六十二年四月一日から平成元年三月三十一日まで」と、「平成十三年四月一日以後に行われる適格合併に係る合併法人については、当該各事業年度終了の時において当該合併法人及び当該適格合併に係る被合併法人」とあるのは「当該承継法人が平成十三年四月一日以後に適格合併をした場合には、当該各事業年度終了の時において当該承継法人及び当該適格合併に係る被合併法人」とする。
（日本国有鉄道法の廃止に伴う経過措置）
第八条　改革法附則第二項の規定の施行前に、医療法（昭和二十三年法律第二百五号）第六条及び医療法施行令（昭和二十三年政令第三百二十六号）第一条の規定に基づき、日本国有鉄道に対して厚生大臣がした承認は、同法の規定により、改革法第二十一条の規定により当該承認に係る病院に関する業務を引き継いだ承継法人に対して都道府県知事がした承認又は許可とみなし、日本国有鉄道が厚生大臣に対して開設の通知をし、又は日本国有鉄道の診療所の管理者が都道府県知事に対して専属の薬剤師を置かないことの通知をした診療所は、医療法の規定により、同条の規定により当該通知に係る診療所に関する業務を引き継いだ承継法人が都道府県知事の許可を受けて、開設し、又は専属の薬剤師を置かないこととした診療所とみなす。
２　改革法附則第二項の規定の施行前に電波法（昭和二十五年法律第百三十一号）第百四条第二項の規定に基づき日本国有鉄道に対して郵政大臣がした承認（改革法第十一条第一項の規定により運輸大臣が指定した法人が改革法第二十二条の規定により承継した権利及び義務に係るものを除く。）は、電波法の規定により、改革法第二十二条の規定により当該承認に係る権利及び義務を承継した承継法人に対して郵政大臣がした免許又は許可とみなす。
３　日本国有鉄道が建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第六条第一項の規定によつて建築し、又は大規模の修繕若しくは大規模の模様替えをしようとする建築物であつて改革法附則第二項の規定の施行前に建築基準法第十八条第二項（同法第八十七条第一項、第八十七条の二第一項並びに第八十八条第一項及び第二項において準用する場合を含む。）の規定により日本国有鉄道がその計画を建築主事に通知しているものについては、同法第十八条第一項から第八項まで（これらの規定を同法第八十七条第一項、第八十七条の二第一項並びに第八十八条第一項及び第二項において準用する場合を含む。）の規定を準用する。この場合において、同法第十八条第一項中「国」とあるのは「承継法人（日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人をいう。次項において同じ。）」と、「第六条から第七条の三まで、第九条から第十条まで及び第九十条の二」とあるのは「第六条から第七条の三まで」と、「第二項から第九項まで」とあるのは「第二項から第八項まで」と、同条第二項中「国」とあるのは「承継法人」と読み替えるものとする。
４　改革法附則第二項の規定の施行前に結核予防法（昭和二十六年法律第九十六号）第三十六条第一項の規定により厚生大臣の指定を受けた日本国有鉄道の病院又は診療所は、同項の規定により都道府県知事の指定を受けた病院又は診療所とみなす。
５　改革法附則第二項の規定の施行前に高圧ガス取締法（昭和二十六年法律第二百四号）第四条の規定に基づき日本国有鉄道に対して都道府県知事がした承認は、同法の規定により、改革法第二十二条の規定により当該承認に係る権利及び義務を承継した承継法人に対して都道府県知事がした許可又は認可とみなす。
６　改革法附則第二項の規定の施行前に覚剤取締法（昭和二十六年法律第二百五十二号）第三十五条第一項の規定により厚生大臣の指定を受けた日本国有鉄道の病院は、同法第三条第一項の規定により都道府県知事の指定を受けた病院とみなす。
７　改革法附則第二項の規定の施行前に核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律（昭和三十二年法律第百六十六号）第七十六条の規定に基づき日本国有鉄道に対して科学技術庁長官がした承認は、同法の規定により、改革法第二十二条の規定により当該承認に係る権利及び義務を承継した承継法人に対して科学技術庁長官がした許可又は認可とみなす。
８　改革法附則第二項の規定の施行前に放射性同位元素等による放射線障害の防止に関する法律（昭和三十二年法律第百六十七号）第五十条の規定に基づき日本国有鉄道に対して科学技術庁長官がした承認は、同法第三条第一項の規定により、改革法第二十二条の規定により当該承認に係る権利及び義務を承継した承継法人に対して科学技術庁長官がした許可とみなす。
９　改革法附則第二項の規定の施行前に下水道法（昭和三十三年法律第七十九号）第四十一条の規定により日本国有鉄道が公共下水道管理者又は都市下水路管理者とした協議に基づく行為は、同法の規定により、改革法第二十二条の規定により当該行為に係る権利及び義務を承継した承継法人（当該行為に係る権利及び義務を承継法人が承継しない場合にあつては、清算事業団）に対して公共下水道管理者又は都市下水路管理者がした許可に基づく行為とみなす。
１０　改革法附則第二項の規定の施行前に河川法第九十五条（同法第百条第一項において準用する場合を含む。）の規定により日本国有鉄道が河川管理者とした協議に基づく占用又は行為は、同法の規定により、改革法第二十二条の規定により当該占用又は行為に係る権利及び義務を承継した承継法人（当該占用又は行為に係る権利及び義務を承継法人が承継しない場合にあつては、清算事業団）に対して河川管理者がした許可に基づく占用又は行為とみなす。
１１　改革法附則第二項の規定の施行前に河川法第九十五条の規定により日本国有鉄道が河川管理者とした協議に係るダムの操作規程は、同法第四十七条第一項の規定により、改革法第二十二条の規定により当該ダムに係る権利及び義務を承継した承継法人に対して河川管理者がした承認に係るダムの操作規程とみなす。
１２　改革法附則第二項の規定の施行前に古都における歴史的風土の保存に関する特別措置法（昭和四十一年法律第一号）第八条第九項の規定により日本国有鉄道が府県知事とした協議に基づく行為は、同条第一項の規定により、改革法第二十二条の規定により当該行為に係る権利及び義務を承継した承継法人に対して府県知事がした許可に基づく行為とみなす。
（清算事業団への移行に伴う地方自治法の適用に関する経過措置）
第九条　日本国有鉄道が改革法第二十四条第一項の規定により日本鉄道建設公団から承継する鉄道施設であつてその承継の時において当該鉄道施設の用に供させるため日本鉄道建設公団に対して地方自治法第二百三十八条の四第二項の規定により行政財産である土地に地上権が設定されているものを清算事業団が所有する間は、清算事業団は同項に規定する政令で定めるものに該当するものとし、当該鉄道施設の用に供することは同項に規定する政令で定める用途に該当するものとする。
（清算事業団への移行に伴う道路運送車両法の適用に関する経過措置）
第十条　清算事業団法附則第二条の規定により日本国有鉄道が清算事業団となることに伴う自動車の変更登録については、道路運送車両法第百二条の規定は適用しない。
第十一条から第十三条まで　削除
（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
第十四条　施行法附則第十三条第二項の規定によりなお効力を有することとされ、同項の規定により読み替えられた施行法第八十八条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧法」という。）第八十条に規定する一般乗合旅客自動車運送事業（以下この条において「一般乗合旅客自動車運送事業」という。）又は旧法第八十条に規定する鉄道事業（以下この条において「鉄道事業」という。）を営もうとする者が、旧法第八十条の規定の適用を受けようとする場合には、同条に規定する登記の申請書に、当該登記が同条の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該登記に係る所有権、地上権又は賃借権の目的とされる土地又は建物が同条に規定する特定地方交通線（以下この条において「特定地方交通線」という。）に係るもので旧法第八十条に規定する認可又は認定に基づき取得をしたものであること及び当該認可又は認定の日の記載があるものを添付しなければならない。
２　旧法第八十条に規定する株式会社の発起人が、同条の規定の適用を受けようとする場合には、同条に規定する設立の登記の申請書に、当該設立の登記が同条の規定に該当するものであることについての運輸大臣の証明書で、当該株式会社の設立が、同条に規定する協議が調い、又は同条に規定する書類が運輸大臣に提出されたことにより、当該協議の結果に従つて又は当該書類において定められた措置に従つて特定地方交通線の廃止に伴い行われるものであること並びに当該協議が調つた日又は当該書類が運輸大臣に提出された日及び当該特定地方交通線に係る同条に規定する鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）第二十八条第一項の規定による許可の申請がされた日の記載があるものを添付しなければならない。
（国家公務員等共済組合法等の一部改正に伴う経過措置）
第十五条　国が、昭和六十二年度以後において、施行法第八十九条の規定による改正後の国家公務員等共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号。以下「改正後の共済法」という。）第九十九条第三項並びに昭和六十年法律第百五号附則第三十一条第一項及び第六十四条第一項の規定により日本鉄道共済組合に対して負担する金額は、改正後の共済法第九十九条第三項並びに昭和六十年法律第百五号附則第三十一条第一項及び第六十四条第一項の規定により算定した金額から調整対象額の全部又は一部を控除した金額とすることができる。
２　前項に規定する調整対象額とは、昭和五十九年度以前の各年度において、公経済負担金払込額（国家公務員等共済組合法施行令等の一部を改正する等の政令（昭和六十一年政令第五十五号）第三条の規定による改正前の国家公務員及び公共企業体職員に係る共済組合制度の統合等を図るための国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律附則第三十五条第二項の規定等に基づき行う負担金の額の調整等に関する政令（昭和六十年政令第六十八号）第二条第三項第一号に掲げる金額をいう。）が、日本国有鉄道が負担すべきであつた負担金（同号に掲げる金額に相当するものに限る。）の額として大蔵大臣が定める方法により算定した金額に満たない年度がある場合に、当該満たない年度の各年度の当該算定した金額と同号に掲げる金額との差に相当する金額に大蔵大臣が定めるところにより算定した昭和六十二年三月三十一日までの間の利子に相当する金額を加えた金額の合計額（次項において「負担金未払額」という。）に、大蔵大臣が定めるところにより算定した前項の規定による控除が行われるまでの間の利子に相当する金額を加えた金額の合計額をいう。
３　清算事業団は、負担金未払額に大蔵大臣が定めるところにより算定した支払が行われるまでの間の利子に相当する金額を加えた金額を、大蔵大臣が定めるところにより、日本鉄道共済組合に支払うものとする。
第十六条　国家公務員等共済組合法施行令等の一部を改正する等の政令第一条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法施行令（昭和三十三年政令第二百七号）第十二条の五第一項並びに日本国有鉄道改革法等の施行に伴う関係政令の整備等に関する政令（昭和六十二年政令第五十四号。以下この条において「整備等政令」という。）第四十一条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法施行令第十二条の五第一項及び整備等政令第五十二条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法等の一部を改正する法律の施行に伴う経過措置に関する政令（昭和六十一年政令第五十六号）第六十九条第一項の規定により昭和六十年度及び昭和六十一年度において日本国有鉄道が国鉄共済組合（施行法第八十九条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法（以下この条、次条第一項及び第十七条第二項において「改正前の共済法」という。）附則第十四条の三第二項に規定する国鉄共済組合をいう。次条第一項において同じ。）に払い込んだ金額と昭和六十年法律第百五号第一条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法第九十九条第三項及び附則第二十条の二第一項（他の法令によりその例によることとされる場合を含む。）並びに改正前の共済法第九十九条第三項及び施行法第九十七条の規定による改正前の昭和六十年法律第百五号附則第三十一条第一項（他の法令によりその例によることとされる場合を含む。）の規定により日本国有鉄道が負担すべきであつた金額との調整は、それぞれ、翌々年度までに、清算事業団と日本鉄道共済組合との間で行うものとする。
第十六条の二　施行法附則第十六条の二第一項に規定する政令で定める金額は、昭和五十年度から昭和六十一年度までの各年度の第一号に掲げる金額から第二号に掲げる金額を控除した金額の合計額とする。
一　当該各年度において日本国有鉄道が負担すべきであつた負担金（次号に掲げる金額に相当するものに限る。）の額として第十五条第二項に規定する方法に準じて大蔵大臣が定める方法により算定した金額
二　次に掲げる年度の区分に応じ、それぞれ次に定める費用として日本国有鉄道が国鉄共済組合（イに掲げる年度にあつては、施行法附則第十六条の二第一項に規定する旧組合）に払い込んだ金額（イ及びロに掲げる年度にあつては、当該金額から第十五条第二項に規定する公経済負担金払込額を控除した金額）
イ　昭和五十年度から昭和五十八年度までの各年度　国家公務員及び公共企業体職員に係る共済組合制度の統合等を図るための国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律（昭和五十八年法律第八十二号。以下この号において「昭和五十八年法律第八十二号」という。）附則第二条の規定による廃止前の公共企業体職員等共済組合法（昭和三十一年法律第百三十四号）第六十六条第一項第二号（他の法令によりその例によることとされる場合を含む。）に規定する長期給付に要する費用
ロ　昭和五十九年度　昭和五十八年法律第八十二号第二条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法第九十九条第二項第二号に掲げる費用
ハ　昭和六十年度　昭和六十年法律第百五号第一条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法第九十九条第二項第二号に掲げる費用
ニ　昭和六十一年度　改正前の共済法第九十九条第二項第二号に掲げる費用（昭和六十年法律第百五号附則第六十四条第一項第五号に規定する費用を含む。）
２　清算事業団が施行法附則第十六条の二第一項の規定による支払をする場合における国家公務員等共済組合法施行令第十二条第二項の規定の適用については、同項中「掲げるもの」とあるのは、「掲げるもの及び日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号）附則第十六条の二第一項の規定により支払われる金額に係るもの」とする。
第十七条　適用法人の組合（改正後の共済法第百十一条の三第一項に規定する適用法人の組合をいう。以下この項において同じ。）の組合員に対する改正後の共済法の短期給付に関する規定の適用については、当分の間、適用法人（改正後の共済法第二条第一項第七号に規定する適用法人をいう。次項において同じ。）の経営する医療機関又は薬局は、当該適用法人の組合の経営する医療機関又は薬局とみなす。
２　施行法の施行の日（以下この項において「施行日」という。）の前日において改正前の共済法第二条第一項第七号に規定する公共企業体等の役員であり、施行日以後引き続き適用法人の役員である者のうち、日本電信電話株式会社法、電気通信事業法及び日本電信電話株式会社法及び電気通信事業法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の施行に伴う関係政令の整備等に関する政令（昭和六十年政令第三十一号）附則第十八条の規定により読み替えられた国家公務員及び公共企業体職員に係る共済組合制度の統合等を図るための国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備等に関する政令（昭和五十九年政令第三十五号）附則第五条第二項の規定により、改正前の共済法の短期給付及び福祉事業に関する規定の適用について改正前の共済法第二条第一項第一号に規定する職員とみなされていたものに対する改正後の共済法の短期給付及び福祉事業に関する規定の適用については、改正後の共済法第二条第一項第一号の規定にかかわらず、その者が引き続き役員である間、同号に規定する職員とみなす。
（漁港法等の一部改正に伴う経過措置）
第十八条　日本国有鉄道に係る次の表の上欄に掲げる行為又は占用は、改革法第二十二条の規定により当該行為又は占用に係る権利及び義務を承継した承継法人（当該行為又は占用に係る権利及び義務を承継法人が承継しない場合にあつては、清算事業団）に係る同表の下欄に掲げる行為又は占用とみなす。
施行法第百六条の規定による改正前の漁港法（昭和二十五年法律第百三十七号）第三十九条第四項の規定により農林水産大臣にした協議に基づく行為	施行法第百六条の規定による改正後の漁港法第三十九条第一項の規定により農林水産大臣がした許可に基づく行為	
施行法第百二十条の規定による改正前の港湾法第三十七条第三項において読み替えられた同条第一項の規定により港湾管理者の長とした協議に基づく行為	施行法第百二十条の規定による改正後の港湾法第三十七条第一項の規定により港湾管理者の長がした許可に基づく行為	
施行法第百二十七条の規定による改正前の海岸法（昭和三十一年法律第百一号）第十条第二項の規定により海岸管理者にした協議に基づく占用	施行法第百二十七条の規定による改正後の海岸法第七条第一項の規定により海岸管理者がした許可に基づく占用	
施行法第百五十八条の規定による改正前の道路法第三十五条の規定により道路管理者とした協議に基づく占用	施行法第百五十八条の規定による改正後の道路法第三十二条第一項又は第三項の規定により道路管理者がした許可に基づく占用	
施行法第百六十条の規定による改正前の都市公園法第九条の規定により公園管理者とした協議に基づく占用	施行法第百六十条の規定による改正後の都市公園法第六条第一項又は第三項の規定により公園管理者がした許可に基づく占用	
（日本国有鉄道経営再建促進特別措置法の廃止に伴う経過措置等）
第十九条　施行法附則第二十三条第七項の規定による補助は、同条第一項に規定する特定地方交通線の廃止をする場合に必要となる一般乗合旅客自動車運送事業又は鉄道事業を経営する者の当該事業による輸送が開始された日の属する事業年度から同日から起算して五年を経過する日の属する事業年度までの各事業年度につき、当該事業の運営に要する費用のうち、一般乗合旅客自動車運送事業にあつては運輸大臣が定める基準に従つて算定した額の十分の十以内、鉄道事業にあつては運輸大臣が定める基準に従つて算定した額の十分の五以内について行う。
２　施行法附則第二十三条第十二項から第十四項までの規定により鉄道施設の建設が行われる場合における当該鉄道施設に関する工事の実施に係る行為に対する急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律施行令（昭和四十四年政令第二百六号）第二条の規定の適用については、同条第九号ホ中「日本鉄道建設公団法第二十二条第一項」とあるのは、「日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号）附則第二十三条第十五項の規定によりなおその効力を有することとされた同法第百十条の規定による廃止前の日本国有鉄道経営再建促進特別措置法（昭和五十五年法律第百十一号）第十六条第一項」とする。
（帝都高速度交通営団法の一部改正に伴う経過措置）
第二十条　施行法附則第二十四条第一項の規定により清算事業団の出資持分の全部が政府に譲渡されるまでの間における障害者の雇用の促進等に関する法律（昭和三十五年法律第百二十三号）第十四条第四項及び高年齢者等の雇用の安定等に関する法律（昭和四十六年法律第六十八号）附則第三条の規定の適用については、施行法附則第二十四条第三項の規定による清算事業団の出資持分は、政府の持分とみなす。
附　則
この政令は、昭和六十二年四月一日から施行する。
附　則　（昭和六二年九月二九日政令第三三三号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、昭和六十二年十月一日から施行する。
附　則　（昭和六三年三月三一日政令第六八号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、身体障害者雇用促進法の一部を改正する法律の施行の日（昭和六十三年四月一日）から施行する。
附　則　（昭和六三年三月三一日政令第七三号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、昭和六十三年四月一日から施行する。
（日本国有鉄道改革法等施行法の施行に伴う経過措置等に関する政令の一部改正に伴う経過措置）
第四十五条　前条の規定による改正後の日本国有鉄道改革法等施行法の施行に伴う経過措置等に関する政令（次項において「新経過措置政令」という。）第七条第一項の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける同項に規定する負担金について適用する。
２　新経過措置政令第七条第二項の規定は、法人が施行日以後に取得する同項に規定する固定資産について適用する。
附　則　（平成二年三月二八日政令第五六号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成二年四月一日から施行する。
附　則　（平成二年七月一〇日政令第二一四号）
この政令は、貨物自動車運送事業法の施行の日（平成二年十二月一日）から施行する。
附　則　（平成三年九月二五日政令第三〇四号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成三年十月一日から施行する。
附　則　（平成九年三月二八日政令第八四号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成九年四月一日から施行する。
附　則　（平成一〇年三月三一日政令第一〇五号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十年四月一日から施行する。
附　則　（平成一〇年一〇月二一日政令第三三六号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律の施行の日（平成十年十月二十二日）から施行する。
附　則　（平成一三年三月三〇日政令第一三五号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十三年三月三十一日から施行する。
（日本たばこ産業株式会社法施行令等の一部改正に伴う経過措置）
第十七条　前三条の規定による改正後の日本たばこ産業株式会社法施行令第二条第九項、日本電信電話株式会社等に関する法律施行令第二条第九項及び日本国有鉄道改革法等施行法の施行に伴う経過措置等に関する政令第七条第十四項の規定により読み替えて適用される法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百五号）附則第九条第四項の規定は、平成十三年四月一日以後に合併が行われる場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税について適用し、同日前に合併が行われた場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
附　則　（平成一三年一一月七日政令第三四六号）
この政令は、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成十三年十二月一日）から施行する。
附　則　（平成一五年三月三一日政令第一三一号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十五年四月一日から施行する。
附　則　（平成一六年三月二六日政令第八〇号）
この政令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成二三年七月一五日政令第二二〇号）
この政令は、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十三年八月一日）から施行する。
附　則　（令和三年三月三一日政令第一三五号）
この政令は、令和三年四月一日から施行する。