昭和二十九年政令第百六十四号
税関関係手数料令
内閣は、関税法（昭和二十九年法律第六十一号）第百条、第百一条及び第百二条第二項並びに関税定率法（明治四十三年法律第五十四号）第十三条第五項、第十八条第二項及び第十九条第二項の規定に基き、税関関係手数料令（昭和二十六年政令第百十六号）の全部を改正するこの政令を制定する。
（不開港への出入についての許可手数料）
第一条　関税法（以下「法」という。）第二十条第一項（不開港への出入）に規定する許可を受ける者が法第百条第一号（手数料）の規定により納付すべき手数料の額は、不開港への出入一回につき、外国貿易船にあつては、その純トン数一トンまでごとに三十六円、外国貿易機にあつては、その自重一トンまでごとに五百円（航空法（昭和二十七年法律第二百三十一号）第百条第一項の許可を受けた同法第二条第十八項に規定する航空運送事業（一の地点と他の地点との間に路線を定めて一定の日時により航行する航空機により行うものに限る。）の用に供されているものにあつては、二百五十円）とする。
（保税蔵置場又は保税展示場の許可手数料）
第二条　法第四十二条第一項（保税蔵置場の許可）又は法第六十二条の二第一項（保税展示場の許可）の規定による許可を受ける者が法第百条第二号（手数料）の規定により納付すべき手数料の額は、許可の期間一月までごとに、当該許可に係る保税蔵置場又は保税展示場の次の各号に掲げる延べ面積の区分に応じ、当該各号に定める額（許可の日の属する月及び許可が失効する日の属する月については、日割により計算した額）とする。ただし、関税定率法（以下「定率法」という。）別表若しくは関税暫定措置法（昭和三十五年法律第三十六号）別表第一の税率が無税（定率法第十二条（生活関連物資の減税又は免税）の規定による関税の免除を含む。）に該当する同一品目の貨物のみを置く保税蔵置場又は法第五十六条第三項（保税工場の許可）の規定により保税工場の一部の場所につき併せて許可を受ける保税蔵置場の手数料の額は、その二分の一に相当する額とし、定率法別表第四四・〇三項から第四四・一三項までに掲げる木材のみを置く水面の保税蔵置場の手数料の額は、その五分の一に相当する額とする。
一　五百平方メートル未満　九千五百円（当該許可を受ける者が電子情報処理組織（電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律（昭和五十二年法律第五十四号）第二条第一号（定義）に規定する電子情報処理組織をいう。以下同じ。）を使用することのできる者として財務大臣が定める者（以下「指定者」という。）である場合にあつては、九千四百円）
二　五百平方メートル以上千平方メートル未満　一万二千二百円
三　千平方メートル以上二千平方メートル未満　一万六千四百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、一万六千二百円）
四　二千平方メートル以上三千五百平方メートル未満　二万千八百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、二万千七百円）
五　三千五百平方メートル以上七千平方メートル未満　二万七千三百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、二万七千百円）
六　七千平方メートル以上一万五千平方メートル未満　三万二千八百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、三万二千六百円）
七　一万五千平方メートル以上二万五千平方メートル未満　四万二千百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、四万千八百円）
八　二万五千平方メートル以上三万五千平方メートル未満　五万四千八百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、五万四千四百円）
九　三万五千平方メートル以上五万平方メートル未満　六万三千三百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、六万二千九百円）
十　五万平方メートル以上七万平方メートル未満　七万六千円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、七万五千四百円）
十一　七万平方メートル以上　八万八千七百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、八万八千円）
２　前項の手数料の額は、保税蔵置場又は保税展示場において法第六十七条（輸出又は輸入の許可）（法第七十五条において準用する場合を含む。）に規定する許可又は法第二十三条第一項（船用品又は機用品の積込み等）若しくは法第七十三条第一項（輸入の許可前における貨物の引取り）に規定する承認に係る税関の事務（第四項第一号及び次条第三項第一号において「特定税関事務」という。）を行う場合においては、前項の規定による額の二倍に相当する額（その額が同項の規定による額と当該事務を行うため関税法施行令（昭和二十九年政令第百五十号）第二十九条の三（税関職員の派出の申請）の規定による申請に基づいて派出された税関職員の数を五万六千九百円に乗じて得た額（第四項第一号、次条第三項第一号並びに第十三条の五第二項及び第三項において「派出費用相当額」という。）との合計額に満たないときは、当該合計額）とする。
３　第一項の手数料の額の計算の基準となる事項は、保税蔵置場又は保税展示場の許可の日（同日後当該事項について変更があつた場合においては、その変更の日の属する月の翌月の初日）における当該事項によるものとする。
４　税関長は、法第五十条第一項（保税蔵置場の許可の特例）の承認を受けた者が同条第二項の規定により法第四十二条第一項の許可を受けたものとみなされた場所（以下この項において「届出蔵置場」という。）について法第百条第二号の規定により納付すべき手数料（当該届出蔵置場における法第五十条第一項に規定する外国貨物の蔵置等に関する業務が電子情報処理組織を使用して行われるものに係るものに限る。）については、法第百一条第一項（手数料の軽減又は免除）の規定により、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める額を軽減し、又は免除するものとする。
一　当該届出蔵置場において特定税関事務が行われる場合　第二項の規定により計算される額から派出費用相当額を控除した額
二　前号に掲げる場合以外の場合　当該手数料の全額
（保税工場の許可手数料）
第三条　法第五十六条第一項（保税工場の許可）の規定による許可を受ける者が法第百条第二号（手数料）の規定により納付すべき手数料の額は、許可の期間一月までごとに、当該許可に係る保税工場の次の各号に掲げる延べ面積の区分に応じ、当該各号に定める額（許可の日の属する月及び許可が失効する日の属する月については、日割により計算した額）とする。
一　二千五百平方メートル未満　六千八百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、六千七百円）
二　二千五百平方メートル以上五千平方メートル未満　九千五百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、九千四百円）
三　五千平方メートル以上一万平方メートル未満　一万三千六百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、一万三千五百円）
四　一万平方メートル以上二万平方メートル未満　二万千八百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、二万千七百円）
五　二万平方メートル以上四万平方メートル未満　三万二千八百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、三万二千六百円）
六　四万平方メートル以上七万平方メートル未満　四万二千百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、四万千八百円）
七　七万平方メートル以上　五万四千八百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、五万四千四百円）
２　前条第二項及び第三項の規定は、前項の手数料の額を計算する場合について準用する。
３　税関長は、法第六十一条の五第一項（保税工場の許可の特例）の承認を受けた者が同条第二項の規定により法第五十六条第一項の許可を受けたものとみなされた場所（以下この項において「届出工場」という。）について法第百条第二号の規定により納付すべき手数料（当該届出工場における法第五十六条第一項に規定する保税作業に関する業務が電子情報処理組織を使用して行われるものに係るものに限る。）については、法第百一条第一項（手数料の軽減又は免除）の規定により、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める額を軽減し、又は免除するものとする。
一　当該届出工場において特定税関事務が行われる場合　第二項において準用する前条第二項の規定により計算される額から派出費用相当額を控除した額
二　前号に掲げる場合以外の場合　当該手数料の全額
（総合保税地域の許可手数料）
第四条　法第六十二条の八第一項（総合保税地域の許可）の規定による許可を受ける者が法第百条第二号（手数料）の規定により納付すべき手数料の額は、許可の期間一月までごとに、当該許可に係る総合保税地域の次の各号に掲げる延べ面積の区分に応じ、当該各号に定める額（許可の日の属する月及び許可が失効する日の属する月については、日割により計算した額）とする。
一　一万平方メートル未満　二万五千五百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、二万五千三百円）
二　一万平方メートル以上二万平方メートル未満　三万五千三百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、三万五千百円）
三　二万平方メートル以上四万平方メートル未満　五万三千百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、五万二千八百円）
四　四万平方メートル以上七万平方メートル未満　六万四千七百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、六万四千二百円）
五　七万平方メートル以上十三万平方メートル未満　七万七千四百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、七万六千八百円）
六　十三万平方メートル以上二十五万平方メートル未満　九万三百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、八万九千六百円）
七　二十五万平方メートル以上五十万平方メートル未満　十万三千二百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、十万二千四百円）
八　五十万平方メートル以上百万平方メートル未満　十一万六千百円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、十一万五千二百円）
九　百万平方メートル以上　十二万九千円（当該許可を受ける者が指定者である場合にあつては、十二万八千円）
２　第二条第二項及び第三項の規定は、前項の手数料の額を計算する場合について準用する。
（指定地外検査の許可手数料）
第五条　法第六十九条第二項（指定地外検査）（法第七十五条（外国貨物の積戻し）において準用する場合を含む。第九条第一項において同じ。）に規定する許可を受ける者が法第百条第三号（手数料）の規定により納付すべき手数料の額は、当該許可に係る検査に要する時間一時間までごとに五千円とする。ただし、電子情報処理組織を使用して当該許可の申請を行う場合にあつては、四千七百円とする。
第六条　削除
（証明書類又は磁気テープ等の交付手数料）
第七条　法第百二条第二項（証明書類の交付及び統計の閲覧等）の規定により納付すべき手数料の額は、証明書類一枚ごとに四百円とする。ただし、電子情報処理組織を使用して交付の申請を行う場合にあつては、三百円とする。
２　法第百二条第五項において読み替えて準用する同条第二項の規定により納付すべき手数料の額は、同条第一項各号の区分ごと（同項第一号にあつては、輸出又は輸入の区分ごと）に財務大臣が集計した統計につき、それぞれ関税法施行令第九十条の二第一項第一号（統計の閲覧及び磁気テープ等の交付の申請等）に掲げる記録媒体一巻ごと又は同項第二号若しくは第三号に掲げる記録媒体一枚ごとに二万三千五百円とする。
（製造工場の承認手数料）
第八条　第三条第一項の規定は、定率法第十三条第一項（製造用原料品の減税又は免税）に規定する工場の承認（次項ただし書、第三項及び第四項において「定率法の承認」という。）、定率法第十九条第一項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）に規定する工場の承認又は関税暫定措置法第九条の二第一項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）に規定する工場の承認（次項ただし書、第三項及び第四項において「暫定措置法の承認」という。）を受けた者が、定率法第十三条第八項（定率法第十九条第二項において準用する場合を含む。次項において同じ。）又は関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額について、準用する。この場合において、第三条第一項中「許可の」とあるのは「承認の」と、「当該許可」とあるのは「当該承認」と、「係る保税工場」とあるのは「係る工場」と、「許可が」とあるのは「承認が」と読み替えるものとする。
２　前項の工場の承認を受けた者が、当該工場の承認に際し、関税定率法施行令（昭和二十九年政令第百五十五号。以下「定率法施行令」という。）第九条第二項（製造が終了した場合の届出及び検査）（定率法施行令第四十九条において準用する場合を含む。）又は関税暫定措置法施行令（昭和三十五年政令第六十九号）第三十三条の七第二項（製造が終了した場合の届出及び検査）の規定により税関長が届出により必要な検査をするものとして指定した工場において製造等を行う者である場合には、定率法第十三条第八項又は関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額は、前項の規定にかかわらず、当該検査一回ごとに、一般職の職員の給与に関する法律（昭和二十五年法律第九十五号）別表第一の行政職俸給表（一）に掲げる三級の職務にある者が当該検査の場所に往復する場合において国家公務員等の旅費に関する法律（昭和二十五年法律第百十四号）の規定により受けるべき旅費の額に相当する額とする。ただし、同一の又は隣接する敷地内に所在する工場について定率法の承認及び暫定措置法の承認を併せて受けている者に対し、定率法施行令第九条第二項の規定による検査及び関税暫定措置法施行令第三十三条の七第二項の規定による検査を併せて行うときは、定率法第十三条第八項の規定により納付すべき手数料の額及び関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額は、それぞれその二分の一に相当する額とする。
３　同一の又は隣接する敷地内に所在する工場について定率法の承認を受けた日以後当該定率法の承認の期間内に暫定措置法の承認を併せて受けた者（定率法施行令第九条第二項又は関税暫定措置法施行令第三十三条の七第二項の規定により税関長が届出により必要な検査をするものとして指定した工場において製造を行う者を除く。）が関税暫定措置法第九条の二第八項の規定により納付すべき手数料の額は、第一項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める額とする。
一　当該暫定措置法の承認の期間の末日が当該定率法の承認の期間の末日以前である場合　イに掲げる面積を延べ面積とみなして第一項の規定を適用した場合に得られる額からロに掲げる延べ面積を計算の基準として同項の規定を適用した場合に得られる額を控除した額に相当する額
イ　当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積と当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積とを合算した面積（当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積及び当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積に重複する区域の面積が含まれている場合には、当該合算した面積から当該重複する区域の面積を控除した面積）
ロ　当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積
二　当該暫定措置法の承認の期間の末日が当該定率法の承認の期間の末日後である場合　同日以前の期間について前号の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）及び同日後の期間について当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積を計算の基準として第一項の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）を合算した額に相当する額
４　同一の又は隣接する敷地内に所在する工場について暫定措置法の承認を受けた日の翌日以後当該暫定措置法の承認の期間内に定率法の承認を併せて受けた者（定率法施行令第九条第二項又は関税暫定措置法施行令第三十三条の七第二項の規定により税関長が届出により必要な検査をするものとして指定した工場において製造を行う者を除く。）が定率法第十三条第八項の規定により納付すべき手数料の額は、第一項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める額とする。
一　当該定率法の承認の期間の末日が当該暫定措置法の承認の期間の末日以前である場合　イに掲げる面積を延べ面積とみなして第一項の規定を適用した場合に得られる額からロに掲げる延べ面積を計算の基準として同項の規定を適用した場合に得られる額を控除した額に相当する額
イ　前項第一号イに掲げる面積
ロ　当該暫定措置法の承認を受けた工場の延べ面積
二　当該定率法の承認の期間の末日が当該暫定措置法の承認の期間の末日後である場合　同日以前の期間について前号の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）及び同日後の期間について当該定率法の承認を受けた工場の延べ面積を計算の基準として第一項の規定を適用した場合に得られる額（同日の属する月については、日割により計算した額）を合算した額に相当する額
５　第二条第三項の規定は、第一項において準用する第三条第一項の規定により手数料の額を計算する場合について準用する。
６　定率法施行令第五十条の二第一項（指定製造工場の簡易手続）の指定を受けた製造工場について定率法第十九条第二項において準用する定率法第十三条第八項の規定により納付すべき手数料の額については、当該製造工場を第二項の工場とみなし、当該製造工場において製造した輸出貨物に係る法第六十七条（輸出又は輸入の許可）の検査を同項の検査とみなして、同項の規定を適用する。
（手数料の納付の時期及び方法等）
第九条　第一条、第五条、第七条又は前条第二項に規定する手数料は、法第二十条第一項（不開港への出入）若しくは法第六十九条第二項（貨物の検査場所）に規定する許可、法第百二条第一項及び第四項（証明書類の交付及び統計の閲覧等）の規定による交付又は定率法第十三条第五項（製造用原料品の減税又は免税）（定率法第十九条第二項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）において準用する場合を含む。）若しくは関税暫定措置法第九条の二第五項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）に規定する検査を受けようとする都度、納付しなければならない。
２　前項の手数料は、印紙で納付することができる。
３　第二条第一項、第三条第一項、第四条第一項又は前条第一項、第三項若しくは第四項に規定する手数料は、一月分ごとに納付するものとし、毎月末日までに翌月分を納付しなければならない。ただし、法第四十二条第一項（保税蔵置場の許可）、法第五十六条第一項（保税工場の許可）、法第六十二条の二第一項（保税展示場の許可）若しくは法第六十二条の八第一項（総合保税地域の許可）の規定による許可又は定率法第十三条第一項、定率法第十九条第一項若しくは関税暫定措置法第九条の二第一項の規定による承認の日の属する月分についてはその許可又は承認の日から二十日以内に、同月の翌月分については当該許可又は承認の日の属する月の末日と当該許可又は承認の日から二十日を経過する日とのいずれか遅い日までに、それぞれ納付しなければならない。
４　前項の手数料の額の計算の基準となる事項の変更が行われた場合において、納付すべき手数料の額が増加したときは、当該変更の日の属する月の末日と当該変更の日から二十日を経過する日とのいずれか遅い日までにその増加した額を納付しなければならないものとし、納付すべき手数料の額が減少し、かつ、その減少する前の手数料の額が既に納付されたときは、その減少した額をその翌月以降において納付すべき手数料の額から控除するものとする。
第十条　削除
（不開港への出入についての許可手数料の免除）
第十一条　法第二十条第一項（不開港への出入）に規定する許可を受ける者が法第百条第一号（手数料）の規定により納付すべき手数料は、当該許可に係る外国貿易船が同一の不開港に同一の年の一月一日から十二月三十一日までに四回以上入港する場合には、法第百一条第三項（不開港出入許可手数料の軽減又は免除）の規定により、その四回目以後の入港については、免除する。
２　前項の規定による手数料の免除を受けようとする者は、関税法施行令第十八条第一項（不開港出入の許可の申請）の規定による申請書の提出の際に、その免除を受けようとする手数料に係る外国貿易船のその年の一月一日以後当該不開港に入港した日及びその受けようとする免除の額を記載した申請書をあわせて提出しなければならない。
（業務の休止による許可手数料の免除）
第十二条　法第百一条第二項（休業の場合の手数料の免除）の規定による手数料の免除は、保税蔵置場、保税工場、保税展示場又は総合保税地域に外国貨物が置かれていない場合に限り、するものとする。ただし、これらの業務を休止した日又は再開した日の属する月分については、その免除をしないものとする。
（保税展示場の許可手数料の免除）
第十三条　国際博覧会に関する条約の適用を受けて開催される国際博覧会に対しては、法第百一条第一項（手数料の軽減又は免除）の規定により、第二条第一項に規定する手数料を免除する。
（災害等による許可に係る手数料等の還付又は免除）
第十三条の二　法第百二条の二第一項（災害等による手数料の還付、軽減又は免除）の規定により同項に規定する手数料の額に相当する金額の還付を受けようとする者（以下この項において「申請者」という。）は、財務大臣又は税関長が関税法施行令第一条の四第一項から第三項まで（災害等による期限の延長）の規定によりこれらの項に規定する地域、対象者の範囲又は期日を指定した日（申請者がこれらの項の規定の適用を受けない場合には、法第百二条の二第一項に規定する災害等が生じた日）から二月を経過する日までに、法第百二条の二第一項の還付を受けたい旨を記載した書面に、次に掲げる書類を添付して、これを当該手数料を納付した税関長に提出しなければならない。
一　還付を受けようとする金額に相当する額の法第百二条の二第一項に規定する手数料を納付したことを証する書類
二　還付を受けようとする金額に相当する額の法第百二条の二第一項に規定する手数料を納付した原因となつた法第六十九条第二項（貨物の検査場所）（法第七十五条において準用する場合を含む。）の許可に係る貨物が法第百二条の二第一項第一号又は第二号に掲げる貨物に該当することを証する書類
２　法第百二条の二第二項の規定により同項に規定する手数料の免除を受けようとする者は、関税法施行令第六十二条（指定地外検査の許可の申請）（同令第六十五条において準用する場合を含む。）に規定する申請書の提出の際に、同項の免除を受けたい旨を記載した書面及び免除を受けようとする当該手数料に係る貨物が法第百二条の二第一項第一号又は第二号に掲げる貨物に該当することを証する書類を併せて提出しなければならない。
（災害等による証明書類の交付に係る手数料の還付又は免除）
第十三条の三　法第百二条の二第三項（災害等による手数料の還付、軽減又は免除）の規定により同項に規定する手数料の額に相当する金額の還付を受けようとする者（以下この項において「申請者」という。）は、財務大臣又は税関長が関税法施行令第一条の四第一項から第三項まで（災害等による期限の延長）の規定によりこれらの項に規定する地域、対象者の範囲又は期日を指定した日（申請者がこれらの項の規定の適用を受けない場合には、法第百二条の二第三項に規定する災害等が生じた日）から二月を経過する日までに、法第百二条の二第三項の還付を受けたい旨、その額に相当する金額の還付を受けようとする当該手数料に係る証明書類の交付された年月日及びその証明書類に係る税関の事務の内容を記載した書面に、当該証明書類が同項第一号、第二号又は第三号に該当することを証する書類を添付して、これを当該手数料を納付した税関長に提出しなければならない。
２　法第百二条の二第四項の規定により同項に規定する手数料の免除を受けようとする者は、関税法施行令第八十八条第一項（証明書類の交付又は統計の閲覧の申請）に規定する申請書の提出の際に、法第百二条の二第四項の免除を受けたい旨を記載した書面及び免除を受けようとする当該手数料に係る証明書類が同条第三項第一号、第二号又は第三号に該当することを証する書類を併せて提出しなければならない。
（災害等による保税蔵置場に係る許可に係る手数料等の還付、軽減又は免除等）
第十三条の四　法第百二条の二第五項（災害等による手数料の還付、軽減又は免除）の表（以下この項及び次項において「関税法の表」という。）の第五号の上欄に規定する政令で定める施設は製造工場とし、関税法の表の同号の中欄に規定する政令で定める行政処分は次の表の上欄に掲げる行政処分とし、関税法の表の同号の下欄に規定する政令で定める規定は次の表の下欄に掲げる規定とする。
定率法第十三条第一項（製造用原料品の減税又は免税）の規定に基づく承認	同条第八項	
定率法第十九条第一項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）の規定に基づく承認	同条第二項において準用する定率法第十三条第八項	
関税暫定措置法第九条の二第一項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）の規定に基づく承認	同条第八項	
２　法第百二条の二第五項の規定により同項に規定する手数料の額に相当する金額の還付を受けようとする者（以下この項及び第四項において「申請者」という。）は、財務大臣又は税関長が関税法施行令第一条の四第一項から第三項まで（災害等による期限の延長）の規定によりこれらの項に規定する地域、対象者の範囲又は期日を指定した日（申請者がこれらの項の規定の適用を受けない場合には、法第百二条の二第五項に規定する災害等が生じた日）から二月を経過する日までに、関税法の表の各号の中欄に掲げる行政処分（以下この条において「行政処分」という。）に係る手数料に相当する額の還付を受けようとする関税法の表の当該各号の上欄に掲げる施設（以下この条において「施設」という。）に関する次に掲げる事項を記載した書面に、その額に相当する金額の還付を受けようとする当該手数料を納付したことを証する書類及び第四号に掲げる事項を証する書類がある場合には当該書類を添付して、これを当該手数料を納付した税関長に提出しなければならない。
一　当該施設の名称及び所在地
二　当該施設に係る行政処分に係る当該災害等が生じた日が属する月の月分以後の月分の手数料の納付額
三　当該施設の延べ面積（次項において「基準面積」という。）のうち当該災害等により損傷したため業務の遂行に支障が生じている部分の延べ面積（同項において「損傷面積」という。）
四　当該施設の当該災害等による損傷の内容及び当該損傷のために業務の遂行に生じている支障の程度
五　その他参考となるべき事項
３　税関長は、前項の規定による書面（同項の規定により添付すべき書類を含む。以下この項において同じ。）の提出があつた場合において、その行政処分に係る手数料に相当する額の還付を受けようとする施設が前項に規定する災害等により損傷したため業務の遂行に支障が生じていると認めるときは、当該施設に係る行政処分に係る手数料（その納付期限が当該書面の提出の日において到来しているものに限る。）の納付額と、基準面積から損傷面積を控除して得た面積を当該施設の延べ面積とみなして第二条第一項各号、第三条第一項各号（第八条第一項において準用する場合を含む。第六項第二号において同じ。）又は第四条第一項各号に掲げる延べ面積の区分に応じ手数料を納付するとした場合の当該手数料の額との差額に相当する金額を還付するものとする。この場合において、手数料の納付額に当該災害等が生じた日が属する月の月分の手数料の額が含まれているときは、同月分については、同日から同月の末日までの期間に相当する分として日割により計算した額に相当する金額を還付するものとする。
４　税関長は、前項の規定により還付する金額がある場合において、その還付を受けることとなる申請者の申出があるときは、その金額をその還付の対象となる月分の翌月分以後の月分において当該申請者が納付すべき手数料の額から控除するものとする。
５　法第百二条の二第五項の規定により同項に規定する手数料の軽減又は免除を受けようとする者は、当該軽減又は免除を受けようとする月分の手数料の納付期限の十日前までに、その行政処分に係る手数料の軽減又は免除を受けようとする施設に関する次に掲げる事項を記載した書面に、第三号に掲げる事項を証する書類がある場合には当該書類を添付して、これを当該手数料を納付すべき税関長に提出しなければならない。
一　当該施設の名称及び所在地
二　当該施設の延べ面積（次項第二号において「基準面積」という。）のうち第二項に規定する災害等により損傷したため業務の遂行に支障が生じている部分の延べ面積（同号において「損傷面積」という。）
三　当該施設の当該災害等による損傷の内容及び当該損傷のために業務の遂行に生じている支障の程度
四　当該施設の損傷についての復旧の見通し
五　その他参考となるべき事項
６　税関長は、前項の規定による書面の提出があつた場合において、その行政処分に係る手数料の軽減又は免除を受けようとする施設が第二項に規定する災害等により損傷したため業務の遂行に支障が生じていると認めるときは、当該施設に係る行政処分に係る手数料の額のうち、次の各号に掲げる施設の区分に応じ、当該各号に定める額を軽減し、又は免除するものとする。
一　当該災害等により損傷したため業務の全部についてその遂行に支障が生じていると認める施設　全額
二　当該災害等により損傷したため業務の一部についてその遂行に支障が生じていると認める施設　当該施設に係る行政処分に係る手数料の額と、基準面積から損傷面積を控除して得た面積を当該施設の延べ面積とみなして第二条第一項各号、第三条第一項各号又は第四条第一項各号に掲げる延べ面積の区分に応じ手数料を納付するとした場合の当該手数料の額との差額
（国際物流拠点産業集積地域に係る手数料の軽減等）
第十三条の五　税関長は、沖縄振興特別措置法（平成十四年法律第十四号。以下この条において「沖振法」という。）第四十五条第二項（指定保税地域等）の規定により総合保税地域の許可を受けた者が法第百条第二号（手数料）の規定により納付すべき令和七年三月分以前の当該許可に係る手数料については、沖振法第四十六条（手数料の軽減）の規定により第四条第一項の規定により計算される額の二分の一に相当する額を軽減することができる。
２　税関長は、沖振法第四十五条第三項の規定により保税蔵置場又は保税展示場の許可を受けた者が法第百条第二号の規定により納付すべき令和七年三月分以前の当該許可に係る手数料については、沖振法第四十六条の規定により第二条第一項の規定により計算される額（同条第二項の規定が適用される場合にあつては、同項の規定により計算される額から派出費用相当額を控除した額）の二分の一に相当する額を軽減することができる。
３　税関長は、沖振法第四十五条第三項の規定により保税工場の許可を受けた者が法第百条第二号の規定により納付すべき令和七年三月分以前の当該許可に係る手数料については、沖振法第四十六条の規定により第三条第一項の規定により計算される額（同条第二項において準用する第二条第二項の規定が適用される場合にあつては、同項の規定により計算される額から派出費用相当額を控除した額）の二分の一に相当する額を軽減することができる。
４　前三項の規定による軽減の基準となる事項は、当該総合保税地域、保税蔵置場若しくは保税展示場又は保税工場の許可の日（同日後当該事項について変更があつた場合においては、その変更の日の属する月の翌月の初日）における当該事項によるものとする。
（手数料の前納等）
第十四条　第二条第一項、第三条第一項、第四条第一項又は第八条第一項、第三項若しくは第四項に規定する手数料は、第九条第三項又は第四項の規定にかかわらず、二月分以上を前納することができる。
２　前項の規定により前納した手数料は、その納付期限に至らないものに限り、請求により還付する。
附　則　抄
１　この政令は、昭和二十九年七月一日から施行する。
附　則　（昭和三一年一一月六日政令第三二八号）　抄
１　この政令は、公布の日から施行する。
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条、第五条及び第十二条の規定は、昭和三十一年十二月分以後の保税上屋、保税倉庫又は保税工場の許可の手数料について適用し、同年十一月分以前の当該手数料については、なお従前の例による。
附　則　（昭和三二年三月三一日政令第五〇号）　抄
１　この政令は、昭和三十二年四月一日から施行する。
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第十二条の規定は、昭和三十二年四月分以後の新令第五条第二項の規定の適用を受ける手数料から適用する。
附　則　（昭和三二年五月一七日政令第一〇五号）　抄
１　この政令は、昭和三十二年五月二十日から施行する。
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第一条第一項の規定は、この政令の施行の日以後に同項に規定する許可がされるものについて適用する。
附　則　（昭和三五年三月三一日政令第六九号）
この政令は、法の施行の日（昭和三十五年四月一日）から施行する。
附　則　（昭和三六年五月三一日政令第一五一号）　抄
１　この政令は、昭和三十六年六月一日から施行する。
附　則　（昭和三六年一〇月二七日政令第三三〇号）
この政令は、公布の日から施行する。
附　則　（昭和三八年六月二八日政令第二二五号）　抄
１　この政令は、昭和三十八年七月一日から施行する。
附　則　（昭和三九年三月三一日政令第七四号）
この政令は、昭和三十九年四月一日から施行する。
附　則　（昭和四〇年三月三一日政令第九二号）　抄
１　この政令は、昭和四十年四月一日から施行する。
附　則　（昭和四〇年五月三一日政令第一八〇号）　抄
１　この政令は、昭和四十年六月一日から施行する。ただし、第二十一条、第二十九条の二及び第八十七条の改正規定、第二十一条の次に五条を加える改正規定並びに附則第二項から第五項までの規定は昭和四十年七月一日から、第二十二条の三及び第二十五条第二号の改正規定は銃砲刀剣類等所持取締法の一部を改正する法律（昭和四十年法律第四十七号）の施行の日（昭和四十年七月十五日）から施行する。
附　則　（昭和四〇年一一月一五日政令第三五六号）　抄
１　この政令は、昭和四十年十二月十五日から施行する。
附　則　（昭和四一年三月三一日政令第八一号）　抄
１　この政令は、昭和四十一年四月一日から施行する。
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条、第五条及び第八条の規定は、昭和四十一年四月分以後の保税上屋、保税倉庫若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料について適用する。
附　則　（昭和四二年五月三一日政令第一一三号）
１　この政令は、昭和四十二年六月一日から施行する。
２　外国貿易計表下付手数料令（昭和十五年勅令第九百七号）は、廃止する。
附　則　（昭和四五年四月二七日政令第九五号）　抄
１　この政令は、昭和四十五年五月一日から施行する。ただし、関税暫定措置法施行令第八章の七の次に一章を加える改正規定及び附則第五項の規定は、同年七月一日から施行する。
附　則　（昭和四六年三月三一日政令第八六号）　抄
１　この政令は、昭和四十六年四月一日から施行する。
附　則　（昭和四九年三月三〇日政令第八三号）
１　この政令は、昭和四十九年四月一日から施行する。
２　関税定率法及び関税暫定措置法の一部を改正する法律（昭和四十九年法律第十八号）附則第二条第二項に規定する貨物については、この政令による改正前の税関関係手数料令第八条及び第九条の規定は、なおその効力を有する。
附　則　（昭和五〇年三月三一日政令第六七号）
この政令は、昭和五十年四月一日から施行する。
附　則　（昭和五〇年一〇月一日政令第二九四号）
この政令は、航空法の一部を改正する法律の施行の日（昭和五十年十月十日）から施行する。
附　則　（昭和五三年三月四日政令第二九号）
この政令は、公布の日から施行する。
附　則　（昭和五三年三月二二日政令第四二号）
１　この政令は、昭和五十三年四月一日から施行する。
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条、第五条、第八条及び第十二条の規定は、昭和五十三年五月分以後の保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料について適用し、同年四月分以前のこれらの手数料については、なお従前の例による。
３　この政令の施行前に改正前の税関関係手数料令第十六条第三項の規定により昭和五十三年五月分以後の手数料として前納された保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料の額は、新令の規定により納付すべき同月分以後のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（昭和五六年三月三一日政令第六九号）
（施行期日）
１　この政令は、昭和五十六年四月一日から施行する。
（経過措置）
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条、第五条及び第八条第一項第二号の規定は、昭和五十六年五月分以後の保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料について適用し、同年四月分以前のこれらの手数料については、なお従前の例による。
３　この政令の施行前に税関関係手数料令第十六条第三項の規定により昭和五十六年五月分以後の手数料として前納された保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料の額は、新令の規定により納付すべき同月分以後のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（昭和五八年三月三一日政令第四八号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、昭和五十八年四月一日から施行する。
附　則　（昭和五九年四月一三日政令第九六号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、昭和五十九年四月二十日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第四条　第四条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条及び第五条の規定は、昭和五十九年六月分以後の保税上屋、保税倉庫、保税展示場又は保税工場の許可手数料について適用し、同年五月分以前のこれらの手数料については、なお従前の例による。
２　この政令の施行前に第四条の規定による改正前の税関関係手数料令第十六条第三項の規定により昭和五十九年六月分以後の手数料として前納された保税上屋、保税倉庫、保税展示場又は保税工場の許可手数料の額は、新令の規定により納付すべき同月分以後のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（昭和六〇年一二月二〇日政令第三一六号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、昭和六十一年一月一日から施行する。
附　則　（昭和六〇年一二月二一日政令第三一七号）　抄
（施行期日等）
１　この政令は、公布の日から施行する。ただし、第四十二条の規定は、昭和六十一年一月一日から施行する。
附　則　（昭和六一年三月三一日政令第八七号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、昭和六十一年四月一日から施行する。
附　則　（昭和六二年三月二〇日政令第四七号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、昭和六十二年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第四条　第四条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条、第五条及び第八条第一項第二号の規定は、昭和六十二年五月分以後の保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料について適用し、同年四月分以前のこれらの手数料については、なお従前の例による。
２　この政令の施行前に第四条の規定による改正前の税関関係手数料令第十六条第三項の規定により昭和六十二年五月分以後の手数料として前納された保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料の額は、新令の規定により納付すべき同月分以後のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（昭和六二年八月一三日政令第二八二号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、商品の名称及び分類についての統一システムに関する国際条約の実施のための関係法律の整備に関する法律の施行の日から施行する。
附　則　（昭和六三年三月三一日政令第七四号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、昭和六十三年四月一日から施行する。ただし、第一条及び第三条の規定並びに第四条中関税暫定措置法施行令目次の改正規定（「原油の減税」を「原油の免税」に改める部分に限る。）、同令第八章の章名の改正規定、同令第二十一条の二の見出しの改正規定、同令第二十一条の三の見出し及び同条第一項の改正規定、同令第二十一条の四の改正規定並びに同令第二十一条の五の改正規定は、同年八月一日から施行する。
附　則　（平成元年三月一五日政令第四三号）
（施行期日）
第一条　この政令は、平成元年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第二条　第一条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条の規定は、平成元年五月分以後の保税上屋、保税倉庫又は保税展示場の許可手数料について適用し、同年四月分以前のこれらの手数料については、なお従前の例による。
２　この政令の施行前に第一条の規定による改正前の税関関係手数料令第十六条第三項の規定により平成元年五月分以後の手数料として前納された保税上屋、保税倉庫又は保税展示場の許可手数料の額は、新令の規定により納付すべき同月分以後のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（平成三年三月一九日政令第四一号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成三年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第三条　第四条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条、第五条及び第八条第一項第二号の規定は、平成三年五月分以後の保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は承認工場の承認手数料について適用し、同年四月分以前のこれらの手数料については、なお従前の例による。
２　この政令の施行前に第四条の規定による改正前の税関関係手数料令第十六条第三項の規定により平成三年五月分以後の手数料として前納された保税上屋、保税倉庫、保税展示場若しくは保税工場の許可手数料又は製造工場の承認手数料の額は、新令の規定により納付すべき同月分以後のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（平成三年三月三〇日政令第九〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成三年四月一日から施行する。
附　則　（平成四年三月三一日政令第九二号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、平成四年四月一日から施行する。
附　則　（平成五年三月三一日政令第八八号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、平成五年四月一日から施行する。
附　則　（平成六年三月二四日政令第七〇号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、平成六年四月一日から施行する。
（経過措置）
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第四条第二項（新令第五条第二項及び第五条の二第二項において準用する場合を含む。）の規定は、平成六年五月分以後の保税上屋、保税倉庫、保税展示場、保税工場又は総合保税地域の許可手数料について適用し、同年四月分以前のこれらの手数料については、なお従前の例による。
３　この政令の施行前に改正前の税関関係手数料令（以下「旧令」という。）第十六条第三項の規定により、平成六年五月分以後の手数料として前納された保税上屋、保税倉庫、保税展示場、保税工場又は総合保税地域の許可手数料の額は、新令の規定により納付すべき同月分以後のこれらの手数料の額に順次に充当する。
４　平成六年三月分以前の保税工場の許可手数料の軽減又は免除については、なお従前の例による。
５　平成六年四月分から平成十一年三月分までの保税工場の許可手数料については、旧令第十二条及び第十三条の規定は、なおその効力を有する。
６　前項の場合において、平成六年五月分から平成十一年三月分までの保税工場の許可手数料については、同項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第十二条の見出し中「軽減又は免除」とあるのは「軽減」と、同条第一項中「次の各号に掲げる保税工場の区分に応じ、当該各号に掲げる額を軽減し、又は免除する」とあるのは「加工又は製造（混合を含む。以下同じ。）の計画又は実績により、当該加工又は製造によりできた製品の百分の八十以上を積み戻すものと認められる保税工場について、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める割合を第五条第一項の規定により計算される額に乗じて得た額を軽減する」と、「加工又は製造（混合を含む。以下同じ。）の計画又は実績により、当該加工又は製造によりできた製品の百分の八十以上を積みもどすものと認められる保税工場　全額」とあるのは「平成六年五月分から平成九年三月分まで　百分の六十五」と、「加工又は製造の計画又は実績により、当該加工又は製造によりできた製品の百分の四十以上百分の八十未満を積みもどすものと認められる保税工場　半額」とあるのは「平成九年四月分から平成十一年三月分まで　百分の三十五」と、同条第二項中「軽減又は免除」とあるのは「軽減」と、「同項各号の一に該当する」とあるのは「加工又は製造の計画又は実績により、当該加工又は製造によりできた製品の百分の八十以上を積み戻すものと認められる」とし、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第十三条の見出し中「軽減又は免除」とあるのは「軽減」と、同条中「軽減又は免除」とあるのは「軽減」と、「受けないこととなつたとき（当該免除を受けている者が当該軽減を受けることとなつたときを含む。）」とあるのは「受けないこととなつたとき」と、「受けないこととなつた日（当該免除を受けている者が当該軽減を受けることとなつたときは、当該軽減を受けることとなつた日）」とあるのは「受けないこととなつた日」とする。
附　則　（平成六年三月三一日政令第一一三号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、平成六年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
３　この政令の施行前に第三条の規定による改正前の税関関係手数料令（以下この項において「旧手数料令」という。）第九条第三項の規定により納付され、又は旧手数料令第十六条第三項の規定により前納された平成六年四月分以後の保税上屋又は保税倉庫の許可手数料は、関税定率法等の一部を改正する法律（平成六年法律第二十五号）附則第四条第一項の規定により許可を受けたとみなされる保税蔵置場について、第三条の規定による改正後の税関関係手数料令第九条第三項又は第十六条第三項の規定により、当該保税蔵置場の許可手数料として納付され、又は前納されたものとみなす。
附　則　（平成六年七月二七日政令第二五一号）
この政令は、一般職の職員の勤務時間、休暇等に関する法律の施行の日（平成六年九月一日）から施行する。
附　則　（平成六年一二月二八日政令第四一四号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、関税定率法等の一部を改正する法律（平成六年法律第百十八号。以下「改正法」という。）の施行の日（次条において「施行日」という。）から施行する。ただし、第三条、第四条、第六条、第八条、第十一条、第十四条、第十五条及び第十七条の規定並びに附則第三条の規定は、改正法附則第一条ただし書に規定する日から施行する。
附　則　（平成八年三月三一日政令第九二号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、平成八年四月一日から施行する。
附　則　（平成九年三月二八日政令第九三号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、平成九年四月一日から施行する。
附　則　（平成九年三月三一日政令第一一〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成九年四月一日から施行する。
附　則　（平成九年三月三一日政令第一一二号）
（施行期日）
１　この政令は、平成九年四月一日から施行する。
（経過措置）
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第十三条の五の規定は、沖縄振興開発特別措置法第二十五条第三項の規定により新令第十三条の五第一項又は第二項に規定する保税蔵置場又は保税工場の許可を受けた者が関税法第百条第三号の規定により納付すべき平成九年四月分以後の当該保税蔵置場又は保税工場の許可に係る手数料について適用する。
３　この政令の施行前に改正前の税関関係手数料令（以下「旧令」という。）第九条第三項の規定により前項に規定する者が納付した平成九年四月分の同項に規定する保税蔵置場又は保税工場の許可に係る手数料の額が新令第十三条の五の規定の適用を受けて納付すべき同月分の当該保税蔵置場又は保税工場の許可に係る手数料の額を超えることとなるときは、当該超える部分の額は、その者が関税法第百条第三号の規定により納付すべき同年五月分のこれらの手数料の額に充当する。
４　この政令の施行前に旧令第十四条第三項の規定により第二項に規定する者が平成九年四月分以後の同項に規定する保税蔵置場又は保税工場の許可に係る手数料として前納したこれらの手数料の額が新令第十三条の五の規定の適用を受けて納付すべき当該前納した期間に係るこれらの手数料の額を超えることとなるときは、当該超える部分の額は、その者が関税法第百条第三号の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（平成一〇年三月三一日政令第一二三号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十年四月一日から施行する。
附　則　（平成一一年六月一一日政令第一七九号）
この政令は、航空法の一部を改正する法律附則第一条第二号に定める日（平成十二年二月一日）から施行する。
附　則　（平成一二年三月二三日政令第八二号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
３　この政令の施行前に第三条の規定による改正前の税関関係手数料令（次項において「旧令」という。）第九条第三項の規定により納付された平成十二年四月分の保税蔵置場、保税展示場、保税工場又は総合保税地域（以下「保税蔵置場等」という。）の許可に係る手数料の額が第三条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）の規定により納付すべき同月分の当該保税蔵置場等の許可に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新令の規定により納付すべき同年五月分のこれらの手数料の額に充当する。
４　この政令の施行前に旧令第十四条第三項の規定により平成十二年四月分以後の保税蔵置場等の許可に係る手数料として前納されたこれらの手数料の額が新令の規定により納付すべき当該前納した期間に係るこれらの手数料の額を超えることとなる部分の額は、新令の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（平成一二年三月三一日政令第一八七号）　抄
１　この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
附　則　（平成一二年六月七日政令第三〇七号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十三年一月六日から施行する。
附　則　（平成一三年三月三一日政令第一五三号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十三年四月一日から施行する。
附　則　（平成一四年三月三一日政令第一一一号）
（施行期日）
１　この政令は、平成十四年四月一日から施行する。
（経過措置）
２　改正後の税関関係手数料令（以下「新令」という。）第十三条の五の規定は、沖縄振興特別措置法第四十五条第二項又は第三項の規定により新令第十三条の五第一項から第三項までに規定する総合保税地域、保税蔵置場若しくは保税展示場又は保税工場（以下「総合保税地域等」という。）の許可を受けた者が関税法第百条第二号の規定により納付すべき平成十四年四月分以後の当該総合保税地域等の許可に係る手数料について適用する。
３　この政令の施行前に改正前の税関関係手数料令（以下「旧令」という。）第九条第三項の規定により前項に規定する者が納付した平成十四年四月分の同項に規定する総合保税地域等の許可に係る手数料の額が新令第十三条の五の規定の適用を受けて納付すべき同月分の当該総合保税地域等の許可に係る手数料の額を超えることとなるときは、当該超える部分の額は、その者が関税法第百条第二号の規定により納付すべき同年五月分のこれらの手数料の額に充当する。
４　この政令の施行前に旧令第十四条第三項の規定により第二項に規定する者が平成十四年四月分以後の同項に規定する総合保税地域等の許可に係る手数料として前納したこれらの手数料の額が新令第十三条の五の規定の適用を受けて納付すべき当該前納した期間に係るこれらの手数料の額を超えることとなるときは、当該超えることとなる部分の額は、その者が関税法第百条第二号の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（平成一五年三月三一日政令第一四三号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十五年四月一日から施行する。
附　則　（平成一六年三月三一日政令第一〇七号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十六年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第四条　この政令の施行前に第五条の規定による改正前の税関関係手数料令（以下「旧手数料令」という。）第九条第三項の規定により納付された平成十六年四月分の保税蔵置場、保税展示場、保税工場若しくは総合保税地域（以下「保税蔵置場等」という。）の許可又は旧手数料令第八条第一項第二号に規定する工場の承認に係る手数料の額が第五条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新手数料令」という。）の規定により納付すべき同月分の保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき同年五月分のこれらの手数料の額に充当する。
２　この政令の施行前に旧手数料令第十四条第三項の規定により前納された平成十六年四月分以後の保税蔵置場等の許可又は旧手数料令第八条第一項第二号に規定する工場の承認に係る手数料の額が新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間についての保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
附　則　（平成一七年三月三一日政令第一〇五号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十七年四月一日から施行する。
附　則　（平成一七年七月二一日政令第二四九号）
この政令は、航空法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年十月一日）から施行する。
附　則　（平成一八年二月一日政令第一四号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成十八年四月一日から施行する。
附　則　（平成一九年六月二九日政令第一九六号）
この政令は、平成十九年七月一日から施行する。
附　則　（平成一九年九月二〇日政令第二九一号）
この政令は、平成十九年十月一日から施行する。
附　則　（平成二〇年三月三一日政令第一二三号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成二十年四月一日から施行する。
附　則　（平成二〇年六月一八日政令第一九七号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、公布の日から施行する。
附　則　（平成二〇年六月二七日政令第二一〇号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成二十年十月一日から施行する。
附　則　（平成二一年一一月二六日政令第二六七号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成二十二年二月二十一日から施行する。
附　則　（平成二三年三月三一日政令第八八号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、平成二十三年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第二条　この政令の施行前に第三条の規定による改正前の税関関係手数料令（以下「旧手数料令」という。）第九条第三項の規定により納付された平成二十三年四月分の保税蔵置場、保税展示場、保税工場若しくは総合保税地域（以下「保税蔵置場等」という。）の許可又は旧手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額が第三条の規定による改正後の税関関係手数料令（以下「新手数料令」という。）の規定により納付すべき同月分の保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき同年五月分以後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
２　この政令の施行前に旧手数料令第十四条第一項の規定により前納された平成二十三年四月分以後の保税蔵置場等の許可又は旧手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額が新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間についての保税蔵置場等の許可又は新手数料令第八条第一項に規定する工場の承認に係る手数料の額を超えることとなる部分の額は、新手数料令の規定により納付すべき当該前納した期間後の月分のこれらの手数料の額に順次に充当する。
３　前二項に規定する超えることとなる部分の額のうち、これらの規定により充当されるべき手数料の額がないことによりこれらの規定による充当ができないこととなる部分の額は、請求により還付する。
附　則　（平成二四年三月三一日政令第一一一号）　抄
この政令は、平成二十四年四月一日から施行する。
附　則　（平成二六年一二月一二日政令第三九三号）
この政令は、関税暫定措置法の一部を改正する法律の施行の日から施行する。
附　則　（平成二九年一月二五日政令第六号）　抄
（施行期日）
１　この政令は、環太平洋パートナーシップ協定の締結及び環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定の締結に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十八年法律第百八号）（附則第三項において「整備法」という。）の施行の日から施行する。
附　則　（平成三〇年七月一一日政令第二〇四号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、公布の日から施行する。ただし、第一条の規定は、環太平洋パートナーシップ協定の締結及び環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定の締結に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十八年法律第百八号）の施行の日の前日から施行する。
附　則　（令和三年三月三一日政令第一三一号）　抄
この政令は、令和三年四月一日から施行する。
附　則　（令和四年三月三一日政令第一三五号）　抄
この政令は、令和四年四月一日から施行する。
附　則　（令和五年三月三一日政令第一五八号）　抄
（施行期日）
第一条　この政令は、令和五年四月一日から施行する。
（税関関係手数料令の一部改正に伴う経過措置）
第四条　第四条の規定による改正後の税関関係手数料令（次項において「新手数料令」という。）第九条第三項の規定は、この政令の施行の日以後に同項の許可又は承認を受けることにより納付すべき手数料について適用し、同日前に第四条の規定による改正前の税関関係手数料令（次項において「旧手数料令」という。）第九条第三項の許可又は承認を受けたことにより納付すべき手数料については、なお従前の例による。
２　新手数料令第九条第四項の規定は、この政令の施行の日以後に行われる同項の変更により納付すべき手数料の額が増加又は減少をした場合について適用し、同日前に行われた旧手数料令第九条第四項の変更により納付すべき手数料の額が増加又は減少をした場合については、なお従前の例による。