昭和四十八年法律第百十号
瀬戸内海環境保全特別措置法
目次
第一章　総則（第一条―第二条の二）
第二章　瀬戸内海の環境の保全に関する計画（第三条―第四条の二）
第三章　瀬戸内海の環境の保全に関する特別の措置
第一節　特定施設の設置の規制等（第五条―第十二条の二）
第二節　富栄養化による被害の発生の防止（第十二条の三―第十二条の五）
第三節　生物の多様性及び生産性の確保のための栄養塩類の管理（第十二条の六―第十二条の十二）
第四節　自然海浜の保全等（第十二条の十三―第十三条）
第五節　環境保全のための事業の促進等（第十四条―第十九条の三）
第四章　雑則（第十九条の四―第二十三条）
第五章　罰則（第二十四条―第二十七条）
附則
第一章　総則
（目的）
第一条　この法律は、瀬戸内海の環境の保全に関する基本理念を定め、及び瀬戸内海の環境の保全上有効な施策の実施を推進するための瀬戸内海の環境の保全に関する計画の策定等に関し必要な事項を定めるとともに、特定施設の設置の規制、富栄養化による被害の発生の防止、生物の多様性及び生産性の確保のための栄養塩類の管理、自然海浜の保全、環境保全のための事業の促進等に関し特別の措置を講ずることにより、瀬戸内海の環境の保全を図ることを目的とする。
（定義）
第二条　この法律において「瀬戸内海」とは、次に掲げる直線及び陸岸によつて囲まれた海面並びにこれに隣接する海面であつて政令で定めるものをいう。
一　和歌山県紀伊日ノ御埼灯台から徳島県伊島及び前島を経て蒲生田岬灯台に至る直線
二　愛媛県佐田岬灯台から大分県関埼灯台に至る直線
三　山口県火ノ山下潮流信号所から福岡県門司埼灯台に至る直線
２　この法律において「関係府県」とは、大阪府、兵庫県、和歌山県、岡山県、広島県、山口県、徳島県、香川県、愛媛県、福岡県及び大分県並びに瀬戸内海の環境の保全に関係があるその他の府県で政令で定めるものをいう。
３　この法律において「関係府県知事」とは、関係府県の知事をいう。
（瀬戸内海の環境の保全に関する基本理念）
第二条の二　瀬戸内海の環境の保全は、瀬戸内海が、我が国のみならず世界においても比類のない美しさを誇り、かつ、その自然と人々の生活及び生業並びに地域のにぎわいとが調和した自然景観と文化的景観を併せ有する景勝の地として、また、国民にとつて貴重な漁業資源の宝庫として、その恵沢を国民がひとしく享受し、後代の国民に継承すべきものであることに鑑み、気候変動による水温の上昇その他の環境への影響が瀬戸内海においても生じていること及びこれが長期にわたり継続するおそれがあることも踏まえ、瀬戸内海を、人の活動が自然に対し適切に作用することを通じて、美しい景観が形成されていること、生物の多様性及び生産性が確保されていること等その有する多面的価値及び機能が最大限に発揮された豊かな海とすることを旨として、行わなければならない。
２　瀬戸内海の環境の保全に関する施策は、環境の保全上の支障を防止するための規制の措置のみならず、地域の多様な主体による活動を含め、藻場、干潟その他の沿岸域の良好な環境の保全、再生及び創出等の瀬戸内海を豊かな海とするための取組を推進するための措置を併せて講ずることにより、総合的かつ計画的に推進されるものとする。
３　瀬戸内海の環境の保全に関する施策は、瀬戸内海の湾、灘その他の海域によつてこれを取り巻く環境の状況等が異なることに鑑み、瀬戸内海の湾、灘その他の海域ごとの実情に応じて行われなければならない。
第二章　瀬戸内海の環境の保全に関する計画
（瀬戸内海の環境の保全に関する基本となるべき計画）
第三条　政府は、前条の基本理念にのつとり、瀬戸内海の環境の保全上有効な施策の実施を推進するため、瀬戸内海の沿岸域の環境の保全、再生及び創出、水質の保全及び管理、自然景観及び文化的景観の保全、水産資源の持続的な利用の確保等に関し、瀬戸内海の環境の保全に関する基本となるべき計画（以下「基本計画」という。）を策定しなければならない。
２　政府は、瀬戸内海の環境の保全に関する施策の効果に関する評価を踏まえ、おおむね五年ごとに、基本計画に検討を加え、必要があると認めるときは、これを変更しなければならない。
３　基本計画の決定又は変更に当たつては、環境大臣は、あらかじめ、中央環境審議会及び関係府県知事の意見を聴かなければならない。
４　基本計画の決定又は変更があつたときは、環境大臣は、遅滞なく、これを関係府県知事に送付するとともに、公表しなければならない。
（瀬戸内海の環境の保全に関する府県計画）
第四条　関係府県知事は、第二条の二の基本理念にのつとり、かつ、基本計画に基づき、当該府県の区域において瀬戸内海の環境の保全に関し実施すべき施策について、瀬戸内海の環境の保全に関する府県計画（以下「府県計画」という。）を定めるものとする。
２　関係府県知事は、府県計画を定めようとするときは、府県計画が関係のある瀬戸内海の湾、灘その他の海域の実情に応じたものとなるようにするため、あらかじめ、当該湾、灘その他の海域を単位として関係者により構成される協議会の意見を聴き、その他広く住民の意見を求める等、必要な措置を講ずるものとする。
３　関係府県知事は、府県計画を定めようとするときは、環境大臣に協議しなければならない。
４　環境大臣は、前項の協議を受けたときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
５　関係府県知事は、府県計画を定めたときは、遅滞なく、これを公表するよう努めるとともに、関係市町村に送付しなければならない。
６　第二項から前項までの規定は、府県計画の変更について準用する。
（基本計画及び府県計画の達成の推進）
第四条の二　国及び地方公共団体は、基本計画及び府県計画の達成に必要な措置を講ずるように努めるものとする。
２　国は、地方公共団体による前項の措置が円滑かつ着実に実施されるよう、地方公共団体に対し、必要な援助を行うように努めるものとする。
第三章　瀬戸内海の環境の保全に関する特別の措置
第一節　特定施設の設置の規制等
（特定施設の設置の許可）
第五条　関係府県の区域（政令で定める区域を除く。）において工場又は事業場から公共用水域（水質汚濁防止法（昭和四十五年法律第百三十八号）第二条第一項に規定する公共用水域をいう。以下同じ。）に水を排出する者は、特定施設（同条第二項に規定する特定施設又はダイオキシン類対策特別措置法（平成十一年法律第百五号）第十二条第一項第六号に規定する水質基準対象施設をいい、水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設又はダイオキシン類対策特別措置法第十二条第一項第六号に規定する水質基準対象施設を設置する工場又は事業場から公共用水域に排出される水（以下「排出水」という。）の一日当たりの最大量が五十立方メートル未満である場合における当該特定施設その他政令で定めるものを除く。以下同じ。）を設置しようとするときは、環境省令で定めるところにより、府県知事の許可を受けなければならない。
２　前項の許可を受けようとする者は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を府県知事に提出しなければならない。
一　氏名又は名称及び住所並びに法人にあつては、その代表者の氏名
二　工場又は事業場の名称及び所在地
三　特定施設の種類
四　特定施設の構造
五　特定施設の使用の方法
六　特定施設から排出される汚水又は廃液（以下「汚水等」という。）の処理の方法
七　排出水の量（排水系統別の量を含む。）
八　排出水の汚染状態（排水系統別の汚染状態を含む。）その他環境省令で定める事項
３　前項の申請書には、当該特定施設を設置することが環境に及ぼす影響についての調査の結果に基づく事前評価に関する事項を記載した書面を添附しなければならない。
４　府県知事は、第一項の許可の申請があつた場合には、遅滞なく、その概要を告示するとともに、前項の書面をその告示の日から三週間公衆の縦覧に供しなければならない。
５　府県知事は、前項の告示をしたときは、遅滞なく、その旨を当該特定施設の設置に関し環境保全上関係がある他の関係府県の知事及び市町村の長に通知し、期間を指定して当該関係府県知事及び当該市町村長の意見を求めなければならない。
６　第四項の告示があつたときは、当該特定施設の設置に関し利害関係を有する者は、同項の縦覧期間満了の日までに、当該府県知事に、第三項の事前評価に関する事項についての意見書を提出することができる。
７　第三項の事前評価に関し必要な事項は、環境省令で定める。
（特定施設の設置の許可の基準）
第六条　府県知事は、前条第一項の申請に係る特定施設が次の各号のいずれかに該当するものであると認めるときでなければ、同項の許可をしてはならない。
一　廃棄物の処理を目的とする工場又は事業場に係るものであること。
二　当該特定施設からの汚水等の排出が瀬戸内海の環境を保全する上において著しい支障を生じさせるおそれがないものであること。
２　府県知事は、前条第一項の許可の申請に係る特定施設が前項第一号に該当する場合においても、同条第一項の許可については、当該特定施設を設置することが環境に及ぼす影響について十分配慮しなければならない。
（特定施設に係る経過措置）
第七条　第五条第一項に規定する区域において一の施設が特定施設となつた際現にその施設を設置している者（設置の工事をしている者を含む。）であつて排出水を排出するものは、当該施設について同項の許可を受けたものとみなす。
２　前項の規定により第五条第一項の許可を受けたものとみなされた者は、当該施設が特定施設となつた日から三十日以内に、環境省令で定めるところにより、同条第二項各号に掲げる事項を府県知事に届け出なければならない。この場合において、当該施設につき既に第十二条の二又は湖沼水質保全特別措置法（昭和五十九年法律第六十一号）第十四条の規定により適用される水質汚濁防止法第五条第一項又は第六条第二項の規定による届出がされているときは、当該届出をした者は、当該施設につきこの項の規定による届出をしたものとみなす。
（特定施設の構造等の変更）
第八条　第五条第一項の許可を受けた者は、その許可に係る同条第二項第四号から第七号までに掲げる事項の変更をしようとするときは、環境省令で定めるところにより、府県知事の許可を受けなければならない。ただし、環境省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２　前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定める事項を記載した申請書を府県知事に提出しなければならない。
３　第五条第三項から第七項までの規定は第一項の許可の申請があつた場合（環境省令で定める場合を除く。）に、第六条の規定は同項の許可の申請があつた場合に準用する。
４　第五条第一項の許可を受けた者は、第一項ただし書の環境省令で定める軽微な変更をしたときは、その日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。
（氏名等の変更）
第九条　第五条第一項の許可を受けた者は、その許可に係る同条第二項第一号、第二号若しくは第八号に掲げる事項に変更があつたとき、又はその許可に係る特定施設の使用を廃止したときは、その日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。
（承継）
第十条　第五条第一項の許可を受けた者からその許可に係る特定施設を譲り受け、又は借り受けた者は、当該特定施設に係る当該許可を受けた者の地位を承継する。
２　第五条第一項の許可を受けた者について相続、合併又は分割（その許可に係る特定施設を承継させるものに限る。）があつたときは、相続人、合併後存続する法人若しくは合併により設立した法人又は分割により当該特定施設を承継した法人は、当該許可を受けた者の地位を承継する。
３　前二項の規定により第五条第一項の許可を受けた者の地位を承継した者は、その承継があつた日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。
（違反に対する措置命令）
第十一条　府県知事は、第五条第一項の規定に違反して特定施設を設置した者又は第八条第一項の規定に違反して同項に規定する事項を変更した者に対して、当該特定施設の除却、操業の停止その他当該違反を是正するために必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。
（水質汚濁防止法等の適用関係）
第十二条　水質汚濁防止法第五条から第十条まで、第十一条第一項から第三項まで及び第二十三条第二項から第四項まで（同法第五条、第七条、第八条、第八条の二、第十条及び第十一条に係る部分に限る。）並びに海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三十七条第一項の規定は、第五条第一項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者で特定地下浸透水（水質汚濁防止法第二条第八項に規定する特定地下浸透水をいう。次項において同じ。）を浸透させない者に係る当該特定施設については、適用しない。
２　水質汚濁防止法第五条第一項、第六条第三項及び第八条の二の規定は、第五条第一項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者で特定地下浸透水を浸透させる者に係る当該特定施設については、適用しない。
３　前項に規定する者及びこの者に係る当該特定施設についての水質汚濁防止法の規定の適用については、次項の規定によるほか、同法第五条第二項中「都道府県知事」とあるのは「府県知事（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第五条第二項の申請書を提出する府県知事をいう。以下同じ。）」と、同法第六条第一項中「排出水を排出し、若しくは特定地下浸透水」とあるのは「特定地下浸透水」と、「前条第一項各号、第二項各号」とあるのは「前条第二項各号」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第七条中「第五条又は」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項又は」と、「第五条第一項第四号から第九号までに掲げる事項、同条第二項第四号」とあるのは「第五条第二項第四号」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第八条第一項中「都道府県知事は、第五条第一項若しくは第二項」とあるのは「府県知事は、第五条第二項」と、「第五条第一項第四号若しくは第六号から第九号までに掲げる事項又は同条第二項第四号」とあるのは「同項第四号」と、「排出水の汚染状態が当該特定事業場の排水口（排出水を排出する場所をいう。以下同じ。）においてその排出水に係る排水基準（第三条第一項の排水基準（同条第三項の規定により排水基準が定められた場合にあつては、その排水基準を含む。）をいう。以下単に「排水基準」という。）に適合しないと認めるとき、又は特定地下浸透水」とあるのは「特定地下浸透水」と、「又は第五条第一項若しくは第二項」とあるのは「又は同項」と、同法第九条第一項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、同条第二項中「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、同法第十条中「第五条又は」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項又は」と、「第五条第一項第一号若しくは第二号、第二項第一号」とあるのは「第五条第二項第一号」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第十一条第一項及び第二項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、同条第三項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、「都道府県知事」とあるのは「府県知事」と、同法第十二条第一項中「排水口」とあるのは「排水口（排出水を排出する場所をいう。以下同じ。）」と、「排水基準」とあるのは「排水基準（第三条第一項の排水基準（同条第三項の規定により排水基準が定められた場合にあつては、その排水基準を含む。）をいう。以下単に「排水基準」という。）」と、同法第二十三条第二項中「第五条」とあるのは「第五条第二項若しくは第三項」と、「当該特定施設又は指定施設を設置する工場又は事業場の所在地を管轄する都道府県知事」とあるのは「府県知事（第十四条第三項の規定による届出事項に該当する事項の通知にあつては当該特定施設を設置する工場又は事業場の所在地を管轄する都道府県知事）」と、同条第三項中「都道府県知事」とあるのは「都道府県知事（第八条の規定に相当する鉱山保安法、電気事業法又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の規定による措置の要請にあつては府県知事）」と、「第八条又は第八条の二」とあるのは「同条」と、同条第四項中「都道府県知事」とあるのは「都道府県知事（第八条の規定に相当する鉱山保安法、電気事業法又は海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の規定による措置の要請に対して講じた措置の通知にあつては府県知事）」とする。
４　第五条第一項に規定する区域における水質汚濁防止法第二十二条第一項の規定の適用については、同項中「この法律」とあるのは、「この法律（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第五条から第十一条までの規定を含む。）」とする。
５　ダイオキシン類対策特別措置法第十二条から第十九条まで及び第三十五条第二項から第四項まで（同法第十二条、第十四条から第十六条まで、第十八条及び第十九条に係る部分に限る。）の規定の適用については、第五条第一項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者に係る当該特定施設は、同法第十二条第一項第六号に規定する水質基準対象施設ではないものとみなす。
６　第五条第一項に規定する区域におけるダイオキシン類対策特別措置法第三十四条第一項の規定の適用については、同項中「この法律」とあるのは、「この法律（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第五条から第十一条までの規定を含む。）」とする。
（みなし指定地域特定施設に係る排出水の排出の規制等）
第十二条の二　第五条第一項に規定する区域においては、第二条第一項に規定する瀬戸内海の水質にとつて水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する程度の汚水又は廃液を排出する施設として政令で定める施設について、これを同条第三項に規定する指定地域特定施設とみなし、同法の規定を適用する。この場合において、同法第六条第二項及び第十二条第三項中「指定地域において」とあるのは「瀬戸内海環境保全特別措置法第五条第一項に規定する区域（以下この項において「特定区域」という。）において」と、「指定地域となつた」とあるのは「特定区域となつた」とする。
第二節　富栄養化による被害の発生の防止
（指定物質削減指導方針）
第十二条の三　環境大臣は、瀬戸内海の富栄養化による生活環境に係る被害の発生を防止するため必要があると認めるときは、関係府県知事に対し、第五条第一項に規定する区域において公共用水域に排出される富栄養化による生活環境に係る被害を生ずるおそれがあるものとして政令で定める物質（以下この節において「指定物質」という。）の削減に関し、政令で定めるところにより、削減の目標、目標年度その他必要な事項を示して、指定物質削減指導方針（以下この節において「指導方針」という。）を定めるべきことを指示することができる。
２　指導方針においては、目標年度において削減の目標を達成することを目途として、指定物質の削減に関する指導の方針を定めるものとする。
３　関係府県知事は、指導方針を定め、又は変更しようとするときは、環境省令で定めるところにより、前項の事項を環境大臣に報告しなければならない。
４　関係府県知事は、指導方針を定め、又は変更したときは、これを公表しなければならない。
（指導等）
第十二条の四　関係府県知事は、第五条第一項に規定する区域において指定物質を公共用水域に排出する者に対し、指導方針に従い、必要な指導、助言及び勧告をすることができる。
（報告の徴収）
第十二条の五　関係府県知事は、前条の指導、助言又は勧告をするため必要があると認めるときは、第五条第一項に規定する区域において事業活動に伴つて指定物質を公共用水域に排出する者で政令で定めるもの（次項において「指定物質排出者」という。）に対し、汚水又は廃液の処理の方法その他必要な事項に関し報告を求めることができる。
２　環境大臣は、指定物質による瀬戸内海の富栄養化による生活環境に係る被害の発生を防止するため緊急の必要があると認めるときは、指定物質排出者に対し、汚水又は廃液の処理の方法その他必要な事項に関し報告を求めることができる。
第三節　生物の多様性及び生産性の確保のための栄養塩類の管理
（栄養塩類管理計画の策定）
第十二条の六　関係府県知事は、単独で又は共同して、次に掲げる区域について、栄養塩類（窒素及びその化合物並びに及びその化合物をいう。以下同じ。）を適切に増加させるための海域における栄養塩類の投入、工場又は事業場における汚水等の処理の方法の変更その他の措置（以下「栄養塩類増加措置」という。）の計画的な実施に関する計画（以下「栄養塩類管理計画」という。）を定めることができる。
一　前二節に規定する措置のみによつては生物の多様性及び生産性の確保が困難であり、栄養塩類増加措置の実施が必要と認められる瀬戸内海の海域（以下「対象海域」という。）
二　対象海域における潮流その他の自然的条件及び排出水の排出の状況に照らして当該対象海域と一体として栄養塩類増加措置を実施することが相当と認められる瀬戸内海の海域及び陸域（当該府県の区域内に限る。）
２　栄養塩類管理計画においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一　栄養塩類管理計画の区域（以下「計画区域」という。）
二　対象海域において栄養塩類増加措置の対象とする物質及び当該物質に係る水質の目標値
三　栄養塩類増加措置を実施する者の氏名又は名称並びにその実施場所（工場又は事業場にあつては、その名称及び所在地）及び実施方法
四　第二号の目標値に関する測定の地点、方法及び頻度
五　前号に規定する測定の結果に基づく対象海域の水質の状況についての調査、分析及び評価の方法
六　前各号に掲げるもののほか、栄養塩類増加措置の計画的な実施に関し必要な事項
３　栄養塩類管理計画は、基本計画及び当該府県知事が定めた府県計画に即するとともに、他の法律の規定による環境の保全に関する計画との調和が保たれたものでなければならない。
４　第二項第二号の目標値は、環境基本法（平成五年法律第九十一号）第十六条第一項の規定による水質の汚濁に係る環境上の条件についての基準の範囲内において定めなければならない。
５　関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めようとするときは、栄養塩類増加措置が環境に及ぼす影響について、調査、予測及び評価を行うものとする。
６　関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めようとするときは、あらかじめ、計画区域内において特定施設を設置する工場又は事業場の設置者、住民その他の関係者の意見を聴くとともに、当該栄養塩類管理計画に記載しようとする栄養塩類増加措置を実施する者に協議しなければならない。
７　関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めようとするときは、あらかじめ、計画区域における栄養塩類増加措置の実施に関し環境保全上関係がある他の関係府県の知事及び市町村の長の意見を聴くとともに、環境大臣に協議しなければならない。
８　環境大臣は、前項の規定による協議を受けたときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
９　関係府県知事は、栄養塩類管理計画を定めたときは、環境省令で定めるところにより、遅滞なく、その旨を公告するとともに、環境大臣に報告し、かつ、第七項に規定する他の関係府県の知事及び市町村の長に通知しなければならない。
（栄養塩類管理計画の変更）
第十二条の七　栄養塩類管理計画を定めた府県知事は、定期的に、計画区域における公共用水域の水質の状況について、調査、分析及び評価を行い、必要があると認めるときは、当該栄養塩類管理計画を変更するものとする。
２　栄養塩類管理計画を定めた府県知事は、当該栄養塩類管理計画を変更しようとするときは、当該栄養塩類管理計画に記載された栄養塩類増加措置を実施する者に協議しなければならない。
３　前条第三項から第九項までの規定は、栄養塩類管理計画の変更（同条第五項から第八項までの規定については、環境省令で定める軽微な変更を除く。）について準用する。
（特定施設の構造等の変更の特例）
第十二条の八　栄養塩類管理計画において栄養塩類増加措置の実施場所として定められた工場又は事業場（以下この条及び次条第一項において「計画事業場」という。）から公共用水域に水を排出する者（第五条第一項の許可を受けた者に限る。）が、当該計画事業場に係る同条第二項第四号から第七号までに掲げる事項の変更について第八条第一項の規定による許可を受けようとする場合において、当該変更が当該栄養塩類管理計画に記載されたものであるときは、同条第三項において準用する第五条第三項から第七項までの規定は、適用しない。
（水質汚濁防止法の特例）
第十二条の九　指定地域内計画事業場（水質汚濁防止法第四条の五第一項に規定する指定地域内事業場である計画事業場をいう。次項において同じ。）についての同法第八条の二、第十二条の二及び第十三条第三項の規定の適用については、同法第八条の二中「総量規制基準」とあるのは、「総量規制基準（指定地域内計画事業場（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第十二条の九第一項に規定する指定地域内計画事業場をいう。）が定められた同法第十二条の六第一項に規定する栄養塩類管理計画に定められた同条第二項第二号に規定する物質による汚濁負荷量に係る部分を除く。第十二条の二及び第十三条第三項において同じ。）」とする。
２　栄養塩類管理計画の変更により指定地域内計画事業場でなくなつた水質汚濁防止法第四条の五第一項に規定する指定地域内事業場についての同法第十二条の二及び第十三条第三項の規定の適用については、当該指定地域内事業場が指定地域内計画事業場でなくなつた日から六月間は、同法第十二条の二中「指定地域内事業場の」とあるのは「指定地域内事業場（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和四十八年法律第百十号）第十二条の六第一項に規定する栄養塩類管理計画の変更により同法第十二条の九第一項に規定する指定地域内計画事業場でなくなつたものに限る。以下この条及び第十三条第三項において同じ。）の」と、「総量規制基準」とあるのは「総量規制基準（当該変更前の栄養塩類管理計画に定められていた同法第十二条の六第二項第二号に規定する物質による汚濁負荷量に係る部分を除く。第十三条第三項において同じ。）」とする。
（関係府県知事等の協力）
第十二条の十　関係府県知事は、栄養塩類管理計画の策定及び実施に関して必要があると認めるときは、他の関係府県の知事又は市町村の長に対し、必要な協力を求めることができる。
（関係者の協力）
第十二条の十一　栄養塩類管理計画を定めた府県知事及び当該栄養塩類管理計画に記載された栄養塩類増加措置を実施する者は、当該栄養塩類管理計画の実施に関し、相互に連携を図りながら協力しなければならない。
（科学的知見の充実のための措置）
第十二条の十二　国は、瀬戸内海における生物の多様性及び生産性の確保のための栄養塩類の管理に関する科学的知見の充実を図るため、これに関する情報の収集、整理及び分析並びに研究の推進に努めるものとする。
第四節　自然海浜の保全等
（自然海浜保全地区の指定）
第十二条の十三　関係府県は、条例で定めるところにより、瀬戸内海の海浜地及びこれに面する海面のうち次の各号に該当する区域を自然海浜保全地区として指定することができる。
一　水際線付近又はその水深がおおむね二十メートルを超えない海域において砂浜、干潟、岩礁その他これらに類する自然（以下この号において「砂浜等」という。）の状態が維持されているもの（損なわれた砂浜等が再生され、又は砂浜等が新たに創出されたものを含む。）
二　海水浴、潮干狩りその他これらに類する用に公衆に利用されており、将来にわたつてその利用が行われることが適当であると認められるもの
（行為の届出等）
第十二条の十四　関係府県は、条例で定めるところにより、自然海浜保全地区内において工作物の新築、土地の形質の変更、鉱物の掘採、土石の採取その他の行為をしようとする者に必要な届出をさせ、当該届出をした者に対して自然海浜保全地区の保全及び適正な利用のため必要な勧告又は助言をすることができる。
（埋立て等についての特別の配慮）
第十三条　関係府県知事は、瀬戸内海における公有水面埋立法（大正十年法律第五十七号）第二条第一項の免許又は同法第四十二条第一項の承認については、第二条の二第一項の瀬戸内海の特殊性につき十分配慮しなければならない。
２　前項の規定の運用についての基本的な方針に関しては、中央環境審議会において調査審議するものとする。
第五節　環境保全のための事業の促進等
（下水道及び廃棄物の処理施設の整備等）
第十四条　国及び地方公共団体は、瀬戸内海の水質の現状に鑑み、下水道及び廃棄物の処理施設の整備、汚泥のしゆんせつ、水質の監視又は測定のための施設及び設備の整備その他瀬戸内海の水質の保全のために必要な事業の促進に努めなければならない。
（財政上の援助等）
第十五条　国は、前条の事業を実施する者に対し、財政上の援助、必要な資金の融通又はあつせんその他の援助に努めなければならない。
（瀬戸内海浄化のための事業に関する計画の設定）
第十六条　政府は、瀬戸内海の汚濁した水質の浄化を図ることを目的とする大規模な事業に関する計画を設定するよう努めるものとし、そのための技術開発等を促進するとともに、必要な財政上の措置を講ずるものとする。
（漂流ごみ等の除去等）
第十六条の二　国及び地方公共団体は、瀬戸内海の海域等において、漂流し、その海底に存し、海岸に漂着し、又は海岸に散乱しているごみその他の汚物又は不要物（以下この条において「漂流ごみ等」という。）に起因する瀬戸内海の環境の保全上の支障を防止するため、国と地方公共団体及び地方公共団体相互間の連携の下に、漂流ごみ等の除去、発生の抑制その他の必要な措置を講ずるように努めるものとする。
（海難等による油の排出の防止等）
第十七条　政府は、瀬戸内海の油による汚染を防止するため、海難等による大量の油の排出の防止及び排出された油の防除に関し、指導及び取締りの強化、排出油防除体制の整備等必要な措置を講ずるように努めるものとする。
（技術開発等の促進）
第十八条　政府は、速やかに、赤潮及び貧酸素水塊の発生機構の解明並びにそれらの防除技術の開発に努めるとともに、船舶内における油の処理技術その他瀬戸内海の環境保全のための技術の開発に努め、その結果に基づき、必要な措置を講ずるものとする。
（赤潮等による漁業被害者の救済）
第十九条　政府は、瀬戸内海において赤潮、油等による漁業被害が多数発生している状況にかんがみ、すみやかに、当該漁業被害を受けた漁業者の救済について必要な措置を講ずるものとする。
（生物の多様性及び生産性の確保に支障を及ぼすおそれがある動植物の駆除等）
第十九条の二　国及び地方公共団体は、瀬戸内海の海域における生物の多様性及び生産性の確保に支障を及ぼすおそれがある動植物について、駆除その他の必要な措置を講ずるように努めるものとする。
（水産動植物の繁殖地の保護及び整備等）
第十九条の三　国及び地方公共団体は、瀬戸内海の水産資源の持続的な利用の確保を図るため、水産動植物の繁殖地の保護及び整備、生物の多様性の確保に配慮しつつ行う水産動物の種苗の放流その他の必要な措置を講ずるように努めるものとする。
第四章　雑則
（瀬戸内海の環境の調査）
第十九条の四　環境大臣は、瀬戸内海における水質の状況その他の環境の状況について定期的に調査をし、その結果をこの法律の適正な運用に活用するものとする。
（勧告又は助言）
第二十条　環境大臣は、この法律の適正かつ円滑な運用を確保するために必要があると認めるときは、関係府県知事に対し、必要な勧告又は助言をすることができる。
２　環境大臣は、関係府県知事に対し、前項の勧告によつてとられた措置について報告を求めることができる。
（経過措置）
第二十一条　この法律の規定に基づき命令を制定し、又は改廃する場合においては、その命令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
（環境大臣の指示）
第二十一条の二　環境大臣は、瀬戸内海又は第五条第一項に規定する区域の公共用水域における水質の汚濁による人の健康に係る被害の発生を防止するため緊急の必要があると認めるときは、関係府県知事又は第二十三条第一項の政令で定める市の長に対し、次に掲げる事務に関し必要な指示をすることができる。
一　第五条第一項及び第八条第一項の規定による許可に関する事務
二　第十一条の規定による命令に関する事務
（権限の委任）
第二十二条　この法律に規定する環境大臣の権限は、環境省令で定めるところにより、地方環境事務所長に委任することができる。
（政令で定める市の長による事務の処理）
第二十三条　この法律の規定により府県知事の権限に属する事務の一部は、政令で定めるところにより、政令で定める市の長が行うこととすることができる。
２　前項の政令で定める市の長は、この法律の施行に必要な事項で環境省令で定めるものを府県知事に通知しなければならない。
第五章　罰則
第二十四条　次の各号のいずれかに該当する場合には、当該違反行為をした者は、一年以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
一　第五条第一項又は第八条第一項の規定に違反したとき。
二　第十一条の規定による命令に違反したとき。
第二十五条　次の各号のいずれかに該当する場合には、当該違反行為をした者は、十万円以下の罰金に処する。
一　第七条第二項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をしたとき。
二　第十二条の五第一項又は第二項の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をしたとき。
第二十六条　法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前二条の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して各本条の罰金刑を科する。
第二十七条　第八条第四項、第九条又は第十条第三項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、十万円以下の過料に処する。
附　則　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して一月を経過した日から施行する。
（経過措置）
第二条　第五条第一項に規定する区域において、この法律の施行前に、特定施設の設置につき水質汚濁防止法第五条の規定による届出をした者でこの法律の施行の際現に同法第九条の規定による実施の制限を受けていないもの及び同法第六条の規定による届出をした者は、当該特定施設について第五条第一項の許可を受けたものとみなす。
２　第五条第一項に規定する区域において、この法律の施行の際現に特定施設につき水質汚濁防止法第九条の規定による実施の制限を受けている者については、当該制限を受けている間は、第五条第一項、第八条第一項及び第十二条第一項の規定は、適用しない。
３　前項に規定する者は、水質汚濁防止法第九条の規定による実施の制限を受けないこととなつたときは、当該特定施設について第五条第一項又は第八条第一項の許可を受けたものとみなす。
４　第五条第一項に規定する区域において、この法律の施行前に、鉱山保安法（昭和二十四年法律第七十号）第八条第一項に規定する建設物、工作物その他の施設である特定施設、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第七項に規定する電気工作物である特定施設又は海洋汚染防止法第三条第九号に規定する廃油処理施設である特定施設の設置につき、これらの法律の規定による許可若しくは認可を受けた者又はこれらの法律の規定による届出をして当該特定施設を設置した者（この法律の施行の際現に設置の工事をしている者を含む。）であつて、当該特定施設を設置する鉱山保安法第二条第二項本文に規定する鉱山又は工場若しくは事業場から排出水を排出するものは、当該特定施設について第五条第一項の許可を受けたものとみなす。
５　前項の規定により第五条第一項の許可を受けたものとみなされた者は、この法律の施行の日から三十日以内に、総理府令で定めるところにより、同条第二項第五号から第七号までに掲げる事項を府県知事に届け出なければならない。
６　前項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、五万円以下の罰金に処する。
７　法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。
第三条　この法律の施行前にした行為及び水質汚濁防止法第八条の規定による命令又は同法第九条第一項の規定による実施の制限に関しこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（昭和五一年六月一日法律第四七号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則　（昭和五三年六月一三日法律第六八号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、第一条中瀬戸内海環境保全臨時措置法附則第四条及び附則第五条を削る改正規定及び第二条中水質汚濁防止法第四条の次に四条を加える改正規定（同法第四条の二第三項及び第四項に係る部分に限る。）は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条　改正前の瀬戸内海環境保全臨時措置法（以下「臨時措置法」という。）第三条の規定により定められた瀬戸内海の環境の保全に関する基本となるべき計画は、改正後の瀬戸内海環境保全特別措置法（以下「特別措置法」という。）第三条の規定により定められたものとみなす。
第三条　この法律の施行の際現に臨時措置法第五条第一項に規定する区域において改正前の水質汚濁防止法（以下「旧水質汚濁防止法」という。）第二条第二項に規定する特定施設を設置している者（設置の工事をしている者及び臨時措置法第五条第一項の許可を受けた者又は旧水質汚濁防止法第五条の規定による届出をした者であつて設置の工事に着手していないものを含む。）であつて旧水質汚濁防止法第二条第三項に規定する排出水を排出するものは、この法律の施行の日から六十日以内に、総理府令で定めるところにより、排出水の排水系統別の汚染状態及び量を府県知事（特別措置法第二十二条第一項の政令で定める市の区域内の特別措置法第五条第一項に規定する特定施設に係る場合にあつては当該市の長とし、改正後の水質汚濁防止法第二十八条第一項の政令で定める市の区域内の同法第二条第二項に規定する特定施設（特別措置法第五条第一項に規定する特定施設を除く。）に係る場合にあつては当該市の長とする。）に届け出なければならない。
２　前項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、十万円以下の罰金に処する。
３　法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。
第四条　この法律の施行前にした行為及び臨時措置法第十一条又は旧水質汚濁防止法第八条若しくは第十三条第一項の規定による命令に関しこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成元年六月二八日法律第三四号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則　（平成二年六月二二日法律第三八号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して三月を経過した日から施行する。
（経過措置）
第二条　
２　この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附　則　（平成八年六月五日法律第五八号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成九年四月一日から施行する。
附　則　（平成一一年七月一六日法律第八七号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十二年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第一条中地方自治法第二百五十条の次に五条、節名並びに二款及び款名を加える改正規定（同法第二百五十条の九第一項に係る部分（両議院の同意を得ることに係る部分に限る。）に限る。）、第四十条中自然公園法附則第九項及び第十項の改正規定（同法附則第十項に係る部分に限る。）、第二百四十四条の規定（農業改良助長法第十四条の三の改正規定に係る部分を除く。）並びに第四百七十二条の規定（市町村の合併の特例に関する法律第六条、第八条及び第十七条の改正規定に係る部分を除く。）並びに附則第七条、第十条、第十二条、第五十九条ただし書、第六十条第四項及び第五項、第七十三条、第七十七条、第百五十七条第四項から第六項まで、第百六十条、第百六十三条、第百六十四条並びに第二百二条の規定　公布の日
（瀬戸内海環境保全特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
第二十六条　施行日前に第四十七条の規定による改正前の瀬戸内海環境保全特別措置法第四条第二項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による報告がされているときは、当該報告に係る同条第一項の府県計画は、第四十七条の規定による改正後の同法第四条第二項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による同意を得た同条第一項の府県計画とみなす。
（国等の事務）
第百五十九条　この法律による改正前のそれぞれの法律に規定するもののほか、この法律の施行前において、地方公共団体の機関が法律又はこれに基づく政令により管理し又は執行する国、他の地方公共団体その他公共団体の事務（附則第百六十一条において「国等の事務」という。）は、この法律の施行後は、地方公共団体が法律又はこれに基づく政令により当該地方公共団体の事務として処理するものとする。
（処分、申請等に関する経過措置）
第百六十条　この法律（附則第一条各号に掲げる規定については、当該各規定。以下この条及び附則第百六十三条において同じ。）の施行前に改正前のそれぞれの法律の規定によりされた許可等の処分その他の行為（以下この条において「処分等の行為」という。）又はこの法律の施行の際現に改正前のそれぞれの法律の規定によりされている許可等の申請その他の行為（以下この条において「申請等の行為」という。）で、この法律の施行の日においてこれらの行為に係る行政事務を行うべき者が異なることとなるものは、附則第二条から前条までの規定又は改正後のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）の経過措置に関する規定に定めるものを除き、この法律の施行の日以後における改正後のそれぞれの法律の適用については、改正後のそれぞれの法律の相当規定によりされた処分等の行為又は申請等の行為とみなす。
２　この法律の施行前に改正前のそれぞれの法律の規定により国又は地方公共団体の機関に対し報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項で、この法律の施行の日前にその手続がされていないものについては、この法律及びこれに基づく政令に別段の定めがあるもののほか、これを、改正後のそれぞれの法律の相当規定により国又は地方公共団体の相当の機関に対して報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなして、この法律による改正後のそれぞれの法律の規定を適用する。
（不服申立てに関する経過措置）
第百六十一条　施行日前にされた国等の事務に係る処分であって、当該処分をした行政庁（以下この条において「処分庁」という。）に施行日前に行政不服審査法に規定する上級行政庁（以下この条において「上級行政庁」という。）があったものについての同法による不服申立てについては、施行日以後においても、当該処分庁に引き続き上級行政庁があるものとみなして、行政不服審査法の規定を適用する。この場合において、当該処分庁の上級行政庁とみなされる行政庁は、施行日前に当該処分庁の上級行政庁であった行政庁とする。
２　前項の場合において、上級行政庁とみなされる行政庁が地方公共団体の機関であるときは、当該機関が行政不服審査法の規定により処理することとされる事務は、新地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
（罰則に関する経過措置）
第百六十三条　この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（その他の経過措置の政令への委任）
第百六十四条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
（検討）
第二百五十条　新地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務については、できる限り新たに設けることのないようにするとともに、新地方自治法別表第一に掲げるもの及び新地方自治法に基づく政令に示すものについては、地方分権を推進する観点から検討を加え、適宜、適切な見直しを行うものとする。
第二百五十一条　政府は、地方公共団体が事務及び事業を自主的かつ自立的に執行できるよう、国と地方公共団体との役割分担に応じた地方税財源の充実確保の方途について、経済情勢の推移等を勘案しつつ検討し、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
附　則　（平成一一年七月一六日法律第一〇二号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　略
二　附則第十条第一項及び第五項、第十四条第三項、第二十三条、第二十八条並びに第三十条の規定　公布の日
（別に定める経過措置）
第三十条　第二条から前条までに規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要となる経過措置は、別に法律で定める。
附　則　（平成一一年七月一六日法律第一〇五号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則　（平成一一年一二月二二日法律第一六〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律（第二条及び第三条を除く。）は、平成十三年一月六日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第九百九十五条（核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律の一部を改正する法律附則の改正規定に係る部分に限る。）、第千三百五条、第千三百六条、第千三百二十四条第二項、第千三百二十六条第二項及び第千三百四十四条の規定　公布の日
附　則　（平成一二年五月三一日法律第九一号）　抄
（施行期日）
１　この法律は、商法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第九十号）の施行の日から施行する。
附　則　（平成一六年四月二一日法律第三六号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、千九百七十三年の船舶による汚染の防止のための国際条約に関する千九百七十八年の議定書によって修正された同条約を改正する千九百九十七年の議定書（以下「第二議定書」という。）が日本国について効力を生ずる日（以下「施行日」という。）から施行する。
附　則　（平成一七年四月二七日法律第三三号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、平成十七年十月一日から施行する。
（経過措置）
第二十四条　この法律による改正後のそれぞれの法律の規定に基づき命令を制定し、又は改廃する場合においては、その命令で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。
附　則　（平成二二年五月一〇日法律第三一号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則　（平成二三年六月二二日法律第七一号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則　（平成二三年八月三〇日法律第一〇五号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から施行する。
（瀬戸内海環境保全特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
第七十七条　この法律の施行の際現に第百七十七条の規定による改正前の瀬戸内海環境保全特別措置法第四条第二項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定によりされている協議の申出は、第百七十七条の規定による改正後の瀬戸内海環境保全特別措置法第四条第二項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定によりされた協議の申出とみなす。
（罰則に関する経過措置）
第八十一条　この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第八十二条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
附　則　（平成二五年六月二一日法律第六〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附　則　（平成二七年一〇月二日法律第七八号）
（施行期日）
１　この法律は、公布の日から施行する。
（検討）
２　政府は、瀬戸内海における栄養塩類の減少、偏在等の実態の調査、それが水産資源に与える影響に関する研究その他の瀬戸内海における栄養塩類の適切な管理に関する調査及び研究に努めるものとし、その成果を踏まえ、この法律の施行後五年を目途として、瀬戸内海における栄養塩類の管理の在り方について検討を加え、必要があると認めるときは、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。
３　政府は、前項に定めるもののほか、この法律の施行後五年以内を目途として、この法律による改正後の瀬戸内海環境保全特別措置法（以下この項において「新法」という。）の施行の状況を勘案し、新法第五条第一項に規定する特定施設の設置の規制の在り方を含め、新法の規定について検討を加え、必要があると認めるときは、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。
附　則　（令和三年六月九日法律第五九号）
（施行期日）
１　この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、次項の規定は、公布の日から施行する。
（政令への委任）
２　この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
（検討）
３　政府は、この法律の施行後五年を経過した場合において、この法律による改正後の規定の施行の状況について検討を加え、必要があると認めるときは、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。
附　則　（令和四年六月一七日法律第六八号）　抄
（施行期日）
１　この法律は、刑法等一部改正法施行日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第五百九条の規定　公布の日