昭和四十八年総理府令第六十二号
自然環境保全法施行規則
自然環境保全法（昭和四十七年法律第八十五号）第十七条第五項第二号、第十九条第三項第四号、第二十二条第四項（同条第七項及び第二十三条第三項において準用する場合を含む。）、第二十五条第六項、同条第十項第二号及び第三号、第二十六条第三項第四号及び第五号、第二十七条第五項、同条第九項第二号及び第三号、第二十八条第一項、同条第六項第三号及び第四号並びに第四十条第二項の規定に基づき、並びに同法を実施するため、自然環境保全法施行規則を次のように定める。
目次
第一章　原生自然環境保全地域（第一条―第六条）
第二章　自然環境保全地域（第七条―第三十一条）
第二章の二　沖合海底自然環境保全地域（第三十一条の二―第三十一条の八）
第三章　雑則（第三十二条―第三十七条）
附則
第一章　原生自然環境保全地域
（原生自然環境保全地域に関する保全事業の執行の協議書）
第一条　自然環境保全法（以下「法」という。）第十六条第二項の規定による原生自然環境保全地域に関する保全事業（以下この章において「保全事業」という。）の執行の協議の申出は、次に掲げる事項を記載した協議書を提出して行うものとする。
一　地方公共団体名
二　保全事業の種類
三　施設の位置
四　施設の規模及び構造
五　施設の管理又は運営の方法の概要
六　工事の施行に要する経費の総額及びその調達方法
七　工事の着手及び完了の予定日
２　前項の協議書には、次に掲げる書類及び図面を添えなければならない。
一　施設の位置を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図
二　施設の付近の状況を明らかにした縮尺五千分の一以上の概況図及び天然色写真
三　施設の規模及び構造を明らかにした縮尺千分の一以上の平面図、立面図、断面図、構造図及び意匠配色図
四　工事に要する経費の内訳を記載した書類
（原生自然環境保全地域内における行為の許可申請書）
第二条　法第十七条第一項ただし書の規定による許可の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二　行為の種類
三　行為の目的
四　行為の場所
五　行為地及びその付近の状況
六　行為の施行方法
七　行為の着手及び完了の予定日
２　前項の申請書には、次に掲げる図面を添えなければならない。
一　行為地の位置を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図
二　行為地及びその付近の状況を明らかにした縮尺五千分の一以上の概況図及び天然色写真
三　行為の施行方法を明らかにした縮尺千分の一以上の平面図、立面図、断面図、構造図及び意匠配色図
四　行為終了後における行為地及びその付近の地形及び植生の復元計画を明らかにした縮尺千分の一以上の図面
（原生自然環境保全地域内における行為の制限の対象とならない行為）
第三条　法第十七条第五項第二号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　森林の保護管理又は野生鳥獣の保護増殖のための標識を設置すること。
二　砂防法（明治三十年法律第二十九号）第二条の規定により指定された土地、地すべり等防止法（昭和三十三年法律第三十号）第三条に規定する地すべり防止区域又は河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第六条第一項に規定する河川区域の管理のために標識、くい、警報器、雨量観測施設、水位観測施設その他これらに類する工作物を設置すること。
三　測量法（昭和二十四年法律第百八十八号）第十条第一項に規定する測量標又は水路業務法（昭和二十五年法律第百二号）第五条第一項に規定する水路測量標を設置すること。
三の二　境界標（不動産登記規則（平成十七年法務省令第十八号）第七十七条第一項第九号に規定する境界標をいう。以下同じ。）を設置すること。
四　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための施設を改築し、又は増築すること。
四の二　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律（平成十六年法律第七十八号）第三章の規定による同法第二条第一項に規定する特定外来生物（以下「特定外来生物」という。）の防除のためにカメラその他の観測機器又は標識、くいその他これらに類するものを設置すること。
五　漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第六十条第一項に規定する漁業権又は同条第七項に規定する入漁権に基づき水産動植物を捕獲し、若しくは殺傷し、若しくは採取し、若しくは損傷し、又はこのために漁具を設置すること。
六　民法（明治二十九年法律第八十九号）第二百六十三条及び第二百九十四条に規定する入会権又は地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百三十八条の六第一項に規定する権利に基づき木竹以外の植物を採取し、若しくは損傷し、又は落葉若しくは落枝を採取すること。
七　森林病害虫等防除法（昭和二十五年法律第五十三号）第六条第一項の規定による立入検査に伴い木竹を伐採し、又は損傷すること。
七の二　国又は地方公共団体が法令に基づきその任務とされている遭難者を救助するための業務を行うために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
八　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために、農林水産物に対する病害虫等（それらの卵を含む。）を捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷すること（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）。
九　文化財保護法（昭和二十五年法律第二百十四号）第百九条第一項の規定により指定され、又は同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物の保存のための行為（建築物を新築すること及び土地の形質を変更することを除く。）
十　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除に伴う特定外来生物の捕獲、採取又は殺処分を行うこと。
十一　遭難者の救助に係る業務を行うために犬を放つこと。
十二　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第九条の二第一項の規定による主務大臣の許可に係る特定外来生物の放出等をすること。
十三　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除に係る特定外来生物である動物を捕獲するために犬を放つこと。
十四　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除を目的とする生殖を不能にされた特定外来生物の放出等をすること。
十五　原生自然環境保全地域内で捕獲した動物を捕獲後直ちに当該捕獲をした場所に放つこと。
十六　法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
十七　前各号に掲げるもののほか、建築物その他の工作物（以下単に「工作物」という。）の修繕のための行為
十八　前各号に掲げる行為に付帯する行為
第四条　削除
（立入制限地区内への立入りの制限の対象とならない行為）
第五条　法第十九条第三項第四号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　第三条各号に掲げる行為（同条第五号及び第六号に掲げる行為を除く。）
二　森林の保護管理又は野生鳥獣の保護増殖を行うこと。
三　測量法第三条の規定による測量又は水路業務法第二条第一項の規定による水路測量を行うこと。
四　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測を行うこと。
五　文化財保護法第百九条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の指定又は同法第百十条第一項の規定による史跡名勝天然記念物の仮指定のための調査を行うこと。
六　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除のうち、緊急に防除を行う必要があると環境大臣が認める場合における、当該防除に係る特定外来生物の捕獲、採取又は殺処分を行うこと。
七　犯罪の予防又は捜査、遭難者の救助その他これに類する行為を行うこと。
八　法令に基づき検査、調査その他これに類する行為を行うこと。
（立入制限地区内への立入りの許可申請書）
第六条　法第十九条第三項第五号の規定による許可の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二　立入りの目的となる行為
三　立入制限地区の位置及び名称
四　立ち入る者の数及び立入りの方法
五　立入りの開始の予定日及び立入りの予定期間
２　前項の申請書には、位置図及び立ち入る巡路又は範囲その他立入りの方法を明らかにした図面を添えなければならない。
第二章　自然環境保全地域
（自然環境保全地域の指定等の案の公告）
第七条　法第二十二条第四項（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定による公告は、次に掲げる事項について、官報に公示して行うものとする。
一　自然環境保全地域の名称
二　自然環境保全地域（区域の拡張の場合にあつては、当該拡張に係る部分）に含まれる土地の区域又は海域
三　自然環境保全地域の指定又は区域の拡張の案の縦覧場所
２　法第二十三条第三項において準用する法第二十二条第四項の規定による公告は、次に掲げる事項について、官報に公示して行うものとする。
一　保全計画の決定又は変更の案の概要
二　保全計画の決定又は変更の案の縦覧場所
（公聴会）
第八条　環境大臣は、法第二十二条第六項（同条第七項及び法第二十三条第三項において準用する場合を含む。）の規定により公聴会を開催しようとするときは、日時、場所及び公聴会において意見を聴こうとする案件を公示するとともに、当該案件に関し意見を聴く必要があると認めた者（以下「公述人」という。）にその旨を通知するものとする。
２　前項の公示は、公聴会の日の三週間前までに官報により行うものとする。
第九条　公聴会は、環境大臣又はその指名する者が議長として主宰する。
第十条　公聴会においては、議長は、まず公述人のうち異議がある旨の意見書の提出をした者その他意見を聴こうとする案件に対して異議を有する者に異議の内容及び理由を陳述させなければならない。
第十一条　公述人は、発言しようとするときは、議長の許可を受けなければならない。
２　議長は、特に必要があると認めるときは、公聴会を傍聴している者に発言を許すことができる。
第十二条　公述人及び発言を許された者の発言は、意見を聴こうとする案件の範囲を超えてはならない。
２　公述人及び発言を許された者が前項の範囲を超えて発言し、又は不穏当な言動があつたときは、議長は、その発言を禁止し、又は退場を命ずることができる。
第十三条　議長は、公聴会の秩序を維持するため必要があると認めるときは、その秩序を妨げ、又は不穏な言動をした者を退去させることができる。
第十四条　議長は、公聴会の終了後遅滞なく公聴会の経過に関する重要な事項を記載した調書を作成しなければならない。
（自然環境保全地域に関する保全事業の執行の協議書）
第十五条　第一条の規定は、法第二十四条第二項の規定による協議の申出について準用する。
（特別地区及び海域特別地区内における行為の許可申請書）
第十六条　第二条の規定は、法第二十五条第四項及び法第二十七条第三項の規定による許可の申請について準用する。
（特別地区内の行為の許可基準）
第十七条　法第二十五条第六項の環境省令で定める基準は、次の各号に掲げる行為の区分に従い、当該各号に定めるとおりとする。
一　工作物を新築すること。
イ　仮設の工作物（ハに掲げるものを除く。）
（１）　当該工作物の構造が、容易に移転し、又は除却することができるものであること。
（２）　当該新築の方法並びに当該工作物の規模、形態及び用途が、新築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ロ　地下に設ける工作物（ハに掲げるものを除く。）
当該新築の方法並びに当該工作物の位置、規模及び用途が、新築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ハ　次に掲げる工作物
当該新築の方法並びに当該工作物の規模及び形態が、新築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
（イ）　砂防法第一条に規定する砂防設備
（ロ）　海岸法（昭和三十一年法律第百一号）第二条第一項に規定する海岸保全施設（堤防又は胸壁にあつては、当該施設と一体的に設置された樹林を除く。第十八条、第二十三条及び第二十四条において同じ。）その他の海水の侵入又は海水による侵食を防止するための施設
（ハ）　地すべり等防止法第二条第三項に規定する地すべり防止施設
（ニ）　河川法第三条第一項に規定する河川その他の公共の用に供する水路又はこれらを管理するための施設（樹林帯を除く。）
（ホ）　急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律（昭和四十四年法律第五十七号）第二条第二項に規定する急傾斜地崩壊防止施設
（ヘ）　農業、林業、漁業その他生業の用に供するための建築物（住宅を除く。）
（ト）　漁港及び漁場の整備等に関する法律（昭和二十五年法律第百三十七号）第三条に規定する漁港施設又は同法第六十六条の規定により漁港施設とみなされた施設
（チ）　沿岸漁業（沿岸漁業改善資金助成法（昭和五十四年法律第二十五号）第二条第一項に規定する沿岸漁業（総トン数十トン以上二十トン未満の動力漁船（とう載漁船を除く。）を使用して行うものを除く。）をいう。第十九条第一号トにおいて同じ。）の構造の改善に関する事業に係る施設
（リ）　海洋水産資源開発促進法（昭和四十六年法律第六十号）第七条に規定する沿岸水産資源開発計画に基づく事業に係る施設
（ヌ）　土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）第二条第二項第一号に規定する土地改良施設
（ル）　道路法（昭和二十七年法律第百八十号）第二条第一項に規定する道路、農道、林道その他の道（以下第十三号及び第十九条第十一号を除き「道路」という。）であつて、自動車のみの交通の用に供し、かつ、主として観光の用に供するもの以外のもの
（ヲ）　道路を管理するための建築物
（ワ）　鉄道、軌道又は索道
（カ）　鉄道、軌道若しくは索道の駅舎又は自動車若しくは船舶による旅客運送事業の営業所若しくは待合所である建築物（これらに付帯する建築物を含む。）
（ヨ）　港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第六項の規定により港湾施設とみなされた施設
（タ）　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三条第十四号に規定する廃油処理施設
（レ）　航路標識その他の船舶の交通の安全を確保するための施設
（ソ）　係留施設その他の船舶による運送の用に供する工作物
（ツ）　航空法（昭和二十七年法律第二百三十一号）第二条第五項に規定する航空保安施設
（ネ）　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための工作物
（ナ）　有線電気通信のための線路若しくは建築物又は空中線系（その支持物を含む。）
（ラ）　電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第一項第十八号に規定する電気工作物（火力発電所を除く。）
（ム）　教育又は試験研究を行うための工作物
（ウ）　水道法（昭和三十二年法律第百七十七号）第三条第八項に規定する水道施設
（ノ）　下水道法（昭和三十三年法律第七十九号）第二条第三号に規定する公共下水道、同条第四号に規定する流域下水道又は同条第五号に規定する都市下水路
（オ）　送水管、ガス管その他これらに類する工作物
（ク）　宗教法人法（昭和二十六年法律第百二十六号）第三条に規定する境内地における同条に規定する境内建物又は旧宗教法人令（昭和二十年勅令第七百十九号）の規定による宗教法人のこれに相当する工作物
（ヤ）　消防又は水防の用に供する望楼、警鐘台又は機械若しくは器具等を格納する建築物
（マ）　当該特別地区内に居住する者の使用する物置、車庫、便所その他日常生活の用に供する建築物（住宅を除く。）
（ケ）　文化財保護法第二十七条第一項の規定により指定された重要文化財、同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財又は同法第百九条第一項の規定により指定され、若しくは同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物の保存のための建築物
（フ）　都市公園法（昭和三十一年法律第七十九号）第二条第一項に規定する都市公園又は都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第四条第六項に規定する都市計画施設である公園、緑地若しくは墓園の区域内に設けられる工作物
（コ）　（イ）から（ホ）まで、（ト）から（ヌ）まで、（ワ）又は（ヨ）から（オ）までに掲げる工作物に付帯する建築物又はこれらの工作物を管理するための建築物
（テ）　法第二十五条第四項の規定による許可を受けた行為（法第三十条において準用する法第二十一条第一項後段の規定による協議に係る行為を含む。）を行うための工作物
ニ　イ、ロ又はハに掲げる建築物以外の建築物（以下このニにおいて「普通建築物」という。）
（１）　当該新築が、次のいずれかの土地を敷地として行われること。ただし、当該新築が、自己の居住の用に供するために行われる場合、当該特別地区内に存した普通建築物であつて災害により滅失したものの復旧のために行われる場合又は当該特別地区内に居住する者の災害からの避難のために行われる場合にあつては、この限りでない。
（一）　特別地区が指定され、又はその区域が拡張された日の前日から起算して六月前において現に建築物の敷地であつた土地
（二）　特別地区が指定され、又はその区域が拡張された際現に新築の工事中の建築物の敷地であつた土地
（三）　現に存する建築物の敷地である土地
（四）　（一）又は（二）の土地に隣接する土地（道路又は水路をはさんで接する土地を含む。）
（２）　当該普通建築物の高さが、十メートル（当該新築が次に掲げる場合であつて、従前の普通建築物の高さが十メートルを超えるときは、従前の普通建築物の高さ）を超えないこと。
（一）　現に存する普通建築物の建替えのために行われる場合
（二）　特別地区が指定され、又はその区域が拡張された日の前日から起算して前六月以内に除却した普通建築物の建替えのために行われる場合
（三）　災害により滅失した普通建築物の復旧又は災害からの避難のために行われる場合
（３）　当該普通建築物の敷地内における普通建築物の床面積（建築基準法施行令（昭和二十五年政令第三百三十八号）第二条第一項第三号に規定する床面積をいい、同令第一条第二号に規定する地階の床面積は、算入しない。以下同じ。）の合計が、二百平方メートル（当該新築が（２）の（三）の場合であつて、従前の普通建築物の床面積の合計が二百平方メートルを超えるときは、従前の普通建築物の床面積の合計）を超えないこと。ただし、当該新築が（１）の（一）又は（二）の土地において行われる場合にあつては、この限りでない。
（４）　当該新築の方法並びに当該普通建築物の形態及び用途が、新築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ホ　イ、ロ又はハに掲げる工作物以外の工作物（建築物を除く。）
（１）　当該工作物の高さが、十メートルを超えず、かつ、水平投影面積が二百平方メートルを超えないこと。
（２）　当該新築の方法並びに当該工作物の形態及び用途が、新築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
二　工作物を改築すること。
イ　仮設の工作物（ハに掲げるものを除く。）
（１）　当該改築後の工作物の構造が、容易に移転し、又は除却することができるものであること。
（２）　当該改築の方法並びに改築後の工作物の形態及び用途が、改築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ロ　地下に設ける工作物（ハに掲げるものを除く。）
当該改築の方法及び改築後の工作物の用途が、改築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ハ　前号ハに掲げる工作物
当該改築の方法並びに改築後の工作物の形態が、改築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ニ　イ、ロ又はハに掲げる建築物以外の建築物（以下このニにおいて「普通建築物」という。）
（１）　当該改築後の普通建築物の高さが、十メートル（改築前の普通建築物の高さが十メートルを超えるときは、改築前の普通建築物の高さ）を超えないこと。
（２）　当該改築の方法並びに改築後の普通建築物の形態及び用途が、改築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ホ　イ、ロ又はハに掲げる工作物以外の工作物（建築物を除く。）
（１）　当該改築後の工作物の高さが、改築前の工作物の高さを超えないこと。
（２）　当該改築の方法並びに改築後の工作物の形態及び用途が、改築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
三　工作物を増築すること。
イ　仮設の工作物（ハに掲げるものを除く。）
（１）　当該増築部分の構造が、容易に移転し、又は除却することができるものであること。
（２）　当該増築の方法並びに増築後の工作物の規模、形態及び用途が、増築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ロ　地下に設ける工作物（ハに掲げるものを除く。）
当該増築の方法並びに増築後の工作物の規模及び用途が、増築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ハ　第一号ハに掲げる工作物
当該増築の方法並びに増築後の工作物の規模及び形態が、増築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ニ　イ、ロ又はハに掲げる建築物以外の建築物（以下このニにおいて「普通建築物」という。）
（１）　当該増築後の普通建築物の高さが、十メートル（増築前の普通建築物の高さが十メートルを超えるときは、増築前の普通建築物の高さ）を超えないこと。
（２）　当該増築後の普通建築物の敷地内における普通建築物の床面積の合計が、二百平方メートルを超えないこと。ただし、当該増築が次のいずれかの土地において行われる場合にあつては、この限りでない。
（一）　特別地区が指定され、又はその区域が拡張された日の前日から起算して六月前において現に建築物の敷地であつた土地
（二）　特別地区が指定され、又はその区域が拡張された際現に新築の工事中の建築物の敷地であつた土地
（３）　当該増築の方法並びに増築後の普通建築物の形態及び用途が、増築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ホ　イ、ロ又はハに掲げる工作物以外の工作物（建築物を除く。）
（１）　当該増築後の工作物の高さが、十メートル（増築前の工作物の高さが十メートルを超えるときは、増築前の工作物の高さ）を超えず、かつ、水平投影面積が、二百平方メートル（増築前の工作物の水平投影面積が二百平方メートルを超えるときは、増築前の工作物の水平投影面積）を超えないこと。
（２）　当該増築の方法並びに増築後の工作物の形態及び用途が、増築の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
四　宅地を造成し、土地を開墾し、その他土地の形質を変更すること。
当該土地の形質の変更が、次のいずれかに該当し、かつ、変更の方法及び規模が、変更を行う土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
イ　土地を開墾すること。
ロ　工作物でない道又は河川その他の公共の用に供する水路の設置又は管理のために土地の形質を変更すること。
ハ　教育又は試験研究のために土地の形質を変更すること。
ニ　文化財保護法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財の調査の目的で、土地の発掘のために土地の形質を変更すること。
ホ　養浜のために土地の形質を変更すること。
ヘ　工作物の新築、改築若しくは増築、鉱物の掘採又は土石の採取に関連して土地の形質を変更すること。
五　鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
当該行為が次のいずれかに該当し、かつ、行為の方法及び規模が、行為を行う土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
イ　河川その他の公共の用に供する水路の区域内において土石を採取すること。
ロ　水又は温泉をゆう出させるために土石を採取すること。
ハ　教育又は試験研究のために鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
ニ　工作物の新築、改築又は増築を行うための地質調査のために鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
ホ　露天掘りでない方法により鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
六　水面を埋め立て、又は干拓すること。
当該行為の方法及び規模が、行為を行う土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
七　河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
当該行為の方法及び規模が、行為を行う土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
八　木竹を伐採すること。
当該木竹の伐採の方法及び規模が、伐採の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
九　環境大臣が指定する区域内において木竹を損傷すること。
当該木竹の損傷の方法及び規模が、損傷の行われる土地の木竹の生育状況に照らして、それらに支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
十　環境大臣が指定する区域内において当該区域が本来の生育地でない植物で、当該区域における自然環境の保全に影響を及ぼすおそれがあるものとして環境大臣が指定するものを植栽し、又は当該植物の種子をまくこと。
当該行為の方法及び規模が、行為を行う土地及び周辺の土地の区域内における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
十一　環境大臣が指定する区域内において当該区域が本来の生息地でない動物で、当該区域における自然環境の保全に影響を及ぼすおそれがあるものとして環境大臣が指定するものを放つこと（当該指定する動物が家畜である場合における当該家畜である動物の放牧を含む。）。
当該行為の方法及び規模が、行為を行う土地及び周辺の土地の区域内における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
十二　環境大臣が指定する湖沼又は湿原及びこれらの周辺一キロメートルの区域内において当該湖沼若しくは湿原又はこれらに流水が流入する水域若しくは水路に汚水又は廃水を排水設備を設けて排出すること。
当該行為の方法及び規模並びに当該汚水又は廃水の状態が、当該湖沼又は湿原の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
十三　道路、広場、田、畑、牧場及び宅地以外の地域のうち環境大臣が指定する区域内において車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
当該行為の方法及び規模が、行為を行う土地及びその周辺の土地の区域内における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
十四　次に掲げる行為
前各号の規定にかかわらず、当該行為が、行為の行われる土地及びその周辺の土地の区域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
イ　災害の防止のために必要やむを得ない行為
ロ　法令に基づく行政庁の勧告に応じて行う行為
（特別地区内における行為の制限の対象とならない国又は地方公共団体の行為）
第十八条　法第二十五条第十項第三号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　砂防法第一条に規定する砂防設備を改築し、又は増築すること。
二　海岸法第二条第一項に規定する海岸保全施設を改築し、又は増築すること。
三　地すべり等防止法第二条第三項に規定する地すべり防止施設を改築し、又は増築すること。
四　河川法第三条第二項に規定する河川管理施設（樹林帯を除く。）を改築し、若しくは増築すること又は河川を局部的に改良することであつて河川の現状に著しい変更を及ぼさないもの
五　急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第二条第二項に規定する急傾斜地崩壊防止施設を改築し、又は増築すること。
六　道路法第二条第一項に規定する道路を改築し、又は増築すること（小規模の拡幅、舗装、こう配の緩和、線形の改良その他道路の現状に著しい変更を及ぼさないものに限る。）。
七　港湾法第二条第六項の規定により港湾施設とみなされた施設であつて、特別地区が指定され、若しくはその区域が拡張された際現に同項の規定による認定がなされているもの又は法第三十条において準用する法第二十一条第一項後段の規定による協議を了して設置されたものを改築し、又は増築すること。
八　下水道法第二条第三号に規定する公共下水道、同条第四号に規定する流域下水道又は同条第五号に規定する都市下水路を改築し、又は増築すること。
九　鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律（平成十四年法律第八十八号）第二十八条第一項の規定に基づき環境大臣が指定する鳥獣保護区内において、同法第二十八条の二第一項の規定により国が行う保全事業又は同条第三項の規定により環境大臣に協議しその同意を得た、若しくは協議した保全事業として木竹を損傷すること。
十　国又は地方公共団体が法令に基づきその任務とされている遭難者を救助するための業務（当該業務及び非常災害に対処するための業務に係る訓練を含む。）、犯罪の予防又は捜査その他の公共の秩序を維持するための業務その他これらに類する業務を行うために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
十一　国又は地方公共団体が法令に基づきその任務とされている遭難者を救助するための業務（当該業務及び非常災害に対処するための業務に係る訓練を含む。）、犯罪の予防又は捜査その他の公共の秩序を維持するための業務、交通の安全を確保するための業務、水路業務その他これらに類する業務を行うために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
十二　前各号に掲げる行為に付帯する行為
（特別地区内における許可等を要しない行為）
第十九条　法第二十五条第十項第四号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　工作物を新築し、改築し、又は増築することであつて次に掲げるもの
イ　森林の保護管理のための標識を設置し、又は野生鳥獣の保護増殖のための標識、巣箱、給餌台若しくは給水台を設置すること。
ロ　砂防法第二条の規定により指定された土地、海岸法第三条に規定する海岸保全区域、地すべり等防止法第三条に規定する地すべり防止区域、河川法第六条第一項に規定する河川区域又は急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第三条に規定する急傾斜地崩壊危険区域の管理のために標識、くい、警報器、雨量観測施設、水位観測施設その他これらに類する工作物を設置すること。
ハ　測量法第十条第一項に規定する測量標又は水路業務法第五条第一項に規定する水路測量標を設置すること。
ニ　境界標を設置すること。
ホ　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三条第一号に掲げる施設、同条第二号イ、ロ、ハ、ル若しくはヲに掲げる施設（同号イに掲げる施設については駐車場及びヘリポートを除き、同号ハに掲げる施設については公共施設用地に限る。）、特別地区が指定され若しくはその区域が拡張された際現に同法第六十六条の規定により漁港施設とみなされている施設又は同条の規定により漁港施設とみなされた施設であつて法第二十五条第四項の規定による許可を受けて設置されたもの（法第三十条において準用する法第二十一条第一項後段の規定による協議に係るものを含む。）を改築し、又は増築すること。
ヘ　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三十四条に規定する漁港管理規程に基づき標識を設置すること。
ト　沿岸漁業の生産基盤の整備及び開発を行うために必要な沿岸漁業の構造の改善に関する事業に係る施設を改築し、又は増築すること。
チ　海洋水産資源開発促進法第七条に規定する沿岸水産資源開発計画に基づく事業に係る増殖又は養殖のための施設を改築し、又は増築すること。
リ　道路（道路法第二条第一項に規定する道路を除く。）を改築すること（舗装、こう配の緩和、線形の改良その他道路の現状に著しい変更を及ぼさないものに限る。）。
ヌ　信号機、防護柵、土留よう壁その他道路、鉄道、軌道又は索道の交通の安全を確保するための施設を改築し、又は増築すること（信号機にあつては、新築することを含む。）。
ル　鉄道、軌道若しくは索道の駅舎又は自動車若しくは船舶による旅客運送事業の営業所若しくは待合所において、駅名板、停留所標識又は料金表、運送約款その他これらに類するものを表示した施設を設置すること。
ヲ　鉄道、軌道又は索道のプラットホーム（上家を含む。）を改築し、又は増築すること。
ワ　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第三条第十四号に規定する廃油処理施設を改築し、又は増築すること。
カ　航路標識その他船舶の交通の安全を確保するための施設を改築し、又は増築すること。
ヨ　船舶又は積荷の急迫した危難を避けるための応急措置として仮設の工作物を新築すること。
タ　航空法第二条第五項に規定する航空保安施設を改築し、又は増築すること。
レ　郵便差出箱、集合郵便受箱、信書便差出箱、公衆電話施設又は電気通信事業法（昭和五十九年法律第八十六号）第百四十一条第三項に規定する陸標を改築し、又は増築すること。
ソ　電気供給のための電線路、有線電気通信のための線路又は空中線系（その支持物を含む。）を改築し、又は増築すること（改築又は増築後において高さが二十メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を除く。）。
ツ　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための施設を改築し、又は増築すること。
ネ　送水管、ガス管、電気供給のための電線路、有線電気通信のための線路その他これらに類する工作物を道路に埋設すること。
ナ　社寺境内地又は墓地において鳥居、灯ろう、墓碑その他これらに類するものを新築し、改築し、又は増築すること。
ラ　消防又は水防の用に供する望楼又は警鐘台を改築し、又は増築すること。
ム　建築物の存する敷地内において次に掲げる工作物を新築し、改築し、又は増築すること（（イ）から（ハ）まで、又は（チ）に掲げる工作物の改築又は増築にあつては、改築又は増築後において（イ）から（ハ）まで、又は（チ）に掲げるものとなる場合における改築又は増築に限る。）。
（イ）　高さが五メートル以下であり、かつ、床面積の合計が三十平方メートル以下であるきん舎又は畜舎
（ロ）　空中線系（その支持物を含む。）その他これに類するもので、高さが二十メートル以下のもの
（ハ）　当該建築物の高さを超えない高さの物干場
（ニ）　旗ざおその他これに類するもの
（ホ）　門、塀、給水設備又は消火設備
（ヘ）　建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第二条第三号に規定する建築設備
（ト）　地下に設ける工作物（建築物を除く。）
（チ）　高さが五メートル以下のその他の工作物（建築物を除く。）
ウ　法第二十五条第四項の規定による許可を受けた行為（法第三十条において準用する法第二十一条第一項後段の規定による協議に係る行為を含む。）又はこの条の各号に掲げる行為を行うための仮設の工作物（宿舎を除く。）を、当該行為に係る工事敷地内において新築し、改築し、又は増築すること。
ヰ　法令の規定により、又は保安の目的で標識を設置すること。
ノ　絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（平成四年法律第七十五号）第四十七条第一項に規定する認定保護増殖事業等（以下「認定保護増殖事業等」という。）の実施のために工作物を設置すること。
オ　野生鳥獣による生態系に対する被害を防ぐためにカメラその他の観測機器又は標識、くいその他これらに類するものを設置すること。
ク　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による特定外来生物の防除のためにカメラその他の観測機器又は標識、くいその他これらに類するものを設置すること。
二　建築物の存する敷地内において土地の形質を変更すること。
三　鉱物を掘採し、又は土石を採取することであつて次に掲げるもの
イ　建築物の存する敷地内において、鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
ロ　鉱業法（昭和二十五年法律第二百八十九号）第五条に規定する鉱業権の設定されている土地の区域内において、鉱物の掘採のための試すいを行うこと。
ハ　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために鉱物を掘採し、又は土石を採取すること（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）。
ニ　学校教育法（昭和二十二年法律第二十六号）第一条に規定する大学における教育又は学術研究のために鉱物を掘採し、又は土石を採取すること（あらかじめ、環境大臣に届け出たもの（公立の大学（地方独立行政法人法（平成十五年法律第百十八号）第六十八条第一項に規定する公立大学法人が設置する大学を除く。以下同じ。）にあつては、環境大臣に通知したもの）に限る。）。
四　河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせることであつて次に掲げるもの
イ　建築物の存する敷地内の池沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
ロ　田畑内の池沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
ハ　特別地区が指定され、又はその区域が拡張された際既にその新築、改築又は増築に着手していた工作物を操作することにより、河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
五　木竹を伐採することであつて次に掲げるもの
イ　建築物の存する敷地内において、高さ十メートル以下の木竹を伐採すること。
ロ　自家の生活の用に充てるために木竹を択伐（単木択伐に限る。）すること。
ハ　森林の保育のために下刈りし、つる切りし、又は間伐すること。
ニ　枯損した木竹又は危険な木竹を伐採すること。
ホ　測量、実地調査又は施設の保守の支障となる木竹を伐採すること。
ヘ　絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第十条第一項の規定による環境大臣の許可に係る木竹であつて、同法第四条第三項に規定する国内希少野生動植物種又は同法第五条第一項に規定する緊急指定種に係るもの（同法第五十四条第二項の規定による協議に係るものを含む。）を伐採すること。
ト　認定保護増殖事業等の実施のために木竹を伐採すること。
チ　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除に係る特定外来生物である木竹を伐採すること。
六　建築物の存する敷地内の池沼等を埋め立てること。
七　環境大臣が指定する区域内において木竹を損傷することであつて次に掲げるもの
イ　建築物の存する敷地内において、木竹を損傷すること。
ロ　自家の生活の用に充てるために木竹を損傷すること。
ハ　生業の維持のために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
ニ　枯損した木竹又は危険な木竹を損傷すること。
ホ　病害虫の防除のために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
ヘ　災害からの避難、災害復旧又は防災のために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
ト　施設又は設備の維持管理を行うために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
チ　絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第十条第一項の規定による環境大臣の許可に係る木竹であつて、同法第四条第三項に規定する国内希少野生動植物種又は同法第五条第一項に規定する緊急指定種に係るもの（同法第五十四条第二項の規定による協議に係るものを含む。）を損傷すること。
リ　認定保護増殖事業等の実施のために木竹を損傷すること。
ヌ　環境教育等による環境保全の取組の促進に関する法律（平成十五年法律第百三十号）第二条第三項に規定する環境教育を行うために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
ル　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除に係る特定外来生物である木竹を損傷すること。
ヲ　土地又は木竹の所有者又は使用及び収益を目的とする権利を有する者がその所有又は権利に係る土地の維持管理を行うために必要な範囲内で木竹を損傷すること（土地又は木竹の所有者又は使用及び収益を目的とする権利を有する者の同意を得て行う場合を含む。）。
ワ　法令の規定による検査、調査その他これらに類する行為を行うために必要な範囲内で木竹を損傷すること。
八　環境大臣が指定する区域内において当該区域が本来の生育地でない植物で、当該区域における自然環境の保全に影響を及ぼすおそれがあるものとして環境大臣が指定するものを植栽し、又は当該植物の種子をまくことであつて次に掲げるもの
イ　森林の整備及び保全を図るために法第二十五条第四項第四号の規定により環境大臣が指定する植物を植栽し、又は当該植物の種子をまくこと（法第二十五条第四項第四号の環境大臣が指定する区域内において行うものに限る。）。
九　環境大臣が指定する区域内において当該区域が本来の生息地でない動物で、当該区域における自然環境の保全に影響を及ぼすおそれがあるものとして環境大臣が指定するものを放つこと（当該指定する動物が家畜である場合における当該家畜である動物の放牧を含む。）であつて次に掲げるもの
イ　遭難者の救助に係る業務を行うために犬（法第二十五条第四項第五号の環境大臣が指定するものに限る。以下この号において同じ。）を放つこと（法第二十五条第四項第五号の環境大臣が指定する区域内において放つものに限る。以下この号において同じ。）。
ロ　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第九条の二第一項の規定による主務大臣の許可に係る特定外来生物の放出等をすること。
ハ　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除に係る特定外来生物である動物を捕獲するために犬を放つこと。
ニ　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による防除を目的とする生殖を不能にされた特定外来生物の放出等をすること。
ホ　人の生命、身体及び財産に危害を加え、自然環境保全上の問題を生じさせるおそれがない犬であつて、次に掲げるもの
（１）　警察犬、狩猟犬その他これらと同等と認められるものを、その目的のために放つこと。
（２）　野生鳥獣による人、家畜、農作物に対する被害を防ぐために犬を放つこと。
十　環境大臣が指定する湖沼又は湿原及びこれらの周辺一キロメートルの区域内において当該湖沼若しくは湿原又はこれらに流水が流入する水域若しくは水路に汚水又は廃水を排水設備を設けて排出することであつて次に掲げるもの
イ　砂防法第一条に規定する砂防設備から汚水又は廃水を排出すること。
ロ　森林法（昭和二十六年法律第二百四十九号）第四十一条第一項又は第三項の規定により行う保安施設事業に係る施設から汚水又は廃水を排出すること。
ハ　海岸法第二条第一項に規定する海岸保全施設から汚水又は廃水を排出すること。
ニ　地すべり等防止法第二条第三項に規定する地すべり防止施設から汚水又は廃水を排出すること。
ホ　河川法第三条第二項に規定する河川管理施設から汚水又は廃水を排出すること。
ヘ　急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第二条第二項に規定する急傾斜地崩壊防止施設から汚水又は廃水を排出すること。
ト　漁港及び漁場の整備等に関する法律第二十五条に規定する漁港管理者が維持管理する同法第三条に規定する漁港施設から汚水又は廃水を排出すること。
チ　船舶から冷却水を排出すること。
リ　下水道法第二条第三号に規定する公共下水道、同条第四号に規定する流域下水道若しくは同条第五号に規定する都市下水路へ汚水若しくは廃水を排出すること又はこれらの施設から汚水若しくは廃水を排出すること。
ヌ　住宅から汚水又は廃水を排出すること（し尿を排出することを除く。）。
ル　建築基準法第三十一条第二項に規定するし尿浄化槽（建築基準法施行令第三十二条に規定する処理対象人員に応じた性能を有するものに限る。）から汚水又は廃水を排出すること。
十一　道路、広場、田、畑、牧場及び宅地以外の地域のうち環境大臣が指定する区域内において車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させることであつて次に掲げるもの
イ　砂防法第一条に規定する砂防設備の管理若しくは維持又は同法第二条の規定により指定された土地の監視のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ロ　海岸法第三条に規定する海岸保全区域の管理のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ハ　地すべり等防止法第三条第一項に規定する地すべり防止区域の管理又は同項の規定による地すべり防止区域の指定を目的とする調査のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ニ　河川法第三条第一項に規定する河川その他の公共の用に供する水路の管理又はその指定を目的とする調査（同法第六条第一項に規定する河川区域の指定、同法第五十四条第一項の規定による河川保全区域の指定又は同法第五十六条第一項の規定による河川予定地の指定を目的とするものを含む。）のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ホ　急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律第三条第一項に規定する急傾斜地崩壊危険区域の管理又は同項の規定による急傾斜地崩壊危険区域の指定を目的とする調査のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ヘ　漁業取締のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
ト　土地改良法第二条第二項第一号に規定する土地改良施設の管理のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること。
チ　海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第三条の規定により一般旅客定期航路事業の免許を受けた者、同法第二十条の規定により不定期航路事業の届出をした者又は同法第二十一条の規定により旅客不定期航路事業の許可を受けた者が当該事業を営むために動力船を使用すること。
リ　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために車馬若しくは動力船を使用し、又は航空機を着陸させること（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）。
十二　前各号に掲げるもののほか、次に掲げる行為
イ　森林法第二十五条第一項若しくは第二項若しくは第二十五条の二第一項若しくは第二項の規定により指定された保安林の区域又は同法第四十一条の規定により指定された保安施設地区内における同法第三十四条第二項各号に該当する場合の同項（同法第四十四条において準用する場合を含む。）に規定する行為並びに森林法施行規則（昭和二十六年農林省令第五十四号）第六十三条第一項第一号に規定する事業若しくは工事を実施する行為
ロ　水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）第二十一条第一項に規定する保護水面の管理計画に基づいて行う行為
ハ　農業、林業又は漁業を営むために行う行為。ただし、次に掲げるものを除く。
（イ）　住宅又は高さが五メートルを超え、若しくは床面積の合計が百平方メートルを超える建築物（仮設のものを除く。）を新築し、改築し、又は増築すること（改築又は増築後において、高さが五メートルを超え、又は床面積の合計が百平方メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（ロ）　用排水施設（幅員二メートル以下の水路を除く。）又は幅員が二メートルを超える農道若しくは林道を新築し、改築し、又は増築すること（改築又は増築後において、幅員が二メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（ハ）　農用地の災害を防止するためのダムを新築すること。
（ニ）　宅地を造成し、又は土地を開墾すること。
（ホ）　水面を埋め立て、又は干拓すること。
（ヘ）　森林である土地の区域内において、木竹を伐採すること。
ニ　国又は地方公共団体の試験研究機関の用地内において、試験研究として行う行為
ホ　学校教育法第一条に規定する大学の用地内において、教育又は学術研究として行う行為
ヘ　文化財保護法第二十七条第一項の規定により指定された重要文化財、同法第九十二条第一項に規定する埋蔵文化財又は同法第百九条第一項の規定により指定され、若しくは同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物の保存のための行為（建築物の新築を除く。）
ト　都市公園法第二条第一項に規定する都市公園又は都市計画法第四条第六項に規定する都市計画施設である公園、緑地若しくは墓園を設置し、又は管理すること（都市公園法施行令（昭和三十一年政令第二百九十号）第五条第六項に掲げる施設のうち、園内移動用施設である索道、鋼索鉄道、モノレールその他これらに類するもの（以下「園内移動用施設である索道等」という。）及び都市計画法第十八条第三項（同法第二十一条第二項において準用する場合を含む。）の規定により国土交通大臣に協議し、その同意を得た都市計画に基づく都市計画事業の施行として行う場合以外の場合における高さが十三メートルを超え、又は水平投影面積が千平方メートルを超える工作物（園内移動用施設である索道等を除く。）を新築し、改築し、又は増築すること（改築又は増築後において、高さが十三メートルを超え、又は水平投影面積が千平方メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）を除く。）。
チ　法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
リ　工作物の修繕のための行為
十三　前各号に掲げる行為に付帯する行為又は法第二十五条第四項第一号若しくは第六号に掲げる行為で森林法第二十五条第一項若しくは第二項若しくは第二十五条の二第一項若しくは第二項の規定により指定された保安林の区域若しくは同法第四十一条の規定により指定された保安施設地区内において同法第三十四条第二項（同法第四十四条において準用する場合を含む。）の許可を受けた者が行う当該許可に係るものに付帯する行為若しくは法第二十五条第四項第二号に掲げる行為で同条第三項の規定により環境大臣が指定する方法により当該限度内において行うものに付帯する行為
（野生動植物の捕獲等の制限の対象とならない国又は地方公共団体の行為）
第二十条　法第二十六条第三項第五号の環境省令で定める行為は、第十八条各号に掲げるものとする。
（野生動植物の捕獲等の制限の対象とならない行為）
第二十一条　法第二十六条第三項第六号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　第十九条第一号、第五号ロからチまで、又は第十二号イからヘまで、チ若しくはリに掲げる行為（同条第一号又は第十二号ハにあつては、工作物を新築することを除く。）
二　法第二十五条第三項の規定により環境大臣が指定する方法により当該限度内において木竹を伐採すること。
三　前各号に掲げるもののほか、次に掲げる行為
イ　国又は地方公共団体の試験研究機関が試験研究として行う行為（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
ロ　学校教育法第一条に規定する大学における教育又は学術研究として行う行為（あらかじめ、環境大臣に届け出たもの（公立の大学にあつては、環境大臣に通知したもの）に限る。）
ハ　都市公園法第二条第一項に規定する都市公園又は都市計画法第四条第六項に規定する都市計画施設である公園、緑地若しくは墓園の区域内において、工作物を改築し、又は増築すること。
ニ　建築物の存する敷地内で行う行為
ホ　絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第十条第一項の規定による環境大臣の許可に係る行為（同法第五十四条第二項の規定による協議に係る行為を含む。）
ヘ　認定保護増殖事業等の実施のための行為
四　前各号に掲げる行為に付帯する行為
（野生動植物の捕獲等の許可申請書）
第二十二条　第二条第一項の規定は、法第二十六条第三項第七号の規定による許可の申請について準用する。この場合において、第二条第一項第二号中「行為の種類」とあるのは「捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷する動植物の種類及び数量」と読み替えるものとする。
２　法第二十六条第三項第七号の規定による許可の申請書には、位置図及び捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷する範囲その他行為の方法を明らかにした図面を添えなければならない。
（海域特別地区内の行為の許可基準）
第二十三条　法第二十七条第五項の環境省令で定める基準は、次の各号に掲げる行為の区分に従い、当該各号に定めるとおりとする。
一　工作物を新築すること。
イ　仮設の工作物（ハに掲げるものを除く。）
（１）　当該工作物の構造が、容易に移転し、又は除却することができるものであること。
（２）　当該新築の方法並びに当該工作物の規模、形態及び用途が、新築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ロ　海底下に設ける工作物（ハに掲げるものを除く。）
当該新築の方法並びに当該工作物の位置、規模及び用途が、新築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ハ　次に掲げる工作物
当該新築の方法並びに当該工作物の規模及び形態が、新築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
（イ）　海岸法第二条第一項に規定する海岸保全施設その他の海水の侵入又は海水による侵食を防止するための施設
（ロ）　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三条に規定する漁港施設又は同法第六十六条の規定により漁港施設とみなされた施設
（ハ）　港湾法第二条第六項の規定により港湾施設とみなされた施設
（ニ）　航路標識その他船舶の交通の安全を確保するための施設（航路を確保するための施設を含む。）
（ホ）　航空法第二条第五項に規定する航空保安施設
（ヘ）　電気供給のための電線路、電気通信事業法第百四十条第一項に規定する水底線路、送水管その他これらに類するもの
（ト）　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための施設
（チ）　教育又は試験研究を行うための施設
二　工作物を改築すること。
イ　海底下に設ける工作物
当該改築の方法及び改築後の工作物の用途が、改築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ロ　その他の工作物
（１）　当該改築後の工作物の高さが、改築前の工作物の高さを超えないこと。
（２）　当該改築の方法並びに改築後の工作物の形態及び用途が、改築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
三　工作物を増築すること。
イ　仮設の工作物
（１）　当該増築部分の構造が、容易に移転し、又は除却することができるものであること。
（２）　当該増築の方法並びに増築後の工作物の規模、形態及び用途が、増築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
ロ　海底下に設ける工作物
当該増築の方法並びに増築後の工作物の規模及び用途が、増築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
ハ　その他の工作物
当該増築の方法並びに増築後の工作物の規模、形態及び用途が、増築の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
四　海底の形質を変更すること。
当該海底の形質の変更が、次のいずれかに該当し、かつ、変更の方法及び規模が、変更を行う海底の区域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
イ　船舶の交通の安全を確保するために海底の形質を変更すること。
ロ　教育又は試験研究のために海底の形質を変更すること。
ハ　文化財保護法第百九条第一項の規定により指定され、又は同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物の保存のために海底の形質を変更すること。
五　鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
当該行為が、次のいずれかに該当し、かつ、行為の方法及び規模が、行為を行う海底の区域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
イ　工作物の新築、改築又は増築を行うための地質調査のために鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
ロ　船舶の交通の安全を確保するために土石を採取すること。
ハ　水又は温泉をゆう出させるために土石を採取すること。
ニ　教育又は試験研究のために鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
ホ　海底下において鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
六　海面を埋め立て、又は干拓すること。
当該行為の方法及び規模が、行為を行う海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
七　環境大臣が指定する区域内において、熱帯魚、さんご、海藻その他の動植物で、当該区域ごとに環境大臣が農林水産大臣の同意を得て指定するものを捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷すること。
当該行為が、教育又は試験研究のために行われるものであり、かつ、行為の方法及び規模が、行為を行う海域の動植物の生育状況に照らして、それらに支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
八　物を係留すること。
当該係留される物の種類及び用途並びに係留の方法及び規模が、係留の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
九　環境大臣が指定する区域内において当該区域ごとに指定する期間内に動力船を使用すること。
当該動力船の使用の方法及び規模が、使用の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
十　次に掲げる行為
前各号の規定にかかわらず、当該行為が、行為の行われる海域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
イ　災害の防止のために必要やむを得ない行為
ロ　魚礁の設置その他漁業生産基盤の整備又は開発のための行為
ハ　法令に基づく行政庁の勧告に応じて行う行為
（海域特別地区内における行為の制限の対象とならない国又は地方公共団体の行為）
第二十四条　法第二十七条第九項第三号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　海岸法第二条第一項に規定する海岸保全施設を改築し、又は増築すること。
二　港湾法第二条第六項の規定により港湾施設とみなされた施設であつて、海域特別地区が指定され、若しくはその区域が拡張された際現に同項の規定による認定がなされているもの又は法第三十条において準用する法第二十一条第一項後段の規定による協議を了して設置されたものを改築し、又は増築すること。
三　自衛隊がその任務を遂行するために動力船を使用すること。
四　国又は地方公共団体が法令に基づきその任務とされている遭難者を救助するための業務（当該業務及び非常災害に対処するための業務に係る訓練を含む。）、犯罪の予防又は捜査その他の公共の秩序を維持するための業務、交通の安全を確保するための業務、水路業務その他これらに類する業務を行うために動力船を使用すること。
五　前各号に掲げる行為に付帯する行為
（海域特別地区内における許可等を要しない行為）
第二十五条　法第二十七条第九項第四号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　漁港及び漁場の整備等に関する法律第三条第一号に掲げる施設、海域特別地区が指定され、若しくはその区域が拡張された際現に同法第六十六条の規定により漁港施設とみなされている施設又は同条の規定により漁港施設とみなされた施設であつて法第二十七条第三項の規定による許可を受けて設置されたもの（法第三十条において準用する法第二十一条第一項後段の規定による協議に係るものを含む。）を改築し、又は増築すること。
二　航路標識その他船舶の交通の安全を確保するための施設（航路を確保するための施設を除く。）を改築し、又は増築すること。
三　船舶又は積荷の急迫した危難を避けるための応急措置として仮設の工作物を新築すること。
四　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための施設を改築し、又は増築すること。
四の二　認定保護増殖事業等の実施のために工作物を設置すること。
四の三　特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第三章の規定による特定外来生物の防除のためにカメラその他の観測機器又は標識、くいその他これらに類するものを設置すること。
五　海域特別地区外から掘さくして当該海域特別地区内の海底下に至る鉱物の掘採のための試すいを行うこと。
六　国又は地方公共団体の水産関係試験研究機関が、試験研究のために行う法第二十七条第三項第五号に掲げる行為（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
七　学校教育法第一条に規定する大学の農水産系若しくは理工系の学部又は研究所等における教育又は学術研究として行う法第二十七条第三項第五号に掲げる行為（あらかじめ、環境大臣に届け出たもの（公立の大学にあつては、環境大臣に通知したもの）に限る。）
八　航路標識その他船舶の交通の安全を確保するための施設を係留すること。
九　専ら海上の航行の用に供する船舶を係留すること。
十　船舶又は積荷の急迫した危難を避けるための応急措置として物を係留すること。
十一　気象、地象、地動、地球磁気、地球電気又は水象の観測のための施設を係留すること。
十二　敷設又は修理中の電気通信事業法第百四十条第一項に規定する水底線路の位置を示す浮標を係留すること。
十三　法令の規定により、又は保安の目的で浮標を係留すること。
十四　森林施業のために動力船を使用すること。
十五　漁港及び漁場の整備等に関する法律第四条第一項に規定する漁港漁場整備事業を実施するために動力船を使用すること。
十六　漁港及び漁場の整備等に関する法律第二十六条の規定により漁港管理者が、適正に、漁港の維持、保全及び運営その他漁港の維持管理を行うために動力船を使用すること。
十七　遊漁船業の適正化に関する法律（昭和六十三年法律第九十九号）第三条第一項の規定により遊漁船業の登録を受けた者が、同法第二条第一項に規定する遊漁船業を行うために動力船を使用すること。
十八　港湾運送事業法（昭和二十六年法律第百六十一号）第四条の規定により一般港湾運送事業、はしけ運送事業又はいかだ運送事業の許可を受けた者がそれぞれ一般港湾運送事業、はしけ運送事業又はいかだ運送事業を行うために動力船を使用すること。
十九　港湾法第二条第三項に規定する港湾区域、同法第三十七条第一項に規定する港湾隣接地域又は同法第五十六条第一項の規定により都道府県知事が公告した水域において動力船を使用すること。
二十　海岸法第三条に規定する海岸保全区域の管理のために動力船を使用すること。
二十一　美しく豊かな自然を保護するための海岸における良好な景観及び環境並びに海洋環境の保全に係る海岸漂着物等の処理等の推進に関する法律（平成二十一年法律第八十二号）第二条第二項に規定する海岸漂着物等及び海域におけるごみその他の汚物又は不要物の収集又は運搬を行うために動力船を使用すること。
二十二　外国船舶が海洋法に関する国際連合条約第十九条に定めるところによる無害通航である航行として動力船を使用すること。
二十三　船舶又は積荷の急迫した危難を避けるために動力船を使用すること。
二十四　郵便物の取集、運送及び配達を行うために動力船を使用すること。
二十五　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために動力船を使用すること（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）。
二十六　前各号に掲げるもののほか、次に掲げる行為
イ　水産資源保護法第二十一条第一項に規定する保護水面の管理計画に基づいて行う行為
ロ　文化財保護法第百九条第一項の規定により指定され、又は同法第百十条第一項の規定により仮指定された史跡名勝天然記念物の保存のための行為（海底の形質を変更することを除く。）
ハ　法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
ニ　工作物の修繕のための行為
二十七　前各号に掲げる行為に付帯する行為
（普通地区内における行為の届出書）
第二十六条　法第二十八条第一項の規定による届出は、行為の種類、場所、施行方法、着手予定日及び第三項に規定する事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
２　前項の届出書には、第二条第二項各号に掲げる図面を添えなければならない。
３　法第二十八条第一項の環境省令で定める事項は、行為者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）、行為の目的、行為地及びその付近の状況並びに行為の完了予定日とする。
（工作物の基準）
第二十七条　法第二十八条第一項第一号の環境省令で定める基準は、次の各号に掲げる区域の区分に従い、工作物の種類ごとに当該各号に定めるとおりとする。
一　海面以外の区域
イ　建築物　高さ十メートル又は床面積の合計二百平方メートル
ロ　道路　幅員二メートル
ハ　鉄塔、煙突、電柱その他これらに類するもの　高さ三十メートル
ニ　ダム　高さ二十メートル
ホ　送水管、ガス管その他これらに類するもの　長さ二百メートル又は水平投影面積二百平方メートル
ヘ　その他の工作物　高さ十メートル又は水平投影面積二百平方メートル
二　海面の区域
イ　水底線路、送水管、ガス管その他これらに類するもの　長さ百メートル又は水平投影面積百平方メートル
ロ　その他の工作物　高さ五メートル又は水平投影面積百平方メートル
（普通地区内における行為の制限の対象とならない国又は地方公共団体の行為）
第二十八条　法第二十八条第六項第四号の環境省令で定める行為は、第十八条各号に掲げるものとする。
（普通地区内における届出等を要しない行為）
第二十九条　法第二十八条第六項第五号の環境省令で定める行為は、次に掲げるものとする。
一　工作物を新築し、改築し、又は増築することであつて次に掲げるもの
イ　第十九条第一号に掲げるもの（同号ネ、ム及びウに掲げるものを除く。）
ロ　主として徒歩又は自転車による交通の用に供する道路を新築し、改築し、又は増築すること。
ハ　送水管、ガス管、電気供給のための電線路、有線電気通信のための線路その他これらに類するものを埋設すること。
ニ　幅員が四メートル以下の河川その他の公共の用に供する水路を新築し、改築し、又は増築すること（改築又は増築後において幅員が四メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を除く。）。
ホ　法第二十八条第一項の規定による届出（法第三十条において準用する法第二十一条第二項の規定による通知を含む。）を了した行為（法第二十八条第二項の規定による命令に違反せず、かつ、同条第四項の期間を経過したものに限る。）、この条の各号に掲げる行為又は第二十七条第一号に規定する基準を超えない工作物の新築、改築若しくは増築（改築又は増築後において同号に規定する基準を超えるものとなる場合における改築又は増築を除く。）を行うための仮設の工作物（宿舎を除く。）を、当該行為に係る工事敷地内において新築し、改築し、又は増築すること。
二　土地（海底を含む。以下この条において同じ。）の形質を変更することであつて次に掲げるもの
イ　第十七条第四号ロからホまでに掲げるもの
ロ　第二十七条第一号に規定する基準を超えない工作物の新築、改築又は増築（改築又は増築後において同号に規定する基準を超えるものとなる場合における改築又は増築を除く。）を行うために、当該新築、改築又は増築を行う土地の区域内において土地の形質を変更すること。
ハ　面積が二百平方メートル（海底にあつては百平方メートル）を超えない土地の形質の変更で、高さが二メートルを超えるを生ずる切土又は盛土を伴わないもの
三　鉱物を掘採し、又は土石を採取することであつて次に掲げるもの
イ　第十七条第五号ロからホまでに掲げるもの
ロ　当該行為の行われる土地の面積が二百平方メートル（海底にあつては百平方メートル）を超えず、かつ、高さが二メートルを超えるを生ずる切土又は盛土を伴わないもの
四　水面を埋め立て、又は干拓することであつて、面積が二百平方メートル（海面にあつては百平方メートル）を超えないもの
五　特別地区内の河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせることであつて次に掲げるもの
イ　特別地区内における田畑内の池沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
ロ　特別地区が指定され、又はその区域が拡張された際既にその新築、改築又は増築に着手していた工作物を操作することにより当該特別地区内の河川、湖沼等の水位又は水量に増減を及ぼさせること。
六　前各号に掲げるもののほか、次に掲げる行為
イ　水産資源保護法第二十一条第一項に規定する保護水面の管理計画に基づいて行う行為
ロ　農業、林業又は漁業を営むために行う行為。ただし、次に掲げる行為を除く。
（イ）　住宅又は高さが十メートルを超え、若しくは床面積の合計が五百平方メートルを超える建築物（仮設のものを除く。）を新築し、改築し、又は増築すること（改築又は増築後において、高さが十メートルを超え、又は床面積の合計が五百平方メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（ロ）　用排水施設（幅員が四メートル以下の水路を除く。）又は幅員が四メートルを超える農道若しくは林道を新築し、改築し、又は増築すること（改築又は増築後において、幅員が、四メートルを超えるものとなる場合における改築又は増築を含む。）。
（ハ）　農用地の災害を防止するためのダムを新築すること。
（ニ）　宅地を造成すること。
（ホ）　土地を開墾すること（農業を営む者が、その経営に係る農地又は採草放牧地に近接してこれと一体として経営することを目的として行うものを除く。）。
（ヘ）　水面を埋め立て、又は干拓すること（農業を営む者が、農地又は採草放牧地の造成又は改良を行うために当該造成又は改良に係る土地に介在する池沼等を埋め立てることを除く。）。
ハ　魚礁の設置その他漁業生産基盤の整備又は開発のために行う行為
ニ　第十九条第十二号ニからリまでに掲げる行為（同号ヘに掲げる行為にあつては、建築物の新築を含む。）
ホ　建築物の存する敷地内で行う行為（建築物を新築し、改築し、又は増築することを除く。）
七　前各号に掲げる行為に付帯する行為
（証明書の様式）
第三十条　法第三十一条第四項の規定により当該職員の携帯する証明書は、別記様式による。ただし、国の職員が実地調査のための立入り等をするときに携帯すべき証明書については、この限りでない。
（生態系維持回復事業の確認）
第三十条の二　地方公共団体が、法第三十条の三第二項の確認を受ける場合は、次の各号に該当することについて、環境大臣の確認を受けるものとする。
一　その行う生態系維持回復事業が自然環境保全地域における生態系維持回復事業計画に適合すること。
二　その行う生態系維持回復事業の内容が次のいずれかに該当すること。
イ　生態系の状況の把握及び監視
ロ　生態系の維持又は回復に支障を及ぼすおそれのある動植物の防除
ハ　動植物の生息環境又は生育環境の維持又は改善
ニ　生態系の維持又は回復に必要な動植物の保護増殖
ホ　生態系の維持又は回復に資する普及啓発
ヘ　前各号に掲げる事業に必要な調査等
（生態系維持回復事業の認定）
第三十条の三　国及び地方公共団体以外の者が、法第三十条の三第三項の認定を受ける場合は、次の各号に該当することについて、環境大臣の認定を受けるものとする。
一　その者が次のいずれにも該当しないこと。
イ　精神の機能の障害によりその生態系維持回復事業を適正かつ確実に行うに当たつて必要な認知、判断及び意思疎通を適切に行うことができない者
ロ　法の規定により刑に処せられ、その執行を終わり、又は執行を受けることがなくなつた日から起算して二年を経過しない者
二　その行う生態系維持回復事業が自然環境保全地域における生態系維持回復事業計画に適合すること。
三　その行う生態系維持回復事業の内容が前条第二号イからヘまでのいずれかに該当すること。
（生態系維持回復事業の確認又は認定の申請）
第三十条の四　法第三十条の三第四項の生態系維持回復事業の確認又は認定の申請は、書面を提出する方法又は電子情報処理組織を使用する方法をもつて行うものとする。
２　法第三十条の三第四項第四号に規定する環境省令で定める事項は、生態系維持回復事業を行う期間とする。
３　法第三十条の三第五項に規定する環境省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一　生態系維持回復事業を行う区域を明らかにした縮尺二万五千分の一以上の地形図
二　生態系維持回復事業の実施方法等を記載した生態系維持回復事業実施計画書
三　国及び地方公共団体以外の者が、法第三十条の三第三項の認定を受ける場合は、前条第一号イ及びロの規定に該当しないことを説明した書類
４　前項の書類の添付については、第一項の規定の例による。
（変更の確認又は認定を要しない軽微な変更）
第三十条の五　法第三十条の三第六項ただし書に規定する環境省令で定める軽微な変更は、同条第四項第一号に掲げる事項に係る変更とする。
（生態系維持回復事業の内容の変更の確認又は認定の申請）
第三十条の六　法第三十条の三第六項の規定による変更の確認又は認定を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出して行うものとする。
一　氏名又は名称並びに法人にあつては、その代表者の氏名
二　変更の内容
三　変更を必要とする理由
（補償請求書）
第三十一条　法第三十三条第二項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による補償の請求は、次に掲げる事項を記載した請求書を提出して行うものとする。
一　請求者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二　補償請求の理由
三　補償請求額の総額及びその内訳
第二章の二　沖合海底自然環境保全地域
（沖合海底自然環境保全地域の指定等の案の公告）
第三十一条の二　第七条第一項の規定は、法第三十五条の二第四項（同条第七項において準用する場合を含む。）の規定による公告について、第七条第二項の規定は、法第三十五条の三第三項において準用する法第三十五条の二第四項の規定による公告について、それぞれ準用する。
（公聴会）
第三十一条の三　第八条から第十四条までの規定は、法第三十五条の二第六項の規定による公聴会について準用する。
（沖合海底特別地区内における特定行為の許可申請書）
第三十一条の四　法第三十五条の四第三項の規定による許可の申請は、次に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一　申請者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二　特定行為の種類
三　特定行為の目的
四　特定行為の実施場所
五　特定行為の実施場所及びその付近の状況
六　特定行為の施行方法
七　特定行為の着手及び完了の予定日
八　特定行為の自然環境に及ぼす影響
九　特定行為を行う海底の区域及びその周辺の海域における当該特定行為の自然環境に及ぼす影響の監視に関する計画（鉱物の掘採を行う場合に限る。）
２　前項の申請書には、次に掲げる図面を添えなければならない。
一　特定行為の実施場所を明らかにした図面
二　特定行為の実施場所及びその付近の状況を明らかにした概況図及び写真（鉱物の採掘を行う場合に限る。）
三　特定行為の施行方法を明らかにした平面図、立面図、断面図及び構造図
四　特定行為に用いる船舶の外観を明らかにした写真
（沖合海底特別地区内の特定行為の許可基準）
第三十一条の五　法第三十五条の四第五項の環境省令で定める基準は、次の各号に掲げる特定行為の区分に従い、当該各号に定めるとおりとする。
一　鉱物を掘採すること。
当該特定行為が鉱物の試掘であつて、次のいずれにも該当すること。 
イ　申請に係る場所以外の場所においてはその目的を達成することができないと認められること。
ロ　当該特定行為を行う者が、当該特定行為の自然環境に及ぼす影響の監視を継続的に実施できると認められる計画を有すること。
ハ　当該特定行為に伴う海底の形質の変更が、行為を行う海底の区域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。
二　鉱物の探査を行うことであつて環境大臣が経済産業大臣の同意を得て定める方法によるもの
当該特定行為に伴う海底の形質の変更が、行為を行う海底の区域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
三　海底に生息し、又は生育する動植物を捕獲し、又は採取することであつて環境大臣が農林水産大臣の同意を得て定める方法によるもの
申請に係る場所以外の場所においてはその目的を達成することができないと認められ、かつ、当該特定行為に伴う海底の形質の変更が、行為を行う海底の区域及びその周辺の海域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないこと。 
（沖合海底特別地区内における許可等を要しない特定行為）
第三十一条の六　法第三十五条の四第八項の環境省令で定める特定行為は、次に掲げるものとする。
一　沖合海底特別地区外から掘さくして当該沖合海底特別地区内の海底下に至る鉱物の掘採のための試すいを行うこと（ただし、沖合海底自然環境保全地域の区域のうち沖合海底特別地区に含まれない区域から掘さくする場合は、法第三十五条の五第一項に基づき届け出たものに限る。）。
二　漁業法第九条第一項に規定する資源調査として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為（あらかじめ、環境大臣に通知したもの（国立研究開発法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第三項に規定する国立研究開発法人をいう。以下同じ。）にあつては、環境大臣に届け出たもの）に限る。）
三　水産に関する学科を置く学校教育法第一条に規定する高等学校（以下「高等学校」という。）における教育として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
四　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために行う特定行為（あらかじめ、環境大臣に通知したものに限る。）
五　国立研究開発法人が試験、研究又は開発（以下「研究開発」という。）のために行う特定行為（あらかじめ、環境大臣に届け出たものに限る。）
六　学校教育法第一条に規定する大学の農水産系若しくは理工系の学部又は研究所等における教育又は学術研究として行う特定行為（あらかじめ、環境大臣に届け出たもの（公立の大学にあつては、環境大臣に通知したもの）に限る。）
七　法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
八　前各号に掲げる行為に付帯する行為
（沖合海底自然環境保全地域の区域のうち沖合海底特別地区に含まれない区域内における特定行為の届出書）
第三十一条の七　法第三十五条の五第一項の規定による届出は、特定行為の種類、場所、施行方法、着手予定日及び第三項に規定する事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
２　前項の届出書には、第三十一条の四第二項各号に掲げる図面を添えなければならない。
３　法第三十五条の五第一項の環境省令で定める事項は、特定行為をしようとする者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）、特定行為の目的、特定行為の実施場所及びその付近の状況、特定行為の完了予定日、特定行為の自然環境に及ぼす影響（鉱物の掘採を行う場合に限る。）並びに特定行為を行う海底の区域及びその周辺の海域における当該特定行為の自然環境に及ぼす影響の監視に関する計画（鉱物の採掘を行う場合に限る。）とする。
（沖合海底自然環境保全地域の区域のうち沖合海底特別地区に含まれない区域内における届出等を要しない特定行為）
第三十一条の八　法第三十五条の五第五項第一号の環境省令で定める特定行為は、次に掲げるものとする。
一　沖合海底自然環境保全地域の区域外から掘さくして当該沖合海底自然環境保全地域の区域内の海底下に至る鉱物の掘採のための試すいを行うこと。
二　漁業法第九条第一項に規定する資源調査として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為
三　水産に関する学科を置く高等学校における教育として行う法第三十五条の四第三項第三号に掲げる行為
四　国又は地方公共団体の試験研究機関が、試験研究のために行う特定行為
五　国立研究開発法人が研究開発のために行う特定行為
六　学校教育法第一条に規定する大学の農水産系若しくは理工系の学部又は研究所等における教育又は学術研究として行う特定行為
七　法令又はこれに基づく処分による義務の履行として行う行為
八　前各号に掲げる行為に付帯する行為
第三章　雑則
（延滞金）
第三十二条　法第四十条第二項の規定により環境大臣が徴収する延滞金は、年十・七五パーセントの割合を乗じて計算した額とする。
（非常災害の応急措置として行つた行為等の届出書）
第三十三条　法第十七条第三項、第二十五条第七項若しくは第九項又は第二十七条第六項若しくは第八項の規定による届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
一　行為者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二　行為の種類
三　行為の目的
四　行為の場所
五　行為の施行方法
六　行為の完了の日又は予定日
２　前項の届出書には、第二条第二項各号に掲げる図面を添えなければならない。ただし、法第十七条第三項、第二十五条第七項又は第二十七条第六項の規定による届出の場合にあつては、第二条第二項第一号に掲げる図面を添えれば足りる。
（協議書、許可の申請書又は届出書の添付図書の省略等）
第三十四条　法第十六条第二項若しくは第二十四条第二項の規定による協議をした行為、法第十七条第一項ただし書、第十九条第三項第五号、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号、第二十七条第三項若しくは第三十五条の四第三項の規定による許可を受けた行為又は法第二十八条第一項若しくは第三十五条の五第一項の規定による届出を了した行為の変更に係る協議の申出、許可の申請又は届出にあつては、第一条第二項（第十五条において準用する場合を含む。）、第二条第二項（第十六条において準用する場合を含む。）、第六条第二項、第二十二条第二項、第二十六条第二項、第三十一条の四第二項又は第三十一条の七第二項の規定により協議書、申請書又は届出書に添えなければならない書類及び図面（以下この条において「添付図書」という。）のうち、その変更に関する事項を明らかにしたものを添えれば足りる。
２　前項の変更に係る協議の申出、許可の申請又は届出にあつては、変更の趣旨及び理由を記載した書面を協議書、申請書又は届出書に添えなければならない。
３　第一項に該当するもののほか、法第十六条第二項若しくは第二十四条第二項の規定による協議の申出、法第十七条第一項ただし書、第十九条第三項第五号、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号、第二十七条第三項若しくは第三十五条の四第三項の規定による許可の申請又は法第二十五条第九項、第二十七条第八項、第二十八条第一項、第三十五条の四第七項若しくは第三十五条の五第一項の規定による届出に係る行為が、軽易なものであることその他の理由により添付図書の全部を添える必要がないと認められるときは、当該添付図書の一部を省略することができる。
（教育又は学術研究として行う鉱物の掘採等の届出書）
第三十五条　第十九条第三号ニの規定による届出は、次に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
一　行為者の住所及び氏名（法人にあつては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）
二　掘採する鉱物又は採取する土石の種類及び数量
三　行為の目的
四　行為の場所
五　行為地及びその付近の状況
六　行為の施行方法
七　行為の着手及び完了の予定日
２　前項の届出書には、位置図及び掘採し、又は採取する範囲その他行為の方法を明らかにした図面を添えなければならない。
（教育又は学術研究として行う動植物の捕獲等の届出書）
第三十六条　前条の規定は、第二十一条第三号ロ又は第二十五条第七号の規定による届出について準用する。この場合において、前条第一項第二号中「掘採する鉱物又は採取する土石」とあるのは「捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷する動植物」と、同条第二項中「掘採し、又は採取する範囲」とあるのは「捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷する範囲」と読み替えるものとする。
（教育、学術研究又は研究開発として行う特定行為の届出書）
第三十六条の二　第三十五条の規定は、第三十一条の六第五号及び第六号の規定による届出について準用する。この場合において、第三十五条第一項第二号中「掘採する鉱物又は採取する土石の種類及び数量」とあるのは「特定行為の種類」と、同条第二項中「位置図及び掘採し、又は採取する範囲その他行為の方法を明らかにした図面」とあるのは「特定行為の実施場所及び施行方法を明らかにした図面」と読み替えるものとする。
（権限の委任）
第三十七条　法及びこの省令に規定する環境大臣の権限のうち、次に掲げるものは、地方環境事務所長に委任する。ただし、第二号、第九号、第十号（法第三十条において読み替えて準用する法第十八条第一項に係る部分に限る。）及び第十四号の二に掲げる権限については、環境大臣が自ら行うことを妨げない。
一　法第十七条第三項に規定する権限
二　法第二十条に規定する権限
三　法第二十一条第二項に規定する権限
四　法第二十四条第二項に規定する権限
五　法第二十五条第四項（同項に規定する許可に係る部分に限る。）、同条第五項において準用する法第十七条第二項並びに法第二十五条第七項及び第九項に規定する権限
六　法第二十六条第三項第七号及び同条第四項において準用する法第十七条第二項に規定する権限
七　法第二十七条第三項（同項に規定する許可に係る部分に限る。）、同条第四項において準用する法第十七条第二項並びに法第二十七条第六項及び第八項に規定する権限
八　法第二十八条第一項から第三項まで及び第五項に規定する権限
九　法第二十九条第一項に規定する権限
十　法第三十条において読み替えて準用する法第十八条第一項及び法第二十一条に規定する権限
十一　法第三十条の三第二項、第三項、第六項及び第九項に規定する権限
十二　法第三十条の四に規定する権限
十三　法第三十条の五に規定する権限
十四　法第三十一条第一項及び第二項に規定する権限
十四の二　法第三十五条の六第一項に規定する権限
十五　法第四十三条第二項に規定する権限（自然環境保全地域に係るものに限る。）
十六　第三条第八号に規定する権限
十七　第十九条第三号ハ及びニ並びに第十一号リに規定する権限
十八　第二十一条第三号イ及びロに規定する権限
十九　第二十五条第六号、第七号及び第二十五号に規定する権限
附　則　抄
（施行期日）
第一条　この府令は、公布の日から施行する。
附　則　（昭和五七年七月三日総理府令第三一号）
この府令は、公布の日から施行する。
附　則　（昭和六一年四月一〇日総理府令第三〇号）
この府令は、公布の日から施行する。
附　則　（昭和六三年七月一五日総理府令第四〇号）
この府令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成二年一〇月二日総理府令第五〇号）
１　この府令は、平成二年十二月一日から施行する。
２　この府令の施行の際現に交付され、又は発行されているこの府令による改正前の自然環境保全法施行規則様式第一、様式第二及び様式第三による証明書、自然公園法施行規則様式第二、様式第三及び様式第四による証明書並びに鳥獣保護及狩猟ニ関スル法律施行規則別記様式第二号による狩猟者登録証、別記様式第六号による鳥獣捕獲許可証、別記様式第六号の二による従事者証、別記様式第七号による鳥獣飼養許可証及び別記様式第八号による鳥獣保護及狩猟ニ関スル法律第十九条ノ二第三項の証票は、その有効期間又は使用期限内においては、それぞれこの府令による改正後の自然環境保全法施行規則様式第一、様式第二及び様式第三による証明書、自然公園法施行規則様式第二、様式第三及び様式第四による証明書並びに鳥獣保護及狩猟ニ関スル法律施行規則別記様式第二号による狩猟者登録証、別記様式第六号による鳥獣捕獲許可証、別記様式第六号の二による従事者証、別記様式第七号による鳥獣飼養許可証及び別記様式第八号による鳥獣保護及狩猟ニ関スル法律第十九条ノ二第三項の証票とみなす。
附　則　（平成五年一〇月二九日総理府令第四九号）
この府令は、平成六年四月一日から施行する。
附　則　（平成七年一一月三〇日総理府令第五五号）
この府令は、平成七年十二月一日から施行する。
附　則　（平成九年一一月二六日総理府令第五九号）
この府令は、河川法の一部を改正する法律（平成九年法律第六十九号）の施行の日（平成九年十二月一日）から施行する。
附　則　（平成一二年二月八日総理府令第七号）　抄
（施行期日）
第一条　この府令は、平成十二年四月一日から施行する。
（自然環境保全法施行規則の一部改正に伴う経過措置）
第四条　この府令の施行の日前に第八条の規定による改正前の自然環境保全法施行規則（次項において「旧自然環境保全法施行規則」という。）第十九条第三号ハ及びニ並びに第八号リ、第二十一条第三号イ及びロ並びに第二十五条第六号及び第七号の規定により都道府県知事に対してされた届出又は通知で、当該届出又は通知に係る行為がこの府令の施行の日以後に行われるものは、第八条の規定による改正後の自然環境保全法施行規則（次項において「新自然環境保全法施行規則」という。）第十九条第三号ハ及びニ並びに第八号リ、第二十一条第三号イ及びロ並びに第二十五条第六号及び第七号の規定により環境大臣に対してされた届出又は通知とみなす。
２　この府令の施行の際現に交付されている旧自然環境保全法施行規則様式第一、様式第二又は様式第三による証明書は、その有効期間内においては、それぞれ新自然環境保全法施行規則様式第一、様式第二又は様式第三による証明書とみなす。
附　則　（平成一二年八月一四日総理府令第九四号）　抄
１　この府令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
附　則　（平成一三年六月二九日環境省令第二五号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成一四年三月二九日環境省令第一一号）
この省令は、平成十四年四月一日から施行する。
附　則　（平成一四年六月二七日環境省令第一七号）
この省令は、平成十四年七月一日から施行する。
附　則　（平成一五年三月三一日環境省令第一一号）
この省令は、平成十五年四月一日から施行する。
附　則　（平成一六年三月二六日環境省令第四号）　抄
この省令は、電気事業法及びガス事業法の一部を改正する等の法律の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。
附　則　（平成一六年三月二六日環境省令第五号）
この省令は、平成十六年四月一日から施行する。
附　則　（平成一六年一二月一六日環境省令第二七号）
この省令は、平成十六年十二月十七日から施行する。
附　則　（平成一七年三月二九日環境省令第八号）
この省令は、文化財保護法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年四月一日）から施行する。
附　則　（平成一七年四月一九日環境省令第一一号）
この省令は、海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日から施行する。
附　則　（平成一七年五月二五日農林水産省・環境省令第二号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、法の施行の日（平成十七年六月一日）から施行する。
附　則　（平成一七年九月二〇日環境省令第二〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成十七年十月一日から施行する。
（処分、申請等に関する経過措置）
第二条　この省令の施行前に環境大臣が法令の規定によりした登録その他の処分又は通知その他の行為（この省令による改正後のそれぞれの省令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。以下「処分等」という。）は、相当の地方環境事務所長がした処分等とみなし、この省令の施行前に法令の規定により環境大臣に対してした申請、届出その他の行為（この省令による改正後のそれぞれの省令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。以下「申請等」という。）は、相当の地方環境事務所長に対してした申請等とみなす。
２　この省令の施行前に法令の規定により環境大臣に対し報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項（この省令による改正後のそれぞれの省令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。）で、この省令の施行前にその手続がされていないものについては、これを、当該法令の規定により地方環境事務所長に対して報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなして、当該法令の規定を適用する。
附　則　（平成一七年一二月一五日環境省令第三三号）
この省令は、平成十八年一月一日から施行する。
附　則　（平成一九年四月二〇日環境省令第一一号）
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
２　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附　則　（平成二〇年六月一八日環境省令第八号）
この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成二二年三月二九日環境省令第四号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、自然公園法及び自然環境保全法の一部を改正する法律（平成二十一年法律第四十七号）の施行の日（平成二十二年四月一日）から施行する。
（行為の許可基準に関する経過措置）
第七条　新規則第十一条並びにこの省令による改正後の自然環境保全法施行規則第十七条及び第二十三条の規定は、この省令の施行後にされる自然公園法第二十条第三項、第二十一条第三項又は第二十二条第三項及び自然環境保全法第二十五条第六項又は第二十七条第五項の規定による許可の申請について適用し、この省令の施行前にされたこれらの規定による許可の申請については、なお従前の例による。
（処分、申請等に関する経過措置）
第八条　この省令の施行前に環境大臣が法令の規定によりした許可その他の処分又は通知その他の行為（以下「処分等」という。）は、相当の地方環境事務所長がした処分等とみなし、この省令の施行前に法令の規定により環境大臣に対してした申請その他の行為（以下「申請等」という。）は、相当の地方環境事務所長に対してした申請等とみなす。
（様式に関する経過措置）
第九条　この省令の施行前に交付されたこの省令による旧規則様式第一、様式第二、様式第三、様式第四及び様式第六による証明書、及びこの省令による改正前の自然環境保全法施行規則様式第一、様式第二及び様式第三は、その有効期間内においては、新規則の規定による証明書とみなす。
附　則　（平成二三年八月三〇日環境省令第一七号）
この省令は、地域の自主性及び自立性を高めるための改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律の施行の日から施行する。
附　則　（平成二三年九月三〇日環境省令第二五号）
この省令は、平成二十三年十月一日から施行する。
附　則　（平成二三年一一月三〇日環境省令第三二号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、平成二十四年四月一日から施行する。ただし、第一条、第二条、第五条、第八条中廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行規則第一条の二の二の改正規定、第九条、第十一条及び第十二条の規定は、地域の自主性及び自立性を高めるための改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日（平成二十三年十一月三十日）から施行する。
附　則　（平成二五年三月二九日環境省令第一一号）
この省令は、国有林野の有する公益的機能の維持増進を図るための国有林野の管理経営に関する法律等の一部を改正する等の法律の施行に伴う農林水産省関係省令の整備に関する省令（平成二十五年農林水産省令第五号）の施行の日（平成二十五年四月一日）から施行する。
附　則　（平成二六年六月一一日環境省令第二一号）
この省令は、特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成二十六年六月十一日）から施行する。
附　則　（平成二六年八月八日環境省令第二五号）
この省令は、海岸法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十一号）の施行の日（平成二十六年八月十日）から施行する。
附　則　（平成二七年二月二〇日環境省令第三号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、鳥獣の保護及び狩猟の適正化に関する法律の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四十六号。以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年五月二十九日）から施行する。
附　則　（平成二八年三月二五日環境省令第一号）
この省令は、電気事業法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
附　則　（令和元年一〇月三一日環境省令第一一号）
この省令は、令和元年十二月十四日から施行する。
附　則　（令和元年一一月一日環境省令第一二号）
（施行期日）
第一条　この省令は、自然環境保全法の一部を改正する法律の施行の日（令和二年四月一日）から施行する。ただし、第三十一条の六第二号及び第三十一条の八第二号の改正規定は、漁業法等の一部を改正する等の法律（平成三十年法律第九十五号）の施行の日又はこの省令の施行の日のいずれか遅い日から施行する。
（様式に関する経過措置）
第二条　この省令の施行前に交付されたこの省令による改正前の自然環境保全法施行規則様式第一、様式第二及び様式第三は、その有効期間内においては、この省令による改正後の自然環境保全法施行規則の規定による証明書とみなす。
附　則　（令和二年一一月一七日環境省令第二六号）
この省令は、漁業法等の一部を改正する等の法律の施行の日（令和二年十二月一日）から施行する。
附　則　（令和二年一二月二八日環境省令第三一号）　抄
（施行期日）
１　この省令は、公布の日から施行する。
附　則　（令和六年三月二五日環境省令第一一号）
この省令は、漁港漁場整備法及び水産業協同組合法の一部を改正する法律の施行の日（令和六年四月一日）から施行する。
附　則　（令和六年四月一日環境省令第一七号）　抄
（施行期日）
第一条　この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第三条　この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前又は廃止前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
２　この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
別記様式（第三十条関係）
[略]